系统发育分析中的最大简约法及其优化

随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究, 在重构系统发育树时, 研究人员往往要面对更多的挑战和困难, 比如： (1)需要分析的样本数（物种数或个体数）不断增加; (2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下, 基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量, 因此数学方法、 计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法（maximum parsimony）是一种重要的系统发育重建方法, 提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义, 针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程, 分析其参数选择对计算效率的影响, 帮助更多的计算机使用者, 在并不了解系统发育学基础的情况下, 更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、 更快、 更精准的解决方案; 同时为系统发育研究工作者, 较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑, 推动针对最大简约法的不断改进与优化。     

甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白单抗杂交瘤细胞株的制备与初步鉴定

目的:建立具有高特异、高效价的甲型H1N1流感病毒血凝素蛋白(HA)单抗的杂交瘤细胞株。方法:以纯化的昆虫杆状病毒表达的甲型H1N1流感病毒HA蛋白为免疫原免疫BALB/c小鼠,取脾细胞与Sp2/0小鼠骨髓瘤细胞融合,通过有限稀释法筛选阳性克隆,经ELISA和Western blot分析单抗的特性和特异性。结果:获得6株甲型H1N1流感HA抗原特异单克隆抗体杂交瘤细胞株,抗原肽库ELISA检测结果表明其中3株(1E12,3F12,1C11)单抗只与甲型H1N1流感HA抗原肽库反应,不与H5N1病毒HA抗原肽库反应;Western blot分析表明,单抗1B3只特异识别甲型H1N1流感HA抗原,而与其他季节性甲流病毒(H1,H3)及人禽流感H5N1病毒不反应。结论:所获杂交瘤细胞株特异性强,效价高,分泌抗体性能稳定,为分析甲型H1N1流感病毒抗原性位点、建立诊断试剂奠定了基础。     

设施葡萄萌芽调控中需冷量和需热量及其相互关系

采用3种需冷量估算模型（≤7．2℃模型、0～7．2℃模型和犹他模型）和2种需热量估算模型（生长度小时模型和有效积温模型）分别测定了14个设施葡萄品种的需冷量和需热量,并分析了两者的相互关系。结果表明,不同葡萄品种的需冷量和需热量存在一定差异,需冷量值介于754～1489h（≤7_2℃模型）、497-757h（0～7．2℃模型）或192～755．5CU（犹他模型）,需热量值为18491～24070GDH℃（生长度小时模型）或120～377D℃（有效积温模型）,且欧亚种品种需热量普遍高于欧美杂种品种。另外,本研究还表明,用生长度小时模型估算出来的需热量值与需冷量值之间呈负相关关系,而有效积温模型估算出来的需热量值与需冷量值之间则呈正相关关系。     

城市扩张与耕地保护耦合对陆地生态系统碳储量的影响——以湖北省为例

城市扩张对生态系统的影响可以分为城市扩张对生态用地的直接挤占以及为补充城市扩张占用的耕地对生态用地二次挤占两个连锁的过程。以往的研究大多只关注城市扩张对生态系统的直接影响,忽略了城市扩张与耕地保护耦合的间接影响。针对这一问题,采用GIS空间分析方法和InVEST模型定量评估了2000年至2015年湖北省城市扩张与耕地保护耦合对陆地生态系统碳储量的影响。结果显示:(1)城市扩张与耕地保护耦合导致湖北省陆地生态系统碳储量减少40.90 Tg;(2)由城市扩张与耕地保护耦合导致的陆地生态系统碳储量的减少量中,耕地保护传导作用间接导致的占比31%。结果表明,城市扩张与耕地保护的耦合是导致生态系统碳储量减少的主要原因之一。忽视城市扩张通过耕地保护的传导作用对生态系统碳储量的间接影响,会导致城市扩张对陆地生态系统碳储量的影响被严重低估。     

灵芝EIM-40漆酶的分离纯化及酶学性质

采用冻干浓缩、（NH4）2S04盐析、HiTrapphenyl（FF）疏水层析和QSepharose FastFlow离子交换层析对灵芝EIM-40发酵液进行分离纯化,获得纯化漆酶,纯化倍数为14．6,回收率为5．3％。SDS-PAGE银染的结果为单一条带,相对分子质量约为6．53×104。以愈创木酚和2,2-联氮-二（3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸）二铵盐（ABTS）为催化底物进行酶学性质研究,最适pH分别为4．8和4．5,最适温度分别为55和50℃,2种底物在pH4．0。5．0范围内,温度低于50℃时,酶的稳定性都很好。以愈创木酚为底物,Km=645．0umol／L;以ABTS为底物,Km=22．2txmol／L。Cu2＋对该酶起激活作用,Fe2＋、Ca2＋、Ba2＋则完全抑制酶的活性。     

杨芽黄素对前列腺癌细胞凋亡的影响及其机制

目的:探讨杨芽黄素对前列腺癌细胞22Rv.1的作用及机制。方法:将0~20μg/ml杨芽黄素作用于22Rv.1细胞和正常前列腺细胞RWPE-1,适时采用MTS法检测细胞的增殖活性,采用流式细胞仪、hoechst染色、LDH释放实验分别检测22Rv.1细胞凋亡、死亡、周期、核型变化和药物的细胞毒作用,利用qPCR和Westernblot分析22Rv.1细胞内基因转录和蛋白表达的改变,并通过抑瘤实验证实该药的抑癌作用。结果:杨芽黄素可显著抑制22Rv.1细胞增殖、诱导其凋亡,促进22Rv.1细胞凋亡相关基因dr4、dr5、trail、p53、caspase-3、caspase-8、caspase-9、bid、bax、foxo3的表达,并抑制抗凋亡基因akt、pi3k和bcl-2的表达。结论:杨芽黄素可通过影响TRAIL和PI3K/AKT信号通路诱导前列腺癌细胞凋亡,具有抗前列腺癌的作用。     

安徽清凉峰自然保护区大型真菌的生态分布

清凉峰北坡的大型真菌十分丰富,经初步调查,发现清凉峰北坡共有大型真菌2纲10目38科72属160种,它们广泛分布于常绿阔叶林、马尾松林、常绿-落叶混交林、落叶阔叶林和黄山松林等林带中。按经济价值分有食用菌72种,药用菌55种,毒菌19种;依生态习性分有木生菌68种,土生菌84种,菌根真菌21种。本文论述了该地区大型真菌自然发生的常见种类和分布,并对该区大型真菌资源进行了评价,大型真菌在各林带下的分布有一定规律性,种群的组成和分布与植被类型、林中小生境、土壤类型、海拔高度等相关。该区有多种具有经济价值的大型真菌,是主要的自然资源之一,它们在食用、药用、营林等方面有着较大的利用潜力。     

罗非鱼绿色气球菌的鉴定及致病性研究

研究首次报道了从广东茂名市茂南区患病罗非鱼体内分离的两特殊细菌菌株Mnlv1 和Mnlv2, 通过细菌形态学、培养条件比较、生理生化特征及16S rRNA 基因检测等鉴定了该病原, 采用三种不同的感染方式对罗非鱼实施人工感染以期探讨该菌对罗非鱼的致病强度及致病条件, 同时也比较了两菌株对29 种不同的抗生素的敏感性差异。结果表明: 两菌株均为绿色气球菌(Aerococcus viridans), 革兰氏染色阳性(G+), 溶血性。感染实验结果显示, 该菌株对罗非鱼具有较强的致病性, 并且随着环境胁迫作用的加强, 鱼体发病死亡率增高。药敏试验结果显示, 两菌株为对头孢曲松、米诺四环素、诺氟沙星等15 种药物高度敏感, 对麦迪霉素、壮观霉素和新霉素3 种药物中度敏感, 对红霉素、乙酰螺旋霉素、苯唑青霉素等10 种药物不敏感。研究将为罗非鱼绿色气球菌病原的诊断及防治提供理论基础。       

江西吉安乌鸫的繁殖生态研究

2009～2010年对江西省吉安地区乌鸫Turdus merula的繁殖进行了调查研究,结果表明:当地乌鸫的营巢时间在3月9日至16日,产卵时间是3月18日至26日,平均窝卵数5.14(4～6)枚(n=14),平均卵大小29.71 mm×21.16 mm,平均卵重6.63 g(n=71).孵卵和暖巢主要由雌鸟承担,但雄鸟也有暖巢行为,孵化率为65.83%,育雏期13～15 d,离巢率高达100%.与高海拔的乌鸫相比,当地乌鸫产大窝小卵,这一特征保证了大窝雏数和高离巢率,繁殖对策属于r-选择.     

莲藕的组织培养与快速繁殖

1　植物名称　莲藕 (Ｎｅｌｕｍｂｏｎｕｃｉｆｅｒａ)鄂莲 4号。2　材料类别　茎尖。3　培养条件　 ( 1 )芽分化培养基 :ＭＳ 6 ＢＡ1 .0～ 2 .0ｍｇ·Ｌ- 1 (单位下同 ) ＮＡＡ 0 .2 3.0 %蔗糖 ;( 2 )增殖培养基 :ＭＳ 6 ＢＡ 0 .5～ 1 .0 ＩＢＡ0 .2 3.0 %蔗糖 ;( 3)生根培养基 :ＭＳ ＩＢＡ 0 .5～1 .0 ＡＣ 1 50 0 蔗糖 5.0 %。以上各培养基加0 .6%琼脂 ,ｐＨ 5.8。 ( 4 )移栽用营养液 :1 /4ＭＳ。培养温度 2 5～ 2 8℃ ,每天光照 1 0ｈ ,光照度 1 0 0 0～ 1 50 0ｌｘ。4　生长与分化情况4.1　茎尖的切取与分化　切取健康…