KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别

假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA序列数据的急速增长,基于机器学习识别假尿苷位点的方法相继提出,但其识别精度有待提高。因此,本文提出了一个新的融合核苷酸化学性质、核苷酸浓度和位置特异性的单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸偏好特征的序列编码方式,并基于此编码方式和核极限学习机（Kernel Extreme Learning Machine, KELM）算法,构建了一个新的假尿苷位点预测器,该预测器被称为“KELMPSP”。通过Jackknife测试和独立数据集测试表明,KELMPSP明显优于现有的假尿苷位点预测器。KELMPSP可以通过网站：http://39.10577.161:8890/KELMPSP进行使用。     

草丁膦对转bar基因水稻GS酶活性和光合功能的影响

喷施草丁膦后,对草丁膦无抗性水稻Cypress(未转bar基因)叶片的谷氨酰胺合成酶(GS)活性先受到抑制,随后叶片内NH 4积累上升,叶绿素含量、PSⅡ原初光化学效率(Fv/Fm)、光能转化效率(ΦPSⅡ)和叶片叶绿素荧光的光化学猝灭系数(qp)下降,光合速率显著降低;最后引起植株死亡.另一方面,Cypress PB-6(转bar基因抗草丁膦水稻)的GS酶活性在喷施草丁膦后虽然先被抑制,但随后能恢复至正常水平,接着NH 4积累下降,草丁膦对叶绿素含量、荧光参数Fv/Fm、ΦPSⅡ、qp的影响被解除,光合速率恢复到正常水平,整个植株生长正常.     

行距和播种量对冬小麦冠层光合有效辐射垂直分布、生物量和籽粒产量的影响

为明确行距和播种量对冬小麦冠层光合有效辐射(PAR)垂直分布、生物量和籽粒产量的影响,在不增加水肥等投入的基础上,设置等行距(R1,20 cm+20 cm)、宽窄行(R2,12 cm+12 cm+12 cm+24 cm)两种行距方式和低(D1,120 kg· hm-2)、中(D2,157.5 kg·hm-2)、高(D3...     

针叶树病原菌异担子菌属的物种多样性及相关检疫建议

异担子菌属Heterobasidion种类是北半球针叶树最严重的森林病原菌,在世界范围内能侵染27种针叶树,对欧洲和北美洲的经营林己造成重大损失.基于传统形态学研究,认为异担子菌属有2个种,即多年异担子菌H.annosum和岛生异担子菌H.insulare,然而单孢交配实验研究证明2个种为复合种.分子系统发育分析研究表...     

转基因传播障碍中的文化因素辨析

近年来,转基因技术与产品在中国的传播遭遇了一定障碍.科学界和相关政府部门往往从科学知识的普及角度克服这些障碍.但实际上,转基因传播障碍的背后有着更为隐蔽的反智的社会态度及对传统农业的迷恋心理,三个因素都与中国传统直观外推思维方式有关.转基因传播所面临的实际是构造自然观与有机自然观之间的冲突.对有机自然观的误读与当前弥漫的反智主义关系密切,转基因带有“高科技”的突出特征,恰恰容易成为反智主义攻击的对象.在有机自然观和“反智”传统的影响下,社会上对传统农业的迷恋有着相当的市场.在此情况下,转基因技术要克服传播障碍,必须重构环境,除了以经济动力继续推动传播工作外,也要让技术发展与人们普遍接受的自然观相结合.     

县域生态效率驱动机制对比——以宁南山区3县为例

以宁南山区3县(同心县、西吉县和隆德县)为研究区,运用扩展火用分析方法对比研究2008—2017年3县的生态效率驱动机制,探讨造成生态退化差异性的成因。结果表明: 研究期间,宁南山区3县整体生态效率差异显著,同心县生态效率偏低,年际变化幅度较大;西吉县生态效率较稳定;隆德县整体生态效率较高,位居三县首位。3县扩展火用规模整体差异较小,经济部门之间的火用比例不协调,均以农业部门、居民部门为主导,呈现显著的资本拉动型与劳动密集型特征,显现出欠发达地区生态退化的驱动力主要来源于农业生产与居民生活。3县系统内部的火用转化率与外界的能量交换率极低,形成了高输入、低储存、低开放和低转化的简单网络流通路径,削弱了社会经济子系统的内生发展能力,由此造成对本身就脆弱的生态系统的胁迫。     

云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5感染情况及病毒基因特征分析

为了解云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)感染情况及病毒基因特征,采用回顾性研究的方法,收集AFP监测系数据资料,描述CV-B5感染AFP病例的流行病学特征及临床表现;对CV-B5分离株进行完整VP1区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,测序结果进行同源性分析和系统发生学研究.结果显示,15例CV-B5阳性的AFP病例散在分布于7个云南省内州市、贵州省及缅甸;男女比例为1∶2,5岁以下儿童占73.3％,53.3％(8/15)的病例麻痹时伴发热,以双侧下肢麻痹(66.7％,10/15)为主,临床诊断多为肌炎(33.3％,5/15),1例病例残留麻痹.CV-B5云南株之间以及与原型株之间的核苷酸同源性分别为75.0％～100.0％和77.2％～82.0％.云南本地存在两个基因型的CV-B5共循环,大多数云南株(16株)与中国大陆CV-B5分离株均属于D基因型(D3亚型),另外两株云南株属于国外优势流行的C基因型,与其他云南株之间存在较大的核苷酸差异(20.4％～25.0％).本研究描述了 CV-B5云南地方株的分子流行病学特征,首次发现我国存在C基因型.研究显示分离自不同疾病来源及健康人群的CV-B5在亲缘关系树上无特异性区分.     

2018-2019年中国流行性腮腺炎流行特征和病毒基因特征分析

阐明中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2018-2019年流行性腮腺炎(流腮)流行特征和病毒基因特征。对2018-2019年中国流腮流行病学和病毒学监测数据进行描述流行病学和分子流行病学分析。2018-2019年中国流腮年报告发病率分别为18.65/10万和21.48/10万,15岁以下儿童和青少年是我国流腮的高发人群,分别占总病例数的85.30%和82.56%。流腮的流行具有明显的季节性特征。全国各省、自治区、直辖市份均有流腮病例报告,西部和中部地区发病率高于东部地区。2018-2019年共获得160条腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)SH基因序列,其中150条(93.75%)序列鉴定为F基因型MuV,在我国11个省份检测到;10条(6.25%)序列为G基因型MuV,2019年在广东、湖北和新疆3个省份检测到。和我国既往流行MuV代表株相比,2018-2019年流行的F基因型MuV代表株序列在基因亲缘性关系树上相对集中。现阶段我国流腮的流行病学特征未发生明显改变,仍呈现病毒自然流行模式;F基因型作为优势流行基因型,在我国大部分地区持续流行,但毒株的遗传多态性有所降低,这可能和我国实施1剂次腮腺炎疫苗常规免疫策略有关。G基因型MuV主要在我国局部地区流行,但流行范围在逐渐扩大。建议进一步加强两剂次腮腺炎疫苗接种工作,降低我国腮腺炎易感人群。同时持续性开展MuV流行学和病毒学监测工作,为鉴别病毒的来源,确定病毒传播途径和评估腮腺炎疫苗免疫策略奠定重要的基础。     

太阳能光源和引诱剂对松墨天牛的组合诱捕效果

[目的]为明确不同太阳能光源波长对松墨天牛Monochamus alternatus诱捕效果的影响,并评价太阳能光源与引诱剂联合应用对松墨天牛引诱剂的促进作用,以应用于松墨天牛的绿色防控.[方法]选择波长为365-370、370-375、380-385、390-395、395-400、400-405、405-420、515-520、580-590和600-610nm的10种太阳能LED光源,测定不同光源对松墨天牛的林间诱捕效果,并筛选出诱捕效果最好的光源波长,选择此波长与引诱剂组合对松墨天牛进行诱捕试验.[结果]10种不同波长太阳能光源对松墨天牛均表现出一定的引诱作用,其中波长为380-385 nm的太阳能光源对松墨天牛诱捕效果最好,诱捕量为(12.00±6.53)头,其次是390-395nm,显著优于波长为365-370、370-375、390-395、395-400、400-405、405-420、515-520、580-590和600-610 nm;与单独使用引诱剂相比,太阳能光源与引诱剂组合对松墨天牛诱捕效果具有显著的促进作用(P＜0.05).太阳能光源与引诱剂诱捕量均值为(21.83±10.65)头,比单独引诱剂诱捕效果提高35％,为单独太阳能光源诱捕效果的5.9倍;引诱剂诱、太阳能光源和太阳能光源与引诱剂联合应用捕到的松墨天牛雌雄性比分别为2.4∶1、1.7∶1和3.3∶1,均具有显著的偏雌性.[结论]太阳能光源与引诱剂联合应用具有比单独引诱剂诱捕更好的诱捕效果.这一结论对降低松墨天牛种群密度和减少松材线虫病传播几率具有重要意义.