云南省耿马佛洞地遗址发掘简报

佛洞地遗址位于云南省临沧市耿马傣族佤族自治县勐简乡勐简村大军赛村民小组燕子洞,坐落于一处东南开口的二叠纪灰岩穿洞,南临南汀河。2016～2017年,临沧市文物管理所在公路考古调勘期间发现该遗址;为进一步认识滇西地区旧石器时代晚期文化,2017～2018年对该遗址开展考古发掘工作。发掘区域位于洞内第四台面到第五台面间,共发掘20 m²,出土了包括石制品、动植物化石等在内的大量遗物。初步地层年代学分析显示,遗址时代为距今18400～14000年,共包含3期连续文化,文化遗物以石制品为主,总数达到9735件。佛洞地遗址作为一处热带-亚热带生境下的史前遗址,为我们构建旧石器时代晚期滇西地区文化序列、探讨特定自然生态背景下史前人类的文化适应提供了重要参考。     

综合多组学数据的肝细胞癌分层策略及进展

肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是最常见和致命的肝脏恶性肿瘤。这种疾病的治疗一直受到其异质性的阻碍,极大限制了其个性化治疗的进展。因此,将高度异质的HCC分成具有相似特征的分子亚类对其临床治疗有着重要意义。随着高通量技术的不断发展,多种组学数据的关联研究可以加深了解HCC发生背后的生物学机制,也为HCC分层研究打开了新的思路。本文对当前HCC多组学分层策略及其相关研究进行了综述,并总结了当前HCC亚型的多组学特征。     

糜子黄、黑种皮遗传及转录组学分析

同源异型域-亮氨酸拉链(homedomain-leucine zipper,HD-Zip)转录因子广泛参与植物的生长发育和抗胁迫过程。该研究通过生物信息学方法对青稞HD-Zip基因家族进行全基因组分析鉴定,并采用qRT-PCR技术分析非生物胁迫下该基因的表达特性,为深入探讨青稞HD-Zip转录因子的生物学功能及其在高原作物抗逆育种中的应用奠定基础。结果表明：(1)成功从青稞基因组中共鉴定出41个HD-Zip基因家族成员,依次命名为i>HvvHD-ZipⅠ-1~Ⅳ-13,且这些基因在7条染色体上呈不均匀分布。(2)理化性质分析发现,HvvHD-Zip蛋白包含197～885个不等的氨基酸残基;分子量范围在19 914.36～94 014.87 Da;亚细胞定位表明HvvHD-Zip蛋白都位于细胞核。(3)根据多序列比对、系统进化、基因结构和保守基序差异将其聚为4个亚家族,各亚家族分类特征与系统聚类结果一致。(4)顺式作用元件预测分析发现,i>HvvHD-Zip基因启动子中含有11种植物激素和胁迫响应元件。(5)qRT-PCR结果显示,HvvHD-Zip Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ亚家族基因对各胁迫响应明显;与根组织相比,多数i>HvvHD-Zip基因在叶组织中响应明显(上调或下调);与冷和盐胁迫相比,i>HvvHD-Zip各基因对旱胁迫响应较强。     

湿地松木质部和针叶松脂合成基因分析

为挖掘湿地松(Pinus elliottii)松脂合成相关的基因,对不同采脂期的木质部和针叶进行高通量转录组测序,与火炬松(Pinus taeda)参考基因组进行比对,共获得了68 211条unigenes,546 356 450条clean reads,平均比对率达90.21%。将不同时期木质部、木质部与针叶间进行两两对比,以P＜0.05,|log₂FoldChange|＞1.0为标准来筛选差异基因,并进行GO和KEGG富集分析。结果表明,参与萜类物质合成的差异基因有133个,其中大部分富集在MEP途径,从差异基因中挑选8个产脂相关的候选基因进行RT-qPCR验证,确定HMGR、DXS、TPS、ABC转运蛋白基因与产脂存在关联性。通过转录组测序与分析,挖掘出133个参与松脂萜类物质合成相关的差异基因,其中萜烯合酶基因(TPS)和ABC转运基因在正调控萜类物质合成中发挥关键作用。     

单甲脒农药对模型池塘生态系统群落结构的影响

在３ｍ×１ｍ×１ｍ（Ｖ＝３ｍ３）含有底泥的模型池塘生态系统中研究单脒农药对水生生物群落结构的影晌。规定实验浓度力０、１．５、３．０、６．０和１２．０ｍｇ／Ｌ,每１５ｄ加入１次２５％单甲脒农药水剂,连续加入４次,实验进行２个多月。在实验浓度范围内,童甲脒农药对水生生物群落产生不同程度的影响。浮游生物比较敏感：加药后头几天内,种类、数量及多样性指数下降,浓度越大,影响越明显;大约１周以后,各处理组浮游生物群落逐步得到恢复,实验后期其数量甚至可超过对照水平,但群落结构发生改变,敏感种类少或消失,耐污种类增加,生物多样性降低。底栖生物比较耐污：处理槽大型水生植物的叶绿素含量有所减少,但其种类和生物量未见明显差异;底栖动物种类、数量也未见明显变化。微生物最耐污,在处理槽水层及沉积物中好氧异养菌数量有所增加,沉积物中厌气菌数量也有增加的趋势。青鱼对单甲脒农药较敏感,在１．５ｍｇ／Ｌ以下浓度尚能正常存活和繁殖。单甲脒农药水剂明显增加水体氮、磷含量,尤其磷酸盐含量高,使水体氮、磷比例失调,可能导致水体富营养化。根据综合指标分析,在规定单甲脒盆酸盐浓度＜１．５ｍｇ／Ｌ的实验条件下,水生生物群落结构未见明显改变．     

梅花鹿甲烷能代谢规律的研究

本文应用ＫＢ－１型呼吸测热装置,结合消化、代谢试验,对梅花鹿（Ｃｅｒｖｕｓｎｉｐｐｏｎ）甲烷能代谢规律进行了研究。结果表明,梅花鹿甲烷能的产生量随其采食量的增加而增加;也随着果食后时间的推移而减少,而且减少的幅度又随采食量的增加而下降;甲烷能的产生量分别占总能食入量、消化能食入量和体增热的６．６１％、８．８３％和１０．８８％;甲烷能的产生量随着日粮蛋白质水平的提高而降低,日粮蛋白质水平每提高１个百分点,甲烷能产生量就降低５８．５８ｋＪ／ｄ;分别以总能食入量（ＧＥＩ）和干物质食入量（ＤＭＩ）为自变量所建立的甲烷能（ＣＨ４Ｅ）估计分别为：ＣＨ４Ｅ（ｋＪ／ｄ）＝０．０７ＣＥＪ（ｋＪ／ｄ）－１０１．０４（ｎ＝１２,ｒ＝０．９４４,Ｐ＜０．０１）ＣＨ４Ｅ（ｋＪ／ｄ）＝９８．７８＋１．０５ＤＭＩ（ｇ／ｄ）（ｎ＝１２,ｒ＝０．９４２,Ｐ＜０．０１）     

尿素氮-葡萄糖双功能分析仪的研究

由固定化脲酶、谷氨酸脱氢酶、谷氨酸氧化酶、葡萄糖氧化酶的复合酶膜组成的双电极系统,可以同时测定尿素氮和葡萄糖的含量,每次进样量为25μl,20s即可测定出尿素氮和葡萄糖的含量。在0～60mg/dl尿素氮、0～500mg/dl葡萄糖范围内具有良好的线性关系。连续测定20次的变异系数分别为1.02％和1.05％。酶膜使用寿命为两星期以上。此仪器可广泛应用于临床检验和体育训练中。     

动物细胞在鼓泡式生物反应器中的死亡速率

通过实验测定,证明生物反应器中细胞死亡速率与气体鼓泡速率成正比而与反应器体积成反比。实验发现气泡大小对细胞死亡速率具有两种作用,一种作用在于影响气泡表面积生成速率;另一种作用则在于影响细胞在气泡表面的吸附程度,其最佳直径为5mm左右。血清和Pluronic F68能显著降低细胞死亡速率,当Pluronic F68浓度达到0．1％时,kd趋于零。所有这些实验结果均与前文提出的生物反应器设计模型具有很好的一致性。     

苜蓿根瘤菌固氮酶基因启动子P1转录起始点下游顺序(DS)的特性

自生状态的苜蓿根瘤菌(Rhizobium meliloti)nifHDK操纵子的启动子P1能被微氧诱导而呈高水平表达,而fixABCX操纵子的启动子P2则呈微弱的表达.P1和 P2的 DNA顺序从转录起始点到上游-160处具有 85％的同源性,但从转录起始点到翻译起始点的核苷酸顺序则完全不同.用P1转录起始点下游从+17到+61核苷酸的DNA片段(DS)取代P2区的相应的DNA顺序,在自生状态微氧诱导条件下能提高P2的表达水平,在大肠杆菌中有NifA存在时P2亦呈高水平表达,说明P1和P2区的DS顺序是决定P1和P2自生状态微氧诱导条件下表达或异源表达差异的根本原因.在共生状态下P2的表达不依赖启动子下游顺序.采用引物延伸法测定 P2的转录起始点,发现 P2区当引入 P1区的 DS后不改变它的转录起始点.由于P2不论有DS的插入与否均不影响其在根瘤菌共生状态的正常表达,因此P2在自生状态的根瘤菌中与共生状态时的表达调节将有所不同.     

远交系小鼠胚胎干细胞系的建立及嵌合鼠的获得

ＥＳ细胞（ＥｍｂｒｙｏｎｉｃＳｔｅｍＣｅｌｌｓ）是来源于小鼠早期胚胎的多潜能干细胞,它可以在体外大量培养。并以单细胞的形式注射到早期胚胎里,发育为嵌合体。到目前为止,通常使用的１２９小鼠品系是来源于近交系（ｉｎｂｒｅｄ）小鼠的胚胎．与之相比,远交系小鼠应当具有较强的生命力和抗病能力。曾有人报道过建成了远交系小鼠胚胎干细胞系,但是尚没有见到获得嵌合鼠的报道。有人甚至认为：由于不同品系小鼠所具有的遗传背景不同,有的小鼠不能建成ＥＳ细胞系。最近,本实验室在这方面做了有益的探索,成功地建成了远交系小鼠胚胎干细胞系,并在这里报导首例用远交系小鼠胚胎干细胞系培育成功嵌合体小鼠。采用源于Ｓｗｉｓｓ小鼠远交群的昆明（ＫＭ）品系小鼠囊胚建成了三个小鼠胚胎干细胞系（ＫＥ１．ＫＥ２．ＫＥ５）。核型正常率均达到７０％以上。自第八代起分批冻存,复苏后,培养至第１２代,消化成单细胞,通过囊胚显微注射,将其注射到６１５品系小鼠胚胎。在幸存的幼鼠中获得了一只来源于ＫＥ１细胞的嵌合鼠（Ｔａｂｌｅ１）．其毛色表现为受体鼠（６１５）的白色中嵌合有供体鼠（ＫＭ）的黑褐色（ＰｌａｔｅＩ－Ａ）．嵌合鼠与受体鼠的杂交后代鼠中仍然出现了受体鼠的毛色类型（