应用蛋白质组学和RNAi技术筛选鼻咽癌细胞中p53功能相关蛋白质

为了阐明鼻咽癌中高表达的p53蛋白聚集与失活的机制,高通量地检测与p53功能相关的蛋白质,首先采用RNA干扰(RNAi)技术稳定沉默鼻咽癌细胞系CNE2的p53基因表达,然后用蛋白质组技术研究稳定沉默该基因对鼻咽癌蛋白质表达谱的影响.通过对稳定干扰p53基因后鼻咽癌细胞系CNE2的蛋白质表达谱改变的研究,用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析和电喷雾串联质谱(ESI-Q-TOF-MS)验证鉴定了22个差异表达蛋白质.在这些差异表达蛋白质中,有些是已经报道的p53功能相关蛋白质,如热休克蛋白27(HSP27)、异质性胞核核糖核蛋白K(hnRNPK)、14-3-3σ等,其他可能是新的p53功能相关蛋白质,如eIF4B、TPT1、hnRNPH3、SFRS1等.部分差异表达蛋白质如HSP27、14-3-3σ和GRP75经蛋白质印迹分析技术进行了验证,同时pcDNA3.1-FLAG-p53质粒转染CNE2细胞引起了HSP27、14-3-3σ表达下调,GRP75表达上调.在鼻咽癌细胞中鉴定的22个差异表达蛋白质大致可以分为5类,包括信号传导相关蛋白质、分子伴侣、与转录和翻译相关蛋白质、代谢相关蛋白和细胞结构相关蛋白质,涉及到细胞周期的调控、分子基因表达调控、细胞黏附、细胞代谢等众多事件,它们可能作为p53功能相关蛋白质,为阐明鼻咽癌中p53蛋白聚集及失活的机制提供了重要依据和线索.     

中国人结肠癌nm23H1基因遗传不稳定性的研究

采用石蜡包埋组织抽提DNA、PCR-单链构象多态性(SSCP)、常规银染、Envision免疫组织化学和Leica-Qwin计算机图像分析等方法,研究中国人17号染色体D17S396位点微卫星不稳定性和杂合性缺失,对nm23H_1基因表达的影响,阐明nm23H_1基因遗传不稳定性与结肠癌进展的关系,为临床治疗提供实验依据。实验中,30例结肠癌D17S396位点MSI、LOH检出率和nm23H_1蛋白阳性率分别为26.67%、20.00%和53.33%。在肿瘤TNM分期中,Ⅰ+Ⅱ期的MSI检出率和nm23H_1蛋白阳性率分别为43.75%和81.25%,高于Ⅲ+Ⅳ期的7.14%(MSI,p<0.05)和21.43%(nm23H_1,p<0.01)。而LOH检出率在Ⅲ+Ⅳ期35.71%高于Ⅰ+Ⅱ期6.25%(p<0.05)。随着结肠癌病理Duke’s分期的升高,LOH检出率呈现增加趋势。nm23H_1蛋白阳性率在管状腺癌组为60.00%,明显高于粘液腺癌组的20.00%(p<0.01)。随着管状腺癌分化程度的升高,其阳性率呈增高趋势。此外,nm23H_1蛋白阳性率在MSI阳性组为75%,也高于MSI阴性组的45.45%(p<0.05)。计算机图像定量分析显示,nm23H_1蛋白在各临床病理参数影响下的表达强度没有差异。实验结果提示MSI和LOH通过相互独立的途径调控散发性结肠癌的进展。LOH多发生于散发性结肠癌的晚期阶段并赋予散发性结肠癌细胞高侵袭、低预后的表型。相反,MSI是散发性结肠癌的早期分子标志,提高结肠癌局部nm23H_1蛋白表达量可有效抑制结肠癌转移并改善散发性结肠癌患者预后。     

8株光合细菌的鉴定及其系统进化关系分析

目的为8株光合细菌(photosynthetic bacteria,PSB)作为益生菌株提供系统资料。方法用常规方法对8株PSB菌株的形态、培养特性及生理生化特征进行鉴定,同时定性分析菌株产生的类胡萝卜素和CoQ,测定菌株16S DNA序列并分析其系统进化关系,在GenBank中获取了8个16S DNA序列号。结果菌株鉴定结果表明:菌株2C、2c和13ing为沼泽红假单胞菌,Ga、Il106、WS8N为类球红细菌,MT1131为荚膜红细菌,rub为深红红螺菌。基于菌株16S DNA序列的系统进化树显示,同一种菌并不总是聚为一簇,但相隔较近;种属完全不同的菌株,尽管序列相似性高达97%以上,在系统进化树上相隔较远。结论8株PSB菌株的鉴定和系统进化关系分析结果为后续研究提供了背景资料,同时菌株在GenBank中获得的16S DNA序列号为菌株作上了生物标记,也为菌株的产权保护提供了依据。     

陕西红碱淖湿地水鸟组成及多样性分析

2001年4月～2009年11月采用样线法和定点观察法对陕西红碱淖湿地鸟类进行了调查.共记录鸟类79种,隶属于8目14科,其中古北界56种,东洋界5种,广布种18种;在居留型上夏候鸟32种,旅鸟45种,迷鸟2种,无冬候鸟和留鸟.优势种以雁鸭类、鸥科、鸻鹬类为主.红碱淖湿地鸟类物种多样性指数为1.564,均匀度指数为0.361.在不同生境中,沼泽地鸟类群落多样性指数最高(1.561),均匀度指数为0.363,芦苇丛鸟类群落多样性最低(0.104),均匀度指数为0.050.分析了食物、生境和水位等因素对红碱淖湿地水鸟组成及多样性的影响.     

鹅细小病毒结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定

为了对鹅细小病毒结构蛋白B细胞线性抗原表位进行进一步定位,设计了16个覆盖结构蛋白各抗原表位区的长约30个氨基酸残基的重叠短肽,并进行了融合表达。用攻毒10周龄鹅血清对这16个融合蛋白进行蛋白质印迹分析,检测结果表明,VP蛋白线性抗原表位位于35-81、111-161、423-453、462-491、531-577、616-669和678-732氨基酸区域。     

DNA双链密码对使用的不对称性

目的：分析基因组组分极其偏向的厌氧性粘菌和立克次氏体基因中密码对的使用,研究DNA双链密码对使用的不对称性。方法：生物统计学。结果：发现脱卤厌氧粘菌和立克次氏体基因组中分别有17%和21%的密码对在DNA双链上的使用偏好性正好相对,这表明它们的前导链与滞后链上密码对的使用偏好存在差异。因此,影响密码对搭配的重要原因之一是基因所在链的特性。这些特性可能包括：基因方向性偏好、密码子使用偏好、密码子的前后文关系等。结论：造成上述两物种DNA双链间密码对使用不对称的原因可能是DNA链特异的突变偏好性和在复制、转录、翻译水平上的自然选择约束。     

利用pSOS系统筛选靶向HBV病毒X基因的siRNA

构建靶向乙肝病毒(HBV)X基因的真核表达载体pSOS-X-siRNA和pSOS-siRNA,转染肝癌细胞系HepG2和HepG2.2.15,筛选和验证高效siRNA。设计4个靶向X基因siRNA,将siRNA和HBx基因插入载体pSOS得重组质粒pSOS-X-siRNA;pSOS-X-siRNA经PacI酶切去除目的片段HBx后得pSOS-siRNA。将质粒pSOS-X-siRNA和pSOS-siRNA分别转HepG2和HepG2.2.15肝癌细胞株。荧光显微镜下观察HepG2细胞绿色荧光(GFP)减弱程度预估干扰效率。ELISA检测HepG2.2.15细胞上清HBsAg、HBeAg表达,Western blotting检测胞内蛋白HBsAg、HBcAg表达,Real time PCR检测胞内HBsmRNA、HBx mRNA的转录。转染4d后,siRNA4使HepG2细胞的GFP信号表达程度最低,为阴性对照的9%,预测其干扰效果最强。siRNA4使HepG2.2.15细胞转染后4d上清的HBsAg蛋白表达为对照的(13.92±1.14)%(P0.05)、HBeAg为(21.69±4.92)%(P0.05),胞内的HBsAg、HBcAg蛋白表达量灰度比值为0.175±0.025、0.0825±0.028,均为各处理组中最低(P0.01),HBs mRNA和HBx mRNA分别降为对照的0.237±0.028(P0.01)、0.110±0.022(P0.01),差异有统计学意义,证实siRNA4为高效干扰位点。利用pSOS成功筛选并验证构建靶向HBV X基因的siRNA靶点。     

辅助病毒依赖型腺病毒载体转基因的体外表达效率

构建可表达增强型绿色荧光蛋白 (Enhanced green fluorescent protein,EGFP) 的辅助病毒依赖型腺病毒载体 (Helper-dependent adenoviral vector,HDAd),并完成大量制备、纯化和体外表达鉴定。荧光显微镜证实HDAd/EGFP可表达,电镜下观察到经CsCl纯化后的腺病毒的典型形态。分光光度计法测定病毒的浓度为4.0×1012 颗粒数 (Virus particle,vp) /mL。与可表达EGFP的第一代腺病毒载体 (First generation adenoviral vector,FGAd) FGAd/EGFP进行了体外感染和转基因表达效率的比较研究,分别用约2 000 vp/细胞的HDAd/EGFP和FGAd/EGFP感染A549细胞,流式细胞仪检测EGFP的表达情况。通过相同时间点流式细胞仪分析EGFP的表达情况,可见HDAd/EGFP感染早期的A549细胞较FGAd/EGFP有更高的荧光表达率及更高的表达强度,显示HDAd载体具有转基因瞬时高表达的特性,是一种更有价值的疫苗载体。