数字细胞模型的研究及应用

组学分析技术的发展推动生物学逐渐成为一门以数据分析为中心的科学。依托生物数据在细胞整体系统水平建立数字细胞模型,对于理解细胞系统组织原理和生命产生进化规律,预测各种环境和基因扰动对细胞功能的影响并指导设计人工生命具有重要意义,因此数字细胞的构建模拟设计已成为合成生物学的核心研究内容与底层支撑技术。本文重点对天津工业生物技术研究所创立十年来在数字细胞研究方面的进展进行回顾介绍,重点包括基因组尺度代谢网络模型的构建、质控以及其在途径设计和指导菌种代谢工程改造方面的应用,进一步结合近年来细胞模型研究的前沿趋势,对整合多种约束的模型的构建和分析研究方面的最新成果进行了介绍,最后对数字细胞研究的未来发展方向进行展望。数字细胞技术将与基因组测序、合成和编辑等合成生物学前沿技术一起提升人们对生命进行读写改创的能力。     

禺毛茛及其复合体种间亲缘关系形成研究

在Tamura M.,Okada及廖亮研究的基础上,通过禺毛茛复合体(禺毛茛R.cantoniensis 4x,卷喙毛茛R.sileri folius var.silerifolius 2x,长花毛茛R.sileri folius var.dolicathus 2x,茴茴蒜R.chinensis 2x,扬子毛茛R.sieboldii 6x及8x)的核型分析,结合地球环境的演变历史,进一步研究了禺毛茛的形成方式和时间,并对禺毛茛复合体种间亲缘关系的形成进行了探讨,为毛茛属系统进化研究提供资料。     

贵州草海岩溶湿地水体不同形态氮的时空分布特征

为揭示贵州草海岩溶湿地水体中不同形态氮时空分布特征及其变化规律,通过网格布点法采集了该湿地丰、枯水期表层水,并对其不同形态溶解性氮含量进行了测定,运用ArcGIS统计模块分析了草海不同形态氮的时空分布特征,并分析了各形态氮与环境因子之间的相关性.结果表明:草海水体丰、枯水期TN的平均含量分别为(0.96±0.52)、(...     

基于三温模型的南宁市蒸散量估算及其影响因素

蒸散发是水文能量循环和气候系统的关键要素.研究蒸散发的时空变化特征及其响应气候、土地利用的变化规律,对理解城市流域水循环和生态过程效应具有重要意义.本研究基于三温模型和MODIS影像,估算并分析2001-2018年南宁市的蒸散量时空演变特征,并探讨了主要气候要素、土地利用类型对蒸散量的影响规律和驱动模式.结果表明:20...     

GPGPU加速生物序列比对研究进展

序列比对是生物信息学中最常用和最经典的研究手段。生物序列比对需要有强大计算能力的硬件支撑,而近年快速发展起来的GPGPU正好可堪此任。本文首先介绍GPGPU的发展过程,进而讲述GPGPU硬件设备与其编程环境,然后对GPGPU做科学计算时需要的数学库函数做一介绍,最后综述近年来国内外基于GPGPU的生物序列比对软件和相关研究工作,并总结和展望其辉煌前景。     

两种过路黄的核型研究

对国产报春花科珍珠菜属植物过路黄和疏节过路黄的核型进行了首次报道。过路黄染色体数目为２ｎ＝２４,核型公式为２ｎ＝２４＝２ｍ＋４ｓｍ＋６ｓｔ＋１２ｔ,核型类型“３Ａ”;疏节过路黄染色体数目为２ｎ＝２２,核型公式为２ｎ＝２２＝４ｍ＋６ｓｍ＋１０ｔ,核型类型“３Ａ”。     

贵州四个山羊品种mtDNA多态性及起源分化

采用１５种限制性内切酶,研究贵州省４个山羊品种共９３只个体的线粒体ＤＮＡ多态性。其中ＢｏｍＨＩ、ＨｉｎｄⅢ和ＳａｌⅠ３种酶的酶切类型存在多态。共检测到１８种限制性态型,归结为３种ｍｔＤＮＡ单倍型。单倍型Ⅰ、Ⅱ在贵州山羊４个品种分布频率较高,分别为７７．４２％和２１．５０％,单倍型Ⅲ分布频率较低（１．０８％）;品种间亲缘关系聚类分析表明白山羊和黑山羊亲缘关系最近,其次为黔林羊,而与小香羊的亲缘关系最     

PCR检测伪狂犬病病毒DNA

 根据伪狂犬病病毒 (PRV)gB基因的序列 ,设计并合成了一对引物 ,以闽A株细胞培养毒为模板 ,筛选最佳反应条件 ,建立了检测PRV的PCR方法 应用该方法对Fb、Bartha、BJ、GD、V2F4、S、S3、SR、Buk、Shope、Norden、MinkⅢ、HB、F8、F9、F12等毒株的细胞培养液进行基因扩增 ,均获得了分子量为 2 81bp的特异性目的DNA片段 ,而对Vero细胞与FMDV、SVDV、HCV、PRRSV、JEV、PPV等病毒进行检测 ,结果均为阴性 ,没有出现交叉反应 对PRV毒株扩增的产物测序 ,结果序列与文献报道一致 ,证明PCR扩增产物和方法的特异性 对 1994～ 2 0 0 0年期间送检的临床样品和保存的PRV毒种 ,用病毒分离、双抗体夹心ELISA和PCR等 3种方法进行检测 ,结果前 2种方法检测为阳性的 ,PCR检测均为阳性 ;PCR检测为阴性 ,前 2种方法检测也为阴性 ;可是 ,前 2种方法检测为阴性的 ,PCR却检测出部分阳性 ;经x2 检验 ,证明PCR检出率明显高于前 2种方法的检出率 对PRV闽A株细胞毒提取物DNA进行检测 ,其最低检出量为 15 8pg 对 1999～ 2 0 0 0年期间广东、福建、海南等省的 31个大中型猪场送检的 191份病料进行检测 .结果病料阳性率为 2 6 2 % ( 50 191) ,猪场阳性率为 71% ( 2 2 31) 实验结果表明 ,所建立的PCR技术可用于伪狂犬病的快速诊断     

冷藏荔枝货架期品质与生理变化

荔枝果实在5℃下分别冷藏2h,5d,30d后,货架期品质明显降低;果实果皮细胞质膜相对透性和POD活性升高。同时测定了不同冷藏处理果实货架期间密闭状态下的CO2和乙烯浓度的变化。     

EB病毒LMP1在鼻咽癌细胞中调控核转录因子κB活性研究

为了探讨ＥＢ病毒潜伏膜蛋白１（ＬＭＰ１）的致瘤机制,对鼻咽癌细胞中ＬＭＰ１通过核转录因子ｋＢ（ＮＦｋＢ）介导的信号传导途径在鼻咽癌变中的意义进行了研究。利用ＬＭＰ１受四环素衍生物强力霉素诱导表达的鼻咽癌细胞Ｔｅｔ－ｏｎ－ＬＭＰ１ＨＮＥ２,通过ＮＦｋＢ报道基因分析法、凝胶迁移率分析（ＥＭＳＡ）及细胞集落形成率等方法,结合硫代磷酸反义寡核苷酸阻断技术,证实ＬＭＰ１增强鼻咽癌细胞ＮＦｋＢ的ＤＮＡ结合活性