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基于高通量测序技术对山羊盲肠细菌多样性的分析 总被引:4,自引:0,他引:4
【背景】由于反刍动物特殊的生理结构,以往研究者主要集中对其瘤胃微生物的结构与组成进行了大量研究,严重忽略了盲肠微生物在营养物质消化和肠道健康方面发挥的重要作用。【目的】采用高通量测序技术分析山羊盲肠细菌的多样性及菌群结构。【方法】选用12只10月龄健康母羊,其平均体重为20.70±1.60kg,饲喂20d后,采集每只山羊的盲肠内容物,提取微生物总DNA,用细菌通用引物对细菌16S rRNA基因的高可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对扩增子进行高通量测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。【结果】山羊盲肠微生物测序共获得813 496条有效序列与6 883个OTU,并且稀释曲线和Coverage指数反映此次测序结果比较全面的覆盖了山羊盲肠微生物群落。α多样性和β多样性分析表明,山羊个体之间盲肠微生物的多样性存在差异。在门水平,各样品的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平,核心菌群由梭菌属(Clostridium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和6个未分类的细菌组成。PICRUSt基因预测表明,山羊盲肠微生物以代谢功能为主,主要包括:碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢和脂质代谢等。【结论】山羊盲肠与瘤胃细菌的多样性存在显著差异,与粪便微生物组成相似;与单胃动物相比,两者盲肠微生物的组成既有共性,也存在差异。 相似文献
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高通量测序技术的发展促进了组学技术在环境微生物研究中的广泛应用,而宏基因组学是目前最为关键和成熟的组学方法。生物信息学在微生物宏基因组学研究中具有至关重要的作用。它贯穿于宏基因组学的数据收集和存储、数据处理和分析等各个阶段,既是宏基因组学推广的最大瓶颈,也是目前宏基因组学研究发展的关键所在。本文主要介绍和归纳了目前在高通量宏基因组测序中常用的生物信息学分析平台及其重要的信息分析工具。未来几年之内,测序成本的下降和测序深度的增加将进一步增大宏基因组学研究在数据存储、数据处理和数据挖掘层面的难度,因此相应生物信息学技术与方法的研究和发展也势在必行。近期内我们应该首先加强基础性分析和存储平台的建设以方便普通环境微生物研究者使用,同时针对目前生物信息分析的瓶颈步骤和关键任务重点突破,逐步发展。 相似文献
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我国东北地区发现姬鼩鼱分布 总被引:1,自引:0,他引:1
2014年在黑龙江省横道河子地区(44°48′44″N,129°02′04″E,海拔约740 m)采集到1只鼩鼱(标本编号为CH5)。2015年在内蒙古自治区达赉湖地区(48°37′20″N,117°53′17″E,海拔约720 m)采集2只鼩鼱(标本编号为DE7和DE12)。这些新获标本经鉴定为姬鼩鼱(Sorex minutissimus)。《小鼩鼱(食虫目:鼩鼱科)辽宁省新纪录》文中的标本(080910,090920)经重新鉴定也为姬鼩鼱。利用mt DNA的Cyt b基因全序列构建系统进化树,结果揭示,小鼩鼱聚为一支,姬鼩鼱聚为另一支,新获标本(CH5、DE7、DE12)和待厘定标本(080910、090920)都聚在姬鼩鼱一支,进一步支持形态学鉴定结果。2015年采集的姬鼩鼱为内蒙古自治区新纪录,而《小鼩鼱(食虫目:鼩鼱科)辽宁省新纪录》文中的小鼩鼱(Sorex minutus)(标本号:080910,090920)更正为辽宁省姬鼩鼱新纪录。 相似文献
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崇明东滩鸟类栖息地优化区越冬水鸟的栖息地利用及影响因子 总被引:4,自引:0,他引:4
阐明水鸟栖息地利用与环境因子的关系有助于制定针对性的水鸟保护对策。本研究在2012~2013年冬季对崇明东滩鸟类栖息地优化区内越冬水鸟的种类、数量以及6种环境因子(植被面积比例、裸地面积比例、水深、地形变异、栖息地结构多样性和干扰)进行调查,以了解水鸟对人工湿地的栖息地利用及其影响因子。野外调查共记录到水鸟24种9 018只,其中优势种为斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)和绿头鸭(A.platyrhynchos);栖息地优化区内水鸟休息的个体数量占总数量的79.2%,这表明优化区是大多数水鸟的休息地,而小(Tachybaptus ruficollis)、白骨顶(Fulica atra)、黑水鸡(Gallinula chloropus)、白琵鹭(Platalea leucorodia)和黑脸琵鹭(P.minor)的觅食个体数量超过60%,说明优化区也为这些鸟类提供了觅食地。逐步回归分析表明,裸地面积比例是影响越冬水鸟种类分布的最主要因子;尽管游禽在地形变异较大、植被面积比例较低的区域数量较多,但在休息时游禽更偏好于裸地面积比例较高的区域,而涉禽休息时偏好于地形变异较大的区域。为增加栖息地优化区内的水鸟多样性,建议在优化区内种植水鸟可食的沉水植物以增加水鸟的食物资源,同时增加裸地面积比例和地形变异程度,更好地为水鸟提供栖息地。 相似文献
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塔里木沙漠公路防护林土壤微生物生物量与土壤环境因子的关系 总被引:6,自引:0,他引:6
为探讨极端干旱区风沙土土壤微生物与土壤环境因子的作用规律,采用相关分析法研究了塔里木沙漠公路防护林地土壤微生物生物量与理化因子和酶活性的关系.结果表明:土壤容重和粒径减小(R<-0.84)、含水量和孔隙增大(R>0.85)时,防护林地中土壤微生物数量和生物量有增大趋势,由容重与微生物量的相关性主导;土壤养分含量与土壤微生物数量和生物量呈正相关,主要由速效养分和放线菌、微生物生物量C、P的相关性所致;土壤酶活性与土壤微生物数量和生物量的相关性差异较大,R在0.51~0.91,主要取决于蔗糖酶、磷酸酶与放线菌、微生物量C的相关;土壤盐分增加不利于土壤微生物生物量的积累(R<-0.71);土壤微生物数量与生物量呈较高正相关(R>0.63).实践中应为干旱区林地土壤微生物营造良好的土体,促进土壤物质循环. 相似文献
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目的观察贝那普利和氨氯地平对自发性高血压大鼠(SHR)血压及肠道微生物的影响。方法 18只14周龄雄性SHR随机分为模型组(Mod组,n=6)、贝那普利组[Bph组,盐酸贝那普利灌服0.90 mg/(kg·d),n=6]、氨氯地平组[Aml组,苯磺酸氨氯地平灌服0.45 mg/(kg·d),n=6],另以Wistar-Kyoto(WKY)大鼠作为正常对照组(NC组,n=6), NC组和Mod组每日给予蒸馏水灌胃,干预8周后测定各组大鼠血压,观察结束处死大鼠取空肠粪便,进行16S rDNA V4区扩增子信息采集与分析。结果贝那普利和氨氯地平对SHR具有明显的降压作用,用药后对SHR肠道微生物的门属组成、α多样性、β多样性有一定影响;根据关系热图分析菌群和环境因子血压的关系,拟杆菌属(Bacteroidetes)、厚壁菌属(Firmicutes)和粪球菌属(Coprococcus)与收缩压(SBP)相关,拟杆菌属与平均动脉压(MBP)相关。结论贝那普利和氨氯地平具有明确的降压作用,并对SHR肠道微生物有一定的影响。 相似文献
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以产酸性淀粉酶菌株Bacillus sp.CN7的基因组DNA为模板,PCR扩增到α淀粉酶成熟肽基因,将该基因插入表达质粒pSE380中,构建重组质粒pSE380-cn7a。将重组质粒导入到Escherichia coli JM109中,IPTG诱导表达。重组酶经Sephacryl S300、Ni-NTA纯化后测定其酶学性质。重组酶CN7A的最适温度为65°C,最适pH为5.5?6.0,对可溶性淀粉的Km值为3.784g/L,最大反应速度为101.2mg/(L·min),该酶的热稳定性不依赖钙离子。 相似文献