人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析

为了探讨癌细胞mtDNA控制区序列的变化特征, 采用PCR产物限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析与直接测序相结合的方法,对比分析6株人癌细胞系、 6例癌患者及4例健康成人白细胞mtDNA控制区序列。发现第16519位T→C、16 534位A→G、46位T→G和49位A→C突变, 在癌细胞系和癌患者白细胞mtDNA中分别占50%(3/6)和33.3%(2/6), 健康成人白细胞mtDNA中未见此类型突变;第16 278位C→T突变,在癌细胞系mtDNA中占50%(3/6),显著高于正常人群mtDNA中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞mtDNA重链复制起点及其 相邻D环区的特征性突变可能与细胞癌变/或癌的易感性有关。 Abstract：　To explore the sequence feature of mitochondrial DNA(mtDNA) control region in human carcinoma cells, polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism(PCR-RFLP) and direct sequence techniques were used to analyze the sequence of mtDNA control region of 6 human carcinoma cell lines versus white blood cells which from 6 tumor patients and 4 normal adults. The T to C mutation at np 16 519, A to G mutation at np 16 534, T to G mutation at np 46, and A to C mutation at np 49 was found in 50% (3/6 cases) of carcinoma cell lines and in 33.3%(2/6 cases) of tumor patients, but it was not found in normal adults. The C to T mutation at np 16 278 was found in 50%(3/6 cases) of carcinoma cell lines, it was significantly higher than that of the polymorphism of normal population. These findings suggest that the typical mutation in the starting area of heavy-strand replication and the first half of D-loop region might probably be associated with carcinogenesis or susceptibility of carcinoma.     

草鱼(Ctenopharyngodon idellus)线粒体DNA控制区及其两侧tRNA基因的克隆与结构分析

动物线粒体ＤＮＡ控制区是线粒体基因组复制与基因表达的最主要的调控区．采用杂交和测序的方法对草鱼线粒体ＤＮＡ控制区进行定位、克隆并测定了控制区及其旁侧的ｔＲＮＡＰｈｅ、ｒＲＮＡＰｒｏ和ｒＲＮＡＴｈｒ三个基因的序列,与多种脊椎动物的相应序列进行了比较,并进行了结构分析．草鱼线粒体控制区全长９２７ｂｐ,含有与酵母和爪蟾线粒体启动子相似的序列,其ＣＳＢⅠ、ＣＳＢⅡ和ＣＳＢⅢ序列与其他几种动物的ＣＳＢ比较相当保守,ＴＡＳ与其回文基序可形成稳定的茎环结构,成为Ｈ－链复制的终止信号．草鱼线粒体ｔＲＮＡＰｈｅ、ｔＲＮＡＰｒｏ和ｔＲＮＡＴｈｒ可折叠成三叶草形二级结构,其基因具有许多不同于细胞质ｔＲＮＡ基因的结构特点,可能反映了线粒体ｔＲＮＡ与线粒体核糖体具有不寻常的作用方式     

大鼠老化过程小脑神经元染色质核小体线性和空间排布特征分析

阐明真核细胞染色质核小体线性和空间排布特征及其机制是染色质结构和功能研究的核心内容．近年来随着染色质分子生物学研究的深入,人们发现染色质核小体不仅作为真核基因组三维结构的基本结构单元,而且在细胞核内线性和空间排布（ｌｉｎ－ｅａｒａｎｄｓｐａｃｉａｌａ...     

pRNA导入型Ribozyme的设计和体外转录制备

目的:枯草杆菌的包装RNA分子pRNA是新型纳米分子载体,将其同锤头型核酶Ribozyme重组可以构建结构稳定、能进入细胞、主动识别结合和剪切基因RNA的pRNA-Ribozyme.由于目前100 nt以上的RNA分子采用化学合成制备较为困难,实验采用基因重组构建并体外转录制备170 nt的pRNA-Ribozyme....     

连作花魔芋软腐病株与健株根域丛枝菌根真菌群落多样性

【目的】解析不同连作年限花魔芋软腐病株、健株根域的丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)群落多样性。【方法】使用AMF 18S SSU rRNA基因特异引物AMV4.5NF/AMDGR对正茬及连作2年和3年的软腐病株、健株魔芋根系和根际土壤DNA扩增建库,通过高通量测序和生物信息学分析探究魔芋软腐病与其根域AMF群落多样性的关系。【结果】魔芋根系具有明显的AMF菌丝、泡囊和丛枝等结构。在相同连作年限条件下,健株根系AMF总侵染率、侵染强度和孢子密度均显著高于病株(P<0.05);在不同连作年限条件下,病株根系AMF总侵染率和侵染强度随连作年限延长而降低。从所有样品中共鉴定到9属53种AMF,其中有49个已知种和4个新种。球囊霉属(Glomus)和类球囊霉属(Claroideoglomus)是AMF群落的优势属,其AMF种分别占总AMF种数的41.5%和26.4%;丰度最高的Paraglomus sp.VTX00308是所有样品的共有种。连作、软腐病及二者的交互作用显著影响根系AMF群落的Shannon指数和Simpson指数及根际土壤AMF的Chao1指数(P<0.05)。通过丰度差异分析发现6个在连作软腐病发生后丰度差异显著的AMF种(P<0.05);NMDS分析表明,不同连作年限的魔芋软腐病株与健株之间的根域AMF菌种组成、相对丰度和群落结构存在差异。相关性分析表明,软腐病发病率和病情指数与魔芋根系和根际土壤AMF的Shannon指数、根系AMF的Chao1和Simpson指数以及AMF总侵染率、侵染强度和孢子密度极显著负相关(P<0.01)。【结论】比对健株,连作魔芋软腐病株根际土壤AMF孢子密度以及根系AMF侵染率、种数和多样性均降低,其群落结构显著改变。     

基于单基因和联合基因的新疆黑条小车蝗种群遗传多样性分析

黑条小车蝗〔Oedaleus decorus decorus （Germar）〕是新疆温性荒漠草原最为重要的蝗害之一,目前关于新疆该蝗种群的遗传多样性和亲缘关系尚不明确。测定了新疆黑条小车蝗14个地理种群194条序列的线粒体COI和ND5基因,通过单基因和联合基因分析比较新疆该蝗的遗传多样性和遗传分化情况,并基于可信度高的联合基因探讨新疆该蝗种群可能的扩散路径。黑条小车蝗14个地理种群的COI和ND5联合基因均表现出高遗传多样性（Hd为0.904 8~1.000 0,Pi为0.010 0~0.341 5）,且各种群间遗传分化较大,基因交流不充分（Fst为0.385 1,Nm为0.40）。种群间的遗传差异来源于种群内部（80.03%）,并且地理距离可能不是影响种群间遗传距离的主要因素。综合遗传多样性分析,单倍型网络图和系统发育树结果显示联合基因较于单基因可信度更高。新疆黑条小车蝗遗传分化较高的种群可能主要由地形地貌所致,遗传分化较低的种群可能受西北季风影响;新疆黑条小车蝗种群的早期建立种可能来源于伊犁地区,一支经天山山脉扩散至博乐、乌市及哈密地区,另一支由塔城地区经准噶尔盆地扩散至富蕴县。     

固体介质中的重金属源解析及其在中国近海沉积物中的应用

沉积物中重金属源解析对甄别人为活动与自然变化对近海生态系统演化的影响有重要作用.本文总结了近年来污染物源解析常用的多元统计分析、地球化学方法和地质统计分析3种主要研究方法,剖析了不同方法的优劣及适用性,提出正定矩阵因子分析、Pb同位素示踪在重金属来源定量化研究中具有良好应用前景.梳理了中国近海沉积物中重金属来源的主要研究结果,发现河口和海湾是沉积物重金属受人为来源影响剧烈的典型近海区域,不同定量解析方法(多元统计分析、背景值估算、Pb同位素分析)均表明中国近海沉积物重金属的人为来源贡献率接近或超过50%.当前中国近海沉积物中重金属源解析研究还存在源识别端元模糊、解析结果缺乏相应的可靠性评价等问题.据此提出近海沉积物重金属源解析研究应使用多种解析技术手段综合、集成与优化,提高源解析的准确性;建立完善指标体系,筛选代表特定人为活动和自然过程的指标;甄别人为源重金属入海方式及过程,为沉积物数据信息的解译提供理论基础.     

基于陈述性偏好法的三江平原湿地生态保护价值比较

陈述性偏好法是当前用于评估环境物品非市场价值的主要方法,包括条件价值评估法(CVM)和选择实验(CE).本文利用陈述性偏好法对三江平原湿地的生态保护价值进行评估,基于随机效用理论构建陈述性偏好方法的支付意愿评价模型,求出基于CVM与CE的三江平原湿地生态保护价值的支付意愿(WTP).结果表明: 基于CE的平均支付意愿为每年379元,不同选择属性的边际支付意愿分别是水源涵养为每年114.00元,湿地面积为每年72.55元,自然景观为每年59.55元,生物多样性为每年37.09元;CVM的平均支付意愿为每年134元.分析支付意愿的影响因素,并对受访者拒绝支付原因进行探讨.CE方法得到受访者的支付意愿显著高于CVM方法,社会经济属性中受教育程度和个人平均年收入与受访者的支付意愿呈显著正相关,而拒绝支付原因没有显著差异.CE可以进行多属性、多水平分析,求出湿地各选择属性的支付意愿,因此CE比CVM更能揭示受访者的偏好信息,其评估结果更接近于实际.     

基于多源遥感数据的面向对象林分类型识别

林分类型的识别是森林资源监测的核心问题之一.为研究多源遥感数据协同的面向对象林分类型分类识别,采用Radarsat-2数据和QuickBird遥感影像协同进行面向对象分类.在面向对象分类过程中,采用3种分割方案:单独使用QuickBird遥感影像分割;单独使用Radarsat-2数据分割;Radarsat-2&QuickBird协同分割.3种分割方案均采用10种分割尺度(25～250,步长25),应用修正的欧式距离3指标评价不同分割方案的分割结果,确定最优分割方案及最优分割尺度.在最优分割结果的基础上,基于地形、高度、光谱及共同特征的不同特征组合,应用带有径向基(RBF)核函数的支持向量机(SVM)分类器进行杉木林、马尾松林、阔叶林3种林分类型识别.结果表明:与单独使用一种数据相比,Radarsat-2数据和QuickBird遥感影像协同方案在面向对象林分类型分类方面具有优势.Radarsat-2&QuickBird协同分割方案,以最优尺度参数100进行分割时,分割结果最好.在最优分割结果的基础上,应用两种数据源提取的全部特征进行面向对象林分类型识别的精度最高(总精度为86%,Kappa值为0.86).本研究结果不仅可为多源遥感数据结合进行林分类型识别提供参考和借鉴,而且对于森林资源调查和监测有现实意义.