Persistence of accuracy of genome-wide breeding values over generations when including a polygenic effect

Background

When estimating marker effects in genomic selection, estimates of marker effects may simply act as a proxy for pedigree, i.e. their effect may partially be attributed to their association with superior parents and not be linked to any causative QTL. Hence, these markers mainly explain polygenic effects rather than QTL effects. However, if a polygenic effect is included in a Bayesian model, it is expected that the estimated effect of these markers will be more persistent over generations without having to re-estimate the marker effects every generation and will result in increased accuracy and reduced bias.

Methods

Genomic selection using the Bayesian method, ''BayesB'' was evaluated for different marker densities when a polygenic effect is included (GWpEBV) and not included (GWEBV) in the model. Linkage disequilibrium and a mutation drift balance were obtained by simulating a population with a Ne of 100 over 1,000 generations.

Results

Accuracy of selection was slightly higher for the model including a polygenic effect than for the model not including a polygenic effect whatever the marker density. The accuracy decreased in later generations, and this reduction was stronger for lower marker densities. However, no significant difference in accuracy was observed between the two models. The linear regression of TBV on GWEBV and GWpEBV was used as a measure of bias. The regression coefficient was more stable over generations when a polygenic effect was included in the model, and was always between 0.98 and 1.00 for the highest marker density. The regression coefficient decreased more quickly with decreasing marker density.

Conclusions

Including a polygenic effect had no impact on the selection accuracy, but showed reduced bias, which is especially important when estimates of genome-wide markers are used to estimate breeding values over more than one generation.     

中国三节叶蜂属(膜翅目,三节叶蜂科)一新种及Arge xanthogaster种团东亚种类检索表(英文)

记述采自记述中国三节叶蜂科三节叶蜂属1新种:白尾晴腹三节叶蜂Arge albocaudalica Wei,Yan et He.sp.nov..本种与Arge xanthogaster (Cameron,1876)很相似,但腹部黑褐色,端部2节背板和锯鞘黄白色;后翅臀窒柄短于后翅M室长,锯鞘背面观内侧切口很小,深度明显短于锯鞘侧叶端部宽;锯腹片14刃,第2节缝最长粗刺毛约等长于锯节宽度的3/4,节缝粗毛每节约9个,第8节缝最长粗刺毛等宽于该处锯节宽.定义了Arge xanthogaster种团,编制了该种团东亚地区已知种类检索表.     

蒙古东戈壁盆地万利特凹陷特1井早白垩世孢粉组合

将东戈壁盆地万利特凹陷特1井划分为三个孢粉组合:1.Cicatricosisporites-Classopollis-Piceaepollenites-Piceites组合,2.Perinopollenites-Cycadopites-Pinaceae-Walchiites组合;3.Laevigatosporites-Lygodiaceae-Peri-nopollenites组合,根据孢粉组合特征推测第一个孢粉组合倾向于早白垩世最早期Berriasian期,但也不排除属于晚侏罗世的可能,第二个组合为早白垩世Berriasian-Valanginian期,第三个孢粉组合为早白垩世Hauterivian-Barremian期.     

中国出尾蕈甲属一新种一新纪录种(英文)

描述了采自中国陕西省1新种,周氏出尾蕈甲Scaphidium zhoushuni sp.nov.,采自中国西藏自治区的中国1新纪录种Scaphidium dureli(ACHARD),1922,并给出了上述2种的整体图和特征图.模式标本保存在上海师范大学标本馆.     

青海湖国家级自然保护区水鸟的多样性及分布

青海湖国家级自然保护区为国际重要湿地,其野生候鸟种群曾于2005年感染高致病性禽流感病毒H5N1,对当地野生鸟类种群及牛态环境造成很大威胁.作者于2007年3-12月.采用直接计数法,对该保护区鸟类资源进行凋查.本次考察共记录到鸟类57种,隶属8目14科.其中留鸟2种,迷鸟3种,夏候鸟7种,迁徙路过鸟41种,冬候鸟4种,其中54种鸟类为水鸟.     

半定规划鲁棒不可行性研究

本文给出了一种判别半定规划鲁棒不可行的准则,通过该准则我们可判断模型对输入数据是否敏感,进而决定是否应该利用鲁棒优化建模的方法对模型进行重新建模,使其所求解具有鲁棒性.避免了所给模型在实际应用中存在较大的风险性,为更好的应用鲁棒优化建模方法提供了理论依据.     

两个NIH小鼠种群对不同种类的乙肝疫苗免疫应答效应的比较

目的比较两种不同的NIH小鼠种群基因组DNA中H-2q单倍型的百分比,对重组基因乙型肝炎疫苗（酿酒酵母）、重组基因乙型肝炎疫苗（CHO）、重组基因乙型肝炎疫苗（汉逊酵母）和治疗性乙型肝炎疫苗（乙克）免疫应答的影响。方法检测乙肝疫苗免疫效力用酶标法,测定乙肝疫苗的ED50值,再通过微量细胞毒法和PCR方法检测小鼠的H-2单倍型,计算不同品系小鼠H-2q的百分数,得出乙肝疫苗与不同动物种群的相关性。结果经验证,经1号NIH小鼠检测结果证实,重组基因乙型肝炎免疫效力依次为CHO〉汉逊〉酿酒,疗性乙型肝炎疫苗（乙克）效力检测合格,但经2号NIH小鼠检测结果显示除CHO疫苗合格外,其他三种疫苗检测结果均为不合格。基因检测结果为,1号种群NIH鼠含有H-2q型基因的百分比是96%,而2号种群NIH小鼠含有H-2q型基因基因百分比为30%,因此不同的q型基因百分比导致了不同的检测结果。结论根据本研究结果表明虽然NIH鼠的H-2单倍型中有q型基因,但不同来源的小鼠种群之间会存在差异,经不同的环境饲养后,小鼠的基因会发生不同的变化,因此在进行生物制品检定时,要注意不同品系小鼠及同一品系小鼠不同种群之间的差异对试验本身的影响。建立一种＂动物免疫＂的概念。     

海南省及云南西双版纳州HIV-1的分子流行病学比较研究

目的调查比较HIV-1在海南省及云南西双版纳州的流行情况及分子流行病学分析高危因素传播的情况以及传播链的鉴定。方法我们与海南省CDC及西双版纳州CDC合作在其境内开展了HIV血清学调查,筛查了海南省（1991～2006）及西双版纳州（1996～2005）高危人群志愿者血清样本。在本次两地调查中,我们通过系统进化分析方法,对已诊断的HIV感染者进行分子流行病学的追踪,来分析其中的主要流行亚群以及结合个案追踪进行传播链的鉴定。结果我们共筛查了海南省499725人,共检出HIV阳性感染者523例（0.1%）,以注射器吸毒感染为主要传播途径（经共用注射器吸毒感染占69．2％、经性接触传播占19．3％、供血和使用血液／血液制品感染占3．3％、母婴传播占0．8％、不详占7．7％）。然而,在西双版纳州筛查中发现了较海南省高20倍的检出率：在25390受检人中,共检出HIV阳性感染者501例（2％）并以异性性传播为主（经异性性接触传播占77．3％、经共用注射器吸毒感染占21．1％、经同性性接触传播占0．4％、母婴传播占1．2％）。在海南省抽样的83人中,以CRF01_-AE重组亚型（70人,84．3％）为主要病毒亚型,其他病毒亚型包括B’亚型（8人）、C亚型（2人）、CRF08_BC重组亚型（1人）、B亚型（1人）和1个未报道过的CRF01～AE／B’重组亚型。同样,在版纳抽样的44人中,也以CRF01_AE重组亚型（27人,61．3％）为主要病毒亚型,其他病毒亚型包括CRF08_BC重组亚型（15人）、G亚型（1人）、和1个未报道过的B／C重组亚型。在海南省抽样中有66人（79．5％）分布于4个大小不同的传播群,传播群1（59人）较大（奠基效应）,属于CRF01_AE重组亚型,传播群2、3、4则较小,分别为3、2、2人,分别属于CRF01_AE重组亚型、C亚型和B’亚型。相反,在版纳抽样中有18人（40．9％）分布于8个较小的传播群（每群平均含2．25感染个体）。在海南省抽样中怀疑的6对异性性接触的传播链中,经系统进化分析方法确认了其中的4对,2对被拒绝。在版纳抽样中怀疑的8对异性性接触的传播链中,经系统进化分析方法确认了其中的5对,2对被拒绝,1对无法分析,此外还新发现了3对异性性接触传播群。结论HIV-1感染者的分子流行病学的追踪和分析对于追溯艾滋病流行的源头和地区性预防策略的制定有着重大的意义。     

The genus Asiabregma Belokobylskij,Zaldivar & Maeto (Hymenoptera: Braconidae) from China,with description of a new species

The small Asian genus Asiabregma Belokobylskij, Zaldivar & Maeto 2008 is recorded from China for the first time and one new species, A. achterbergi sp. nov., is described and illustrated. A key to species of genus Asiabregma is updated to include A. achterbergi. The relationship between Asiabregma and other members of the subtribe Facitorina and the systematic position of Facitorina are discussed.     

侏罗系-白垩系界线和我国东北地区下白垩统陆相地层相关问题的探讨

文中介绍目前国际侏罗系-白垩系界线研究的进展以及我国东北地区下白垩统和相关陆相地层的研究现状.针对目前国内陆相侏罗系-白垩系界线研究中存在的争议,澄清一些概念,提出我国相关陆相地层的研究需结合古生物学、同位素年代学、古地磁学等多学科的结果.近年来的研究表明,这些综合性的工作和最新国际地质年代表的结果并不矛盾.最新的国际地质年代表中提出的侏罗系-白垩系界线的年龄(145.5±4Ma)得到国内外学者的广泛支持,相比之下,一些学者提出的侏罗系一白垩系界线年龄为135Ma或125Ma的观点还缺乏地层学和同位素年代学的证据.近年来年代地层学研究的进展为我国东北地区下白垩统精确国际对比提供了重要证据.东北地区陆相早白垩世沉积中脊椎动物化石的发现以及多数无脊椎动物和植物化石研究的结果表明,生物地层学的证据与年代学和古地磁学证据基本吻合.文中还通过一些实例,探讨在生物地层学(特别是脊椎动物地层学)研究中,重视生物系统发育学研究的重要性,即应当重视"谱系发育关系相近属种的对比",从而可以有效避免采用化石确定地层年代过程的一些误区.文中尚论及白垩系Aptian阶的底界年龄以及国际地质年代表中下白垩统一些阶的年限确定的意义.