基于Web of Science的合成生物学文献计量分析

合成生物学是一个新兴的交叉学科,近年来得到了广泛关注。本文以1992-2012年期间Web of Science数据库收录的5012篇与合成生物学相关的论文为研究对象,进行年代分布、地域分布、机构分布、研究热点等方面的计量分析,以探究合成生物领域的研究实力分布、研究热点与发展动态。通过文献计量分析发现合成生物学领域近十年来发展迅猛,美国等发达国家占据主动。我国在该领域的论文产出数量可观,但学术影响力有待提高。研究的热点主要集中在基因调控网络构建、基因基因组合成、功能回路设计等方面。     

云南割手密血缘F1创新种质的因子和聚类分析

对70份云南割手密血缘F1创新种质材料8个农艺性状进行了因子和聚类分析,因子分析中8个公因子保留前3个公因子,其累计贡献率达79.35%。第1公因子中载荷值较大的是单产、含糖量、有效茎数、出苗率和分蘖率等性状;第2公因子中起主导作用的性状是茎径和株高两个产量因子;第3公因子只有11月理论蔗糖分起主导作用。以70份创新材料3个公因子的因子得分为指标,采用系统聚类中的最长距离法进行聚类分析。在遗传距离2.4处,参试材料被聚为10类,其中占参试材料总数50%的第Ⅰ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅹ类材料,表现高产;占参试材料72.8%的第Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅸ类材料,表现高糖,特别是其中占参试材料38.6%的Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ类材料,11月理论蔗糖分均高于12%;占参试材料总数38.6%的第Ⅰ、Ⅳ、Ⅶ类材料,表现高产、高糖。本结果为有针对性地利用这些材料,培育高产、高糖创新亲本提供了科学依据。     

多囊卵巢综合征患者与健康人群肠道菌群差异性分析

目的 比较多囊卵巢综合征(PCOS)患者与健康人群间肠道菌群的差异,为后续研究提供参考.方法 采用16SrDNA扩增子测序法对30例PCOS患者(PCOS组)和20例健康人(健康组)粪便标本中菌群结构进行分析,并比较两组之间的区别.结果 与健康组相比,PCOS组患者肠道菌群α多样性降低.PCOS组患者肠道厚壁菌门(Fi...     

地涌金莲MlCCD8b基因的克隆与表达分析

该研究以地涌金莲(黄色苞片型YN01和红色苞片型RD05)为材料,采用RACE技术克隆获得地涌金莲CCD8b基因的cDNA全长,进行氨基酸序列比对及系统进化树构建,并采用实时荧光定量PCR技术检测MlCCD8b基因在不同地涌金莲类型和不同组织中的表达模式。结果表明：(1)序列分析显示,MlCCD8b的ORF全长1 671 bp,编码556个氨基酸,存在1个类胡萝卜素加氧酶家族的典型保守结构域RPE65,推测其相对分子量为61 574.26 Da,等电点6.61,亚细胞定位于叶绿体基质中的类囊体上,所编码的MlCCD8b蛋白为亲水性蛋白。(2)同源对比分析及构建系统进化树发现,地涌金莲MlCCD8b蛋白与小果野蕉亚种、凤梨等单子叶植物的CCD8b蛋白遗传关系最近。(3)荧光定量PCR检测结果表明,MlCCD8b在吸芽数量多的黄色苞片型YN01的所有组织中均有表达,而在吸芽数量少的红色苞片型RD05中,其苞片内未能检测到MlCCD8b的表达,但其他组织中皆有表达;MlCCD8b在2种类型地涌金莲中呈现一致的组织表达特异性,即在花序轴中的表达量最高,其次是吸芽芽点、根尖和叶片,在苞片中的表达量最低或不表达。(4)2种类型地涌金莲同一组织部位比较结果显示,RD05的花序轴、吸芽芽点、根尖和叶片中的MlCCD8b相对表达量分别是YN01的4.47、4.67、2.09和1.10倍。(5)利用高效液相色谱 串联质谱法测得RD05根尖部位的5 脱氧独脚金醇含量是YN01的15.57倍,与MlCCD8b在根尖的表达趋势一致。研究认为,MlCCD8b基因可能通过调控独角金内酯的合成,促进或抑制地涌金莲吸芽的萌生。该研究结果可为MlCCD8b基因的生物学功能研究提供依据,并为今后通过分子辅助育种调控MlCCD8b的表达,从而控制地涌金莲吸芽数量提供理论支持。     

黄芪汤对延缓C离子辐射致大鼠肾组织细胞凋亡的影响及相关机制

目的: 探讨黄芪汤抑制¹²C⁶⁺离子辐射脑模型鼠肾组织细胞凋亡的分子保护机制。方法: 50只SPF级Wistar大鼠随机分为正常对照组,单纯辐射模型组,黄芪汤(高、中、低剂量)组。正常对照组和单纯辐射模型组给予等体积生理盐水灌胃10 ml/(kg·d),黄芪汤治疗组分别灌胃给予黄芪汤18、9、4.5 g/(kg·d),连续给药2周。7 d后除正常对照组外,其余各组大鼠脑组织给予4Gy ¹²C⁶⁺离子束单次照射,辐射后第7日处死各组大鼠。HE染色法观察大鼠肾脏的病理形态变化,ELISA法检测大鼠血清IL-6的含量,实时荧光定量PCR法测定大鼠肾脏Bcl-2、Bax和Caspase-3的基因表达,免疫组化法检测大鼠肾脏Bcl-2、Bax、Caspase-3和NF-κB的蛋白表达。结果: 与正常对照组比较,单纯辐射模型组体重和肾脏指数均显著降低,血清IL-6的含量显著升高,肾脏Bcl-2的基因表达和蛋白表达均显著降低,Bax和Caspase-3的基因表达和蛋白表达均显著升高,NF-κB的蛋白表达也显著升高(P＜ 0.01),单纯辐射组肾小球系膜细胞明显增生,肾小管间质血管明显扩张充血,肾小管管腔狭窄、不规则。与单纯辐射模型组相比,黄芪汤高剂量组体重和肾脏指数均明显升高,黄芪汤各干预组肾脏Bcl-2的基因表达和蛋白表达均显著升高(P＜0.05或P＜0.01);而黄芪汤中、高剂量组Bax和Caspase-3的蛋白表达均显著降低,各干预组血清IL-6的含量显著降低,肾脏Bax和Caspase-3的基因表达均显著降低,肾脏NF-κB的蛋白表达显著下降(P＜0.05或P＜0.01),黄芪汤高剂量组可见肾小球系膜细胞增生情况明显改善,肾小管轮廓清晰。结论: 黄芪汤对¹²C⁶⁺离子辐射脑模型鼠的肾损伤具有一定的防护作用,其作用机制可能与调控Bcl-2/NF-κB信号通路有关。     

Effects of Different Ambient Temperatures on Caecal Microbial Composition in Broilers

Short-term or acute temperature stress affect the immune responses and alters the gut microbiota of broilers, but the influences of long-term temperature stress on stress biomarkers and the intestinal microbiota remains largely unknown. Therefore, we examined the effect of three long-term ambient temperatures (high (HC), medium (MC), and low (LC) temperature groups) on the gene expression of broilers’ heat shock proteins (Hsps) and inflammation – related genes, as well as the caecal microbial composition. The results revealed that Hsp70 and Hsp90 levels in HC group significantly increased, and levels of Hsp70, Hsp90, IL-6, TNF-α, and NFKB1 in LC group were significantly higher than in MC group (p < 0.05). In comparison with the MC group, the proportion of Firmicutes increased in HC and LC groups, while that of Bacteroidetes decreased in LC group at phylum level (p < 0.05). At genus level, the proportion of Escherichia/Shigella, Phascolarctobacterium, Parabacteroides,and Enterococcus increased in HC group; the fraction of Faecalibacterium was higher in LC group; and the percentage of Barnesiella and Alistipes decreased in both HC and LC groups (p < 0.05). Functional analysis based on communities’ phylogenetic investigation revealed that the pathways involved in environmental information processing and metabolism were enriched in the HC group. Those involved in cellular processes and signaling, metabolism, and gene regulation were enriched in LC group. Hence, we conclude that the long-term temperature stress can greatly alter the intestinal microbial communities in broilers and may further affect the host’s immunity and health.     

口腔癌中肿瘤出芽与VEGF—C表达及淋巴结转移的相关关系

目的：通过检测肿瘤出芽、淋巴结转移以及血管内皮生长因子-C（VEGF—C）表达水平,分析口腔癌中肿瘤出芽与VEGF—C表达及淋巴结转移的相关关系,为临床治疗提供理论参考。方法：选取2009年1月-2013年1月4年间在我院接受诊治且资料完整63例口腔癌患者作为研究对象,观察肿瘤出芽、VEGF-C表达和淋巴结转移情况,分析相互之间的相关关系。结果：本次纳入研究的患者中,检出肿瘤出芽患者40例,所占比例为63．5％,VEGF—C表达阳性患者39例,阳性率率为61．9％,淋巴结转移患者40例,转移率为63．5％;肿瘤出芽与淋巴结转移的符合率为84．1％,肿瘤出芽与VEGF—C的表达符合率为79．4％,VEGF-C的表达与淋巴结转移发生的符合率为76．2％。肿瘤出芽与淋巴结转移呈正相关,经Spear相关分析,r=0．932,P〈0．05,与VEGF-C的表达也呈正相关,经Spear相关分析,r=0．897,P〈0．05。结论：肿瘤出芽与VEGF—C的表达水平和淋巴结转移均呈正相关关系,可用于预测判断口腔癌淋巴结转移情况。     

太子参红外指纹图谱的双指标序列分析

本文采用傅里叶变换红外光谱仪测定了四大种植主产区(安徽、江苏、福建、贵州)的栽培品及河南的野生品,共13个批次太子参甲醇提取物,获得不同产地太子参栽培品的FTIR指纹图谱,并对指纹图谱进行了相似度的计算,同时结合(共有峰率,变异峰率)双指标序列分析方法,对不同产地太子参的FTIR光谱进行了研究。结果表明,该方法所建立的太子参FTIR指纹图谱能够区分栽培品和野生品的差异,双指标序列分析法能够为产区间和产区内太子参品质差异提供参考,两种分析方法结合可为该药材的质量分析、评价与控制提供依据。     

单纯疱疹病毒1型引起的发热出疹性疾病需要与手足口病进行鉴别

对2008年在甘肃省发生的一起疑似手足口病(HFMD)的发热出疹性疾病的流行进行病原体的实验室检测,明确引起这起传染病流行的病原体。从4名发热出疹患者采集的8份临床标本中(每个患者采集咽拭子和疱疹液标本),首先将临床标本接种到RD和HEp-2细胞上进行病毒分离,对病毒分离阳性的标本提取病毒核酸,然后使用荧光定量-逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行人肠道病毒(HEV)核酸的检测。对HEV检测结果阴性的标本采用序列非依赖的单引物扩增技术(SISPA)进行"未知病原体"的鉴定。分离到的6株病毒均鉴定为单纯疱疹病毒I型(HSV-1),结合分析这起流行中患者的临床表现、流行病学调查结果以及实验室检测结果,表明HSV-1是引起这起发热出疹性疾病流行的病原体。6株HSV-1的gG区核苷酸和氨基酸水平上差异都较小,同源性分别高达98.8%和97.9%,说明这起疫情是由同一个病毒传播链引起的。HSV-1等病毒引起的发热出疹性疾病需要与HFMD进行鉴别诊断,由于仅从临床症状和流行病学资料上判断引起发热出疹性疾病的病原体是非常困难的,因此,必须依赖于实验室的诊断。     

陕西省烟草灰霉病病原及云芝多糖对其防治研究

采用形态学观察和分子鉴定方法对2011年在陕西省发生的一种烟草未知病害的病原菌进行鉴定。从病叶组织分离纯化得到病原菌,通过致病性测定以及人工接种后再分离病菌,证明编号LJL007的菌株为该病的致病菌。依据病原菌的形态学和培养特征,将菌株LJL007鉴定为灰葡萄孢Botrytis cinerea Pers.,其有性型为富氏葡萄孢盘菌Botryotinia fuckeliana Whetzel。通过核糖体DNAITS序列分析,分离菌株LJL007序列(登录号:HM17900)与富氏葡萄孢盘菌序列(登录号:HM849615)同源性达100%,进一步证明该病原菌是灰葡萄孢Botrytis cinerea。云芝多糖在离体条件下,对灰葡萄孢的菌丝生长和孢子萌发均无直接抑制作用。云芝多糖对烟草灰霉病有较好预防保护作用,其预防效果可达56.29%。云芝多糖可显著提高烟草体内几丁质酶和β-1,3-葡聚糖酶活性,其活性峰值分别比对照提高56.89%和429.83%,说明云芝多糖可诱导植物产生抗病性。