BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

高浓度酒精废水厌氧处理工程系统中古菌多样性及其代谢特征

颗粒污泥形成快、抗冲击能力强、悬浮性好是新型高浓度有机废水厌氧处理系统的重要特征。为了研究颗粒污泥中古菌组成多样性及其功能特征, 采集活性污泥样品, 提取总基因组DNA, 应用PCR-DGGE和16S rDNA克隆测序技术对系统内古菌群落进行研究。结果表明: 古菌克隆文库中克隆子的近缘种归属于Methanosaeta、Methanosarcina、Methanobacterium和Methanomethylovorans 4个类群, 所占文库容量比例依次为58.2%、23.6%、12.7%和3.6%, 1个克隆子未能找到相似菌株, 占1.8%。系统发育分析找到了未知克隆子C10、C11、C13和C19的相似菌株FJ618821、AB479397、AJ244290和AB447878, 并明确相应的分类地位。古菌类群以乙酸利用型Methanosaeta、Methanosarcina为主, 说明甲烷形成过程以乙酸途径为主。中间代谢产物VFAs组成与不同产甲烷菌代谢功能分析的结果证明了古菌群落组成多样性与其代谢功能的对应关系。     

一株嗜酸硫氧化菌的分离

从江西德兴分离得到一株嗜酸硫氧化杆菌DX-2,采用双层固体培养基进行分离纯化,对分离菌株进行了形态、生理生化特性研究及16SrRNA序列分析.该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,菌体大小（0.4～0.5）μm×（1～2）μm,化能自养,可利用硫磺和硫代硫酸盐为能源生长,不能利用亚铁进行生长.以16SrRNA序列同源性为基础构建了相关种属在内的系统发育树,结果表明,DX-2与喜温硫杆菌（Acidithiobacillus caldus）处于同一进化树分支中,相似性达99%以上.考察了不同重金属离子对DX-2的生长的影响.     

利用Cre-loxP自动敲除H5亚型禽流感病毒血凝素重组鸡痘病毒中的报告基因

研究去除重组鸡痘病毒中的报告基因,构建一株只含目的基因的重组毒。将H5亚型AIV的HA基因作为靶基因,两侧含loxP序列的GFP表达盒插入鸡痘病毒重组臂基因构建了转移质粒载体,将其与脂质体混合转染CEF细胞,获得了表达H5和GFP的鸡痘病毒重组体。通过二次转染,利用Cre酶自动敲除重组病毒中的GFP基因,最终获得了只含H5血凝素基因表达盒的重组鸡痘病毒。免疫荧光和病毒滴度测定结果表明,经过连续传代后重组病毒仍然稳定复制并表达H5血凝素。用10⁵PFU和2×10⁵PFU rFPV H5免疫SPF鸡,28d后,免疫组鸡抗体平均滴度(HI)分别达到4log 2和4.5log 2,结果表明,H5HA基因重组病毒能刺激鸡群产生较高特异抗体。     

基于LSMM与MSPA的深圳市绿色景观连通性研究

基于线性光谱混合模型(LSMM,Linear Spectral Mixture Model),引入形态学空间格局分析(MSPA,Morphological Spatial Pattern Analysis)进行城市地域绿色景观连通性评价。根据城市绿色景观特点和MSPA方法中的7种连通性类型的涵义,定义了城市绿色景观连通性功能类型。以深圳市1986年、1995年、2000年、2005年及2010年五期Landsat TM影像为数据源,应用线性光谱混合模型提取植被覆盖率,得到深圳市植被覆盖图。在此基础上,提取出高、全植被覆盖作为目标像元进行MSPA处理,分析植被覆盖状况与绿色景观功能类型的时序总体特征及空间梯度动态。结果表明:深圳市绿色景观破碎程度较高,表现为对结构连通性贡献最小的斑块类型总数最大。城市内部东西部连通性呈现出不同变化的趋势;右侧外圈层的大鹏半岛结构连通性最佳;在同一城市化发展梯度上,东部的样带连通性水平比西部要好。在城市化过程中,深圳市高、全覆被植被像元连通性大小受以下因素的影响:城市化程度,地形因素及区域定位。在同一城市化程度上,地形因素对景观连通性的影响较大。从整体的时间变化和空间梯度动态分析可知,在快速城市化过程中植被覆盖率和连通性功能均下降,而到稳定城市化阶段植被覆盖率和连通性均得到改善。研究表明线性光谱混合模型与形态学空间格局分析相结合可以较好的表征城市绿色景观连通性类型时空分布特征,进而明晰城市化过程与区域内绿色景观数量及连通性动态变化关系。     

苍鹭孵化及育雏习性研究

1999、2000年3～6月,对辽宁省朝阳县树俩型苍鹭孵化习性和育雏习性进行观察。苍鹭孵化以雌鸟为主,两性轮流孵化,孵化期24～27天,平均孵化率93．5％;雏鸟为晚成鸟,育雏期40～50天左右,育雏过程分育雏初期、中期、末期三阶段;雏鸟的食物以鱼类、蚌类为主。     

盐度对互花米草枯落物分解释放硅、碳、氮元素的影响

为了研究潮汐湿地盐度对枯落物分解过程中硅、碳、氮元素释放的影响,通过室内模拟不同盐度(0、5、15和30)对互花米草枯落物茎和叶分解释放过程中硅、碳、氮元素的动态变化进行测定。结果表明:(1)互花米草茎和叶枯落物失重率和分解速率均随盐度增加而降低。(2)互花米草茎和叶枯落物分解水体中硅含量均随着盐度升高而增加,并且盐度30处理下,枯落物分解硅释放量显著高于盐度0和5(P0.05)。而分解末期生物硅残留量则随盐度升高而降低。(3)不同盐度处理茎枯落物分解碳释放量无显著差异,但叶枯落物分解碳释放量在盐度5、15和30处理中显著高于淡水(P0.05)。(4)互花米草茎枯落物分解释放到水中的NH_4~+-N含量随着盐度的升高而减少,NO_3~--N含量与之相反。研究单因素盐度对枯落物分解及元素释放的影响,可以为预测潮汐湿地枯落物分解对盐水入侵的响应机制提供参考,为湿地生源要素生物地球化学循环过程研究提供基础依据。     

异槲皮苷对Aβ25-35导致的PC12细胞损伤的保护作用及机制研究

探讨异槲皮苷对β-淀粉样蛋白(Aβ25-35)导致的PC12细胞氧化损伤的保护作用.首先通过分子对接技术分析异槲皮苷与AMPK的结合情况.采用Aβ25-35(20 μmol/L)损伤PC12细胞建立细胞氧化损伤模型,采用甲基噻唑蓝(MTT)法检测细胞活力,通过试剂盒检测乳酸脱氢酶(LDH)漏出量、活性氧(ROS)含量、...     

手术室护士对外科手消毒相关知识的认知状况调查分析

目的:了解手术室护士对外科手消毒相关知识的认知状况,为手术室管理者提供护士掌握外科手消毒知识的整体水平,以全面提高外科手消毒的效果。方法:自行设计的问卷对哈尔滨市8家三级甲等综合性医院手术室护士进外科手消毒相关知识的认知调查。结果:目前手术室护士掌握外科手消毒相关知识的状况不容乐观,共20个被调查问题,回答正确率平均为49.85%;工作年限、第一学历、职称、学习过《医务人员手卫生规范》、消毒重要性的认识对答题结果的影响具有统计学意义(P0.05),表现为工作年限时间越长、第一学历越低、职称越高、学习过《医务人员手卫生规范》的、认为外科手术消毒重要的护士理论知识掌握情况越好。结论:被调查者自主学习较差,手术室管理者应当注重和加强手术室护士的外科手消毒专题学习培训与考核,理论与实践相结合,不断探索长期、可持续的培训教育模式,管理者制定与临床工作相结合并且适合不同学历背景和年资护士的培训方式和学习计划。充分调动护士的自我管理意识,建立外科手消毒"品管圈",分析和解决问题,使手术室的护理质量在持续的改进中得到不断提高。