基于支持向量机方法的蛋白可溶性预测

按照蛋白质序列中残基的相对可溶性,将其分为两类(表面／内部)和三类(表面／中间／内部)进行预测。选择不同窗宽和参数对数据进行训练和预测,以确保得到最好的分类效果,并同其他已有方法进行比较。对同一数据集不同分类阈值的预测结果显示,支持向量机方法对蛋白质可溶性的整体预测效果优于神经网络和信息论的方法。其中,对两类数据的最优分类结果达到79．0％,对三类数据的最优分类结果达到67．5％,表明支持向量机是蛋白质残基可溶性预测的一种有效方法。     

热玫瑰小双孢菌来源的丙酮酸磷酸双激酶的表达及应用

以热玫瑰小双孢菌基因组DNA为模板, 通过PCR扩增得到了编码PPDK的基因, 将此基因片段插入到表达载体pET28a(+)中构建得到了重组表达质粒pET28a(+)-PPDK, 将重组表达质粒pET28a(+)-PPDK转化到大肠杆菌BL21(DE3)中, 经过IPTG诱导, 重组菌成功表达了N端带有6-His Tag的重组PPDK。经SDS-PAGE分析, 重组PPDK单体分子量为101 kD。经过镍亲和层析和超滤后, 重组PPDK蛋白基本达到电泳纯, 并被成功应用于焦测序中。     

大豆细菌性斑点病菌harpin编码基因的克隆与表达

摘要：【方法、目的】利用PCR方法从丁香假单胞菌大豆致病变种（Pseudomonas syringae pv. glycinea）Psg12菌株中克隆到1026bp的hrp基因。将其定向插入到表达载体pGEX-4T-1上,并转化宿主菌BL21,IPTG诱导表达后,SDS-PAGE显示其表达产物为分子量为61 kDa的融合蛋白质。【结果】该蛋白质在性质与功能上类似于已发现的harpins,即富含甘氨酸、不含半胱氨酸,热稳定以及对蛋白酶K敏感,能够在烟草上引起典型的过敏性反应,过敏性反应还可被真核生物代谢抑制     

狂犬病毒鼠脑复壮后的典型形态恢复及感染细胞内的形态发生学

[目的]观察比较鼠脑复壮前后狂犬病毒的形态变化,并观察病毒感染BHK-21细胞后不同时间的形态发生情况.[方法]以保存时间较长的SRV9毒株为原始材料,经乳鼠脑传代复壮后接种BHK-21细胞,浓缩、纯化后观察.[结果](1)未经复壮的病毒中DI粒子占较高比例,典型粒子只占少数,而复壮后典型粒子所占比例升高到病毒粒子总数的90%.(2)感染24h后在细胞浆内可以观察到典型病毒粒子,其数量随着培养时间的延长而增加.带毒传代之后的培养过程中细胞内病毒数量增加不明显.(3)病毒可以在细胞内的空泡膜表面以多种方式成堆出芽.[结论](1)鼠脑复壮可恢复狂犬病毒中典型粒子所占比例.(2)带毒传代1～2次时为狂犬病毒收获的最佳时机.(3)本研究为狂犬病毒的装配机制补充了数据.     

慢性乙型肝炎患者肠道菌群与肝脏生化指标的相关性

乙型肝炎病毒感染引起的慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)是一种全球性流行疾病,严重时可引起肝功能衰竭,甚至发展成肝硬化和肝癌.也已发现CHB的发生和发展与肠道菌群的组成和结构的变化密切相关.为进一步探究肠道菌群结构与肝脏生化指标之间的联系,文中随机纳入14名CHB患者和11名健康对照者(Co...     

大豆异黄酮对大鼠乳腺癌细胞内cAMP/PKA信号途径的影响

本实验研究了大豆异黄酮对SHZ-88大鼠乳腺癌细胞内cAMP／PKA信号途径的影响。实验设3组：空白对照组、50μg／ml大豆黄酮及15μg／ml染料木素组。采用放射免疫测定法（RIA）检测了胞内cAMP的浓度、腺苷酸环化酶（adenylate cyclase,AC）和磷酸二酯酶（phosphodiesterase,PDE）的活性,用（γ-^32P）ATP掺入法测定cAMP依赖性PKA的活性,半定量RT-PCR法分析cAMP反应元件结合蛋白（cAMP response element binding protein,CREB）mRNA表达的变化。结果表明：在处理后5min,大豆黄酮组和染料木素组细胞的cAMP浓度分别比对照组升高了9．5％和11．0％（P〈0．05）：10min时,分别比对照组升高31．0％和40.3％（P〈0．01）。3组细胞的AC活性在处理时间内没有明显变化。但在处理后5min,大豆黄酮组和染料木素组细胞的PDE活性分别降至对照组的71．8％和71．6％（P〈0．05）。处理后20min,大豆黄酮组和染料木素组细胞PKA活性分别上升到对照组的125．8％和122．3％（P〈0．05）;到40min时仍维持在高水平。大豆黄酮组和染料木素组细胞CREB mRNA的表达量在处理后3h分别比对照组增加31．6％和51．1％（P〈0．05）;6h后开始下降。这些结果提示,大豆异黄酮能够激活大鼠乳腺癌细胞内cAMP／PKA信号途径;而且是通过抑制磷酸二酯酶的活性,导致胞内cAMP浓度升高而实现的。     

植物微核技术在监测水质污染中的应用

应用韭菜微核技术,检测哈尔滨市量具刃具厂含铬废水的遗传毒性,试验表明：含铬废水可诱导韭菜和蚕豆根尖细胞产生微核,进行回归分析,其蚕豆对Ｃｒ＾＋６诱变剂回归分析为ｙ＝２４．９４＋１２７．７７ｘ（ｒ＝０．９９６,Ｐ〈０．０１）,韭菜对Ｃｒ＾＋６诱变剂回归广泛为：ｙ＝２１．７４＋１００．２３ｘ（ｒ＝０．９００,Ｐ〈０．０１）,ｒ＝１１．１７＋３．３８ｘ（ｒ＝０．７８１,Ｐ〈０．０５）,韭菜根尖微核技术具     

TAK1 is an essential regulator of BMP signalling in cartilage

TGFβ activated kinase 1 (TAK1), a member of the MAPKKK family, controls diverse functions ranging from innate and adaptive immune system activation to vascular development and apoptosis. To analyse the in vivo function of TAK1 in cartilage, we generated mice with a conditional deletion of Tak1 driven by the collagen 2 promoter. Tak1^col2 mice displayed severe chondrodysplasia with runting, impaired formation of secondary centres of ossification, and joint abnormalities including elbow dislocation and tarsal fusion. This phenotype resembled that of bone morphogenetic protein receptor (BMPR)1 and Gdf5-deficient mice. BMPR signalling was markedly impaired in TAK1-deficient chondrocytes as evidenced by reduced expression of known BMP target genes as well as reduced phosphorylation of Smad1/5/8 and p38/Jnk/Erk MAP kinases. TAK1 mediates Smad1 phosphorylation at C-terminal serine residues. These findings provide the first in vivo evidence in a mammalian system that TAK1 is required for BMP signalling and functions as an upstream activating kinase for Smad1/5/8 in addition to its known role in regulating MAP kinase pathways. Our experiments reveal an essential role for TAK1 in the morphogenesis, growth, and maintenance of cartilage.     

云南省香格里拉大峡谷藏族神山在自然保护中的意义

位于云南省西北部迪庆藏族自治州境内的香格里拉大峡谷拥有独特的自然人文景观和丰富的生物多样性。藏族作为当地最重要的原住民族,他们的文化对当地的自然环境具有重要的影响。为了解藏族传统文化中的神山崇拜对香格里拉大峡谷地区自然环境的影响,本文应用民族生态学、植物生态学和文化人类学的研究方法,结合文献资料的分析,对香格里拉大峡谷的藏族神山进行了调查和研究,并对处于不同保护状态下（神山与非神山）的两个典型植物群落即高山松(Pinus densata)群落和云南黄果冷杉(Abies ernestii var. salouenensis)群落进行了比较。结果显示,在相同的样地面积内（20 m×20 m）,神山植物群落在物种数量（20,14）和群落盖度（100%,85%）方面都明显高于非神山植物群落（11,2;70%,60%）。结合入户调查资料,发现广泛分布于香格里拉大峡谷的藏族神山构成了一个“自下而上”的乡土保护体系,它不仅在保护生物多样性、维护当地脆弱的生态环境等方面发挥着重要的作用,而且还可以提供多种非林产品,实现多种生态功能。文章探讨了发挥乡土保护体系的保护功效及应用传统文化知识以促进自然保护的重要性,建议应当尊重和保护原住民的传统文化,发掘其中优秀的自然保护知识和经验,引导其发挥更加有效的自然保护功能,使民族传统保护体系成为现代自然保护体系的有力补充。