Development of a fluorescent probe hydrolysis-insulated isothermal PCR for rapid and sensitive on-site detection of African swine fever virus

Highlights
1. A probe-based insulated isothermal PCR (iiPCR) assay was developed for rapid and onsite detection of ASFV.
2. The developed iiPCR showed similar sensitivity and specificity with OIE recommended real-time PCR.
3. Blood samples could be directly applied as PCR template in iiPCR without DNA extraction.     

大熊猫精液和包皮菌群组成及潜在致病菌调查

[目的] 大熊猫是我国国家一级保护动物,其种群面临着传染病和栖息地破碎化等持续威胁,其中生殖系统的细菌感染和菌群失衡会影响大熊猫生殖健康,严重者可导致流产,是引起大熊猫繁殖障碍的原因之一。本研究对精液与包皮分泌物样本的菌群组成情况及分离培养潜在致病菌开展研究。[方法] 通过采集13份大熊猫包皮分泌物和12份精液样本,采用16S rRNA扩增子测序技术、细菌培养及PCR鉴定的方法,确定样本中的细菌种类。[结果] 菌群组成分析结果显示,在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）的细菌丰度在大熊猫包皮与精液中均为最高;在属水平上,不同时期的雄性大熊猫包皮的菌群可能会发生改变,棒状杆菌属（Corynebacterium）和Dolosicoccus是Ⅰ期包皮样本中最丰富的微生物菌群,相对丰度分别为15.45%和12.40%;链球菌属（Streptococcus）和埃希氏菌属（Escherichia）是Ⅱ期包皮样本中最丰富的微生物菌群,相对分度分别为37.94%和9.68%;拟杆菌属（Bacteroides）和普雷沃氏菌属（Prevotella）是精液样本中最丰富的微生物菌群,相对丰度分别为14.40%和12.88%。菌群多样性分析结果显示,精液样品高于Ⅰ期包皮样品和Ⅱ期包皮样品,Ⅰ期包皮样品和Ⅱ期包皮样品之间无显著差异。通过细菌分离培养得到肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumonia）在内的多种潜在性致病菌。[结论] 本研究分析了大熊猫精液和不同时期包皮分泌物的菌群组成,其优势菌属存在差异,大熊猫包皮与精液中存在潜在性致病菌,这可能对大熊猫的生殖系统健康带来威胁,其致病性有待进一步研究。     

紫花针茅根际和体内真菌群落结构及与土壤环境因子的相关性研究

[目的] 探究青藏高原不同地区高寒草原紫花针茅根际和体内真菌群落的组成、多样性等特征,及与土壤环境因子（理化性质和酶活性）间的相互关系。[方法] 从青藏高原不同地区采集紫花针茅样品,应用土壤化学方法分析根际土壤理化性质和酶活性,并采用Illumina Miseq高通量测序技术,解析根际土壤和体内真菌群落组成和丰度、Alpha多样性和菌群结构,同时分析了紫花针茅根际真菌种群多样性与土壤环境因子的相关性,厘清了影响紫花针茅根际真菌区系的土壤环境因素。[结果] 三个采样地的根际土壤呈中性偏碱,土壤理化性质和酶活性变化各异。高通量测序共得到314801条有效序列和4491个OTUs;XZ样地的紫花针茅真菌多样性和丰富度相对偏低,GS样地最高。在门分类水平上,子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota是主要内生真菌类群,占总菌群的88.28%。不同采样地区紫花针茅体内真菌群落结构存在明显差异,而根际土壤真菌群落结构差异不大。相关性分析表明,紫花针茅真菌多样性与土壤pH、有效钾、铁、钙、镁、多酚氧化酶、过氧化物酶和脱氢酶呈显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）正相关,而与海拔、土壤酸性磷酸酶呈极显著负相关。RDA分析发现,紫花针茅根际土壤真菌不同,影响的土壤环境因子也不同。[结论] 青藏高原高寒草地紫花针茅根际和体内栖息着丰富的真菌群落,其组成和多样性受多种土壤环境因子影响,且影响不同真菌群落的主要土壤环境因子也不同。本研究对于有益微生物资源的开发、利用及保护具有重要意义,并为紫花针茅草原保育和合理开发利用提供科学依据。     

凹甲陆龟沙门氏菌的分离鉴定及毒力因子基因的PCR检测

从成都动物园因腹泻死亡的凹甲陆龟体内分离到一株病源菌,经选择性分离培养、生化试验、血清型鉴定等,确定该病源菌为D群肠炎沙门氏菌,其抗原结构式为1,9,12∶ g,m∶ -.该菌株对小鼠有较强的致病性,能引起人工感染小鼠大量死亡,且从其体内分离到相同特性的菌株;药物敏感性试验证实该分离菌对头孢曲松、氧氟沙星、卡拉霉素、多粘菌素、复方新诺明、呋喃唑酮等敏感,对链霉素、四环素、氯霉素等耐药;同时根据GenBank中已报道的沙门氏菌毒力因子ivnA和ivnE的基因序列,设计两对特异性引物对该菌进行PCR检测,结果在该菌中成功扩增并检测出ivnA和ivnE基因.本试验尝试了沙门氏菌的PCR检测方法,为该分子诊断技术的全面推广奠定了良好基础,也为今后该疾病的预防、诊断和治疗提供了科学的实验数据.     

新疆10种藜科植物叶片和同化枝的旱生和盐生结构的研究

 本文应用扫描电镜和光学显微镜对生长在新疆荒漠地区10种藜科植物中亚滨藜(Atriplex centralasiatica),心叶驼绒藜(Ceratoides ewersmanniana),驼绒藜(Ceratoides latens),盐节木(Halocnemum strobilaceum),盐穗木(Halostachys caspica),梭梭(Haloxylon ammodendron),圆叶盐爪爪(Kalidium schrenkianum),绒藜(Londesia eriantha),费尔干猪毛菜(Salsola ferganica),浆果猪毛菜(Salsola foliosa)的叶和同化枝进行了形态解剖学研究。结果表明,它们是通过以下结构来适应旱生和盐生环境的：叶片及角质膜厚,气孔器下陷,具表皮毛;栅栏组织发达,多为等面叶;部分植物叶片退化成鳞片状,而由同化枝执行光合功能;多数植物叶片和同化枝内部具有粘液和含晶细胞,贮水组织发达。根据盐分是否排出体外,又划分出聚盐和泌盐植物。在泌盐植物中,盐腺具有单细胞和多细胞及分泌孔类型,并对其聚盐和泌盐机理作了初步探讨。     

基因组磷硫酰化修饰的研究进展及展望北大核心CSCD

DNA磷硫酰化修饰是DNA骨架上的第一例生理修饰。该修饰由dnd ABCDE编码的5个蛋白协同作用,以硫原子取代DNA磷酸二酯键上一个非桥接的氧原子。研究发现,DNA磷硫酰化修饰广泛存在于各种微生物中,在不同细菌中存在序列特异性,且具有R_P空间构象专一性。近年来,对DNA磷硫酰化修饰的研究取得了一系列的成果。为了对DNA磷硫酰化修饰有一个系统全面的了解,本文将就这一特殊生理修饰的发现过程,研究进展,未来所面临的机遇及挑战作一个简要的概述。     

固定化脂肪酶催化毛油合成生物柴油

本研究开发了一种用石油醚提取毛油的工艺,研究了以提取的毛油和甲醇为原料,用固定化Candida sp.99-125脂肪酶催化合成脂肪酸甲酯(FAMEs)的可行性。同时考察了磷脂对固定化酶活性、反应起始速率、固定化酶使用批次的影响以及毛油和精炼油对固定化酶使用批次等的影响。研究结果表明,用磷脂质量分数为1%的石油醚悬液浸泡过的脂肪酶比仅用石油醚浸泡过的脂肪酶初始转酯化速率显著下降。当大豆油中无磷脂时,15min时FAMEs的产率为26.2%;磷脂质量分数为5%时,FAMEs降为12.4%。当大豆油中磷脂质量分数小于1%时,固定化酶使用10个批次,FAMEs产率无明显变化。固定化脂肪酶催化石油醚浸提得到的大豆和小桐子毛油,经过10个批次反应FAMEs产率都保持在70%以上,该固定化酶直接催化毛油生产生物柴油具有良好的工业化前景。     

潜在洞巢资源差异对次级洞巢鸟及繁殖鸟类群落的影响

为了解次生林中潜在洞巢资源(包括各种啄木鸟的啄洞和人工巢箱)的多寡对次级洞巢鸟集团及繁殖鸟类群落结构的影响, 2007年11月至2008年7月, 我们在吉林省吉林市大岗林场选择洞巢密度不同的样地, 对其次级洞巢鸟及鸟类群落结构进行了比较研究。根据洞巢资源密度我们将9块样地分为3组, 即巢箱区(啄洞密度最低, 悬挂人工巢箱使其潜在洞巢资源总密度大幅提高)、低密度区(啄洞密度较低, 无巢箱)和高密度区(啄洞密度较高, 无巢箱), 调查了3组样地内鸟类的组成和密度、潜在洞巢资源的利用情况等。3组样地中均调查到4种初级洞巢鸟, 其种类组成略有不同; 4种次级洞巢鸟在3组样地广泛分布, 分别为白眉姬鹟(Ficedula zanthopygia)、大山雀(Parus major)、沼泽山雀(P. palustris)和普通鳾(Sitta europaea)。巢箱区和高密度区的次级洞巢鸟总密度显著高于低密度区。巢箱区同高密度区一样, 大山雀和白眉姬鹟的密度显著高于低密度区, 这是由于大山雀和白眉姬鹟是人工巢箱的主要利用鸟种, 而沼泽山雀和普通鳾的密度在三组样地间差异不显著。初级洞巢鸟总密度与啄洞密度、次级洞巢鸟总密度与潜在洞巢资源总密度都呈显著正相关关系。潜在洞巢资源丰富的样地中鸟类群落多样性指数显著高于潜在洞巢资源贫乏样地中的鸟类群落多样性指数, 人为增加洞巢资源可以改变鸟类群落组成并显著提高群落的多样性指数。三组样地中鸟类群落的均匀性、丰富度指数和种间相遇率没有显著差异, 群落相似性指数也相近。高密度区和低密度区鸟类群落集团结构相似。次级洞巢鸟密度的增加短时期内未对群落内其他主要鸟种的密度产生显著影响。研究结果显示, 初级洞巢鸟的密度决定了啄洞的丰富程度, 而洞巢资源的差异会对次级洞巢鸟集团的分布模式产生影响, 进而影响整个繁殖鸟类群落的结构。     

优化培养基增加层理鞭枝藻藻胆蛋白产量

藻胆蛋白(phycobiliprotein)是蓝藻和红藻藻胆体的组成部分,是光合作用集光复合体的组成部分,一般由α和β亚基构成,每个亚基含1～4个辅基色素,从而使藻胆蛋白具有特定的光谱吸收性质。根据这些吸收光谱性质,可以将藻胆蛋白分为:别藻蓝蛋白(APC)、藻蓝蛋白(PC)和藻红蛋白(PE)等,在某些缺乏PE而有异形胞的蓝藻中存在充当PE天线捕光功能的藻红蓝蛋白(PEC)〔1〕。藻胆蛋白可用于天然食用色素、化妆品色素和制药行业,还可作为免疫检测、荧光显微技术和流式细胞荧光测定法技术方面的荧光探针。特别是本工作研究的层理鞭枝藻(简称M.laminosu…     

新生大鼠辣椒素处理后脊髓内阿片受体的变化

本实验用受体放射自显影方法,研究了新生大鼠辣椒素皮下注射,成年后脊髓内３Ｈ－埃托菲（３Ｈ－ｅｔｏｒｐｈｉｎｅ）结合位点数的变化。发现新生鼠辣椒素处理可以引起脊髓后角浅层及中央管周围’Ｈ－ｅｔｏｒｐｈｉｎｅ结合位点明显减,其中Ⅰ、Ⅱ层自显影银粒数减少３６％左右。Ⅲ层减少２０％,中央管周围减少１１％。而前角及背外测束３Ｈ－ｅｔｏｒｐｈｉｎｅ结合位点数无显著性差异。结果表明脊髓内初级感觉传入细纤维上有阿片受体分布。本研究为探明阿片类物质在脊髓水平的痛觉调控机制提供一定的形态学依据。