FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法

目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。     

蛋白S基因突变及多态性的研究进展

蛋白S在生理抗凝血过程中起着重要的作用.血浆蛋白S水平低下是血栓性疾病发生和发展的危险因素之一.蛋白S基因突变及多态性可增加静脉血栓形成的危险性.本文就蛋白S的理化性质、蛋白S基因突变及多态性,以及与静脉血栓的关系作一综述.     

1ω-3不饱和脂肪酸对视网膜新生血管的实验研究

目的:研究ω-3不饱和脂肪酸对鼠视网膜新生血管的作用。方法:32只7日龄Wistar白鼠分为4组。每组各8只,分别与母鼠共同饲养,制备早产儿视网膜病变(ROP)视网膜新生血管动物模型,其中A组为ROP模型对照组,B、C、D组为ω-3PUFAs喂养组,分别按母鼠公斤体重给与ω-3PUFAs2.5mg/kg/d、7.5mg/kg/d及15mg/kg/d喂养。采用免疫组化观察小鼠中突破视网膜内界膜CD31的特异性表达,Western印迹法检测视网膜标本中RGS5的表达。结果:免疫组化观察视网膜CD31的特异性表达,A、B、C、D组突破视网膜内界膜的新生血管内皮细胞核数分别为(17.25±1.04)个、(15.75±1.83)个、(9.75±1.49)个、(8.5±1.69)个;免疫印迹法检测各实验组视网膜RGS5结果:A组与C组、A组与D组比较差异均有显著意义((P<0.001),其中A、B组相比较;C、D组相比较差异无显著意义(P>0.05)。结论:一定剂量的摄入量后对于新生鼠视网膜新生血管病变将起到一定的防治作用。     

renalase在人近曲肾小管上皮细胞系的表达与分泌

目的:探讨renalase在人近曲肾小管上皮细胞系(HK-2)的表达与分泌,为进一步研究细胞水平renalase及其通路建立稳定的实验平台。方法:以HK-2细胞系作为研究材料。①应用Westernblot方法检测renalase蛋白的表达。②用real-timePCR方法检测renalasemRNA表达的变化。③用ELISA方法检测细胞上清液中renalase的浓度。结果:在mRNA水平及蛋白水平均检测到renalase表达。结论:首次在mRNA水平及蛋白水平证实了HK-2细胞能够表达renalase,为进一步研究儿茶酚胺或缺血缺氧刺激下细胞renalase的表达奠定了基础。     

硫酸长春碱聚乳酸缓释纳米粒的制剂学研究和体外释放度考察

目的:制备硫酸长春碱聚乳酸纳米粒(VLB-PLA-NPs)并考察其体外释放度.方法:采用复乳挥发法制备VLB-PLA-NPs,以包封率为主要指标评价指标,选择聚乳酸用量、超声时间、外水相浓度为考察因素,优化制备工艺,考察体外释放度.结果:优化工艺制备得VLB-PLA-NPs平均粒径为65±3.03nm,包封率为(99.68±0.30)%,载药量为3.323±0.01μg/mg,体外释放可持续20天.结论:该制备工艺操作简便,结果稳定,缓释特征明显,应用前景良好.     

氯化钴对小鼠NIH3T3细胞增殖和凋亡的影响

目的:观察氯化钴(Cocl2)对体外培养的小鼠NIH3T3细胞增殖和凋亡的影响.方法:首先利用MTT法和流式细胞术检测不同浓度Cocl2对小鼠NIH3T3细胞增殖及凋亡的影响.然后利用免疫印迹检测HIF-1α和凋亡相关蛋白Bcl-2及Bax的表达.结果:(1)MTT结果显示,低于250μ mol/L的Cocl2作用NIH3T3细胞24 h对细胞的增殖活力影响不大,当浓度增加到500μ mol/L以上时会明显抑制细胞的增殖活力.(2)流式细胞仪检测结果显示低浓度Cocl2(≤ 250μ mol/L)并不会引起NIH3T3细胞明显的凋亡和坏死,增加浓度(≥500μmol/L)会导致细胞早期凋亡和坏死增加.3)不同浓度Cocl2作用NIH3T3细胞24 h均可诱导细胞中HIF-1α表达上调,同时Bax/Bcl-2的比值增高.结论:高浓度Cocl2可以抑制小鼠NIH3T3细胞增殖,促进凋亡发生.     

SWAT模型在气候变化对水资源影响研究中的应用——以河南省中部农业区为例

为了研究气候变化对水资源的影响,应用具有物理基础的SWAT(Soil and Water Assessment Tool)模型,针对河南中部农业区(淮河上游沙河周口水文站上游区域)的特点,构建了该区域气候变化影响水资源(径流)评估模型。通过加载1∶4000000电子河系数据,消除了SWAT在平原区从1∶250000 DEM自动提取河系的误差;在对模型参数敏感性分析的基础上,将1999—2002年作为校准期,2003—2006年作为验证期,对模型的参数进行了校准和验证,模型校准期Nash-Sutcliffe效率系数Ens=0.96,r2=0.95,验证期Ens=0.81,r2=0.87,表明模型应用于该区域的月径流模拟精度较高。将1966—2007年的气象资料应用于模型进行模拟,分析结果表明,地表径流、基流年内变化趋势与降水量变化趋势一致,蒸散发是该地区水量的主要输出项,地表径流是基流的2倍左右,地表径流相对于降水有滞后性,基流滞后于降水3个月时间。     

四季竹立竹表型可塑性的林分密度效应

为了给优良的观赏和夏秋笋用竹种四季竹的丰产林分密度建立提供理论依据,开展了四季竹纯林4种林分密度(17500～27500株·hm-2,D1;37500～42500株·hm-2,D2;55000～62500株·hm-2,D3;72500～82500株·hm-2,D4)的分株构件因子调查,并对立竹主要形态特征因子进行了主成分分析。结果表明:随着林分密度的增大,四季竹立竹胸径和相同胸径下的节间长分别呈"∧"和"∨"形变化,极值分别出现在D3和D2密度。相同胸径下的立竹冠幅和枝盘数均呈"∨"形变化,并且最小值都出现在D2密度;立竹枝长和残枝率均呈倒"N"形变化,枝长最大值和残枝率的最小值均出现在D3密度。林分叶面积指数呈"∧"形变化,最大值出现在D3密度;立竹单叶面积与林分密度呈显著正相关。相同胸径下的立竹全高、胸高壁厚、枝下高和枝夹角、单叶质量、比叶面积在不同林分密度间无显著差异。经主成分分析,立竹表型形态与秆形构件关系最为密切,其次为枝条构件,最后是叶片构件。经通径分析,各林分密度立竹表型综合得分大小顺序为:D3D4D2D1。在试验林立竹胸径条件下,D3是四季竹无性系生理整合成本和效益的密度阀值,是分株形态良好建成的适宜林分密度。     

蚊浓核病毒介导的人工内含子在蚊体内外的初步应用

根据人β-球蛋白基因第一内含子5′-端供位序列与免疫球蛋白重链可变区基因3′-端受位序列构建人工内含子,将人工内含子插入重组蚊浓核病毒质粒载体p7NS1-GFP中GFP融合表达的病毒非结构蛋白NS1的编码框内,构建成载体p7NS1-Intron-GFP,与辅助载体pUCA共转染蚊C6/36细胞系,荧光显微镜下观察细胞内GFP的表达情况。纯化、回收共转染后形成重组病毒与野生病毒,共感染白纹伊蚊二龄幼虫并观察幼虫体内GFP的表达情况。结果在C6/36细胞与蚊幼虫体内均观察到GFP的高效表达,证实人工内含子无论在蚊细胞系内还是在活体幼虫内均可正常行使其自我剪切的功能,未影响到下游蛋白GFP的表达。本研究为人工内含子在蚊虫细胞内的应用奠定基础,为蚊虫及其病原体相关基因工程技术提供新的策略。     

竹红菌素光敏剂与微血管病变光动力治疗

光动力疗法已被用于临床治疗除实体肿瘤以外的一些微血管类疾病,包括鲜红斑痣(portwine stains,PWS)和老年视网膜黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)等。竹红菌素是一种苝醌类光敏剂,因为在光疗窗口(600～900 nm)的吸收较少,它不适用于实体肿瘤的光动力治疗,但对于治疗微血管类疾病却有其独特的优势。本文根据竹红菌素光物理特性提出其主要适应症范围,并根据其临床实用化问题提出应对策略。通过构造竹红菌素水溶性纳米制剂或具有优化脂水双亲性的衍生物,实现脂溶性光敏剂既可以安全给药又最大程度保持生物利用度和光动力活性。生物学实验证明竹红菌素类光敏剂对生物靶体具有超强的光动力活性。由此推测:竹红菌素类光敏剂在光动力治疗微血管疾病(如鲜红斑痣和老年黄斑变性)及其它浅表型疾病方面具有广阔的应用前景。