基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测

随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.     

荫风轮的化学成分研究（Ⅰ）

从荫风轮的地上部分分离到4个成分(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ)。经UV,IR,~1HNMR,~(13)CNMR,MS及化学方法鉴定了它们的结构,分别是香蜂草甙,柚皮素,洋芹素及香豆酸,均为首次从该种植物中获得。     

影响正常口腔念珠菌检出率的方法学研究

目的:研究不同检测方法对正常口腔念珠菌检出率的影响,寻找一种比较简便可靠的检测方法.方法:以健康的平均年龄7.4岁的儿童为检测人群,比较不同的取样部位,取样方法,检测方法,被检人群口腔中白色念珠菌以及其他念珠菌的检出率.结果:取样和检测方法对检出率有不同程度的影响,PCR检测方法的检出率显著高于培养法.结论:黏膜拭子加离心,和CHROMagar CandidaTM鉴定培养基相结合的方法是一种简便理想的分离培养方法,PCR方法则敏感度更高.     

大肠杆菌共表达LeGGPS2、LePSY1和crtI基因合成番茄红素

利用大肠杆菌研究番茄红素的合成,不仅可以获得副产物少的高产菌株,而且可以探讨基因或基因簇的功能。文中将番茄LeGGPS2和LePSY1的cDNA序列,及欧文氏菌crtI的编码序列分别添加上核糖体结合位点后,以单独或组合的方式受控于T7启动子和终止子,在大肠杆菌菌株BL21(DE3)中进行表达和诱导番茄红素合成。结果显示,仅T7::crtI-LeGGPS2-LePSY1三价基因共表达时才能合成番茄红素,且将种子液以1∶50接种于含3%蔗糖的LB培养基(pH 6.8)中,于37℃摇8 h左右的对数生长后期加IPTG至80μmol/L,30℃诱导表达5 h的发酵条件下,获得2.124 mg/g DCW的番茄红素。该结果既验证了原核化的番茄LeGGPS2和LePSY1基因及与crtI基因协同作用的功能,又为在番茄质体中建立独立的番茄红素合成途径奠定了基础。     

蛋白酪氨酸激酶在类风湿性关节炎滑膜细胞中的表达和功能

克隆类风湿性关节炎（RA）滑膜细胞（FLS）中的蛋白酪氨酸激酶（PTKs）,并研究它们在RA滑膜细胞异常增殖和侵软骨中的作用。根据巳知的PTKs氨基酸序列保守区设计简并引物,采用3'快速末端扩增法（3'RACE)扩增滑膜细胞中PTKs cDNAs的3'末端,将所得序列与Genebank中序列进行比较,以鉴定其是否为巳知的PTKs或与PTKs同源的新序列,然后通过RNA点杂交方法分别观察这些PTKs在RA和骨性关节炎（OA）病人滑膜细胞中的表达水平。结果表明,从RA FLS中克隆到6种巳知PTKs的cDNAs片段,分别为血小板衍生生长因子受体A（PDGFRA）、胰岛素生长因子-1受体（IGF1R）、含discoidin结构域的受体型酪氨酸激酶（DDR2）、Lyn、Janus激酶1（JAK1）和TYK2。RNA点杂交结果显示,在4个RA病人和2个OA病人的滑膜细胞中,PDGFRA、IGF-1R和DDR2在RA滑膜细胞中的表达水平高于OA滑膜细胞,其它几处激酶在两种细胞中的表达水平相同。说明RI滑膜细胞中至少表达PDGFR、IGF1R、Lyn、DDR2、JAK1和TYK2等6种PTKs,其中PDGFRA、IGF1R和DDR2可能与RA滑膜细胞的过度增殖和对软骨的侵蚀性相关。     

九种蹄盖蕨科植物配子体的酯酶同工酶分析

本文培养了蹄盖蕨科９个种即中华蹄盖蕨（Ａｔｈｙｒｉｕｍｓｉｎｅｎｓｅ）带岭蹄盖蕨（Ａ．ｄａｌｉｎｇｅｎｓｅ）、多齿蹄盖蕨（Ａ．ｍｕｌｔｉｄｅｎｔａｔｕｍ）（包括青柄和紫柄２种带岭蹄蕨类型）、东北蛾眉蕨（Ｌｕｎａｔｈｙｒｉｕｍｐｙｃｎｏｓｏｒｕｍ）、朝鲜介蕨（Ｄｒｙｏａｔｈｙｒｉｕｍｃｏｒｅａｎｕｍ）、山冷蕨（Ｃｙｓｔｏｐｔｅｒｉｓｓｕｄｅｔｉｃａ）、假冷蕨（Ｐｓｅｕｄｏｃｙｓｔｏｐｔｅｒｉｓｓｐｉｎｕｌｏｓａ）、欧洲羽节蕨（Ｇｙｍｎｏｃａｒｐｉｕｍｄｒｙｏｐｔｅｒｉｓ）和黑鳞短肠蕨（Ａｌａｎｔｏｄｉａｃｒｅｎａｔａ）的配子体为材料,进行酯酶同工酶的分析,以表明它们的种间差异,其中多齿蹄盖蕨的青柄和紫柄两种类型的酶谱存在明显差异,应考虑紫柄为多齿蹄盖蕨的变型。     

瓜子金化学成分的研究

自瓜子金(Palygala japonica)中分离出16个化合物,本文报道其中4个化台物的分离和结构鉴定。经化学和光谱解析,鉴定为β-谷甾醇(1)、β-胡萝卜甙(Ⅱ)、槲皮素(Ⅲ)和鼠李亭-3-O-葡萄吡喃糖甙(Ⅳ),均为首次从该植物中获得。     

氮、磷、钾肥配施对花生生理特性及产量、品质的影响

在田间试验条件下研究了氮、磷、钾肥配合施用对花生叶片生理特性及产量、品质的影响, 结果表明,氮、磷、钾肥配合施用均可不同程度地提高花生叶片叶绿素含量和光合速率, 且生育中后期(饱果期)的作用大于生育中期(结荚期),N300 P150 K300、P150 K300处理的效果好于N300 P150、N300 K300处理;氮、磷、钾肥配合施用对提高叶片SOD、POD和CAT酶活性、增加可溶性蛋白质含量和降低MDA积累量均有明显作用, N300 P150 K300、P150 K300处理的作用大于N300 P150、N300 K300处理;氮、磷、钾肥配合施用可明显增加花生荚果和籽仁产量,以N300 P150 K300处理产量最高,其次是P150 K300处理, N300 K300处理产量最低,N300 P150 K300和P150 K300处理还明显提高了荚果出仁率;氮、磷、钾肥配合施用可以不同程度提高花生籽仁中脂肪和蛋白质含量, P150 K300和N300 P150 K300处理对脂肪和蛋白质含量均有明显增加作用, N300 K300处理可明显提高脂肪含量,对蛋白质的增加作用不显著,N300 P150处理对脂肪和蛋白质的影响不大, N300 P150 K300处理还可明显提高籽仁中O/L比值和可溶性糖含量,从而延长花生制品的货价寿命、改善花生食用口味.     

Conformational and metal-binding properties of androcam, a testis-specific, calmodulin-related protein from Drosophila

Androcam is a testis-specific protein of Drosophila melanogaster, with 67% sequence identity to calmodulin and four potential EF-hand calcium-binding sites. Spectroscopic monitoring of the thermal unfolding of recombinant calcium-free androcam shows a biphasic process characteristic of a two-domain protein, with the apo-N-domain less stable than the apo-C-domain. The two EF hands of the C-domain of androcam bind calcium cooperatively with 40-fold higher average affinity than the corresponding calmodulin sites. Magnesium competes with calcium binding [Ka(Mg) approximately 3 x 10(3) M(-1)]. Weak calcium binding is also detected at one or more N-domain sites. Compared to apo-calmodulin, apo-androcam has a smaller conformational response to calcium and a lower alpha-helical content over a range of experimental conditions. Unlike calmodulin, a tryptic cleavage site in the N-domain of apo-androcam remains trypsin sensitive in the presence of calcium, suggesting an altered calcium-dependent conformational change in this domain. The affinity of model target peptides for androcam is 10(3)-10(5) times lower than for calmodulin, and interaction of the N-domain of androcam with these peptides is significantly reduced. Thus, androcam shows calcium-induced conformational responses typical of a calcium sensor, but its properties indicate calcium sensitivity and target interactions significantly different from those of calmodulin. From the sequence differences and the altered calcium-binding properties it is likely that androcam differs from calmodulin in the conformation of residues in the second calcium-binding loop. Molecular modeling supports the deduction that there are significant conformational differences in the N-domain of androcam compared to calmodulin, and that these could affect the surface, conferring a different specificity on androcam in target interactions related to testis-specific calcium signaling functions.     

洞庭湖区重引入麋鹿的可行性研究

洞庭湖湖区湿地是麋鹿（Elaphurus davidianus)的古栖息地。为了使麋鹿重返洞庭湖,2000－2001年,我们考察了湖北石首天鹅洲麋鹿自然保护区,北京麋鹿苑和江苏大丰麋鹿自然保护区的麋鹿种群,勘察洞庭湖区岳阳市,常德市和益阳市的10处洲滩,发现湖南汉寿县枝桔林垸,华容县集成垸与湖北天鹅洲麋鹿自然保护区的自然条件相似,是洞庭湖区麋鹿重引入的适宜地点。于是,我们对桔林垸和集成垸的自然条件和动植物资源等进行了调查,并对麋鹿喜食植物的生物量进行了抽样调查,确定了环境容纳量。集成垸的植被有3个植被型组,有维管植物75科189属264种,可用于放养麋鹿的面积为2000hm^2,麋鹿夏季喜食植物有50种,其鲜重21158．4吨,麋鹿环境容纳量为1000余头。桔林垸在1998年退田还湖后,天然植被恢复很快,其植被类型有3个植被型组,有维管植物75科189属250余种,具有麋鹿夏季喜食的植物52种,其鲜重达18859．0吨,可供9408余头麋鹿生存。其适合放养麋鹿面积为1703．1hm^2,环境容纳量在850头麋鹿以上。无论从气候还是从食物,环境容纳量来看,桔林垸和集成垸均适合重新引入麋鹿。本文讨论了再引入麋鹿的人类协助性措施。保证生存空间,防治疾病,生境改造和种群与生境监测等,以期最终在洞庭湖湿地恢复麋鹿自然种群。