基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件

完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序（RNA-seq）数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件（其中新识别的可变剪接事件3922个）,包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.     

骨形成蛋白Ⅱ型突变受体基因转染对口腔鳞癌细胞增殖和凋亡的影响

目的探讨骨形成蛋白（BMPs）与口腔鳞癌的发生、发展的可能关系。方法将含有BMP-Ⅱ突变受体的真核表达载体转染入Tea8113舌癌细胞,筛选和鉴定后,构建稳定表达BMP-Ⅱ突变受体的细胞株tBRⅡ-Tea8113。对tBRⅡ—Tca8113细胞和Tca8113细胞分别进行MTT检测,流式细胞仪（FCM）分析、BrdU标记检测细胞的增殖活性及DNA合成;检测tBRⅡ-Tca8113细胞和Tea8113细胞的凋亡及细胞周期相关因子（CyclinD1,CDK-4,p27,p57）的表达。结果Tea8113细胞和tBRⅡ-Tea8113细胞的增殖指数MTT检测为0．47±0．01和0．35±0．008（t=22．953,P=0．000）,BrdU检测为12．0±3．4和23．0±1．9（f=6．918,P=0．000）,FCM检测为6.3和7．9;两组的凋亡指数为3．7±1．2和8．7±1．6（t=29．583,P=0．000）;细胞周期因子在Tca8113和tBRⅡ-ca8113细胞中的平均灰度测量值为CyclinD1（186．5±2．4和145．6±3．9,t=28．244,P=0．000）,CDK4（169．9±2．9和129．5±3．2,t=29．583,P=0．000）,p27（110．1±1．1和167．34-1．8,f=85．754,P=0．000）,p57（107．9±2．1和156．8±2．2,t=50．844,P=0．000）。结论BMPs及其受体可能在口腔上皮组织的恶变过程中有重要作用,研究结果为探讨BMPs信号在上皮性肿瘤中的作用提供了重要依据。tBRⅡ-Tea8113细胞的建立,进一步表明了BMPs及其受体在口腔上皮组织的恶变过程中有重要作用,并为进一步探讨BMP信号在上皮性肿瘤的恶变过程中的作用奠定了基础。     

Ⅲ型纤连蛋白组件包含蛋白5通过抑制ERK1/2磷酸化抑制C3H10T1/2细胞成脂分化

旨在探究Ⅲ型纤连蛋白组件包含蛋白5(type Ⅲ domain-containing protein5,FNDC5)对C3H10T1/2细胞成脂分化的调控作用.利用qRT-PCR和Western印迹检测FNDC5在C3H10T1/2细胞成脂分化过程中的时序性表达规律;构建慢病毒包被的过表达/干扰FNDC5载体,转染C3...     

坡度对农田土壤动物群落结构及多样性的影响

为了研究坡度对土壤动物群落的影响,于2010年3月和9月分别对川中丘陵区坡度为5°、15°、25°的3种农田土壤动物进行了调查。共采集土壤动物11657只,隶属4门11纲21目,弹尾目、蜱螨目、颤蚓目和线虫为优势类群。土壤动物群落的类群数在3月随坡度增加无显著变化(P>0.05),9月则呈波动性上升(P<0.01)。群落密度在3月随坡度增加而显著下降(P<0.01),9月的变化趋势则相反(P<0.05)。群落多样性指数在3、9两月均随坡度增加呈显著波动性变化(P<0.05)。坡度对弹尾目、蜱螨目和线虫等主要类群的密度影响显著(P<0.05),并具季节差异。主成分分析(PCA)结果表明坡度对农田土壤动物的群落结构有明显影响,Sorenson和Morisita-Horn相似性系数进一步表明坡度在3月份主要影响土壤动物群落的类群组成,在9月主要影响优势类群的密度。研究结果表明坡度对土壤动物的群落结构、多样性及主要类群的密度有显著影响,并存在季节差异。     

植物磷脂酶D基因表达与衰老的关系

磷脂酶D (PLD)是一种重要的磷脂水解酶,在植物细胞中普遍存在。磷脂酶D能激活许多重要的细胞生理功能,包括调控细胞膜的重建、跨膜信号传导及细胞内调控、细胞骨架组装、防御反应以及种子萌发和植物的衰老等。对磷脂酶D的基本特性、磷脂酶D基因特异性表达模式及其活性抑制与植物衰老的关系进行了综述,并探讨和展望了今后植物磷脂酶D基因的研究方向。     

基于叶绿体 psbA-trnH 序列和 trnL-F序列的牡丹野生种间关系

对牡丹组全部9个野生种15个居群及凤丹的叶绿体psb A-trn H和trn L-F序列进行测序,并采用邻位相连法分别构建了psb A-trn H序列和trn L-F序列的系统发育树。结果显示:1)两段序列的基因树均支持牡丹组划分为两个亚组的分类方法,与前人的研究结果一致。2)psb A-trn H序列基因树表明大花黄牡丹与黄牡丹的亲缘关系最近,这与大花黄牡丹曾被确定为黄牡丹的一个变种的历史一致。3)革质花盘亚组内,基于psb A-trn H和trn L-F序列的研究结果大体一致,分歧主要在四川牡丹的地位问题。4)psb A-trn H序列和trn L-F序列基因树分别表明杨山牡丹与凤丹具有最近或较近的亲缘关系。     

鄱阳湖溶解态重金属空间分布格局及风险评估

采用ICP-MS定量研究了鄱阳湖溶解态重金属As、Cd、Cr、Cu、Pb和Zn空间分布特征,并对其引起的健康风险进行了评价。结果表明,鄱阳湖溶解态As、Cd、Cr、Cu、Pb和Zn的水平均符合国家Ⅰ、Ⅱ类饮用水质标准;鄱阳湖溶解态重金属的空间分布格局为As和Cr在整体上呈现北部大于南部,Cu为北部和南部高,中部低,Pb和Zn均呈现南部大于北部,而Cd的空间分布规律不明显。风险评估结果显示,鄱阳湖As、Cd、Cu、Pb和Zn的风险水平小于国际辐射防护委员会(International Commission on Radiation Protection;ICRP)的推荐值(5×10~(-5)a~(-1)),但是Cr的风险水平(4.74×10~(-5)a~(-1))接近了ICRP推荐值,且由As、Cd、Cr、Cu、Pb和Zn引起的健康总风险达到了5.88×10~(-5)a~(-1),超过了ICRP推荐值。鄱阳湖由Cr和As引起的健康风险之和占总风险比例达到99.72%,是主要的健康污染物,需引起风险决策部门的重视。     

烤烟品种资源的RAPD分析

从156个随机引物中筛选出30个引物,对来自国内外的31个烤烟品种进行了遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析。在检测的246个位点中,127个位点为多态位点（52％）。聚类分析表明,不同烤烟品种之间存在明显差异,31个品种基本上可分为4大类,品种最多的第一大类（19个）主要由来自美国的Orinoco烤烟选育而成,反映了我国现在推广的烤烟品种遗传基因比较狭窄。研究结果表明,RAPD技术可用于烤烟品种的鉴别和纯度测定。研究为烤烟杂种育种中亲本的选配提供了一定的理论依据。     

福建建溪流域常绿阔叶防护林物种多样性特征研究

从生物多样性保护原则出发,物种多样性应是评价防护林综合效益的重要指标之一。本文采用Weibull分布模型分析建溪流域防护林乔木层、灌木层的种－多度关系,用多种公式计算防护林各层次的物种多样性并与我国暖温带落叶阔叶林的物种多样性相比较,得出以下结论：1)该流域防护林乔木层的种－多度关系符合Weibull分布模型,说明个体数量较多的乔木仅限于少数几种主要的树种,群落的均匀度相对较小;2)该流域防护林主要群落内乔木层、灌木层和草本层的丰富度、均匀度和总多样性指数都较我国暖温带落叶阔叶林相对应的指数高。     

限气贮藏猕猴桃果实伤害产生机制的研究

采用ＰＥ袋方法于常温一藏秦猕猴桃,贮藏期间袋内ＣＯ２浓度高于６％时果实会产生伤害贮藏前期,果实的果肉和果心硬度均很高,这与两部位淀粉酶和多聚半乳糖醛酸酶活性严重被抑制淀粉和果胶物质水解被抑制有关。贮藏中期,果肉出现水浸状,到贮藏末期,果心和照相机人均很快腐烂,这主要与Ｖｃ含量明显降低,导致膜脂过氧化加剧有关。而与ＳＯＤ活性变化关系不大。而贮藏期间,果心硬度明显高于果肉,这与果心淀粉酶和多聚半乳醛酸