MATLAB 7.X 生物信息工具箱的应用-- 专用分析工具（ 六）*

序列分析可以获取蕴藏在简单序列中的生物信息,是生物信息分析的基础。通过生物大分子序列差异分析构建的系统树则可为我们提供可视化的物种间的进化关系。MATLAB7.X生物信息工具箱包含了几个图形用户界面设计的专用分析工具,这些专用分析工具交互性好,易于使用。借助于这些分析工具,用户不仅可以对基因序列进行分析查看并能进行相对应的氨基酸序列分析,还可以方便快捷地构建系统发育树。即使用户不会编程也可以进行序列分析和系统发育分析的研究,大大地提高了分析的效率。本文详细介绍了序列分析工具Seqtool和系统发育分析工具Phytreetool在序列分析及系统发育树构建方面的应用,所有操作方便快捷,分析结果可视化程度高。     

利拉鲁肽下调游离脂肪酸作用下βTC3 细胞PERK 的表达

目的:探讨游离脂肪酸(FFA)作用下胰岛βTC3细胞双链RNA依赖性蛋白样内质网激酶(PERK)的表达以及利拉鲁肽(Lira)对其表达的干预作用。方法:以βTC3细胞为研究对象,分为对照组和FFA组(0.125,0.25,0.5及1 mmol/L)孵育24 h,Westernblot方法检测PERK的表达。然后,分为对照组,FFA组,和FFA+Lira组(0.5 mg/L和1 mg/L),Lira预孵育6 h后,1 mmol/L FFA继续孵育24 h,Western blot检测PERK的表达。结果:①不同浓度FFA孵育24 h后,与对照组相比,1 mmol/L FFA组PERK表达增加(P<0.05)。②与1 mmol/L FFA组相比,0.5mg/L Lira+1 mmol/L FFA和1 mg/L Lira+1 mmol/L FFA组PERK表达减少(P<0.05),两组之间有统计学差异(P<0.05)。结论:FFA作用能够上调βTC3细胞PERK的表达,而Lira在一定程度上逆转FFA水平异常导致的βTC3细胞PERK表达上调,减轻内质网应激反应。     

长白山阔叶红松林草本植物多样性季节动态及空间分布格局

基于长白山阔叶红松林25 hm²样地(CBS)一年内草本植物的4次调查数据,对样地内草本植物多样性的季节动态及其空间分布格局进行了初步分析.结果表明：样地内草本植物物种组成丰富,共有102种,隶属于40科84属.Shannon多样性指数、Simpson多样性指数和Pielou均匀度指数分别为3.52、0.96和0.75;物种组成的季节变化比较明显,以初夏物种数最多;各季节的Shannon多样性指数、Simpson多样性指数和Pielou均匀度指数的变化较大,个体数量从早春到秋季逐渐减少;物种丰富度和多度的空间分布连续性较差,主要表现为斑块性分布,说明草本植物对微环境有较强的依赖性;坡向是影响物种丰富度和多度的主要因素, 在早春、夏末和秋季,不同坡向的物种丰富度和多度差异极显著(P<0.01),且早春阶段北坡和东坡的丰富度高于南坡和西坡,夏末和秋季则相反.     

SIMULATING SEASONAL AND INTERANNUAL VARIATIONS OF ECOSYSTEM EVAPOTRANSPIRATION AND ITS COMPONENTS IN INNER MONGOLIA STEPPE WITH VIP MODEL

 利用内蒙古羊草草原(Leymus chinensis)生态系统通量观测站的气象数据、野外实测和MODIS叶面积指数(Leaf area index, LAI), 应用基于生态系统过程的VIP(Vegetation interface process)模型, 以半小时为步长, 模拟分析了羊草草原生态系统2003～2005年(分别为平水年、平水年和干旱年)蒸散及其分量的变化过程。通过与通量数据对比, VIP模型能够很好地模拟羊草草原生态系统的蒸散过程(R² = 0.80), 在峰值大小和变化趋势上, 模拟值与实测值有较好的一致性。模拟结果显示: 3年蒸散量分别为337、338和223 mm; 在降水相对充沛的2003和2004年, 蒸腾量为192和171 mm, 而降水相对较少的2005年, 蒸腾量仅为96 mm; 年平均蒸腾和蒸发对蒸散的贡献基本持平; 生长季蒸散占全年的83%, 6月开始, 蒸腾大于蒸发, 蒸散和蒸腾的月总值均在7、8月达到最大值,两月蒸散占全年的43%。LAI是影响蒸散的主要因素, 其次是降水, 而净辐射对蒸散的影响较小。在生长季, 蒸发的季节变化平缓, 蒸散的差异主要体现在蒸腾的差异。     

兔眼增殖性玻璃体视网膜病变模型的建立

目的探讨兔眼增殖性玻璃体视网膜病变模型的建立方法。方法①体外培养兔眼视网膜色素上皮细胞;②兔眼3组,每组6只,分别在玻璃体内注射0.1 mL的生理盐水、1×106细胞及2×106细胞,在不同时间段进行裂隙灯显微镜、间接检眼镜、眼底照像和B超检查,观察成模情况。结果注射后28 d,生理盐水组成模0眼;1×106细胞组成模5眼,其中Ⅰ级眼1只,Ⅱ级眼3只,Ⅲ级眼1只;2×106细胞组成模6眼,其中Ⅱ级眼2只,Ⅲ级眼4只。结论兔眼玻璃体内注射2×106同种视网膜色素上皮细胞建立增殖性玻璃体视网膜病变模型,符合病变发展规律,而且稳定可靠,成模较快,简单易行。     

大鼠慢性肾功能不全模型两种制作方式的比较

目的比较大鼠肾大部切除与肾结扎两种方法制备的5／6肾切除慢性肾功能不全模型的异同。方法雄性SD大鼠随机分为三组。A组行左肾2／3切除加右肾切除,B组行结扎左肾动脉2／3分支加右肾切除,C组为假手术组。分别于第二次手术后5周、9周及13周测血压,处死大鼠,留取24h尿及肾组织。检测尿蛋白,肾组织切片染色。用半定量法评价肾小球硬化指数。结果第5周时,B组大鼠的收缩压显著升高,而A组与C组相比无显著差异,第9周和13周A组和B组与C组大鼠相比,收缩压均显著升高。肾部分切除术后,尿蛋白随时间进行性增加。B组与A组相比,尿蛋白增加更为显著。A组和B组在各观察点均有不同程度肾小球硬化,B组较A组肾小球硬化程度重。结论肾大部切除和肾结扎两种方法制备的大鼠5／6肾切除模型表现有所不同。     

结肠癌中p63蛋白表达及临床病理意义

研究结肠癌中p63蛋白表达及与临床病理生物学行为的关系,揭示其在结肠癌中的临床病理学意义.癌旁组织中和结肠癌组织p63阳性率分别为42%和74%.两组间比较存在显著差异(P<0.01).p63阳性率在结肠癌组织浸润达粘膜层、肌层中为62%,在结肠癌组织浸润达浆膜层中为91%,两组间比较存在差异(P<0.05);p63阳性率在发生淋巴结转移的结肠癌组织中为86%.在无淋巴结转移的结肠癌组织中为59%,两组间比较存在差异(P<0.05);p63阳性率在A B期结肠癌组织中为57%,在C D期结肠癌组织中为89%,两组间比较存在差异(P<0.01);p63阳性率在高分化结肠癌组织中为55%,在中低分化结肠癌组织中为87%,两组间比较存在差异(P<0.05).p63表达上调参与结肠癌发生,并与结肠癌侵袭、淋巴结转移和临床演进关系密切.     

人源CLP的表达、纯化及生化特性研究

目的：为进一步研究CLP（coactosin-likeprotein）与5’-脂氧合酶、肌动蛋白的相互作用机制及功能,开展CLP克隆表达、分离纯化研究,以得到高纯度的CLP,并对其生物化学特性进行分析测定。方法：从人的胎肝cDNA文库中经PCR扩增得到CLP基因,克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中并获得高效表达,经过Glutathione Sepharose 4B亲和层析和Su-perdex 75分子筛纯化,得到高纯度的CLP;在此基础上进行SDS-PAGE、动态光散射和分析型超速离心等实验,并进一步分析实验结果。结果：CLP在溶液中主要以单体形式呈现;CLP的摩擦率为1．909,证实该蛋白质具有线性化趋势存在的可能性,且线性化程度较高。结论：实验结果揭示了CLP作为线性化蛋白质的可能性,为进一步搭建CLP和丝状肌动蛋白的作用模型奠定了一定的数据基础。     

甘蓝型油菜的遗传转化

甘蓝型油菜的各种外植体经遗传转化、组织培养后可以再生为转基因植株,但再生频率会因外植体的基因型、年龄、培养基添加成分和农杆菌共培养的不同而发生变化。转化方法包括农杆菌介导转化、基因枪法、花粉介导法、PEG介导法等,其应用前景非常广阔。甘蓝型油菜的遗传转化在其品质改良、抗逆性提高、雄性不育系的获得和一些特殊性状方面都取得了很大成就。简要介绍甘蓝型油菜的再生体系建立、转化方法及所取得的部分成就。