基于红外相机技术对佛坪国家级自然保护区大熊猫季节性空间分布与活动模式的研究

2015年1月至2017年12月,在陕西佛坪国家级自然保护区海拔1 200～2 500 m的57条大熊猫(Ailuropodamelanoleuca)活动频繁的巡护样线上,布设130台红外相机。累计红外相机有效工作日100 685 d,共拍摄到大熊猫有效独立照片1 831张。将红外相机拍摄的有效照片和相机工作日依据不同竹种类型及保护站归类,对大熊猫季节性空间分布与活动模式进行研究。结果表明:(1)大熊猫春季活动最为频繁,在巴山木竹(Bashania fargesii)林和秦岭箭竹(Fargesia qinlingensis)林中相对多度分别是2.89和3.72;其次是冬季,在巴山木竹林和秦岭箭竹林中的相对多度分别是2.95和2.74。3月份是其活动高峰,巴山木竹林和秦岭箭竹林中的相对多度指数都是最高;11、12和1月份,大熊猫在巴山木竹林中相对多度指数高于秦岭箭竹林;2至10月份,大熊猫在秦岭箭竹林中的相对多度指数都要高于巴山木竹林。(2)大熊猫在佛坪保护区各个保护站均有分布,且存在季节性空间分布差异。三官庙和西河保护站全年的12个月都能够捕获到大熊猫的身影,是大熊猫分布相对多度最高的...     

非生长季降水对青藏高原高寒草甸优势种生物量稳定性的影响

受全球气候变化的影响,青藏高原在过去的几十年间整体上呈现暖湿化的趋势,相比于年际之间温度和降水的变化外,生长季和非生长季气候变化模式的差异可能会对生态系统产生更重要的影响,但相关的研究尚不充分。以青藏高原东部的高寒草甸为研究对象,基于2001年至2017年17年的野外观测数据,包括优势植物紫花针茅的高度、多度以及生物量、次优势物种洽草的生物量,结合生长季和非生长季平均温度和降水量的变化,通过线性回归以及结构方程模型,探究生长季/非生长季不对称气候变化对于青藏高原高寒草甸优势物种生物量稳定性的影响。研究结果表明：1)青藏高原东部年均温和年降水在过去的17年间显著增加,呈现暖湿化的趋势,但是非生长的降水却变化不明显;2)紫花针茅的高度、多度以及生物量在过去17年没有显著的趋势,但是洽草的生物量稳定性显著减少;3)非生长降水结合紫花针茅的高度、多度以及洽草的生物量稳定性促进了紫花针茅的生物量稳定性。研究结果可以为青藏高原高寒草甸在未来气候变化的背景下合理保护与利用提供科学依据。     

摔跤运动员赛前集训控体重对肠道菌群及其代谢物的影响

探究赛前集训控体重对高水平摔跤运动员肠道菌群及代谢物的影响。

招募某省摔跤队运动员11名,在赛前集训期前后测量身体成分、收集粪便样本,采用16S rRNA基因测序技术检测肠道微生物的分布和丰度,利用非靶向代谢组学分析微生物的差异代谢产物及其所富集的功能。

摔跤运动员赛前集训后体重显著降低（P＜0.05）,但肌肉含量无显著差异。微生物组结果显示,控体重前后男女运动员肠道菌群alpha多样性和beta多样性均无显著差异。男性运动员Intestinibacter丰度显著增高（P＜0.05）,且与体重、四肢骨骼肌指数变化量呈正相关。代谢组学分析结果显示,男性运动员菌群差异代谢物富集于硫代谢和主要胆汁酸代谢相关通路,女性运动员菌群差异代谢物富集于神经活性配体—受体交互相关信号通路;Intestinibacter丰度变化与胆汁酸7alpha-hydroxy-3-oxo-4-cholestenoate变化呈正相关。

赛前集训控体重未影响摔跤运动员肠道菌群生物多样性和整体物种构成,但可以改变男性摔跤运动员肠道菌群中产丁酸盐菌属的相对丰度,整体表现为运动员肠道菌群对控体重过程较为适应。

     

Lynch综合征患者肠道菌群特征及其与糖脂代谢水平的相关性

探讨遗传性非息肉性结直肠癌（Lynch综合征）患者肠道菌群特点及其与糖脂代谢指标的相关性。

选取2011年9月至2021年9月我院收治的42例Lynch综合征患者作为Lynch组,并选取42例同期健康体检人群作为对照组。比较两组对象粪便菌群的丰度和多样性,应用Pearson相关性检验分析不同菌属拷贝数与糖脂代谢指标水平的相关性。

Lynch组患者肠道菌群Chao1指数、Ace指数、Shannon指数均高于对照组,Simpson指数低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者HbA1c、TC、TG、LDL-C、FPG、apo-B水平均高于对照组,HDL-C和apo-A1水平低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者粪便中以变形菌门、肠球菌属、埃希菌属、消化链球菌属、韦荣球菌属、不动杆菌属为主要优势菌。Lynch组患者TG水平与乳杆菌属拷贝数呈负相关,与埃希菌属和韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）;HDL-C水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈正相关,与埃希菌属、韦荣球菌属、消化链球菌属拷贝数呈负相关（均P＜0.05）;FPG水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈负相关,与肠球菌属、埃希菌属、韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）。

Lynch综合征患者肠道菌群丰度和多样性低于健康人,其中乳杆菌属、布劳特菌属、埃希菌属等菌群与糖脂代谢具有相关性。

     

内生真菌对羽茅生长及光合特性的影响

通过温室栽培实验,以感染两种内生真菌(Neotyphodium sibiricum和Neotyphodium gansuence)和未感染内生真菌的羽茅(Achnatherum sibiricum)为实验材料,分析感染不同种内生真菌对宿主植物的生长及光合特性的影响。结果表明,感染两种内生真菌羽茅的株高和CO₂补偿点显著低于未染菌的羽茅,而染菌羽茅的蒸腾速率和气孔导度显著高于未染菌羽茅,但对于感染不同种内生真菌的羽茅,无论是分蘖数与生物量的积累还是光合生理值之间均无显著差异。     

New data and collaborations at the Saccharomyces Genome Database: updated reference genome,alleles, and the Alliance of Genome Resources

Saccharomyces cerevisiae is used to provide fundamental understanding of eukaryotic genetics, gene product function, and cellular biological processes. Saccharomyces Genome Database (SGD) has been supporting the yeast research community since 1993, serving as its de facto hub. Over the years, SGD has maintained the genetic nomenclature, chromosome maps, and functional annotation, and developed various tools and methods for analysis and curation of a variety of emerging data types. More recently, SGD and six other model organism focused knowledgebases have come together to create the Alliance of Genome Resources to develop sustainable genome information resources that promote and support the use of various model organisms to understand the genetic and genomic bases of human biology and disease. Here we describe recent activities at SGD, including the latest reference genome annotation update, the development of a curation system for mutant alleles, and new pages addressing homology across model organisms as well as the use of yeast to study human disease.     

以结核分枝杆菌丙氨酸消旋酶为靶点的抗结核药物筛选及其与D-环丝氨酸的共结晶

【目的】阐释结核分枝杆菌丙氨酸消旋酶原有抑制剂D-环丝氨酸的作用机制,建立丙氨酸消旋酶抑制剂的高通量筛选模型,并用此模型筛选到新的抑制剂分子。【方法】将结核分枝杆菌中丙氨酸消旋酶基因克隆到pET-28a表达载体中,在大肠杆菌BL21(DE3)菌株中得到可溶性的大量表达。表达后的蛋白质通过镍离子亲和层析和阴离子交换层析得到纯化,一方面将纯化后的蛋白和D-环丝氨酸共结晶以解析其抑制剂作用的分子机制。另一方面建立并优化丙氨酸消旋酶抑制剂的高通量筛选体系,用D-环丝氨酸验证体系的可行性并用该体系筛选本实验室药物库中的384种小分子片段、792种化合物及2 200种中药样品。【结果】得到的共晶晶体衍射能力2.50?,晶体空间群为P41212,晶胞参数a=b=163.92?,c=57.44?。结构分析表明,D-环丝氨酸进入活性位点之后与磷酸吡哆醛相互作用形成磷酸吡哆胺,使得磷酸吡哆醛的C4?原子与K42之间的相互作用被破坏,从而改变了结核分枝杆菌丙氨酸消旋酶的活性中心氢键网络。同时经D-环丝氨酸验证建立的抑制剂筛选体系可行,获得阳性化合物分子2个。【结论】依据我们所建立的高通量筛选体系可以有效地为结核分枝杆菌丙氨酸消旋酶筛选到可信的抑制剂分子。     

一种无孢灵芝菌丝体的活性成分

利用制备型高效液相、凝胶层析、制备型薄层色谱等方法对无孢灵芝龙芝2号的固体发酵菌丝体进行分离纯化,通过波谱分析,化合物分别鉴定为灵芝酸P（1）,灵芝酸T1（2）,灵芝酸Mk（3）,灵芝酸S（4）,灵芝酸T（5）,ganodermanondiol（6）,灵芝酸Me（7）,5α, 8α-epidioxyergosta-6, 22-dien-3β-ol（8）,灵芝酸R（9）,lanosta-7, 9(11), 24-trien-3α-hydroxy-26-oic acid（10）,ganodermenonol（11）。其中灵芝酸T1为首次发现的天然产物。体外细胞实验证实,11种化合物对肿瘤细胞L1210的增殖均有很强的抑制作用,其增殖抑制的IC₅₀值均在39.69μmol/L以下。     

An innovative protein expression system using RNA polymerase I for large-scale screening of high-nucleic-acid content Saccharomyces cerevisiae strains

Saccharomyces cerevisiae is the preferred source of RNA derivatives, which are widely used as supplements for foods and pharmaceuticals. As the most abundant RNAs, the ribosomal RNAs (rRNAs) transcribed by RNA polymerase I (Pol I) have no 5′ caps, thus cannot be translated to proteins. To screen high-nucleic-acid content yeasts more efficiently, a cap-independent protein expression system mediated by Pol I has been designed and established to monitor the regulatory changes of rRNA synthesis by observing the variation in the reporter genes expression. The elements including Pol I-recognized rDNA promoter, the internal ribosome entry site from cricket paralytic virus which can recruit ribosomes internally, reporter genes (URA3 and yEGFP3), oligo-dT and an rDNA terminator were ligated to a yeast episomal plasmid. This system based on the URA3 gene worked well by observing the growth phenotype and did not require the disruption of cap-dependent initiation factors. The fluorescence intensity of strains expressing the yEGFP3 gene increased and drifted after mutagenesis. Combined with flow cytometry, cells with higher GFP level were sorted out. A strain showed 58% improvement in RNA content and exhibited no sequence alteration in the whole expression cassette introduced. This study provides a novel strategy for breeding high-nucleic-acid content yeasts.