浙江乐清湾浮游动物空间生态位

基于2016年5月至2017年2月在乐清湾进行的4个航次浮游动物调查数据,计算乐清湾浮游动物优势种的优势度指数(S)、平均拥挤度(X*)、生态位宽度(Bi)及生态位重叠值(Qik).结果表明:乐清湾海域浮游动物优势种(S＞0.02)共17种,生态位宽度值差异较大,优势度指数与生态位宽度值呈极显著正相关.浮游动物的生态位...     

羊肚菌种袋栽培研究

羊肚菌的大田栽培已在我国进行了十余年,生产规模已超过10万亩,在不断高产出现的同时,区域性连作障碍、病虫害、较高的成本已成为制约产业发展的重要因素.以六妹羊肚菌菌株YAASMJNLM1-25和YAASMJNLM 1-31为材料,研究了1种羊肚菌栽培的新方法——种袋栽培技术,以常见的营养袋栽培方法为对照,进行了直接种袋栽...     

典型油气藏区域环境因素差异对甲烷氧化菌丰度与群落结构分布的影响

【目的】甲烷氧化菌(methane-oxidizing bacteria, MOB)是油气微生物勘探中重要的指标微生物,其丰度与群落结构分布受到地理位置和多种环境因素的影响。本研究以采集的7个典型油气藏区域的土壤样品为研究对象,探究油气藏区域环境因素差异对甲烷氧化菌丰度与群落结构分布的影响。【方法】对采集自7个典型油气藏区域土壤样品进行pmoA基因实时荧光定量PCR (real-time fluorescence quantitative PCR, qPCR)、细菌16S rRNA基因测序和甲烷氧化菌功能基因pmoA测序,结合环境因子,比较甲烷氧化菌丰度差异,分析环境因子对甲烷氧化菌分布的影响。【结果】土壤样品的理化性质测定发现江汉盆地样品的含水量最高,约22.8%,硝态氮平均含量最高位于玉北油田,达到31.96 μg/g干重土壤,春光油田出现最高的SO₄^2- (6 425.0 mg/g干重土壤)及Cl^- (1 617.0 mg/g干重土壤)浓度。qPCR分析发现pmoA基因丰度仅为土壤样本总细菌丰度的0.77%,表明甲烷氧化菌绝对数量较少。16S rRNA基因测序发现type I型甲基八叠球菌属(Methylosarcina)、甲基嗜热菌属(Methylocaldum)、甲基球菌属(Methylococcus)与type II型的甲基胞囊菌属(Methylocystis) 4种主要的甲烷氧化菌,甲烷氧化菌中的优势菌属的相对丰度极低,最高仅为0.124%。甲烷氧化菌功能基因pmoA测序发现type II型的甲基胞囊菌属、甲基弯曲菌属(Methylosinus)为主要优势pmoA基因型。环境因子与甲烷氧化菌丰度相关性分析表明甲烷氧化菌绝对丰度与铵态氮、pH、颗粒大小、硫酸根和氯离子显著相关,而环境因子与甲烷氧化菌的相对丰度的相关性分析仅发现与颗粒大小、总氮、总磷、金属离子(Al、Fe、K、Ca、Mg、Mn、Zn和Cu)显著相关。甲烷氧化菌pmoA功能基因组成判别相关分析(discriminant correlation analysis, DCA)表明含水量(土壤湿度)、pH值、<2 μm的土壤颗粒、总氮及钙离子对甲烷氧化菌pmoA功能基因组成影响具有显著性。【结论】本研究通过对来自7个典型油气藏区域的土壤样品的甲烷氧化菌的绝对丰度与相对丰度进行分析,发现基于不同的测量方法,甲烷氧化菌的丰度存在较大差异,16S rRNA基因测序无法较为全面地反映土壤样本中优势甲烷氧化菌的群落结构,不同地理位置的甲烷氧化菌指示群落存在差异,在全国尺度下油气区及背景点均无特有的甲烷氧化菌指示群落。对环境因子与甲烷氧化菌相关性分析发现,基于不同的甲烷氧化菌丰度指标,环境因子的显著影响具有较大差别。     

Complete Mitochondrial Genome of the Steppe Ribbon Racer(Psammophis lineolatus): The First Representative from the Snake Family Psammophiidae and its Phylogenetic Implications

Comparisons of vertebrate mitochondrial genomes(mitogenomes) may yield significant insights into the evolution of organisms and genomes. However,no complete mitogenome from the snake family Psammophiidae has been reported. In this study, we sequenced and annotated the complete mitogenome of Psammophis lineolatus, representing the first mitogenome of Psammophiidae. The total length is 17 166 bp,consisting of 13 protein-coding genes(PCGs), 22 transfer RNAs(tRNAs), two ribosomal RNAs(12 S rRNA and16 S rRNA), and duplicate control regions(CRs). This gene arrangement belongs to the Type Ⅲ pattern,which is a widely shared gene order in Alethinophidian snakes. All tRNAs exhibit cloverleaf structures with the exception of tRNA-SerAGY and tRNA-Pro, which lack a dihydrouridine(DHU) arm/stem and TΨC loop,respectively. The 13 PCGs include five start codons(ATG,GTG, ATA, ATT, and ATC), two complete stop codons(TAA and AGG), and two incomplete stop codon(T--and TA-). In addition, the Ka/Ks ratios indicate that all PCGs had undergone a strong purifying selection.Four types of CR domains rearrangement occurred among eight species of Elapoidea. The phylogenetic reconstructions with both Bayesian inference and maximum likelihood methods support the placement of Psammophiidae in the Elapoidea superfamily,with Homalopsidae being the sister taxon to Elapoidea and Colubroidea. However, the sister taxon of Psammophiidae is unclear due to the availability of Elapoidea mitogenomes being limited to the family Elapidae. More mitogenomes from different taxonomic groups in Elapoidea are needed to better understand the phylogenetic relationships within Elapoidea.     

重楼中一株产纤维素酶内生真菌的分离及鉴定

从重楼根茎中分离、鉴定具有产纤维素酶活性的内生真菌。采用表面消毒法从重楼块茎中分离内生真菌;用纤维素酶活性CMC平板检测分离菌株的产纤维素酶活性;对高产菌株进行形态学观察和分子生物学测序鉴定;探究影响纤维素酶活力的因素;利用平板法检测该株菌产其他胞外水解酶的活性。从3个来源的重楼中分离出41株内生真菌,通过平板检测发现AS-5、AS-7、AS-9和AS-18菌株能产生纤维素酶,其中AS-9菌株活性最强;通过形态学观察和ITS、LSU序列分析将AS-9菌株鉴定为Setophoma terrestris;该菌在pH值为7.0和温度为28℃时表现出最大纤维素酶活性,紫外线照射对产纤维素酶活性无明显作用;检测发现AS-9菌株同时具有产酪蛋白酶、脂肪酶、天冬酰胺酶、谷氨酰胺酶和脲酶活性。首次在重楼中发现内生真菌Setophoma terrestris,且具有较好的产纤维素酶能力,值得深入研究。     

陆地棉GhSDP1及其启动子的克隆与表达分析

三酰基甘油脂肪酶(SDP1)是催化三酰甘油降解的关键酶,在植物油脂代谢调控中起着重要作用。克隆棉花SDP1并研究其在3种胁迫下的表达分析,为解析棉花SDP1的生物学功能提供依据。以陆地棉品种冀丰1271为试材,克隆GhSDP1编码序列和上游启动子序列;利用PlantCARE分析GhSDP1启动子区顺式作用元件;qRT-PCR检测逆境胁迫下GhSDP1的表达谱;通过烟草瞬时表达pGhSDP1启动子+GUS载体检测启动子活性。结果表明,GhSDP1的编码序列为2 541 bp,其在盐、低温和干旱胁迫下呈差异表达模式。pGhSDP1除具有启动子所必需的TATA-box和CAAT-box等基本顺式作用元件外,还含有多个与光响应、激素响应及逆境应答等相关的顺式作用元件。棉花pGhSDP1启动子能驱动GUS蛋白高效表达,具有较强的启动子活性。研究揭示了棉花GhSDP1参与胁迫应答的新功能。     

基于遗传算法特征选择的HBV再激活分类预测模型

探讨原发性肝癌患者精确放疗后乙型肝炎病毒(hepatitis b virus,HBV)再激活的危险特征和分类预测模型。提出基于遗传算法的特征选择方法,从原发性肝癌数据的初始特征集中选择HBV再激活的最优特征子集。建立贝叶斯和支持向量机的HBV再激活分类预测模型,并预测最优特征子集和初始特征集的分类性能。实验结果表明,基于遗传算法的特征选择提高了HBV再激活分类性能,最优特征子集的分类性能明显优于初始特征子集的分类性能。影响HBV再激活的最优特征子集包括:HBV DNA水平,肿瘤分期TNM,Child-Pugh,外放边界和全肝最大剂量。贝叶斯的分类准确性最高可达82.89%,支持向量机的分类准确性最高可达83.34%。     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。     

Helicobacter pylori 26695 基因组尺度代谢研究进展

代谢网络在代谢功能研究、生物代谢过程控制、疾病诊断分析和药物靶标设计等方面具有重要理论和实践意义。生物信息学研究利用序列同源、结构模拟、对接等手段与生化实验有效结合促进了生物体代谢网络的进一步完善。本文作者在构建幽门螺杆菌（Helicobacter pylori 26695,H.pylori 26695）代谢网络的工作基础上综合了近年来研究者对H.pylori 26695代谢通路关键酶的研究成果,并结合基因组信息,综述了H.pylori 26695特异性的重要代谢通路。本文从基因组水平阐明代谢通路与基因的关系,并详细分析了关键酶对H.pylori 26695生理的重要作用,最后探讨了重构一个连续、完整的代谢网络面临的困难及其在药物靶标设计方面的研究前景。     

东方肉座菌EU7-22木聚糖酶和木糖苷酶基因克隆及生物信息学研究

东方肉座菌EU7-22具有高产半纤维素酶的能力。根据已报道的同属里氏木霉及绿色木霉木聚糖酶,木糖苷酶相关基因序列,设计PCR引物扩增出东方肉座菌内切木聚糖酶(XYNⅠ,XYNⅡ)及β-木糖苷酶(β-BXL)基因。序列经NCBIBlast分析:东方肉座菌xynⅠ基因与里氏木霉xyn1基因(X69573.1)的同源性最高达到91%;xynⅡ基因与绿色木霉xyn2基因(EF079061)同源性最高达到93%;β-bxl基因与里氏木霉β-bxl1基因(Z69257.1)的同源性最高达到94%。生物信息学分析表明内切木聚糖酶Ⅰ和Ⅱ均属于糖基水解酶家族11,N末端前19个氨基酸均为信号肽。内切木聚糖酶Ⅰ分子量为24.13kD,等电点为7.87,含有3个糖基化位点;内切木聚糖酶Ⅱ分子量为24.44kD,等电点为4.86,含有1个糖基化位点;β-木糖苷酶属于糖基水解酶家族3,分子量为87.27kD,等电点为5.49,N末端前20个氨基酸为信号肽,含有8个糖基化位点。利用SWISS-Model对木聚糖酶,木糖苷酶蛋白质三级结构进行了预测和模拟。对木聚糖酶和木糖苷酶基因及其编码蛋白质的生物信息学分析,为进一步研究这些基因的表达与调控、构建高效利用纤维素组份的工程菌株奠定基础。