斑马鱼急性无机砷暴露后肝脏差异表达基因的生物信息学分析

砷是一种致癌物,是心血管、外周血管疾病、神经疾病、糖尿病和各种癌症的致病因素。目的:利用GO数据库和KEGG数据库等生物信息学方法对GEO数据库数据中的差异表达基因进行评价。利用生物信息学分析软件对差异基因进行功能富集、功能注释分析和生存分析。利用Cytoscape上的蛋白-蛋白相互作用网络(Protein-protein interaction network, PPI)软件对179个差异基因进行筛选和分析。结果发现126个基因作用于蛋白靶点,其中有10个基因为关键基因分别为:PSMB3、HSP701、HSPE1、STIP1、HSPD1、HSP70、DNAJB1B、HSP90AA1.1、HSPA9H和TCP1。核心基因主要作用于内质网中的蛋白质加工通路。这可能会为砷对肝脏损伤的潜在生物标志物和生物学机制提供新的思路。     

苦荞TCP转录因子全基因组鉴定及非生物胁迫分析

TCP是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育过程中发挥着重要作用。该研究利用生物信息学方法对苦荞TCP家族进行全基因组鉴定,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析苦荞TCP基因在干旱胁迫和盐胁迫下的表达特征。结果表明:(1)在苦荞的基因组中鉴定出28个TCP家族成员,它们不均匀地分布在苦荞的8条染色体上。(2)多数的苦荞TCP基因包含1～5个外显子。(3)系统发育分析将苦荞TCP家族分为5个亚家族,种内TCP蛋白多聚集在同一分支上。(4)共线性分析表明,5个苦荞TCP基因来自全基因组复制事件。(5)顺式元件分析显示,苦荞TCP基因的启动子区域的顺式响应元件主要包含胁迫响应元件和激素响应元件两大类。(6)转录组数据分析结果显示,所有苦荞TCP基因在检测组织中均有表达。(7)qRT-PCR结果显示,FtTCP3、FtTCP6、FtTCP12和FtTCP13基因在干旱胁迫和盐胁迫下的表达量发生变化,其中FtTCP3在6 h干旱处理和盐处理时表达量均达到峰值,说明FtTCP3基因在苦荞应对干旱胁迫和盐胁迫中起正向调控作用。该研究结果为了解TCP基因家族的进化和功能提供了新的见解,为苦荞TCP基因家族的功能研究和利用奠定了基础。     

大(狂鸟)和长耳鸮的部分血液生理生化指标及血细胞的显微结构观察

为了解大（狂鸟）（Buteohemilasius）、长耳鸮（Asiootus）的血象、血液生理生化参数正常值及血细胞的形态特征,为其健康检测和保护提供参考资料,采用纽巴氏法、沙利氏比色法、离心法、瑞士染色等方法检测了大（狂鸟）和长耳鸮的血象,利用全自动血液生物化学分析仪测定了两种鸟的19项血液生化指标,利用生物显微技术对其血细胞进行观察。结果表明：大（狂鸟）的红细胞数量、红细胞压积、红细胞分布宽度、血红蛋白含量、平均血红蛋白浓度、嗜酸性粒细胞数量、淋巴细胞数量、白细胞数量及凝血细胞数量均高于长耳鸮,而其他指标均低于长耳鸮;其中,红细胞平均体积在两种鸟类间存在极显著性差异（P〈0.01）,其他均无显著性差异（P〉0.05）。在生理生化检测中,大（狂鸟）的谷草转氨酶、总蛋白含量、白蛋白含量、球蛋白含量、总胆固醇、甘油三酯和葡萄糖含量均高于长耳鸮,且大（狂鸟）的无机离子中的钠和氯离子浓度也高于长耳鸮,而其他指标均低于长耳鸮,其中谷丙转氨酶和肌酐具有极显著性差异（P〈0.01）,尿酸和葡萄糖具有显著性差异（P〈0.05）,其他指标均无显著性差异（P〉0.05）。大（狂鸟）和长耳鸮的血细胞形态相似。种属不同及生活习性的差异可能是导致这两种鸟类血液生理常值差别及显微结构差异的主要原因,而采样时的机体状况、营养状况及测试操作方法也有一定的影响。     

城市森林结构的量化研究——以沈阳树木园森林群落为例

采用遥感图像判读和野外调查相结合的方法,定量分析了沈阳树木园植物群落的物种结构及空间格局。结果表明,沈阳树木园植被的生长状况良好;物种丰富,其中黄蘖(Phellodendron amugense)、刺槐(Robinia pseudoacacia)、榆树(Ulmus pumila)在树木株数和相对优势度上均占优势,为群落的主林木;植被在高度和胸径上的分布均表现为具有向上发展的潜力,整个植被群落正处于一个快速的生长期,属于发挥生态效益的最佳时期,沈阳树木园的树种多度与基于叶面积的相对优势度之间无明显关联,数量上占优势的树种,其相对优势度不一定很高,沈阳树木园植被树木株数与不同树高等级间的分布关系表现为上凸的曲线,随着树木高度级的增加,树木株数开始分布比较平稳,当高度超过12m后,树木株数明显减少,曲线急骤下降,树木株数分布与不同胸径等级间的关系也呈现类似的情况。     

Decoupling Analysis of Four Selected Countries

We examine decoupling conditions of domestic extraction of materials, energy use, and sulfur dioxide (SO₂) emissions from gross domestic product (GDP) for two BRIC (Brazil, Russia, India and China) countries (i.e., China and Russia) and two Organisation for Economic Co‐operation and Development (OECD) countries (Japan and the United States) during 2000–2007, using a pair of decoupling indicators for resource use (D_r) and waste emissions (D_e) and the decoupling chart, which can distinguish between absolute decoupling, relative decoupling, and non‐decoupling. We find that (1) during 2000–2007, decoupling between environmental indicators and GDP was higher in the two OECD countries as compared with the two BRIC countries. The key reason is that these countries were in different development stages with different economic growth rates. (2) Changes in environmental policies can significantly influence the degree of decoupling in a country. (3) China, Japan, and the United States were more successful in decoupling SO₂ emissions from GDP than in decoupling material and energy use from GDP. The main reason is that, unlike resource use, waste emissions (e.g., SO₂ emissions) can be reduced by effective end‐of‐pipe treatment. (4) The decoupling indicator is different from the changing rate of resource use and waste emissions. If two countries have different GDP growth rates, even though they may have similar values using the decoupling indicator, they may show different rates of change for resource use and waste emissions.     

向日葵离体再生体系的建立

为了建立高效的向日葵离体再生体系,从基因差异、外植体取材、生长素和细胞分裂素浓度、附加物的添加等方面出发,对向日葵愈伤诱导、分化、生根等过程进行了系统优化。结果表明：杂交材料相对于自交材料更容易实现再生;最佳外植体是生长4 d的子叶;最佳愈伤诱导培养基是MS培养基 (MS) +2.0 mg/L 6-苄基腺嘌呤 (6-BA)+0.5 mg/L奈乙酸 (NAA)+1.0 mg/L激动素 (KT),诱导率最高可达100％;最佳分化培养基是MS+0.2 mg/L 6-BA+0.5 mg/L NAA+0.3 mg/L KT+0.3 mg/L硝酸银 (AgNO3)+0.2 g/L活性炭 (AC),芽分化率可达71％;最佳生根培养基是1/2 MS+0.6 mg/L吲哆丁酸 (IBA),生根率最高为77％。方差分析表明,材料基因型、外植体生长时间、激素、AgNO3、AC对向日葵再生呈现显著性影响。     

小兴安岭凉水自然保护区蝶类多样性

2012—2013年选取原始阔叶红松林、人工林、天然次生林和灌丛草甸4种典型植被生境,对小兴安岭凉水自然保护区的蝶类进行了系统研究。共捕获蝶类1438头,分属7科47属76种,4种植被生境中蝶类群落优势类群均为蛱蝶科,不同生境蝶类群落相似性与生境植被类型密切相关。计算分析了4种植被生境中蝶类多样性指数、物种丰富度、优势度指数、均匀度指数和种-多度关系,结果表明:3种森林生境蝶类多样性大于灌丛草甸,原始阔叶红松林蝶类具有最高的多样性指数、较高的物种丰富度、均匀度指数以及最低的优势度指数,种-多度分布为对数正态分布,说明环境质量优越,最适合蝶类生存和繁衍;灌丛草甸蝶类的多样性指数、物种丰富度和均匀度指数均为最低,而优势度指数最高,种-多度分布为对数级数分布,反映植物群落结构较单一,适合各种蝶类生存和繁衍的资源不足;天然次生林蝶类多样性指数、物种丰富度高于人工林,均匀度小于人工林,但前者种-多度分布为对数级数模型,后者为对数正态模型,说明在封山育林状态下,对森林植被组成进行适当合理的干扰,有利于森林的健康发展