基于稀疏表示算法的蛋白质质谱数据特征选择

高维、小样本数据的特征选择方法在蛋白质质谱数据处理分析领域有着广泛应用。本文针对蛋白质质谱特征选择问题,结合稀疏表示这一新理论框架,提出了一种基于稀疏表示的特征选择算法(sparse representation based feature selection,SRFS)。该方法将稀疏表示分类的结果作为评定某一个特征子空间特征相对重要性的度量,然后通过对大量随机采样子空间计算结果的统计,得到特征空间中每个特征的排序,并进一步分析提炼出与肿瘤疾病相关的若干谱峰。通过在卵巢癌公共数据集OC-WCX2a和浙江省肿瘤医院乳腺癌数据集BC-WCX2a上的实验结果表明,SRFS算法可以有效应用于本文所使用的SELDI-TOF蛋白质质谱数据的分析。     

青藏高原两种植被类型净初级生产力与气候因素的关系及周转值分析

基于2008—2016年青海海北站9年净初级生产力及气候因子监测数据,分析了青藏高原高寒小嵩草草甸和高寒金露梅灌丛两种植被净初级生产力年际动态,并探讨了气候因子对其影响及其不同土层深度根系周转值特征。结果表明:(1)年际尺度上,小嵩草草甸地上净初级生产力表现为显著增加趋势,增幅为7.02 g m~(-2) a~(-1),而金露梅灌丛地上净初级生产力相对较为稳定;对于其地下净初级生产力和总生产力,小嵩草草甸和金露梅灌丛均表现为增加趋势(P0.05),9年间小嵩草草甸地上、地下和总净初级生产力平均值分别为(217.55±9.95)、(1882.75±161.33) g m~(-2) a~(-1)和(2100.30±163.38) g m~(-2) a~(-1),金露梅灌丛地上、地下和总净初级生产力9年间平均值分别为(256.27±11.4)、(1614.31±173.03) g m~(-2) a~(-1)和(1870.58±177.93) g m~(-2) a~(-1)。(2)不同植被类型地上净初级生产力对气候因素响应不同,金露梅灌丛地上净初级生产力主要受温度影响,而温度对小嵩草草甸地上净初级生产力无显著影响。此外,降水不是限制高寒生态系统草地地上净初级生产力主要因子,相比于降水影响,高寒生态系统地上净初级生产力更受温度调控。(3)年均温和年降水对金露梅灌丛和小嵩草草甸地下净初级生产力均无显著影响(P0.05),表明高寒生态系统,其地下生产力受外界气候条件变化影响微弱,是一个稳定的碳库。(4)两种植被类型其根系周转值均随着土壤深度的增加呈逐渐增加趋势,且高寒灌丛根系周转值明显高于高寒草甸根系周转值。研究表明,在全球气候变暖背景下将会增加金露梅灌丛地上净初级生产力,而对小嵩草草甸地上净初级生产力无显著影响。     

东方肉座菌EU7-22纤维素内切酶Ⅰ的异源表达

[目的]实现东方肉座菌纤维素内切酶EGⅠ在毕赤酵母中的表达,获得重组EGⅠ。[方法]通过RT-PCR获得EGⅠ开放阅读框。将EGⅠ成熟肽和PHO1信号肽的DNA片段插入p PIC3. 5K后,重组表达载体电转化毕赤酵母。通过甲醇诱导表达和镍柱纯化获得EGⅠ。以羟甲基纤维素钠检测活性,以肽N-糖苷酶F分析N-糖基化,以SDSPAGE分析表达情况和糖基化修饰。[结果]获得EGⅠ分泌表达菌株,诱导96 h后上清液活性为0. 513±0. 002 U/m L,纯化后的EGⅠ活性为0. 558±0. 012 U/mg。SDS-PAGE表明EGⅠ分子量在100～180 k Da,远高于预测值47. 3k Da,经肽N-糖苷酶F处理后,降至63～75 k Da。[结论]实现了EGⅠ的分泌表达,获得活性为0. 558±0. 012 U/mg的糖基化重组EGⅠ。     

江西吉安乌鸫的繁殖生态研究

2009～2010年对江西省吉安地区乌鸫Turdus merula的繁殖进行了调查研究,结果表明:当地乌鸫的营巢时间在3月9日至16日,产卵时间是3月18日至26日,平均窝卵数5.14(4～6)枚(n=14),平均卵大小29.71 mm×21.16 mm,平均卵重6.63 g(n=71).孵卵和暖巢主要由雌鸟承担,但雄鸟也有暖巢行为,孵化率为65.83%,育雏期13～15 d,离巢率高达100%.与高海拔的乌鸫相比,当地乌鸫产大窝小卵,这一特征保证了大窝雏数和高离巢率,繁殖对策属于r-选择.     

汉防己甲素联合顺铂对乳腺癌细胞的作用

目的:汉防己甲素和顺铂联合作用乳腺癌细胞,来提高癌细胞对顺铂的敏感性.方法:运用原子力显微镜对乳腺癌细胞表面的超微结构进行表征;MTr法和流式细胞术检测细胞的生长抑制率和细胞周期变化.结果:顺铂和汉防己甲素分别作用乳腺癌细胞48h IC50值为26.33μmoL/l和5.6μmok/l;联合用药组的IC50值为汉防己甲素2.5μmol/L和顺铂13.32μmol/l,在低浓度的联合用药作用乳腺癌细胞24h细胞膜表面结构被破坏,产生孔洞,作用48h被严重破坏使细胞周期在S比例增加为51.7%±0.30%.结论:提高了癌细胞对抗癌药物的敏感性,联合用药通过改变了细胞膜的结构对癌细胞进行有效杀伤,抑制肿瘤细胞生长.     

RNA-dependent RNA polymerase activity associated with the yeast viral p91/20S RNA ribonucleoprotein complex.

20S RNA is a noninfectious viral single-stranded RNA found in most laboratory strains of the yeast Saccharomyces cerevisiae. 20S RNA encodes a protein of 91 kDa (p91) that contains the common motifs found among RNA-dependent RNA polymerases from RNA viruses. p91 and 20S RNA are noncovalently associated in vivo, forming a ribonucleoprotein complex. We detected an RNA polymerase activity in p91/20S RNA complexes isolated by high-speed centrifugation. The activity was not inhibited by actinomycin D nor alpha-amanitin. The majority of the in vitro products was 20S RNA and the rest was the complementary strands of 20S RNA. Because the extracts were prepared from cells accumulating 20S RNA over its complementary strands, these in vitro products reflect the corresponding activities in vivo. When the p91/20S RNA complexes were subjected to sucrose gradient centrifugation, the polymerase activity cosedimented with the complexes. Furthermore, an RNA polymerase activity was detected in the complex by an antibody-linked polymerase assay using anti-p91 antiserum, suggesting that p91 is present in the active RNA polymerase machinery. These results together indicate that p91 is the RNA-dependent RNA polymerase or a subunit thereof responsible for 20S RNA replication.     

杂色鲍头触角的显微与亚显微结构

本文采用光镜和电镜方法,研究了杂色鲍(Haliotisdiversicolor)头触角的显微和亚显微结构。结果表明,杂色鲍头触角的表皮布满乳头状突起,突起表面布满微绒毛,顶端具纤毛。头触角作为重要的感觉器官之一,具触觉兼嗅觉功能,其上皮为特殊的感觉上皮,其组成细胞主要包括三种类型:支持细胞、感觉细胞、腺细胞。头触角表皮之下的成分为平滑肌纤维和疏松结缔组织,疏松结缔组织里含胶原纤维、成纤维细胞、肥大细胞、微孔细胞、变形细胞等成分。     

基于生态系统管理理论的海域集约利用评价——以河北沿海地级市为例

基于生态系统管理理论,从海洋投入强度、海洋利用强度、海洋经济效益及海洋生态环境质量层面,构建海域集约利用评价的指标体系,运用模糊决策分析理论计算各指标权重,得到河北省沿海地级市2005—2014年的海域集约利用综合指数,并利用聚类分析法及协调度指数对河北省海域集约利用的区域差异特征进行了分析。研究结果表明:2005—2014年河北省海域集约利用综合水平不断提高,除海洋生态环境质量准则层指数呈下降趋势外,海洋投入强度、海洋利用强度、海洋经济效益3个层面指数均呈上升趋势,其中持续增加趋势最明显的是海洋经济效益准则层;河北省沿海三市海域集约利用综合指数及各准则层指数的时序变化特征基本一致,但各区域之间仍体现着不同的变化特点,沧州市海域集约利用程度较高,唐山市海域集约利用经历了由低到高的过程,秦皇岛市海域集约利用的状况整体处于一般水平;河北省及沿海三市海域集约利用总体保持了较高的协调度,但各地区不同时段的变化特征有所不同。     

以肠道外症状为首发表现的结肠癌47例临床分析

目的:分析以肠道外症状为首发表现的结肠癌临床特征,旨在提高结肠癌诊治水平.方法:收集我院1994年1月至2008年1月间以肠道外症状为首发表现的结肠癌47例,对其临床特点进行回顾性分析.结果:47例以肠道外症状为首发表现的结肠癌中位发病年龄为65岁;贫血症状多见,占78.7％(37/47),长期低热3例,肝转移瘤4例,肺转移瘤2例,皮肌炎1例;肿瘤多发生于右半结肠,占74.5％(35/47);病理类型:乳头状腺癌为主,占61.7％(29/47);Dukes分期:B期占44.7％(21/47),C期占42.6％(20/47);结肠镜是重要诊断方法,结肠镜与钡灌肠有互补优势;手术是主要治疗手段,综合治疗可延长患者生存期.结论:以肠道外症状为首发表现的结肠癌以贫血多见,病变多位于右半结肠,结肠镜是主要确诊方法,以手术为主的综合治疗可改善患者预后.     

黑曲霉原生质体诱变选育果胶酶高产菌株

通过UV和NTG诱变筛选获得了2株高产果胶酶突变株。以果胶酶产生菌黑曲霉EIM6为诱变材料,采用1．5％的溶壁酶和1．5％的纤维素酶处理其对教生长期菌丝体2h获得高质量的原生质体。采用UV25S或50μg／mL NTG诱变30min,构建原生质体突变库,经刚果红果胶平板筛选获得果胶酶突变株,通过液体深层培养复筛获得高产突变株EIM6-U11、EIM6-N5,酶活力分别从46598．08、46598．08U／mL提高至68596．57、68879．56U／mL,分别提高了47．21％、47．82％。连续8次传代经发酵测酶活力表明高产突变株EIM6-U11、EIM6-N5具有较高的遗传稳定性。