Replication and fine mapping of asthma-associated loci in individuals of African ancestry

Asthma originates from genetic and environmental factors with about half the risk of disease attributable to heritable causes. Genome-wide association studies, mostly in populations of European ancestry, have identified numerous asthma-associated single nucleotide polymorphisms (SNPs). Studies in populations with diverse ancestries allow both for identification of robust associations that replicate across ethnic groups and for improved resolution of associated loci due to different patterns of linkage disequilibrium between ethnic groups. Here we report on an analysis of 745 African-American subjects with asthma and 3,238 African-American control subjects from the Candidate Gene Association Resource (CARe) Consortium, including analysis of SNPs imputed using 1,000 Genomes reference panels and adjustment for local ancestry. We show strong evidence that variation near RAD50/IL13, implicated in studies of European ancestry individuals, replicates in individuals largely of African ancestry. Fine mapping in African ancestry populations also refined the variants of interest for this association. We also provide strong or nominal evidence of replication at loci near ORMDL3/GSDMB, IL1RL1/IL18R1, and 10p14, all previously associated with asthma in European or Japanese populations, but not at the PYHIN1 locus previously reported in studies of African-American samples. These results improve the understanding of asthma genetics and further demonstrate the utility of genetic studies in populations other than those of largely European ancestry.     

近岸海洋线虫与细菌、古菌的共现性及其对碳、氮循环的影响

【目的】初步探究海洋线虫与微生物的相互作用对碳、氮循环的影响。【方法】利用16S r RNA和18S r RNA基因高通量测序方法,对33个近岸沉积物样品中细菌、古菌和真核生物的多样性进行调查;对海洋线虫与细菌、海洋线虫与古菌的共现性进行网络分析,并采用Spearman统计学方法,识别出与海洋线虫共现性呈显著相关性的微生物种类。【结果】在夏季,红树林和潮间带泥滩样品中线虫OTU平均相对丰度基本呈随深度增加而递减趋势;冬季的红树林样品中发现相类似变化规律,只有在冬季潮间带泥滩样品中线虫OTU平均相对丰度在深层较高于表层。相对丰度最高的海洋线虫隶属于单宫目(47%)、色矛目(19%)、刺嘴目(16%)和垫刃目(9%),它们与热源体古菌、深古菌、γ-和δ-变形菌等微生物有显著正/负相关关系。【结论】在香港米埔湿地沉积物中,与相对丰度最高的5种线虫显著相关的几大类微生物均在碳、氮、硫等元素循环方面起十分重要的作用,暗示海洋线虫与微生物潜在的相互作用对元素地球化学循环具有重要影响。研究结果有助于深入了解线虫在生态系统中未被揭示的生态功能,有助于更清晰地认识海洋线虫在底栖生态系统中所扮演的角色。     

智力水平还是文化表现?——尼安德特人与现代人文化精致程度差异研究述评

尼安德特人和解剖学意义上的现代人在文化精致程度上的区别已经争论了很长时间,考古学者希望能得出一个确定的答案,两个假设应运而生:智力水平(尼人不能发展出精致的文化)与文化表现(尼人不需要发展出精致程度较高的文化)。古人类与考古材料显示智力水平假设有缺陷:尼人的基因进入了现代人的基因库中,而且他们有能力学习现代人的技术,在"过渡工业"的材料中可以找到相关证据;与此同时,至今还未找到关系到智力水平的大脑结构证据证明尼人智力水平不如现代人。检验文化表现假设的前提是尼人与早期现代人在智力水平上没有差异,却呈现出不同的社会网络和社会组织。本文在讨论尼人与现代人人口与社会交流的基础上,认为现代人复杂的社会组织切割了尼人的生活环境,同时火山爆发引起了资源短缺,最终导致了尼人在欧洲灭绝。     

海伦脑炎微孢子虫分泌蛋白EhPTP4对宿主内质网蛋白降解通路的调控作用

【目的】微孢子虫是一类专性细胞内寄生的真核病原微生物,能够感染人类和几乎所有的动物。本课题以海伦脑炎微孢子虫（Encephalitozoon hellem）为研究对象,探讨其极管蛋白4（EhPTP4）作为一个潜在的分泌性毒力因子在宿主细胞内的定位和功能。【方法】制备EhPTP4的鼠源多克隆抗体,利用间接免疫荧光分析和Western blotting确定EhPTP4在感染细胞中的亚细胞定位;基于序列特征,在HEK293细胞中转染野生型和突变体EhPTP4,分析该蛋白的定位及其对病原增殖的作用;利用RNA-seq对转染EhPTP4的HEK293细胞进行转录组测序,分析EhPTP4引起的宿主基因表达和通路的变化;进一步通过RNAi和细胞转染分析差异表达基因的调控作用,利用RT-qPCR和Western blotting验证调控效果。【结果】EhPTP4的N端具有信号肽,C端具有富含组氨酸的结构域（HRD）和核定位信号序列（NLS）。蛋白定位分析显示,在感染和转染细胞中,EhPTP4均被分泌至宿主细胞核内。在HEK293细胞中过表达EhPTP4显著促进了病原的增殖。RNA-seq和蛋白泛素化分...     

NF-κB激活gp96转录从而促进肝细胞生长、细胞周期进展和细胞转化

【目的】探讨乙肝感染中gp96上调的机制及其可能发挥的病理学机制。【方法】首先通过生物信息学、Real-time PCR、荧光报告基因和Western blot研究NF-κB激活gp96表达的机制。进一步通过在肝细胞中过表达或敲低gp96的水平,运用CCK-8法和流式检测分析gp96对肝细胞增殖、凋亡,和细胞周期的影响,通过检测肝细胞EMT发生和细胞集落形成实验,分析gp96对于HCC发生的作用。【结果】NF-κB与gp96启动子上NF-κB结合位点结合,激活gp96的表达。实验结果显示,gp96能够促进肝细胞增殖、抑制凋亡,促进细胞周期从静息期向分裂期的转化,同时促进肝细胞EMT发生和细胞集落的形成。【结论】NF-κB通过活化gp96启动子上调其表达,为HBV慢性感染上调gp96的机制提供了线索,同时提示gp96在慢性炎症引发HCC过程中发挥重要作用。     

嗜热毛壳菌热稳定脂肪酶基因(Im)的克隆及其在毕赤酵母中的表达

研究从嗜热毛壳菌Chaetomium thermophilum中克隆了一个新的脂肪酶基因(lm).其中DNA序列包含一个由870个碱基构成的开放阅读框,编码289个氨基酸,含有4个内含子,没有信号肽序列.序列提交GenBank,登录号为GU338248.将该基因在毕赤酵母中表达.在甲醇的诱导下,重组蛋白得到了高效表达,第6天的表达量最高,蛋白达到0.428mg/mL,酶活力为19.77U/mg.SDS-PAGE检测该蛋白的分子量为35kDa.该脂肪酶的最适反应温度为60℃,具有热稳定性,在40-80℃热稳定,80℃处理60min仍有65％的相对酶活.该酶最适反应pH值为10.0,在pH 9.0--12.0酶活相对稳定.该酶具有较好的热稳定性和耐碱性,具有良好的工业应用价值.     

MADS-box 基因家族基因重复及其功能的多样性

基因的重复(duplication)及其功能的多样性(diversification)为生物体新的形态进化提供了原材料。MADS-box基因在植物(特别是被子植物)的进化过程中发生了大规模的基因重复事件而形成一个多基因家族。MADS-box基因家族的不同成员在植物生长发育过程中起着非常重要的作用, 在调控开花时间、决定花分生组织和花器官特征以及调控根、叶、胚珠及果实的发育中起着广泛的作用。探讨MADS-box基因家族的进化历史有助于深入了解基因重复及随后其功能分化的过程和机制。本文综述了MADS-box基因家族基因重复及其功能分化式样的研究进展。     

马免疫血浆的稳定性研究

目的了解不同温度条件对马免疫血浆外观和效价的稳定性影响,为马免疫血浆的采集、分离、贮存、运输及抗毒素生产提供数据支持。方法将破伤风类毒素及肉毒A、B、E、F型类毒素制备的马免疫血浆,分别放置于2~8℃、20℃、37℃3种温度下,并分别于0、1、3、6、12个月取样,依据《中国药典》三部(2010版)的检测方法和标准,对样品进行外观检查及效价检测。结果破伤风及肉毒A、B、E、F型马免疫血浆在2~8℃条件下,放置12个月稳定性良好,外观及效价均符合《中国药典》三部(2010版)规定要求。20℃与37℃下放置的马免疫血浆随着时间的延长,外观会发生不同程度的浑浊,效价也均有不同程度的降低,低效价组比中、高效价组的效价下降明显,且温度越高效价降低幅度越大。结论马免疫血浆在2~8℃条件下质量稳定。