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Development and validation of a prototype 16S rRNA-based taxonomic microarray for Alphaproteobacteria 总被引:1,自引:0,他引:1
Sanguin H Herrera A Oger-Desfeux C Dechesne A Simonet P Navarro E Vogel TM Moënne-Loccoz Y Nesme X Grundmann GL 《Environmental microbiology》2006,8(2):289-307
The microarray approach has been proposed for high throughput analysis of the microbial community by providing snapshots of the microbial diversity under different environmental conditions. For this purpose, a prototype of a 16S rRNA-based taxonomic microarray was developed and evaluated for assessing bacterial community diversity. The prototype microarray is composed of 122 probes that target bacteria at various taxonomic levels from phyla to species (mostly Alphaproteobacteria). The prototype microarray was first validated using bacteria in pure culture. Differences in the sequences of probes and potential target DNAs were quantified as weighted mismatches (WMM) in order to evaluate hybridization reliability. As a general feature, probes having a WMM > 2 with target DNA displayed only 2.8% false positives. The prototype microarray was subsequently tested with an environmental sample, which consisted of an Agrobacterium-related polymerase chain reaction amplicon from a maize rhizosphere bacterial community. Microarray results were compared to results obtained by cloning-sequencing with the same DNA. Microarray analysis enabled the detection of all 16S rRNA gene sequences found by cloning-sequencing. Sequences representing only 1.7% of the clone library were detected. In conclusion, this prototype 16S rRNA-based taxonomic microarray appears to be a promising tool for the analysis of Alphaproteobacteria in complex ecosystems. 相似文献
53.
Liu HA Sun HX Mo XM Li SY Li XY Zhang G Lu L 《Indian journal of experimental biology》2012,50(5):313-319
We have found and synthesized a trapping ligand peptide H22-LP (the conservative sequence is NAHCALL) from a random phage library according to the broad-spectrum trapping receptor H22, which derived from the residue 14-35 near the N-terminal region of receptor US28 on HCMV. In this study, we will evaluate its potential as an efficient antagonist of US28 and the anti-virus activity, acting as a broad spectrum chemokine receptors antagonist. Stable expression of US28 and ORF74 in NIH/3T3 cells were successfully constructed in vitro. Flow cytomety was used to determine the concentration of Ca2+ induced by H22-LP, and the binding of H22-LP and US28 was confirmed by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Antivirus activity of H22-LP on HCMV and KSHV was evaluated by anti-virus experiments. Our data suggest that H22-LP is an effectual antagonist of receptor US28 of HCMV and ORF74 of KSHV in the transfection assay, and it has potential to inhibit infection of HCMV and KSHV. These results provide support for the development of anti-virus strategies based on targeted inhibiting the infection of herpesvirus. 相似文献
54.
水稻白叶枯病菌是一种引起水稻白叶枯病的植物病原细菌,水稻白叶枯病是世界水稻生产中最严重的细菌性病害之一.本研究采用携带同源序列的自杀质粒pK18MobGⅡ整合的办法构建了水稻白叶枯病菌中国菌株13751编码6-磷酸葡糖酸内酯酶的基因XOO2193的非极性突变体GNM2193.对突变体的表型分析发现其毒力在杂交水稻品种特优63上显著减弱,突变体在非寄主植物蓖麻上不能引起过敏反应.此外,突变体胞外多糖的产量是野生型的43.4%.用一段含有XOO2193基因的DNA 片段对GNM2193进行功能互补,互补菌株在水稻上的毒力、引起过敏反应的能力和胞外多糖产量恢复到野生型水平.说明XOO2193基因与病菌的毒力和胞外多糖的产生有关. 相似文献
55.
关于几种避孕植物药的药理初筛及成份预试 总被引:4,自引:0,他引:4
本文对云南滇西地区民间用于避孕和绝育秘方中的槌果藤,野花椒寄生、花椒寄生、螃蟹树寄生、鸡矢藤及野花椒的醇提取物进行了小鼠最大耐受量测定及小鼠抗生育实验,结果表明,花椒寄生、螃蟹树寄生的醇提取物具有明显抗生育活性,槌果藤也具有一定的抗生育作用。此外,还对槌果藤、野花椒寄生进行了化学成份预试。 相似文献
56.
本工作将富集小鼠着丝粒DNA克隆于载体EMBL3,得到约2000个克隆,建立了着丝粒基因文库。从中随机挑取20个克隆,鉴定其克隆片段平均分子量大小约为14kb。 相似文献
57.
为大量制备β-NGF,构建了一种稳定、高效表达重组人神经生长因子(Recombinant human nerve growth factor,rh-β-NGF)的真核表达载体及含该重组载体的HEK293细胞株。首先,构建重组质粒p CMV-β-NGF-IRES-dhfr并转染至HEK293细胞系,用MTX加压筛选和有限稀释法进行选择,获得高效表达rh-β-NGF的单克隆重组细胞株;随后逐步降低血清培养,最终使细胞株完全适应无血清培养基并稳定表达rh-β-NGF;SDS-PAGE分析该表达产物,可见相对分子质量约13 k Da的条带,纯度大于50%,经质谱法测定得到其肽图谱与理论序列完全匹配,接着利用离子交换层析和分子筛层析纯化rh-β-NGF;最后进行重组细胞株表达效率和表达稳定性检测,表明重组细胞株可稳定、高效表达rh-β-NGF,其分泌效率大于20 pg/(cell?d),并能诱导PC12细胞的分化,具有良好的生物学活性。 相似文献
58.
59.
利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了9株根瘤菌酯酶及SOD同工酶图谱,结果显示快生型根瘤菌与慢生型根瘤菌有明显区别,不仅根瘤菌种间有明显差别,而且菌株间也存在差异。Rhizobiumleguminosarumbiovarsviceae和phaseoli具有相同的SOD图谱和相似的酯酶图谱。快生型大豆根瘤菌的上述同工酶图谱不同于慢生型大豆根瘤菌和其它快生型根瘤菌。 相似文献
60.
人胰岛素原C肽的合成及专一性抗体制备 总被引:4,自引:1,他引:4
利用固相多肽合成中的Boc途径合成了人胰岛素原C肽 ,经TSK柱层析一步纯化 ,产物达HPLC及毛细管电泳均一 ,蛋白质序列分析和质谱分析符合理论值 ,总回收率高达 41 %。为了提高寡肽抗体的专一性 ,我们将丙烯酰化的C肽经催化聚合形成了以聚丙酰为骨架 ,C肽为侧链的聚合体 ,分子量约为 2 5kD。免疫新西兰大白兔 1月 ,获得专一性抗体。用酶联免疫吸附法测得抗血清滴度达 2 .5× 1 0 4 ,与BSA无交叉反应。聚丙酰C肽抗原是制备C肽抗体的一种新的尝试 ,而且也可能成为新的多肽工程疫苗之一 ,为其他传染性疾病多肽疫苗的研究提供新的途径 相似文献