MPDA: Microarray pooled DNA analyzer

Background  

Microarray-based pooled DNA experiments that combine the merits of DNA pooling and gene chip technology constitute a pivotal advance in biotechnology. This new technique uses pooled DNA, thereby reducing costs associated with the typing of DNA from numerous individuals. Moreover, use of an oligonucleotide gene chip reduces costs related to processing various DNA segments (e.g., primers, reagents). Thus, the technique provides an overall cost-effective solution for large-scale genomic/genetic research. However, few publicly shared tools are available to systematically analyze the rapidly accumulating volume of whole-genome pooled DNA data.     

Global transcriptional response of pig brain and lung to natural infection by Pseudorabies virus

Background  

Pseudorabies virus (PRV) is an alphaherpesviruses whose native host is pig. PRV infection mainly causes signs of central nervous system disorder in young pigs, and respiratory system diseases in the adult.     

在墨尔本召开的第18届国际植物学大会做出的有关名称发表要求的变化——电子出版物对你意味着什么？

《国际植物命名法规》的修订由每六年一次的国际植物学大会（IBC）命名分会来决定。第18届国际植物学大会在澳大利亚墨尔本举行;命名分会于2011年7月18日至22日召开,其决议获得7月30日的全体会议通过。“墨尔本法规”有几个重要的变化,将影响新名称的发表。这些变化中的两个将在“墨尔本法规”出版前的几个月,即于2012年1月1日起生效。通过以移动文档格式（Portable Document Format;pdf）在线发表的具有国际标准连续出版物号（ISSN）或国际标准图书编号（ISBN）的电子出版物,将构成有效发表。新分类群名称的合格发表所必须的拉丁文描述或特征集要将更改为拉丁文或英文描述或特征集要。此外,自2013年1月1日起,被处理为真菌的生物的新名称必须在原始资料（某一名称合格发表时与之有关的所有资料）中引证一个由一家公认的存储库（例如MycoBank）签发的标识码,才构成合格发表。本文提供了有关电子出版物的新规则的草案文本,并概述了相应的最佳做法。     

热带季节雨林林窗边缘不同热力作用面热力效应的季节变化特征

通过对热带季节雨林雾凉季和湿热季昼间林窗区域不同热力作用面的热力效应初步分析,指出在西双版纳,不论是雾凉季还是湿热季,热带季节雨林林窗边缘壁面均具有不可忽视的热力作用,且由于受林缘树木的影响,热力效应较强的东侧,北侧林缘壁面最大区域出现位置高于次生林林窗,而强度小于次生林林窗,显示了林窗边缘壁面的热力效应除与太阳高度角,太阳辐射的时间长短和强度有关之外,林窗边缘树木高度也是不可忽视的因子,其结果可为进一步研究林窗小气候形成机制提供研究基础,为研究林窗更新及生物多样性问题提供科学参考。     

不受欢迎的生物多样性：香港的外来植物物种

香港早在19世纪中叶开始就有外来植物入侵的记录,迄今为止,已发现多达238种已归化的外来或怀疑为外来的植物,其中又以薇甘菊（Mikania micrantha)、五爪金龙（Ipomoea cairica)、假臭草（Eupatorium catarium)、大黍（Panicum maximum)等最常见,外来植物最常见于受人为干扰的生境,例如荒废农田及路旁等,而较少在天然林地生境及贫瘠的灌草丛中发现,外来植物的对本地生态系统的影响主要局限于低地生境,它们常形成单优种群,减少了生境及贫瘠的灌草丛中发现,外来植物对本地生态系统的影响主要局限于低地生境,它们常形成单优种群,减少少了生境及动植物的多样性,外来动物对香港原生植物影响最大的是于20世纪70年代入侵的松树线虫（Bur-saphelenchus xylophilus)。外来的脊椎动物也有可能对香港的植物被演替产生影响,目前香港的外来植物当中,有些在大陆较少分布或没有记录,作为华南最大的港口,香港对外来物种的引入扮演着重要的角色,因此制定控制外来种在香港及华南地区的引入及传播的政策及措施非常重要。     

巴西人参化学成分和药理活性研究进展

巴西人参原产于南美洲,当地人把它当做具有壮阳、增强体质等作用的草药。巴西人参已在我国广西、浙江等地引种栽培成功,现代研究发现,其主要含有三萜和三萜皂苷类、甾体类等多种化学成分,具有抗肿瘤、抗炎、保护胃黏膜等药理活性。本文通过对近年来巴西人参的研究情况进行综述,阐明已有的化学物质基础和药理作用,为其进一步的深入研究和开发提供理论依据。     

香港嘉道理农场次生林区碰撞诱捕网和黑光灯捕虫器采集所得鞘翅目甲虫多样性比较

本文根据1990-1995年在香港嘉道理农场次生林区采集的昆虫标本,首次分析了鞘翅目及其优势科的种类、数量和季节性变化,以及由碰撞诱捕网和黑光灯捕虫器采集所得甲虫在种类、数量和季节性上的差异。在13260号标本中,已鉴定到科的有13253号,分属45科,231种。其中,朽木甲科(Alleculidae)、毛蕈甲科(Biphyllidae)、丸甲科(Byrrhidae)、坚甲科(Colydiidae)、拟球甲科(Corylophidae)、隐食甲科(Cryptophagidae)、水缨甲科(Hydroscaphidae)、伪叶甲科(Lagliidae)、薪甲科(Lathridiidae)、泽甲科(Limnichidae)、黑蕈甲科(Zopheridae)等11个科为香港地区的首次报道,约占本次调查科总数的25％。分析表明：(1)该次生林区的鞘翅目甲虫以蛀木性为主。天牛科(Cerambycidae)、瓢虫科(Coccinellidae)、象甲科(Curculionidae)、花蚤科(Mordellidae)、金龟甲科(Scarabaeidae)、小蠹科(Scolytidae)等6科均为多样性较高(种类≥15或者个体数量≥200)的优势科。(2)鞘翅目个体数量季节性明显,每年自2月开始数量逐渐增加,6—7月为甲虫发生的高峰期,8月显著减少。各优势科甲虫的季节性也存在一定的差异,庞大的小蠹标本数量(85％)说明在此调查期间该科正处于大发生时期。(3)黑光灯捕虫器所捕的甲虫科类和种类较之碰撞诱捕网所捕不尽相同,黑光灯捕虫器所捕的甲虫数量发生高峰期比碰撞诱捕网所捕的甲虫提前一个月。(4)各项多样性指数对不同捕虫器采集所得鞘翅目的测度差异明显,黑光灯捕虫器所捕甲虫的多样度和均匀度指数高于碰撞诱捕网。     

孑遗植物水杉的遗传多样性研究

采用随机扩增多态DNA(RAPD)方法对孑遗植物水杉 (Metasequoiaglyptostroboides)的 8个居群 (包括 6个孑遗居群和 2个人工栽培居群 )的 48个个体进行了遗传多样性研究。用 16个随机引物共扩增出清晰谱带 5 7条。孑遗居群平均多态位点百分率为 38.6 %。各居群多态位点百分率差异显著 ( 10 .5 3%～ 33 .33 % ) :湖北利川的小河和桂花 2个居群较高 ,分别是 33 .33%和 31.5 8% ;湖南龙山洛塔居群较低 ,为 10 .5 3 %。人工栽培居群中 ,美国密西根州和湖北武汉 2个居群的多态位点百分率也较低 ,仅分别为 10 .5 3 %和 8.77%。用POPGENE 1.31版软件进行数据处理后结果如下 :孑遗居群的平均Nei’s基因多样性为 0 .130 5 ,Shannon’s遗传多样性信息指数为 0 .192 1,水杉孑遗居群遗传距离与地理距离的相关系数r =0 .2 346 6 (P =73 .2 7% ) ,基因分化系数Gst=0 .10 82 ,表明居群间有一定分化。用UPGMA方法聚类可知 ,2个人工居群与湖北利川居群优先聚类。鉴于目前水杉孑遗居群生境人为破坏严重、遗传多样性较低和原生母树分布分散 ,建议在湖北利川小河和桂花野生水杉最适生境建立水杉遗传多样性保护点 ,将现有的 2 5 0多株原生母树分别采种育苗定植于保护点 ,以达到最大限度地保存现有水杉遗传多样性的目的。     

Identification of an S-locus glycoprotein allele introgressed from B. napus ssp. rapifera to B. napus ssp. oleifera.

We have previously described a developmentally regulated mRNA in maize that accumulates in mature embryos and is involved in a variety of stress responses in the plant. The sequence of the encoded 16 kDa protein (MA16) predicts that it is an RNA-binding protein, since it possesses a ribonucleoprotein consensus sequence-type RNA-binding domain (CS-RBD). To assess the predicted RNA binding property of the protein and as a starting point to characterize its function we have used ribohomopolymer-binding assays. Here we show that the MA16-encoded protein binds preferentially to uridine- and guanosine-rich RNAs. In light of these results a likely role for this protein in RNA metabolism during late embryogenesis and in the stress response is discussed.     

Molecular evolution of mitochondrial 12S RNA and cytochrome b sequences in the pantherine lineage of Felidae

DNA sequence comparisons of two mitochondrial DNA genes were used to infer phylogenetic relationships among 17 Felidae species, notably 15 in the previously described pantherine lineage. The polymerase chain reaction (PCR) was used to generate sequences of 358 base pairs of the mitochondrial 12S RNA gene and 289 base pairs of the cytochrome b protein coding gene. DNA sequences were compared within and between 17 felid and five nonfelid carnivore species. Evolutionary trees were constructed using phenetic, cladistic, and maximum likelihood algorithms. The combined results suggested several phylogenetic relationships including (1) the recognition of a recently evolved monophyletic genus Panthera consisting of Panthera leo, P. pardus, P. onca, P. uncia, P. tigris, and Neofelis nebulosa; (2) the recent common ancestry of Acinonyx jubatus, the African cheetah, and Puma concolor, the American puma; and (3) two golden cat species, Profelis temmincki and Profelis aurata, are not sister species, and the latter is strongly associated with Caracal caracal. These data add to the growing database of vertebrate mtDNA sequences and, given the relatively recent divergence among the felids represented here (1-10 Myr), allow 12S and cytochrome b sequence evolution to be addressed over a time scale different from those addressed in most work on vertebrate mtDNA.