Comparative genomic assessment of Multi-Locus Sequence Typing: rapid accumulation of genomic heterogeneity among clonal isolates of <Emphasis Type="Italic">Campylobacter jejuni</Emphasis>

Background  

Multi-Locus Sequence Typing (MLST) has emerged as a leading molecular typing method owing to its high ability to discriminate among bacterial isolates, the relative ease with which data acquisition and analysis can be standardized, and the high portability of the resulting sequence data. While MLST has been successfully applied to the study of the population structure for a number of different bacterial species, it has also provided compelling evidence for high rates of recombination in some species. We have analyzed a set of Campylobacter jejuni strains using MLST and Comparative Genomic Hybridization (CGH) on a full-genome microarray in order to determine whether recombination and high levels of genomic mosaicism adversely affect the inference of strain relationships based on the analysis of a restricted number of genetic loci.     

大熊猫古名研究

有关在中国古籍中是否曾出现过对大熊猫的某种谓称问题, 以往曾有"騶虞"说、"貘"说、"貔貅"说, 等等, 认为"騶虞"和"貘"的说法不足采信, 对于"貔貅"说, 作者通过考证, 提出清代以前的"貔貅"并非指大熊猫, 而清初《译峨籁》一书中谓称之"貔貅"实为该书作者转述峨眉山人所称"皮裘"的借音而转义, 即使是指大熊猫, 也只是在一相对极其狭小的历史时空范围之内可供援引; 另一方面, 并不排斥在中国历史上某个时期, 曾一度出现过对大熊猫相对准确的记载和描述, 而这一点有待于更多的考证与发掘。     

辽西下白垩统九佛堂组尾羽龙类—新属(英文)

记述了一件采自辽西热河群九佛堂组一新的窃蛋龙类:义县似尾羽龙(Similicaudipteryx yixianensis gen.et sp.nov.),并依据其和尾羽龙属的相似特征,及其匕首状的尾综骨,肠骨、踱骨和脚趾的形态等将其归入窃蛋龙类的尾羽龙科,但其所具有的一些特征也不同于该科已建立的尾羽龙属,如尾综骨的形态和较大的个体等。该化石具有许多典型的窃蛋龙类的特征,如短尾、较短的前肢等,有别于其他窃蛋龙类的特征还包括耻骨和肠骨的长度比为1.46,背椎上发育2个大而深的椎体下突、背椎侧部具孔等。义县似尾羽龙是又一类具有真正尾综骨的恐龙,表明尾综骨这一曾经被认为是鸟类特有的结构可能是在恐龙中独自演化的。它具有一些进步的特征如具尾综骨等,但同时也具有一些原始的特征如5个愈合的荐椎,耻骨联合长,表明在窃蛋龙类中存在着特征的镶嵌进化现象。似尾羽龙与驰龙类、其他窃蛋龙类等恐龙一样,脚趾并没有对握,已有的证据说明完全的对握目前还只是出现于鸟类中。根据其短尾、中部收缩的趾骨和灵巧的身体等都表明它是一类适于快速奔跑的动物。目前为止,已知的尾羽龙类化石均发现于北票四合屯地区的义县组下部尖山沟层(段),距今约125Ma。新标本发现于义县西二虎桥地点,属于九佛堂组,距今约120Ma,这也是迄今为止在九佛堂组发现的惟一一件尾羽龙类化石,对研究早白垩世窃蛋龙类的演化和热河生物群恐龙组合的特征具有重要的意义。     

DNA条形码技术的研究进展及其应用

DNA条形码技术(DNA Barcod ing)是通过对一个标准目的基因的DNA序列进行分析从而进行物种鉴定的技术。这个概念的原理与零售业中对商品进行辨认的商品条形码是一样的。简单地说,DNA条形码技术的关键就是对一个或一些相关基因进行大范围的扫描,进而来鉴定某个未知的物种或者发现新种[1—3]。自从提出DNA条形码的概念以来,这种新兴分类学技术已经引起了越来越多的生物学家的关注。DNA条形码技术是分类学中辅助物种鉴定的新技术,它代表了生物分类学研究的一个新方向[4],因此它在生态、环境、食品等诸多领域都将会有广泛的应用[5]。本文概括综述了DNA条形码技术的发展历史、原理与操作,分析了其在生物分类中的应用及应用上的优势与限制,对DNA条形码技术在鱼类学研究的意义与可行性进行了探讨。1 DNA条形码技术的发展历史2003年,Herbert研究发现利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(M itochondrial cytochrom ecoxidase subun itⅠ,COⅠ)基因一段长度为648bp的片段,能够在DNA水平上成功的区分物种,并且认为利用COⅠ基因从分子演化的角度,将提供一种快速、简便、可信的分...     

生境适宜度指数模型研究进展

生境适宜度指数(habitat suitability index,HSI)模型作为一种生境评价方法,在土地管理规划和评估中得到大量应用.本文总结了HSI模型在野生动物生境评价中的开发及应用,重点介绍了利用3S技术进行HSI建模及与其他模型耦合进行生境评价的现状;阐述了利用多种统计方法对HSI模型的评估和验证;探讨了HSI模型在主观性和非通用性等方面存在的问题和局限性,最后,就HSI模型在野生动物生境评价中的发展前景进行了展望.     

江汉平原四湖地区涝渍地演替分级及趋势预测

涝渍地的演替规律研究是制定涝渍地域生态恢复对策的理论基础。本文利用Delphi法确定了四湖地区涝渍地演替级数的衡量指标,即优势植物种群、面积增长最快的涝渍地种养生物、涝溃地面积占耕地面积的百分比、涝渍地的地下水位和土壤有机质氧化稳定性等5项,在此基础上建立了演替级数分级标准,并以洪湖市为例建立了洪湖市涝渍地演替专家信息库,得到了洪湖市的涝渍地演替级数;最后采用ARIMA模型对洪湖市的涝渍地演替级数进行了趋势拟合与未来预测。结果表明,ARIMA模型能较好地拟合并预测涝渍地演替级数的变化趋势。