蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略

当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.     

中国柴胡属染色体数目和核型研究

采用植物染色体常规压片技术,报道了中国柴胡属(Bupleurum L .)13种5变种24个居群的染色体数目,其中4种5变种为首次报道,同时报道了5种1变种的细胞核型.除天山柴胡两个居群、紫花鸭跖柴胡一个居群和北柴胡一个居群是多倍体外,其它均为二倍体.主要结论如下:(1)秦岭柴胡和细茎有柄柴胡处理为独立的种更为合适;紫花阔叶柴胡作为大叶柴胡变种的处理是合理的;黄花鸭跖柴胡处理为紫花鸭跖柴胡的变种是不合理的.(2)紫花鸭跖柴胡和北柴胡可能都是还没有被完全认识的复合类群,需要进一步研究.(3)x=7可能是柴胡属的原始基数.     

利用CRISPR/Cas9技术建立敲除JAK2基因K562细胞系

目的:利用CRISPR/Cas9技术对K562细胞系JAK2基因进行编辑,构建JAK2基因敲除的K562细胞系。方法:使用CRISPR在线设计工具,针对JAK2基因设计sgRNA,构建Cas9-sgRNA共表达质粒。使用第二代慢病毒包装系统包装慢病毒并感染K562细胞,提取细胞基因组DNA,Sanger测序和TA克隆检测基因编辑活性。无限稀释法将编辑阳性的细胞接种于96孔板并扩培得到单克隆细胞株,提取基因组DNA,Sanger测序和TA克隆分析敲除JAK2单克隆细胞的基因型。结果:成功构建靶向敲除JAK2基因的lentiCRISPRv2-sgRNA3-1质粒。优化方案得到低细胞毒性高转染效率的感染K562细胞慢病毒量。CRISPR/Cas9系统成功在JAK2基因sgRNA3-1识别位点发挥基因组编辑活性,获得纯合敲除JAK2基因细胞株K562-JAK2~(-/-)(两个等位分别发生移码突变,预期编码没有功能的JAK2蛋白)。结论:CRIAPR/Cas9系统通过慢病毒感染方式获得JAK2基因纯合敲除的K562细胞株,该细胞模型可用于研究在慢性髓系白血病中JAK2基因的作用,为构建K562敲除其他基因细胞系提供实验依据,为探究造血分化机制的研究奠定实验基础。     

泡菜中优良乳酸菌的分离、鉴定及发酵特性

从几种泡菜中分离出86株菌,对其在适温和低温下产酸速率及硝酸盐降解能力进行测定,筛选出5株产酸速率快、硝酸盐降解能力强的菌株。经形态学鉴定及生理生化反应试验,初步鉴定为：植物乳杆菌2株,短乳杆菌1株,戊糖乳杆菌1株,肠膜明串珠菌葡聚糖亚种1株,并对5株菌的发酵性能进行了测定。     

基于单细胞转录组的多级别胶质瘤异质性及免疫微环境分析揭示了潜在的预后生物标志物

脑胶质瘤(glioma)是中枢神经系统最常见的内在肿瘤,具有发病率高、预后较差等特点。本研究旨在鉴定多形性胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)和低级别胶质瘤(lower-grade gliomas, LGG)之间的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),以探讨不同级别胶质瘤的预后影响因素。从NCBI基因表达综合数据库中收集了胶质瘤的单细胞转录组测序数据,其中包括来自3个数据集的共29 097个细胞样本。对于不同分级的人脑胶质瘤进行分析,经过滤得到21 071个细胞,通过基因本体分析、京都基因与基因组百科全书途径分析,从差异表达基因中筛选出70个基因,我们通过查阅文献,聚焦到delta样典型Notch配体3 (delta like canonical Notch ligand 3,DLL3)这个基因。基于TCGA的基因表达谱交互分析(gene expression profiling interactive analysis, GEPIA)数据库用于探索LGG和GBM中DLL3基因的表达差异,采用基因表达...     

镉诱导金属硫蛋白在华溪蟹组织中的表达

采用体外暴露染毒法,研究了不同浓度与时间条件下,镉诱导河南华溪蟹(Sinopotamon henanense)金属硫蛋白(metallothionein,MT)在肝胰腺、肌肉、鳃和卵巢中的表达差异。镉浓度分别为0、14·5mg/L、29mg/L和58mg/L;处理时间依次为1d、3d和5d。利用镉血红蛋白饱和法和火焰原子吸收分光光度法(AAS)测定MT的蛋白含量。结果显示,用不同的染毒浓度和处理时间,镉在组织中诱导产生MT的含量有较大差异,其中肝胰腺MT的诱导量最大,变化规律也最明显;肌肉中也有较大量MT的表达;而鳃和卵巢MT的诱导量均较低。此外,本文分析了镉的浓度与时间梯度对诱导MT表达的影响与毒性效应机制。结论:组织不同,染毒浓度及时间不同,镉诱导MT的表达也不同,具有一定的组织差异性和规律性。     

木本植物水力学结构之导管长度研究进展

导管作为多数被子植物木质部水分运输的主要通道, 了解其结构及功能对研究被子植物水力学特性及植物对环境的适应性有着重要的作用。导管长度作为导管解剖特征之一, 对水分运输的安全性及有效性有着重要的影响。该文概述了导管长度测量及计算的方法, 导管长度在种内及种间的分布, 导管长度与导管直径的关系, 导管长度与导水率的关系及导管长度对建立栓塞脆弱曲线的影响, 并对未来导管长度的研究工作重点提出了建议: 1)改进灌注物质, 使灌注更加充分且更利于观察、提高计算精度、发展活体动态测量技术; 2)建立导管在植物不同器官及整体的分布网络以及不同生活型、不同地区的导管长度数据库; 3)对导管直径在导管方向的变化, 导管长度与其他导管特性之间的关系进行研究; 4)光学测量建立栓塞脆弱曲线技术的兴起, 可为解决离心机法建立栓塞脆弱曲线的真实与准确与否的争议提供新的方向。更深入地了解导管长度在植物水力功能中担负的角色, 可以为耐旱、抗旱品种选育提供理论基础。     

舒芬太尼预处理对大鼠脊髓缺血再灌注损伤中炎性因子MPO，IL-6，IL-15的影响

目的:探讨舒芬太尼预处理对大鼠脊髓缺血再灌注损伤模型中炎性因子MPO,IL-6,IL-15的影响。方法:健康SD雄性大鼠30只,随机分为假手术组(Sham组,n=10);缺血再灌注组(IR组n=10);舒芬太尼预处理5μg/kg组(Suf5组,n=10)。采用动脉夹夹闭胸主动脉方法制备脊髓缺血再灌注模型。Tarlov法测大鼠运动评分,HE染色观察大鼠脊髓组织细胞形态,Western Blot法测脊髓组织中MPO的表达,ELISA法检测脊髓组织中IL-6,IL-15含量。结果:IR组Tarlov评分高于sham组,Suf5组Tarlov评分低于IR组。HE染色显微镜下见IR组脊髓组织内出现广泛的变性神经元,胞核固缩偏位碎裂,并有有空泡形成;Suf5组脊髓组织神经元损伤坏死数量减少,细胞核形态基本正常。Suf5组中MPO,IL-6,IL-15,含量均低于IR组,IR组中MPO,IL-6,IL-15含量均高于sham组,差异均有统计学意义(P0.05)。结论:舒芬太尼能降低大鼠脊髓缺血再灌注损伤组织中MPO,IL-15,1L-6表达,减轻炎症损害,进而减轻脊髓缺血再灌注损伤。     

新疆外来入侵植物意大利苍耳和刺苍耳种子的越冬性能

入侵新疆的外来植物意大利苍耳和刺苍耳的果实于深秋季节成熟后,便开始陆续脱落。脱离母体的果实可能会落置在干燥的地面上,还有可能会掉落在水体中,还有部分果实会保留在枝条上并不脱落直到翌年春天。由于越冬生境的差异会直接影响翌年春天种子的萌发活性,为了评价外来入侵植物意大利苍耳和刺苍耳的入侵能力,预测其潜在分布区,为对其实施有效防控提供科学指导。故模拟了其种子在新疆自然条件下可能遭遇的冬季生境类型,设计了4种实验处理,即低温换水浸泡(模拟了落入流水或大型水体中结冰前的生境)、低温不换水浸泡(模拟了落入小型静水中结冰前的生境)、冰冻(模拟了落入水体中结冰后的生境)和干燥冷冻处理(模拟了掉落在干燥地面或一直停留在植株上的生境类型),并以室温干燥储存为对照。处理90 d后,进行种子萌发实验,结果显示干冻、冰冻及低温换水浸泡处理后意大利苍耳的萌发率与对照组无显著差异,不换水浸泡处理降低了意大利苍耳种子的活力,显著降低了其萌发能力。而干冻处理对刺苍耳种子的萌发没有影响,冷水浸泡(换水浸泡和不换水浸泡)显著降低刺苍耳的萌发率,与对照组相比分别下降了37%、65%。冰冻处理后刺苍耳没有萌发。说明意大利苍耳种子对新疆的各种越冬生境均有较好的耐受性,而刺苍耳种子对低温和水淹环境的耐受性较差。鉴于二者种子萌芽习性的特点,建议在全疆范围内的中生、湿生和季节性水涝生境中对意大利苍耳实施全方位的监控,农田、林下、路边、渠旁、湖泊及水库周围都有可能成为其潜在的入侵地;对刺苍耳的重点监测区域则应当放在低纬度、低海拔的中生和中旱生生境,尤其要切实加强南疆各国际口岸进口货物的检疫工作。     

2010年内蒙古自治区手足口病病原谱及人肠道病毒71型分子特征研究

研究2010年中国内蒙古自治区引起手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)的病原谱及人肠道病毒71型(Human enterovirus,HEV71)的分子特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的HFMD患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用三通道实时荧光定量PCR法[同时检测HEV71,柯萨奇病毒A16型(CVA16)和人肠道病毒(HEV)]对阳性分离物进行鉴定,对鉴定为其它HEV的阳性分离物进行VP4和VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析。921份标本共分离出153株病毒,阳性率为16.61%,其中61株为HEV71,占39.87%,82株为CVA16,占53.59%,7株为其它HEV(分别为6株CVB4和1株Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒株),占6.53%,3株为腺病毒。重症病例中分离到9株病毒,其中6株为HEV71,3株为CVA16。选取从临床诊断分别为普通型病例、重型病例的HFMD患者临床标本中分离到的32株HEV71代表株进行VP1编码区基因扩增及核苷酸序列测定和分析,与HEV71其它各基因型和基因亚型的代表株构建亲缘性进化树。32株内蒙古HEV71代表株与1998年以来中国大陆HEV71分离株的VP1区核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高,尤其与2008年的北京代表株同源性最高,与C4基因亚型代表株聚为一支,属于C4基因亚型C4a进化分支,但它们之间的核苷酸和氨基酸的同源性略有差异,分别为96.4%～100%和98.14%～100%,与2007年的内蒙古代表株存在一定的差异,核苷酸同源性为96.95%～97.87%。亲缘进化关系树显示,这些HEV71处于不同的簇中,属于多个病毒传播链。2010年内蒙古HFMD的病原谱以CVA16和HEV71为主,重症病例中以HEV71居多。内蒙古流行的HEV71属于C4基因亚型C4a进化分支,并且存在多个传播链,与2008年北京代表株亲缘关系比2007年内蒙古代表株亲缘关系近,说明内蒙古流行的HEV71不是独立进化的,而是与中国流行的HEV71在共同进化。