基于NGS的染色质测序在肿瘤研究中的应用

染色质是真核生物细胞核内由核酸和蛋白质组成的复合结构,有着精密且复杂的三维结构。染色质除基本的DNA序列外,内部还存在着不同化学修饰,DNA-蛋白质相互作用,DNA-DNA相互作用和DNA-RNA相互作用,以上这些若发生改变都可能在肿瘤发生发展过程中起到至关重要的作用。通过不同的染色质测序方法,可以解析出这些改变,并进一步加深研究者对肿瘤形成机制的理解,最终应用于肿瘤的治疗。本文对常见的染色质测序技术部分原理和应用进行综述。     

稻株上拮抗细菌的定殖及其对土著细菌的影响

在温室条件下,通过分批播种、接种纹枯病菌Rhizoctonia solani,以及在水稻分孽盛期喷雾拮抗细菌Pseudomonas fluorescens Pf7-14 (天然的抗萘啶酮酸菌株) 和B5423-R(Bacillus subtilis B5423的利福平抗性突变体)的菌悬浮液,并通过定期取样,平板系列稀释法回收,测定了菌株Pf7-14、B5423-R和土著细菌群体在水稻健株和纹枯病株上的种群数量,所获结果如下:①当相同的浓度(约2.0×108cfu/ml)的菌悬浮液喷雾到叶片时,菌株Pf7-14定殖的时间比菌株B5423-R长,且在相同的时间内,菌株Pf7-14的平均群体数量高于菌株B5423-R;②在健康的水稻茎部,菌株Pf7-14的两个高、低不同浓度处理的平均群体数量均表现出随时间降低的趋势;相比,较低浓度(4.0×107cfu/ml)的B5423-R在茎部的平均群体数量随着时间的下降,而较高浓度(2.0×108cfu/ml)的B5423-R的平均群体数量在水稻乳熟至黄熟期保持稳定或略有增长;③当病斑面积占取样茎面积的比率为20%～35%时,在应用1和14d后菌株Pf7-14在健茎的平均群体数量分别是病茎的6倍多和2倍多,差异均达到显著性的水平(P=0.05),而菌株B5423-R 在应用1d后病茎的数量比在健茎显著性地低大约1倍,但在7～14d后,病茎的数量比在健茎显著性地高5～6倍,群体在病茎表现出相对的增长;④土著细菌群体在病斑茎部是健茎的6～7倍.这些结果表明两类拮抗细菌有着明显不同的定殖习性,在病斑上B5423比Pf7-14具有更强的竞争能力,是一类更好的生防制剂;同时表明引入的拮抗细菌同土著细菌群体在营养和空间上竞争激烈,且土著细菌群体更具有竞争优势.     

周边区域湿地景观变化对洪河保护区涉禽栖息地的影响

以三江平原洪河国家级保护区及其周边3个农场为研究区域,利用GIS技术和栖息地评价模型方法,探讨了周边区域湿地景观变化对保护区内景观结构以及丹顶鹤、东方白鹳栖息地的影响。结果显示：（1）自1983年区域土地开发以来,周边区域湿地景观面积减少了63％,景观类型多样性趋于单一化;（2）保护区内湿地景观结构改变明显,类型多样性呈降低趋势,丹顶鹤和东方白鹳栖息地面积和空间分布均发生变化;（3）保护区与周边区域湿地景观连通度降低了70％,其结果严重改变了保护区与周边区域的景观生态联系,削弱了保护区原有湿地景观多样性和涉禽栖息地功能;（4）必须从景观尺度,恢复保护区周边一定面积的湿地景观结构,维持保护区与周边区域适当的景观生态联系,是有效管理和维护保护区可持续发展的最佳手段之一。     

盐生荒漠地表水热与二氧化碳通量的季节变化及驱动因素

以古尔班通古特沙漠南缘原始盐生荒漠为对象,利用涡度相关法,对原始盐生荒漠地表水热、二氧化碳通量进行了连续观测,对通量的季节变化、浅层土壤水分条件改变对盐生荒漠植物群落水汽、二氧化碳通量以及水分利用效率的影响进行了系统的分析.结果表明:净辐射通量、潜热通量和二氧化碳通量都具有明显的季节变化趋势,而显热通量的季节变化不明显.在有效能量的分配上,显热通量是有效能量的主要输出项.在降水影响期和非影响期,二氧化碳通量没有明显的变化;而在非降水影响期潜热通量明显降低,表明土壤水分处于亏缺状态,但二氧化碳通量并没有降低的趋势,而与前期保持高度的一致性.以此可以推断,该荒漠盐生植物群落并不以降水为主要水分来源,降水后水汽通量和二氧化碳通量变化的不一致性是该原始盐生荒漠独特植物特征决定的.降水影响期原始盐生荒漠植物群落的水分利用效率低于非影响期,是由于降水后土壤蒸发迅速增加,而植物蒸腾与光合并未随之增加造成的.     

假单胞菌株M18 gacA基因的克隆、表达及蛋白纯化

GacA是GacS/A双元调控系统的一个组分, 克隆假单胞菌株M18中的gacA基因。测序结果同Pseudomonas sp. PAO1比较, 该基因2个碱基的改变未引起氨基酸的改变。将该基因克隆到表达质粒pET28b (+)中, 将重组质粒经热激转化至大肠杆菌BL21 (DE3)中, IPTG诱导表达。表达产物经金属螯合层析柱纯化, 蛋白纯度约为98%, 质谱鉴定证明纯化的蛋白为GacA蛋白。CD谱分析GacA包含了4% α-helix, 48% β-sheet 和48%无规则卷曲。GacA蛋白的获得为进一步研究其晶体结构、生物学性能以及GacS/A双元调控系统奠定了基础。     

流域土地利用变化对不同重现期洪水的影响——以奉化江皎口水库流域为例

土地利用变化对流域洪水过程产生显著影响,并导致设计洪水发生变化。为进一步指导流域防洪及水库洪水设计,以浙东沿海奉化江皎口水库流域为例,应用HEC-HMS水文模型模拟分析土地利用/覆被变化(LUCC)对不同重现期暴雨洪水事件的影响。结果表明,流域内1985—2003年土地利用变化引起不同重现期洪水过程与洪水量级发生改变,其中,洪量和洪峰均增加,洪量较洪峰变化明显。LUCC对小洪水过程影响更明显,5年一遇以上洪水的洪峰和洪量分别平均增加3%和7.6%,而小于2年一遇洪水的洪峰和洪量分别平均增加5.41%和11.91%。同时,LUCC使100年、50年和25年一遇洪水重现期分别提前了15、6a和2a,即其对量级最高的特大洪水的重现期影响最大。此外,不同的土地利用转变方式对洪水的影响程度不一,其中,林地向裸地转变对洪水影响最大,林地向灌草地转变次之,林地向耕地变化对洪水影响最小,且这种差异性在低重现期洪水表现更明显。     

基于人工掩蔽物法的若尔盖湿地中华蟾蜍种群生态研究

近几十年来,全球两栖动物种群衰减显著,两栖动物的生存现状引起了越来越多的生态学家和保护生物学家的关注。若尔盖湿地不仅是世界上最大的一块高原泥炭沼泽湿地,也是我国生物多样性保护的热点地区之一。该地区分布有3种两栖类:高原林蛙(Rana kukunoris)、倭蛙(Narorana pleskei)和中华蟾蜍岷山亚种(Bufo gargarizans minshanica)。已有研究发现该3种两栖动物种群数量均有不同程度的下降。采用人工掩蔽物法,在2011—2014年对该地区中华蟾蜍种群生态做了连续追踪。结果表明:该区域中华蟾蜍种群数量逐年波动较大,年龄结构数据显示该种群处于增长期;中华蟾蜍为聚集分布,且发现率与水体距离呈显著的线形关系(P0.01),在样地范围内离水体越远,发现的个体越多;线形样方比方形样方捕获动物的效率更高(P=0.018);中华蟾蜍亚成体的肥满度季节间无明显差异;中华蟾蜍具有较强的迁徙能力,可能沿着固定的线路周而复始的迁徙。对于家域范围大,迁徙距离远的中华蟾蜍这类物种,应加强最适栖息地的保护并防止栖息地破碎化。     

烟草炭疽病拮抗生防菌的筛选

本文应用荧光假单胞杆菌的16S-23S ribosomal RNA序列以及部分抗菌素合成基因序列的PCR鉴定引物,对从烟草根际分离到的400份细菌进行了鉴定,结果获得了21份含Prn(硝吡咯菌素)合成酶基因的荧光假单胞杆菌和1份含有DAPG(2,4-二乙酰基藤黄酚)合成酶基因以及PCA(Phenazine-1-carboxylic acid,吩嗪-1-羧酸)的荧光假单胞杆菌.室内实验结果表日月,含DAPG和PCA的荧光假单胞杆菌对烟草炭疽病具有明显拮抗作用.     

40年岷山地区白河自然保护区川金丝猴的生境格局动态

好的生境质量是野生动物生存和繁衍的必备条件,生境质量的变化将对动物的生存产生深远影响,定量客观的评估生境变迁过程显得尤为必要。川金丝猴作为我国一级保护动物,评定其生境质量变化过程有利于制定有效的保护措施。3S技术的不断发展与广泛应用为研究川金丝猴生境格局的动态变化提供了有利的工具。以岷山白河自然保护区为例,利用陆地资源卫星的MSS/TM/OLI遥感影像,并基于专家知识的决策树分类方法对遥感影像进行分类,获取了5个时期的覆被类型空间分布图;根据NDVI与郁闭度的相关性获取了研究区郁闭度的时空变化信息。然后,通过对野外观测数据的数理统计与空间分析,获取了川金丝猴的生活习性特征,并结合AHP方法构建了川金丝猴生境质量的评价体系,对5个时期的生境质量进行了评价,最后定量分析了40年来川金丝猴的生境格局的动态变化趋势。研究表明,近40年来白河自然保护区内及周边的生境经历了由良好到不断恶化,再到逐渐恢复的过程,其中最适宜和适宜生境呈现先降低后逐渐升高的趋势,而不适宜和勉强适宜则表现为先增加后减小的趋势。1975—1982年时段内,各生境等级变化剧烈,尤以最适宜和不适宜等级变化显著,生境质量整体呈恶化趋势;1982—1994年,各生境等级变化剧烈程度较前一时期有所缓和,生境质量得到较大改善,呈良性发展趋势;1994—2003年时段内,研究区内生境质量进一步改善,环境恶化状况得到了缓解;2003—2014年时间段内整体质量改善的速度明显减缓,生境质量达到平衡状态。除1975—2014时段外,前4个时段的各综合变化指标呈现递减趋势,前期生境等级变化剧烈,后期趋缓。气候变化和人为干扰为导致生境变化的主要因素,其中20世纪80年代生境变化与气候变化关系密切,而20世纪90年代之后人为干扰因素明显增加。研究有助于理解气候变化与人为干扰背景下,川金丝猴生境格局时空变化特征,为野生濒危动物生境保护管理和政策制定提供科学依据。     

莱州湾水母种类多样性及群集结构的季节变化

基于2011年5月至2012年4月(除冰期12月和翌年1—2月外)在渤海莱州湾逐月采集的数据资料,系统地开展水母种类组成、数量分布的周年季节变动,弥补自20世纪90年代以来该区域相关资料的不足,有利于掌握该水域水母(主要是小型水母)主要种类数量时空分布特点,促进莱州湾生物类群对生境改变响应的相关研究。结果显示:所有调查中,共出现水母30种,无全年出现的种类。各月中,莱州湾水母以8月种数最多,5月数量居多。各月水母总数量的80%多由1—2种优势种贡献所致;水母优势种类组成季节更替明显。3—5月优势种为八斑唇腕水母;6月为嵊山秀氏水母和贝氏真囊水母;7月为贝氏真囊水母、9月有细颈和平水母;10月为细颈和平水母和大西洋五角水母,8月和11月无明显的优势种,但8月细颈和平水母和曲膝薮枝螅水母数量较多。莱州湾小型水母聚集结构主要呈现季节性时间格局上的变动。春季有八斑唇腕水母为代表、在湾内分布的聚集组;夏季有以嵊山秀氏水母和贝氏真囊水母为代表、在湾口西侧和湾中部分布的聚集组,以及细颈和平水母为代表、在湾中底部分布的聚集组;秋季有四枝管水母和大西洋五角水母为代表、在湾口和中部分布的聚集组。水温对小型水母聚集结构分布具有较为重要的影响作用。大型水母在本调查出现较少。海蜇和沙海蜇出现于6—8月个别站位;海月水母7—10月均有出现,但高密集区出现在10月紧邻莱州湾的湾底水域。