不同样本前处理方法对高通量测序检测HBV、HCV、TTV结果的影响

目的:探索不同样品前处理方法对于不同类型病毒检测的效果。方法:分别将携带乙肝病毒(双链环状DNA病毒)、丙肝病毒(单正链RNA病毒)、TTV(Torque teno virus)(单链环状DNA病毒)的血清等比例混合,模拟混合感染,然后分别采用多重置换扩增(MDA)和随机锚定PCR扩增并进行高通量测序,同时以原始样品(未扩增)直接高通量测序作为对照。结果:原始样品(未扩增)直接测序,产出的数据大部分为人类的序列;MDA方法中绝大部分数据为TTV、乙肝病毒;随机锚定PCR扩增方法中绝大部分数据为乙肝病毒。结论:MDA方法适合扩增环状病毒,随机锚定PCR扩增适合含量高的病毒,不做任何处理直接高通量测序检测病毒效果最差。本研究可为指导不同类型病原体如何选择扩增方案提供借鉴。     

活性污泥抗生素抗性基因研究进展

抗生素抗性在全球范围内的传播扩散严重威胁人类健康。活性污泥是污水处理系统重要的处理工艺,同时也是抗生素抗性及其发生水平基因转移的一个重要储库和热区。目前,随着研究手段和技术的不断更新,活性污泥中抗生素抗性的研究不断增加,但是仍有许多科学问题亟待解决。本文主要针对活性污泥抗生素抗性的5个主要方面进行深入讨论:(1)活性污泥中抗性基因的丰度和分布的影响因素;(2)污泥抗性基因的研究方法;(3)活性污泥抗性基因的传播与扩散;(4)污泥中抗性基因环境风险评估;(5)研究展望。本综述在活性污泥抗生素抗性研究基础上,阐述了驱动抗生素抗性扩散的基本微生物生态过程研究进展,旨在为污水处理工艺的发展和优化及抗性基因控制政策的制定提供科学基础。     

单分子实时测序技术在环境微生物研究中的应用

1975年,第一个cDNA的基因组——噬菌体фX174基因组的测序完成,标志着测序时代的开始。1996年以来人类基因组计划的发起极大地推动了测序技术的应用和发展,第二代测序技术也被称为高通量测序技术。而单分子DNA测序技术是最近10年内发展起来的新一代的测序技术,称为第三代测序技术,其中包括单分子实时测序(Single molecule real time sequencing,SMRT)、真正单分子测序和单分子纳米孔测序等技术。SMRT测序技术有超长读长、测序周期短、不需要模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点,为研究人员提供了新的选择。本文综述了SMRT测序技术的基本原理、性能以及它在微生物16S rRNA基因、微生物全基因组以及微生物宏基因组测序等方面的应用,并分析了SMRT测序技术在环境微生物应用中的优势以及存在的问题。     

翻转课堂模式下免疫学课堂活动的设计与实践

翻转课堂教学模式将知识传递的过程放在课前,因此在课堂上学生可以通过完成多种多样的交互活动实现对知识的内化。之前我们以"玩课网"平台对免疫学知识在课前传递进行了实践,已确保学生能高质量完成课前自学任务,本文主要研究免疫学课堂活动的设计、实施及评价。这种"教师为主导,学生为主体"的教学模式,不仅培养了学生的自主学习能力,而且实现了教育目标从识记、理解等初级阶段到应用、分析、评价、创造等高级阶段的转化。     

黄土高原西部4万多年以来植被与环境变化的孢粉记录

采集甘肃静宁、定西、秦安等地晚更新世晚期以来几个黄土剖面的孢粉样品,分别以晚更新世每个样品分辨率200—300年,全新世20—200年,揭示了黄土高原西部4万多年以来古植被曾经历过草原、森林草原(或疏林草原)、针叶林以及荒漠草原或荒漠几种植被的多次快速变化。在44.2—11kaBP期间,静宁地区植被主要表现为森林和草原成分的相互消长,其中44—29kaBP期间(MIS3)气候以湿润为主,发育针叶林,温度低于现在;23kaBP之后,气候冷干,以稀疏草原为主,在末次盛冰期植被甚至演化为荒漠草原。全新世大部分时间内是以草原或森林草原(或疏林草原)植被为主。在全新世中期,约7.6—5.8kaBP有近1700年时间发育有森林植被,在这个时期当地自然植被覆盖度较高,而草原或疏林草原发育时期植被往往较稀疏,反映气候相对干冷。根据出现的不同类型植物的孢粉浓度及其生态环境特性,研究区早、中全新世,约8.8—5.8kaBP沉积环境较湿润;自3.8kaBP以后气候环境总的变化趋势是逐渐变干,植被开始向草原荒漠化演变。然而,研究区整个全新世气候环境存在多次干湿交替现象,据孢粉记录,其中可能存在11次气候干寒事件。     

十二卷属植物西山寿的组织培养与快速繁殖

1植物名称十二卷属植物西山寿(Haworthia mutica var.nigra M.B.Bayer) 2材料类别成年西山寿的春生花茎子房部位。材料来自日本奈良多肉植物研究会。3培养条件(1)启动培养基:MS 6-BA 2.0mg·L~(-1) (单位下同) NAA 0.2;(2)分化培养基:MS 6-BA 1.0 KT 1.0 NAA 0.1;(3)继代与增殖培养基:MS 6-BA 0.5 KT 1.0:(4)壮苗培养基:MS NAA 0.1。以上培养基均加入3%蔗糖和0.7%琼脂,pH     

S3307浸球对盆栽百合生长和内源激素含量的影响

S3307浸球对百合的株高、叶片的伸长生长有抑制作用,且抑制作用随着S3307浓度的增大而增强,但植株株型丰满、叶片加宽、叶色加深、基生根增多且粗壮、鳞茎数量增多。现蕾、透色、初花时间随着S3307浓度的增加而延后1~2d,但花期和花径不受影响。S3307浸球的百合叶中IAA和GA3含量下降,ZR和ABA含量上升,(IAA GA3)/ABA、IAA/ZR及GA3/ZR比值均下降,IAA/GA3比值升高。     

Haworthia mirabilis的组织培养与快速繁殖

1 植物名称 十二卷属植物Haworthia mirabilis V．Poelln．,购自Mesagarden公司。     

烟实夜蛾脂肪酸结合蛋白基因的克隆、序列分析与表达

应用RT-PCR技术,从烟实夜蛾Helicoverpa assulta幼虫脂肪体组织和血细胞总RNA中反转录扩增脂肪酸结合蛋白(fatty-acid binding protein,FABP)基因的cDNA片段,克隆到原核表达载体pGEX-4T-2上,转化大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG进行诱导表达并进行检测。结果表明：扩增得到的片段全长399 bp(GenBank登录号为DQ299942),编码132个氨基酸残基,预测分子量15.0 kD,等点电5.83。FABP融合了GST。原核表达后经电泳检测到约41 kD大小的外源蛋白,Western blot检测表明是目的蛋白。     

Patterns of allozyme variation in western Eurasian Fagus

Fagus sylvatica L. is one of the most widespread broad‐leaved trees in the temperate forests of the northern hemisphere. In addition to two subspecies, F. sylvatica ssp. sylvatica in Europe and F. sylvatica ssp. orientalis in south‐western Asia, two further taxa were described: F. moesiaca (Maly) Czeczott in the south‐western Balkans and F. taurica Popl. in Crimea. The opinions about the number and ranks of taxa within this complex are highly controversial. To assess the degree of genetic differentiation among them, and to reveal geographical patterns of genetic diversity and their relationships to history and biogeography of beech populations, genetic variation at 12 allozyme loci was studied in 279 populations in western Eurasia. A Bayesian analysis of population structure revealed the existence of two clusters, which fairly well coincided with F. sylvatica ssp. sylvatica and F. sylvatica ssp. orientalis, whereby the populations from the south‐western Balkans and Crimea contained a mixture of these two gene pools. On the other hand, a neighbour‐joining tree based on pairwise F_ST failed to separate the subspecies into well‐defined distinct clades. Populations of F. sylvatica ssp. orientalis proved to be incomparably more differentiated than ssp. sylvatica (F_ST = 0.157 and 0.032, respectively). Asian populations also showed higher levels of allelic richness both on population and taxon levels than the European ones (the number of alleles after rarefaction was 3.40 and 4.27 in F. sylvatica ssp. sylvatica and ssp. orientalis, respectively). This indicates that the gene pool of F. sylvatica ssp. orientalis has not been depleted by reduced population sizes during the Pleistocene glaciations, as is the case of F. sylvatica ssp. sylvatica. Genetic similarities between isolated regional populations are explained by shared ancestral polymorphisms and/or range overlaps with subsequent hybridization in the past. © 2007 The Linnean Society of London, Botanical Journal of the Linnean Society, 2007, 154 , 165–174.