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ITMSQ: A software tool for N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric tandem mass spectrometry quantification 下载免费PDF全文
Li‐Qi Xie Lei Zhang Ai‐Ying Nie Guo‐Quan Yan Jun Yao Yang Zhang Peng‐Yuan Yang Hao‐Jie Lu 《Proteomics》2015,15(22):3755-3764
Tandem MS (MS2) quantification using the series of N‐ and C‐terminal fragment ion pairs generated from isobaric‐labelled peptides was recently considered an accurate strategy in quantitative proteomics. However, the presence of multiplexed terminal fragment ion in MS2 spectra may reduce the efficiency of peptide identification, resulting in lower identification scores or even incorrect assignments. To address this issue, we developed a quantitative software tool, denoted isobaric tandem MS quantification (ITMSQ), to improve N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric MS2 quantification. A spectrum splitting module was designed to separate the MS2 spectra from different samples, increasing the accuracy of both identification and quantification. ITMSQ offers a convenient interface through which parameters can be changed along with the labelling method, and the result files and all of the intermediate files can be exported. We performed an analysis of in vivo terminal amino acid labelling labelled HeLa samples and found that the numbers of quantified proteins and peptides increased by 13.64 and 27.52% after spectrum splitting, respectively. In conclusion, ITMSQ provides an accurate and reliable quantitative solutionfor N‐ and C‐terminal fragment ion pairs based isobaric MS2 quantitative methods. 相似文献
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目的:构建Survivin启动子调控的表达载体,并检测在启动子调控下HSV-TK自杀基因对肝癌细胞HepG2和正常肝细胞HL-7702凋亡的影响。方法:合成含TK基因的质粒PBI-SUR-TK,利用脂质体Lipofectamine 2000将其导入肝癌细胞和肝细胞。然后分别运用RT-PCR和Western blot特异性检测基因和蛋白的表达情况;利用CCK8方法检测细胞增殖情况,流式细胞仪上机检测细胞凋亡情况。结果:肝癌细胞转染组有更多的TK基因表达产物,增殖情况减弱,凋亡情况明显。结论:Survivin启动子驱动的HSV-TK/GCV自杀基因系统对肝癌可能有一定的治疗作用。 相似文献
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采用文献考证法、田野调查法与逻辑演绎法,以元明清社会环境为视角,分析弋阳叠山书院园林变迁及其动力。自元代至清代,从变迁形式来看,书院园林选址从郊野山林迁入为城市高胜地,布局从单轴线前祀后学的建筑空间形态发展成双轴多进深多院落的园林空间形态,园林文化从以儒学文化为主转变为儒道释俗文化共存。从变迁动力来看,政治环境和经济支持是书院园林建设发展的基础,政体态度决定了书院园林存亡及其社会意义,经济支持在书院维系和官学化方面具有显著影响力,文化环境受政治环境影响,包容的政治环境允许延续宋儒品格,严苛的政治环境禁锢自由文风,因此文化环境对书院园林的选址、空间布局与文化确立起到关键作用力。 相似文献
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木质素单体合成的过程中涉及了许多酶的参与,而肉桂酰辅酶A还原酶(cinnamoyl-CoA reductase,CCR)是该过程中的一个关键酶。综述了CCR基因在植物体内的克隆、基因功能及在植物组织中的表达情况,并介绍了该基因在植物的抗病虫害和抗逆性研究、饲草和能源上的应用潜力,为进一步研究CCR基因生物学功能和利用奠定了基础。 相似文献
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中间锦鸡儿(Caragana intermedia)耐旱、耐寒、耐盐碱,是西北干旱地区的重要固沙灌木,筛选其优良抗逆境基因,可以作为林草基因工程的基因源。该研究在中间锦鸡儿干旱胁迫转录组文库中找到1条CiPUB22 (plant U box 22)基因的cDNA全长序列,CiPUB22基因包括1 260 bp开放阅读框,编码419个氨基酸。实时荧光定量PCR结果表明,在脱水、盐和ABA处理1 h后CiPUB22基因表达量上升并达到最高水平,分别为对照表达量的12倍、35倍和7倍,干旱处理后12 d达到最高值,为对照的2.5倍,表明CiPUB22的转录水平受非生物胁迫诱导。构建CiPUB22基因的过表达载体并转化野生型拟南芥,对转基因纯合体株系抗逆性分析发现,在150 mmol/L NaCl、1 μmol/L ABA和400 mmol/L甘露醇处理下,过表达株系的萌发率均低于野生型,说明过表达CiPUB22基因降低了拟南芥在种子萌发过程中对盐和渗透胁迫的耐受性。 相似文献
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镉离子诱导BA/F3β细胞发生奇特的细胞凋亡 总被引:2,自引:0,他引:2
细胞凋亡一般都伴随有DNA 片段化, 活性氧含量增加, 并能被过量的Bcl2 所抑制。以BA/F3β细胞为模型, 利用MTT 检测、Hochest 染色以及透射电镜检测等技术却发现, 镉离子虽然可以诱导该细胞凋亡, 但是这种凋亡没有DNA 片段化, 也没有活性氧含量增加。此外, 过量Bcl2 对这种凋亡也没有保护作用。因此, 可以确认镉离子诱导BA/F3β细胞发生了奇特的细胞凋亡。 相似文献