基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

蚕豆叶绿体atpE基因的克隆,测序和表达

蚕豆叶绿体的ａｔｐＥ和ａｔｐＢ基因在叶绿体ＤＮＡ ＫｐｎＩ酶切的第九条（约４．０ｋｂ）片段上,此片段被克隆到载体ｐＵＣ１８中,构成重组质粒ｐＵＫ１。用玉米叶绿体ａｔｐＥ基因作探针对ｐＵＫ１的ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ等的酶切产物进行杂交,确定了蚕豆叶绿体的ａｔｐＥ在ＣｌａＩ酶切的约０．９ｋｂ的片段上。根据ｐＢｕｌｅｓｃｒｉｐｔ ＫＳ（＋）ＤＮＡ多聚接头Ｆ引物和Ｒ引物测序,得到ε亚基基因的完整核苷酸序列。     

葛藤节肢动物类群结构动态

本文利用群落结构的有关指数(物种数S、丰富度指数R、多样性指数H、H'、D和DMc、均匀性指数J'、优势度指数d和优势集中性指数C)分析了葛藤节肢动物类群结构变化动态.结果表明,葛藤节肢动物类群丰富度和多样性一年中出现两个高峰,一个在五月下旬,一个在十一月上中旬,在第一个峰期,S,R,D,H',H和DMc的值依次为38.00,6.0205,0.9056,4.0205,3.8560和0.7207,在第二个峰期,上述指数依次为34.00,6.6661,0.9245,4.2124,3.6779和0.7808;均匀性在一至四月变化较剧烈,最大值0.8899出现在1月中旬,最小值0.5765出现在二月下旬,其它时间较为平稳;优势集中性和优势度指数的变化趋势一致,其高峰值出现在二月下旬至三月上旬.分析表明,多样性和优势集中性变化趋势往往相反,即物种越丰富,多样性越大,相应的优势集中性就越小,反之就大;均匀性与多样性关系密切,即群落多样性较高时均匀度变化较为平稳,反之,就剧烈.     

用于筛选直链淀粉含量为中等的籼稻品种的分子标记

用PCR AccⅠ分子标记检测方法 ,检测了来自不同地区的 6 3个栽培水稻品种 (系 )蜡质基因第 1内含子剪接供体 1位碱基是G或是T。另外 ,还测定了这些水稻成熟种子的直链淀粉含量。结果显示该位置是G碱基的水稻品系成熟种子中直链淀粉含量均高于 2 0 % ,该位置是T的均低于 18%。在杂交育种过程中 ,这一分子标记可用于预测水稻植株种子的直链淀粉含量。对高直链淀粉含量的水稻亲本与中等直链淀粉含量的水稻亲本之间 5个籼型杂交组合F2 群体的分析表明 ,蜡质基因第 1内含子 1位碱基是G或是T与水稻种子中直链淀粉含量的高或低是紧密连锁 ,共同分离的。这些结果表明PCR AccⅠ分子标记检测方法可用于选育中等直链淀粉含量的籼稻新品系     

不同影响因素对热原实验中兔筛选的影响

目的分析不同影响因素对新西兰兔的初次筛选合格率、二次筛选合格率的影响。方法根据2005版《中国药典》进行测定。结果初次筛选结果中,不同季节、体重值、性别、湿度新西兰兔的筛选率都有显著性差异,筛选时间在7～9月、体重值为1.7～2.0 kg、雄性的新西兰兔、在湿度为61～70%的条件下初次筛选率较高;在二次筛选结果中,不同季节、室温、湿度条件下新西兰兔的筛选率都有显著性差异,筛选时间在1～3月、在室温为22.1～23.0℃、湿度为61～70%的条件下新西兰兔的二次筛选率较高。结论在不同影响因素的条件下,新西兰兔的初次筛选合格率、二次筛选合格率均受到影响。     

噬菌体治疗细菌性感染及其限制因素

近年来,细菌耐药性已成为抗感染领域面临的严峻问题,临床对一些细菌性感染疾病束手无策。噬菌体疗法是一种通过噬菌体裂解细菌来治疗病原菌感染的治疗手段。噬菌体在抗菌领域表现出显著的优越性,成为目前治疗细菌性感染的研究热点。本文对近年来噬菌体治疗动物和人类病原菌感染、限制其临床应用的因素及解决措施进行综述。     

华中五味子干燥材料DNA提取方法的研究

目的：建立一套适合从华中五味子硅胶干燥的幼芽中提取高质量DNA的方法,为进一步开展分子生物学研究奠定基础。方法：比较SDS法、SIX-CTAB法、SDS-CTAB法以及经过作者改进的CTAB法,运用紫外光谱和电泳分析方法测定所得DNA样品的纯度与完整性。结果：四种方法中改进CTAB法所得DNA纯度最高,完整性好,其A260/A280值为1．81,A260/A230值为2．13,经稳定性试验证明该方法稳定。结论：改进CTAB法是一套适合从华中五味子硅胶干燥的幼芽中提取高质量DNA的方法。     

中街山列岛岩相潮间带大型底栖动物的群落格局

于2006年9月和2007年7月在中街山列岛4个有居民海岛岩相潮间带设立8个断面,对大型底栖动物的群落结构进行了调查。共获得大型底栖动物34种,其中腔肠动物1种,环节动物3种,甲壳动物10种,软体动物20种。优势种有日本笠藤壶(Tetraclita japonica)、紫贻贝(Mytilus edulis)和节蝾螺(Turb articulatus)等4种。以季节和站位为因子对多样性指数进行双因素方差分析,结果表明只有夏、秋季丰富度指数(P=0.028)存在显著差异,其他指数的方差分析没有显著差异(P>0.05)。3个潮带4个岛屿共12个站位的聚类分析和MDS标序分析表明,12个群落可分为3组(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组)。大型底栖动物ABC曲线分析表明底栖动物群落尚未受到干扰。     

CHS基因起源初探及其在被子植物中的进化分析

利用PCR与TAIL-PCR方法,从半月苔(Lunulariacruciata(L.)Dum.exLindb.)中获得了一段长约1000bp的基因片段,它与已知的CHS基因在核苷酸水平上的相似性大于56%,在氨基酸水平上的相似性大于60%,所推断的氨基酸序列中酶反应的4个催化位点与已知晶体结构的紫花苜蓿MCHS2A上的催化位点相同,首次证明了苔类植物中可能存在类CHS基因,将CHS基因的起源时间推到苔藓类植物出现之前。以该序列和两种蕨类植物(Psilotumnudum(L.)Griseb.和EquisetumarvenseL.)的CHS序列作为外类群,应用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了被子植物的CHS的分子系统树。结果表明,大部分科中的CHS分布在不同的分支上,而十字花科、豆科和禾本科各自聚成一个单系类群。以邻接树为依据,对茄科、旋花科和菊科的CHS基因进行了相对碱基替换速率的检测,发现这三个科内或科间序列的替换速率不一致。被子植物的CHS基因在基因拷贝数目、碱基替换速率以及重复/丢失事件的发生上都存在较大的差异,这种差异可能与被子植物的生活史、生活环境、花的特性以及对外界的防御系统等的多样性相关。     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。