Genomic Analysis of the Mycoparasite Pestalotiopsis sp. PG52

Pestalotiopsis sp. is a mycoparasite of the plant pathogen Aecidium wenshanense. To further understand the mycoparasitism mechanism of Pestalotiopsis sp., we assembled and analyzed its genome. The genome of Pestalotiopsis sp. strain PG52 was assembled into 335 scaffolds and had a size of 58.01 Mb. A total of 20,023 predicted genes and proteins were annotated. This study compared PG52 with the mycoparasites Trichoderma harzianum, Trichoderma atroviride, and Trichoderma virens. This study reveals the entirely different mycoparasitism mechanism of Pestalotiopsis compared to Trichoderma and reveals this mycoparasite’s strong ability to produce secondary metabolites.     

探讨模拟冷空气降温过程对健康大鼠和高血压大鼠凝血功能的影响

目的:通过模拟冷空气温度变化过程给予健康大鼠和高血压大鼠冷刺激,以此探讨冷空气过程对机体凝血功能的影响。方法:收集张掖市2011年3月一次典型冷空气过程数据,利用气象环境模拟箱模拟其温度变化过程。将24只雄性健康大鼠和24只雄性高血压大鼠分别随机分成最低温组(Tmin组)、Tmin对照组、复温组(Tr组)和Tr对照组。将Tmin组和Tr组大鼠放入气候箱中暴露冷空气温度变化过程。在Tmin和Tr时点分别停止Tmin组大鼠和Tr组大鼠冷空气暴露,并采血以测定其凝血功能指标—凝血四项。结果:与对照组相比,健康大鼠和高血压大鼠活化部分凝血酶原时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)、凝血酶时间(TT)在降温后与对照组相比没有显著差异(P>0.05),但血浆纤维蛋白原(Fbg)含量在高血压大鼠和健康大鼠Tmin组明显高于其对照组(P<0.01)。温度恢复后,其在健康组含量仍然高于其对照组(P<0.05),而在高血压大鼠中没有差异(P>0.05)。同Fbg,反应Fbg的纤维蛋白原时间(Fbg-time)在健康大鼠Tmin和Tr组中短于对照组(P<0.01,),而在高血压大鼠中仅在Tmin组短于对照组(P<0.01)。高血压大鼠血中的Fbg含量和Fbgt明显高于和短于健康大鼠(P<0.01)。结论:①冷空气降温过程能增加机体血中Fbg含量,使凝血功能增强,可能增加心血管疾病危险性;②冷空气刺激对健康大鼠凝血功能影响强于高血压大鼠。     

镉诱导金属硫蛋白在华溪蟹组织中的表达

采用体外暴露染毒法,研究了不同浓度与时间条件下,镉诱导河南华溪蟹(Sinopotamon henanense)金属硫蛋白(metallothionein,MT)在肝胰腺、肌肉、鳃和卵巢中的表达差异。镉浓度分别为0、14·5mg/L、29mg/L和58mg/L;处理时间依次为1d、3d和5d。利用镉血红蛋白饱和法和火焰原子吸收分光光度法(AAS)测定MT的蛋白含量。结果显示,用不同的染毒浓度和处理时间,镉在组织中诱导产生MT的含量有较大差异,其中肝胰腺MT的诱导量最大,变化规律也最明显;肌肉中也有较大量MT的表达;而鳃和卵巢MT的诱导量均较低。此外,本文分析了镉的浓度与时间梯度对诱导MT表达的影响与毒性效应机制。结论:组织不同,染毒浓度及时间不同,镉诱导MT的表达也不同,具有一定的组织差异性和规律性。     

利用癌功能类从癌基因组突变谱中识别癌基因

从大规模癌样本基因突变扫查数据中识别癌基因具有重要的意义. 一些重要功能的改变对于癌的发生发展是必需的, 因此将它们定义为癌功能类, 并从GO(Gene Ontology)中选择一组显著富集已知癌基因的细致功能类来代表它们. 为了评价以癌相关功能类作为特征识别癌基因的效果, 将已知的蛋白激酶癌基因定义为阳性金标准, 而将其他的蛋白激酶基因定义为阴性金标准. 结果表明, 与利用选择压力作为特征的方法比较, 利用癌相关功能类作为特征的方法可以更有效地识别癌基因. 进一步结合癌相关功能类与基因非同义突变个数可以产生更可靠的预测结果. 最后, 将46个注释到癌相关功能类并且其非同义突变个数至少为3的蛋白激酶基因预测为癌基因, 预测精确率达到0.42.     

新疆维吾尔族妇女宫颈癌组织中乳头瘤病毒16型E6基因的克隆和序列分析

为了分析新疆南部地区维吾尔族妇女宫颈癌组织中HPV16型E6基因结构特点，从中国新疆南部地区维吾尔族妇女宫颈癌活检组织标本中提取DNA，以宫颈癌活检组织标本DNA为模板进行PCR扩增，获得HPV16 E6基因，将其克隆到pUCm-T载体上，并对其进行基因全序列分析.PCR检测结果显示宫颈癌组织中HPV16 E6阳性率为82.35%（14/17）；测序结果显示，新疆株HPV16 E6基因全长456 bp，大小与德国标准株一致.E6基因的第247位碱基发生T→G突变，并由此引起所编码的氨基酸亦发生改变.上述结果表明，中国新疆南部地区维吾尔族妇女宫颈癌患者组织中HPV16 E6的基因结构与德国标准株HPV16 E6基因之间存在差异.     

野艾蒿挥发油对HeLa癌细胞形态与结构的影响

采用MTT法检测细胞活力,用倒置显微镜、荧光显微镜和扫描电子显微镜观察细胞形态与结构的变化,用激光共聚焦显微镜观察细胞微管的分布,从而研究了野艾蒿挥发油对HeLa人宫颈癌细胞形态与结构的影响。结果表明:(1)野艾蒿挥发油对HeLa癌细胞的增殖有明显的抑制作用,呈剂量和时间依赖性。(2)野艾蒿挥发油处理HeLa癌细胞24h后,100、200μg/mL实验组细胞体积缩小,核染色质凝集、微绒毛消失、细胞表面有泡状突起,微管解聚,呈现典型的凋亡特征;400μg/mL实验组细胞膜破裂、胞浆内含物外泄,呈明显的坏死特征。(3)野艾蒿挥发油具有抑制HeLa癌细胞增殖的作用,低、中浓度的野艾蒿挥发油诱导细胞凋亡,而高浓度的野艾蒿挥发油引起细胞坏死。     

壶腹周围憩室对胆总管结石患者结石成分及胆道菌群的影响

探究壶腹周围憩室(periampullary diverticulum, PAD)对胆总管结石成分及胆道菌群的影响。

收集我院行内镜下取石治疗患者44例, 其中14例伴有PAD、30例无PAD, 使用红外光谱法和分光光度法分析结石样本中胆固醇、胆红素含量。从入组患者中分别筛选8例伴有PAD的患者为PAD组, 8例无PAD的为对照组, 收集患者胆汁样本, 提取样本中菌群DNA进行扩增并构建细菌基因文库, 经Illumina MiSeq平台高通量测序后进行生物信息学分析。最后对差异菌群与胆红素、胆固醇进行相关性分析。

2组患者对比年龄、胆管直径、结石直径和总胆红素(TBIL)等资料差异均无统计学意义(均P > 0.05)。2组患者结石中胆固醇和胆红素含量[(39.77±13.00)%vs(61.80±26.00)%, Z=-2.973, P=0.003;(27.03±13.00)%vs(12.27±16.00)%, Z=-2.999, P=0.003)差异存在统计学意义。PAD组与对照组Alpha多样性差异无统计学意义(P > 0.05), 而在物种群落组成上存在差异。卟啉单胞菌属、嗜胆菌属等10种菌属在PAD组中的丰度高于对照组, 真杆菌属、乳杆菌属较对照组降低, 差异均有统计学意义(均P < 0.05)。相较于对照组, PAD组牛磺酸和次牛磺酸的代谢、钙信号通路等5条通路差异存在统计学意义(均P < 0.05)。嗜胆菌属和卟啉单胞菌属与胆红素具有相关性(R²=0.701 3, P < 0.000 1;R²=0.286 8, P=0.032 5)。

伴有PAD的患者结石含有更高的胆红素成分。PAD的存在改变胆道菌群多样性、构成及丰度, 并可能通过菌群变化影响结石成分。

     

野生与人工养殖鲫鳃部寄生指环虫的群落结构

为了阐明养殖环境对鱼类寄生指环虫群落的影响,研究调查了湖北省梁子湖和湖北省石首市养殖池塘中鲫鳃部寄生指环虫的种类和感染情况。在梁子湖中的野生鲫共发现6种指环虫,分别为坏鳃指环虫（Dactylogyrus vastator）、中型指环虫（D. intermedius）、弧形指环虫（D. arcuatus）、弓茎指环虫（D. baueri）、美丽指环虫（D. formosus）、望外指环虫（D. inexpeatatus）;在养殖池塘中,除了望外指环虫外,其他5种指环虫均有发现。分析结果表明,来自于梁子湖野生鲫鳃部的坏鳃指环虫的平均丰度以及其他4种指环虫（不含望外指环虫）的感染率与平均丰度明显高于养殖池塘的。梁子湖中的指环虫群落平均物种丰富度、平均寄生虫数量以及Brillouin多样性指数都明显高于养殖池塘的;梁子湖野生鲫寄生指环虫的优势种是弧形指环虫（0.54）,而池塘中的是坏鳃指环虫（0.76）。在宿主密度、种群大小、光照和溶氧等影响指环虫群落的因子中,溶氧可能是最主要因子。       

沿干旱梯度小叶锦鸡儿灌丛化对草本植物叶片矿质元素浓度及地上生物量累积的影响

草原灌丛化通过改变物种之间的相互作用深刻影响着群落的结构和功能。然而,当前有关灌木如何影响不同功能群草本植物对矿质元素吸收和累积的研究仍明显不足。在内蒙古草原沿干旱梯度选取了4个研究地点,对比分析了小叶锦鸡儿(Caragana microphylla)灌丛斑块内和斑块外群落中禾草和非禾草功能群植物叶中矿质元素浓度以及地上生物量生产的差异,旨在阐明干旱和灌木对群落草本植物叶元素累积的影响,揭示灌草间相互作用的元素利用特征及其随干旱梯度的变化。结果显示：1)随干旱加剧,灌丛斑块内的非禾草功能群植物地上生物量保持恒定,但叶中的K、Ca、Mg、Fe、Mn和Cu元素浓度显著增加(P<0.05)。该结果表明群落中的非禾草功能群植物通过提高叶中的矿质元素水平来抵御和适应干旱胁迫。2)随干旱加剧,灌丛对非禾草功能群植物地上生物量,叶中Ca、Fe、Cu和Zn,禾草功能群植物叶中的P的累积影响从负(RII<0)或中性(RII=0)转变为正效应(RII>0)。该结果与胁迫梯度假说相符,表明灌木对草本植物的促进效应随干旱胁迫加剧而增加。3)灌丛的“沃岛”效应是驱动灌木对草本植物元素累积正效应...     

亚热带几种典型稻田与旱作土壤中外源输入秸秆的分解与转化差异

选取亚热带四种典型母质(花岗岩风化物、第四纪红色粘土、板页岩风化物、近代河流沉积物)发育的稻田土壤,以毗邻的旱作土壤为对比,通过室内模拟培养试验研究45%田间持水量(WHC)条件下稻田和旱作土壤中外源输入秸秆矿化和转化的特征与差异。结果表明:在180 d的培养期内,所选4种稻田土壤中外源输入秸秆的累积矿化率(18%—21%)均显著低于对应的旱作土壤(21%—28%),外源秸秆的输入对土壤原有有机碳矿化的激发效应也是以稻田土壤(5%—30%)明显低于对应的旱作土壤(17%—65%)。外源秸秆在土壤中的分解产物主要向颗粒有机碳(POC)和铁铝结合态有机碳(Fe/Al-OC)分配,分配比例分别为9%—21%和12%—24%,其次为腐殖质碳(HMC)(11%—15%),而向微生物生物量碳(MBC)和溶解性有机碳(DOC)分配的比例极小,分别仅为2%—7%和0.1%-0.7%。与旱作土壤相比,稻田土壤中外源秸秆的分解产物向POC、Fe/Al-OC和MBC分配的比例较高,分别为15%—21%、17%—24%和6%—7%,而旱作土壤为9%—17%、13%—18%和2%—4%。此外,外源秸秆分解产物向2000—250μm水稳性粗团聚体分配的比例也以稻田土壤(10%—13%)高于旱作土壤(6%—7%),其它粒径中稻田与对应的旱作土壤之间并无显著差异。本研究结果说明,稻田土壤中外源输入秸秆的矿化率低于旱作土壤的现象在不同母质类型的土壤中可能普遍存在,这可能与稻田土壤中外源秸秆分解产物受水稳性团聚体的物理保护、与氧化铁铝的化学键合以及向有机碳稳定组分的分配作用较强有关,从而贡献于稻田土壤较高的有机碳积累。