Broad and Gag-biased HIV-1 epitope repertoires are associated with lower viral loads

Background

HLA class-I alleles differ in their ability to control HIV replication through cell-mediated immune responses. No consistent associations have been found between the breadth of Cytotoxic T Lymphocytes (CTL) responses and the control of HIV-1, and it is unknown whether the size or distribution of the viral proteome-wide epitope repertoire, i.e., the intrinsic ability to present fewer, more or specific viral epitopes, could affect clinical markers of disease progression.

Methodology/Principal Findings

We used an epitope prediction model to identify all epitope motifs in a set of 302 HIV-1 full-length proteomes according to each individual''s HLA (Human Leukocyte Antigen) genotype. The epitope repertoire, i.e., the number of predicted epitopes per HIV-1 proteome, varied considerably between HLA alleles and thus among individual proteomes. In a subgroup of 270 chronically infected individuals, we found that lower viral loads and higher CD4 counts were associated with a larger predicted epitope repertoire. Additionally, in Gag and Rev only, more epitopes were restricted by alleles associated with low viral loads than by alleles associated with higher viral loads.

Conclusions/Significance

This comprehensive analysis puts forth the epitope repertoire as a mechanistic component of the multi-faceted HIV-specific CTL response. The favorable impact on markers of disease status of the propensity to present more HLA binding peptides and specific proteins gives impetus to vaccine design strategies that seek to elicit responses to a broad array of HIV-1 epitopes, and suggest a particular focus on Gag.     

重组小麦静息巯基氧化酶的表达、酶学特性及其对面包品质的影响

为发展新型面粉改良酶制剂,利用大肠杆菌Escherichia coli原核表达了小麦静息巯基氧化酶(Wheat quiescin sulfhydryl oxidase,wQSOX)。将合成的wqsox基因构建至pMAL-c5x载体,并在大肠杆菌中进行表达,优化蛋白表达条件后对重组蛋白进行分离纯化及融合标签切除,获得的重组wQSOX蛋白用于酶学性质探究以及面包品质改良。结果表明,合成的截短wqsox基因包含1359 bp,编码453个氨基酸,理论蛋白分子量51 kDa;构建的pMAL-c5x-wqsox重组质粒在E.coli Rosetta gamiB(DE3)中可溶表达了重组蛋白MBP-wQSOX,其最佳表达条件为:诱导温度25℃,诱导剂IPTG浓度0.3 mmol/L,诱导时间6 h;利用Xa因子蛋白酶切除了MBP融合标签,亲和层析纯化得到了wQSOX;wQSOX可催化DTT、GSH和Cys氧化,并伴随着H2O2的生成,其中对DTT表现出最高的底物特异性;酶学性质研究发现,wQSOX最适反应温度和pH分别为50℃和10.0,在高温和碱性环境条件下表现出较好的稳定性;每克面粉中添加1.1 U wQSOX能够显著(P<0.05)提高26.4%的面包比容,降低20.5%的面包芯硬度和24.8%的咀嚼性,表现出了较好的改良面包加工品质能力。研究结果对丰富新型面粉改良酶制剂种类以及推动wQSOX在焙烤行业的应用奠定了理论基础。     

Proteomic Analysis Reveals that Odoroside A Triggers G2/M Arrest and Apoptosis in Colorectal Carcinoma Through ROS‐p53 Pathway

Odoroside A (OA) is an active ingredient extracted from the leaves of Nerium oleander Linn. (Apocynaceae). This study aims to examine the anticancer bioactivity of OA against CRC cells and to investigate the action mechanisms involved. As a result, OA can significantly inhibit cellular ability and induce apoptosis of CRC cells in a concentration‐dependent manner without any obvious cytotoxicity in normal colorectal epithelial cells. Then, quantitative proteomics combined with bioinformatics is adopted to investigate the alterations of proteins and signaling pathways in response to OA treatment. As suggested by the proteomic analysis, flow cytometry and Western blotting analyses validate that exposure of CRC cells to OA causes cell cycle arrest and apoptosis, accompanied with the activation of the ROS/p53 signaling pathway. This observation demonstrates that OA, as a natural product, can induce oxidative stress to suppress tumor cell growth, implicating a novel therapeutic agent against CRC without obvious side effects.     

荸荠营养器官的发育与解剖学研究

荸荠同化茎起源于肉质主茎倒２或倒３叶的叶腋内。同化茎基部着生二鞘状叶,鞘状叶对早期同化茎穿出土面具保护作用。匍匐茎大多起源于同化茎基部鞘状叶的叶腋内。当植株开始抽生花茎时,地下匍匐茎顶端开始膨大。球茎的膨大是匍匐茎顶端５－６节的基本组织经细胞有丝分裂,增加细胞数目,然后由细胞体积的扩大来实现的。球茎具足够的营养物质供来年顶芽萌发的需要,故属水生植物冬芽的性质。     

复苏植物旋蒴苣苔J结构域蛋白编码基因BhDNAJC2的 克隆、表达与功能

热激蛋白(HSP)是一类在受到逆境刺激后大量表达的蛋白质, 能够帮助蛋白质正确折叠, 促使变性蛋白质降解, 缓解逆境胁迫对生物体的损伤。为揭示热激蛋白在耐旱的复苏植物中的保护作用, 该研究对复苏植物旋蒴苣苔(Boea hygrometrica)HSP40家族中J结构域蛋白BhDNAJC2的编码基因进行了克隆、表达与功能分析。Real-time PCR检测表明, 该基因受脱水、低温、热激等多种逆境条件和脱落酸(ABA)诱导表达。BhDNAJC2-YFP定位于细胞质、内质网和细胞核。过表达BhDNAJC2的拟南芥(Arabidopsis thaliana)株系在干旱、热激、盐胁迫和碱胁迫下均表现出明显的抗逆性。综上所述, BhDNAJC2可能在旋蒴苣苔抗旱、耐热及耐盐碱等胁迫反应中起关键作用。     

人工管理和自然驱动下盐城海滨湿地互花米草沼泽演变及空间差异

将盐城国家级自然保护区核心区划分为人工管理区和自然湿地区两种模式,根据2000年、2006年、2011年3个时相的ETM+影像,运用RS、GIS技术和景观生态学方法,分析不同驱动力下互花米草沼泽景观变化的差异.结果表明:(1)人工管理区,2000-2011年,互花米草沼泽面积由272hm2增加到781hm2;平均分维数呈下降的趋势,聚合度指数呈上升的趋势,表明互花米草沼泽在空间上趋于聚集,在形状上趋于规则;从互花米草沼泽增长速率看,2000-2011年,呈现先快后慢的特征.在景观空间演变上,互花米草沼泽的平均宽度从598.679m增加到1719.002m,表现出向海陆两个方向扩张的特征.(2)自然湿地区,2000-2011年互花米草沼泽面积由2023hm2增加到3974hm2;平均分维数和聚合度指数呈先上升后下降的趋势;米草沼泽增长稳定,年增长约160-180 hm2/a,单位长度岸线年增长面积约为15 hm2· km-1·a-1左右;比较发现,自然湿地区互花米草沼泽的增长速度高于人工管理区的增长速度.在景观空间演变上,互花米草沼泽平均宽度从1625.586m增加到3193.317m,2000-2006年表现出向海洋单方向扩张的特征,2006-2011年表现出向海陆两个方向扩张的性质.(3)在自然条件下互花米草沼泽扩张受到气候、地貌过程、水文过程、植被类型及种间竞争的影响,表现出明显的带状特征.在人工管理下,通过建设拦水堤坝等,阻止了潮汐作用下海水的扩散能力,生态过程发生改变,致使生态系统类型向淡水湿地方向演变,抑制了互花米草沼泽的扩张,表现出一定的镶嵌格局.     

Development of a fluorescent probe hydrolysis-insulated isothermal PCR for rapid and sensitive on-site detection of African swine fever virus

Highlights
1. A probe-based insulated isothermal PCR (iiPCR) assay was developed for rapid and onsite detection of ASFV.
2. The developed iiPCR showed similar sensitivity and specificity with OIE recommended real-time PCR.
3. Blood samples could be directly applied as PCR template in iiPCR without DNA extraction.     

大熊猫精液和包皮菌群组成及潜在致病菌调查

[目的] 大熊猫是我国国家一级保护动物,其种群面临着传染病和栖息地破碎化等持续威胁,其中生殖系统的细菌感染和菌群失衡会影响大熊猫生殖健康,严重者可导致流产,是引起大熊猫繁殖障碍的原因之一。本研究对精液与包皮分泌物样本的菌群组成情况及分离培养潜在致病菌开展研究。[方法] 通过采集13份大熊猫包皮分泌物和12份精液样本,采用16S rRNA扩增子测序技术、细菌培养及PCR鉴定的方法,确定样本中的细菌种类。[结果] 菌群组成分析结果显示,在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）的细菌丰度在大熊猫包皮与精液中均为最高;在属水平上,不同时期的雄性大熊猫包皮的菌群可能会发生改变,棒状杆菌属（Corynebacterium）和Dolosicoccus是Ⅰ期包皮样本中最丰富的微生物菌群,相对丰度分别为15.45%和12.40%;链球菌属（Streptococcus）和埃希氏菌属（Escherichia）是Ⅱ期包皮样本中最丰富的微生物菌群,相对分度分别为37.94%和9.68%;拟杆菌属（Bacteroides）和普雷沃氏菌属（Prevotella）是精液样本中最丰富的微生物菌群,相对丰度分别为14.40%和12.88%。菌群多样性分析结果显示,精液样品高于Ⅰ期包皮样品和Ⅱ期包皮样品,Ⅰ期包皮样品和Ⅱ期包皮样品之间无显著差异。通过细菌分离培养得到肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumonia）在内的多种潜在性致病菌。[结论] 本研究分析了大熊猫精液和不同时期包皮分泌物的菌群组成,其优势菌属存在差异,大熊猫包皮与精液中存在潜在性致病菌,这可能对大熊猫的生殖系统健康带来威胁,其致病性有待进一步研究。     

紫花针茅根际和体内真菌群落结构及与土壤环境因子的相关性研究

[目的] 探究青藏高原不同地区高寒草原紫花针茅根际和体内真菌群落的组成、多样性等特征,及与土壤环境因子（理化性质和酶活性）间的相互关系。[方法] 从青藏高原不同地区采集紫花针茅样品,应用土壤化学方法分析根际土壤理化性质和酶活性,并采用Illumina Miseq高通量测序技术,解析根际土壤和体内真菌群落组成和丰度、Alpha多样性和菌群结构,同时分析了紫花针茅根际真菌种群多样性与土壤环境因子的相关性,厘清了影响紫花针茅根际真菌区系的土壤环境因素。[结果] 三个采样地的根际土壤呈中性偏碱,土壤理化性质和酶活性变化各异。高通量测序共得到314801条有效序列和4491个OTUs;XZ样地的紫花针茅真菌多样性和丰富度相对偏低,GS样地最高。在门分类水平上,子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota是主要内生真菌类群,占总菌群的88.28%。不同采样地区紫花针茅体内真菌群落结构存在明显差异,而根际土壤真菌群落结构差异不大。相关性分析表明,紫花针茅真菌多样性与土壤pH、有效钾、铁、钙、镁、多酚氧化酶、过氧化物酶和脱氢酶呈显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）正相关,而与海拔、土壤酸性磷酸酶呈极显著负相关。RDA分析发现,紫花针茅根际土壤真菌不同,影响的土壤环境因子也不同。[结论] 青藏高原高寒草地紫花针茅根际和体内栖息着丰富的真菌群落,其组成和多样性受多种土壤环境因子影响,且影响不同真菌群落的主要土壤环境因子也不同。本研究对于有益微生物资源的开发、利用及保护具有重要意义,并为紫花针茅草原保育和合理开发利用提供科学依据。