单分子实时测序及其在微生物表观遗传学中的应用

表观遗传学对于微生物的生命进程起着重要作用。由限制-修饰系统调控的DNA修饰参与微生物的免疫防御系统,无限制-修饰系统调控的DNA修饰通过调控基因表达影响表型。然而,表观遗传信息还没有被常规地作为DNA信息收集分析。基于对DNA合成反应的动力学分析,单分子实时测序技术可以在获得基本序列数据的同时实现对被修饰核苷酸的检测。这个技术为微生物中已知DNA修饰的研究提供了新的平台,也为新型DNA修饰的发现做好准备。本文综述了单分子实时测序技术及其在微生物表观遗传学中的应用。     

一小型温泉中降解淀粉细菌的筛选、鉴定与淀粉酶性质初步分析

为筛选耐热淀粉酶产生菌并揭示其在温泉中的分布情况,从腾冲县腊幸村一小型热泉不同部位采集样品进行微生物分离及鉴定。样品在65℃培养,挑选形态有差异的菌落点种淀粉-台盼蓝平板,共获得34株具有淀粉降解能力的细菌。分子鉴定结果显示,从温泉底部沙土中筛选得到细菌具有较高的生物多样性,9株具有淀粉降解能力的细菌分别属于土芽胞杆菌(Geobacillus)、厌氧芽胞杆菌(Anoxybacillus)和芽胞杆菌(Bacillus)3个属、7个种,菌株间16S rDNA序列均有一定的差异。对编号为201(Geobacillus thermoglucosidasius)和208(Anoxybacillus flavithermus)的菌株胞外淀粉酶进行初步分析,其胞外淀粉酶最适温度分别为60和70℃,均高于淀粉糊化温度,具有一定的应用潜力。     

三阴性乳腺癌中MMP9和P53的表达与其预后的关系研究

目的:研究三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)中基质金属蛋白酶9(matrix metal proteinase 9,MMP9)和P53的表达及其与三阴性乳腺癌预后的关系。方法:收集2002年3月至2011年7月上海交通大学医学院附属新华医院普外科诊治且临床资料完整的TNBC标本147例,通过免疫组化检测其MMP9、P53的表达。结合临床随访数据,分析MMP9、P53的表达与TNBC预后的关系。结果:TNBC占同期本院收治的乳腺癌13.3%(147/1103)。MMP9、P53在TNBC中的阳性表达率分别为47.6%和66.0%。MMP9与TNBC患者的淋巴结转移数显著相关(P=0.003)。MMP9表达阳性的TNBC与MMP9表达阴性TNBC患者60个月的无病生存(disease free survival,DFS)率分别为62%和83%,差异具有统计学意义(P=0.001);总体生存率(overall survival,OS)率分别为66%和73%,差异具有统计学意义(P=0.022)。P53表达阳性的TNBC和P53表达阴性的TNBC患者60个月的DFS分别为65%和87%(P=0.010);OS分别为60%和85%(P=0.005)。MMP9和P53的HR分别为3.353(95%CI:1.614-6.966,P=0.001)和2.979(95%CI:1.239-7.165,P=0.015)。结论:MMP9和P53在TNBC中的阳性表达与患者的预后不良有关,且MMP9为影响TNBC患者预后的独立危险因素。     

广东番禺红树林造林研究

结合广东番禺红树林造林的现状,对影响红树林幼苗成活率和生长状况的因素进行初步分析,并据此提出提高造林保存率的措施等。影响红树林造林成活及生长的因素为：①水深：潮水越深,红树幼苗成活率越低,生长越差;②风浪：海面风浪越大,红树幼苗受干扰越大,成活和生长越差;③人为活动干扰为严重影响红树幼苗的成活和生长;④造林地的杂草会影响某些红树植物幼苗的光照条件;⑤海滩垃圾废物会挂断和压倒大量红树幼苗;⑥海滩石油污染会阻止红树胚轴的萌发;⑦幼苗种植时越粗壮,种植得越精细,则种植后生长越好。并提出提高造林成效的措施：①加强维护和管理：包括护理受损伤的红树幼苗,清除塑料袋等垃圾物,罅在红树幼苗区的捕捞活动,造林前清除杂草和固定某些红树植物幼苗;②补植受破坏的红树幼苗和扩大种植。     

金银花花蕾中的新三萜皂甙

从金银花 (LonicerajaponicaThunb .)花蕾中分离得六个化合物 (A—F) ,据化学降解和波谱数据 ,推定了它们的化学结构 ,其中F为一新化合物 ,命名为新常春皂甙F ,其化学结构为 :3-氧 - β -D -葡萄吡喃糖基 (1→ 4 ) - β -D -葡萄吡喃糖基 (1→ 3) -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 )α -L -阿拉伯吡喃糖基 -常春皂甙元 - 2 8-氧 - β -D -葡萄吡喃糖基 (1→ 6 ) -β -D -葡萄吡喃糖基酯 (F)。其它五个化合物的结构分别为 :常春皂甙元 - 3-氧 -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 ) -α -L -阿拉伯吡喃糖甙 (A) ,3-氧 -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 ) -α-L -阿拉伯吡喃糖基 -常春皂甙元 - 2 8-氧 - β -D -吡喃木糖基 (1→ 6 ) - β -D -葡萄吡喃糖基酯 (B) ,3-氧 -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 ) -α -L -阿拉伯吡喃糖基 -常春皂甙元 -2 8-氧 - β -D -葡萄吡喃糖基 (1→ 6 ) - β -D -葡萄吡喃糖基酯 (C) ,3-氧 -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 ) -α -L -阿拉伯吡喃糖基 -常春皂甙元 - 2 8-氧 -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→2 ) [β -D -吡喃木糖基 (1→ 6 ) ]- β -D -葡萄吡喃糖基酯 (D) ,3-氧 - β -D -葡萄吡喃糖基 (1→ 3) -α -L -鼠李吡喃糖基 (1→ 2 )α -L -阿拉伯吡喃糖基 -常春皂甙元 - 2 8-氧 - β-D -葡萄吡     

温度变化对化州市水稻两迁害虫发生的影响

利用广东省化州市1959—2008年气温资料及化州市病虫测报站1989—2008年稻飞虱、稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis(Guenée)田间测报资料,运用统计分析方法分析了该地区气温变化与稻飞虱、稻纵卷叶螟发生的关系。结果表明:与1959—1988年1—4月各旬平均气温比较,1989—1998年气温变化不明显,而从1999—2008年呈明显的增温态势,这种气候背景使得上述2害虫发生期和发生程度随1—4月平均气温的升高而显著提前和加重,平均气温与发生期和发生程度的相关性达到显著或极显著水平。     

综述: 自噬参与心脏疾病调控的研究进展

细胞自噬(autophagy)是将细胞内受损、变性或衰老的蛋白质以及细胞器运输到溶酶体内进行消化降解的过程．细胞自噬既是一种广泛存在的正常生理过程,又是细胞对不良环境的一种防御机制,参与多种疾病的病理过程．正常水平的自噬可以保护细胞免受环境刺激的影响,但自噬过度和自噬不足却可能导致疾病的发生．在心脏中,心肌细胞自噬对维持心肌功能具有重要的作用,自噬的异常可能导致各种心肌疾病如溶酶体储积症(Danon disease)等．各种心血管刺激如心肌缺血(ischemia)、再灌注(reperfusion)损伤、慢性缺氧(chronic hypoxia)等均可诱导心肌细胞自噬增强．而这些情况下心肌细胞自噬的作用还不清楚：它是否是一种潜在的细胞存活机制还是导致细胞死亡或疾病发生的病理性机制,或者是同时具有两种作用,目前还没有定论．心脏疾病是心肌功能出现异常时产生的各种病理状态的总称．在多种心脏疾病中,均伴随有心肌细胞自噬的改变,且影响着疾病的发生发展．在心肌肥厚(hypertrophic cardiomyopathy)中,细胞自噬程度降低而加剧心肌肥厚;在心力衰竭(heart failure,HF)中,细胞自噬增强可导致心肌细胞自噬性死亡;而在心肌梗死(myocardial infarction,MI)中,细胞自噬增强可减小梗死面积．但是细胞自噬在心脏疾病中到底扮演着怎样的角色,取决于细胞自噬发生的水平及病理状态．目前越来越多的人开始关注药物与细胞自噬调节之间的联系,且主要集中于抗肿瘤药物及心血管调节药物的研究．另外,有报道维生素类以及雌激素受体拮抗剂他莫西芬对细胞自噬也具有调节作用．研究心肌细胞自噬与心脏疾病的关系,以及药物对细胞自噬的调节,将有利于从自噬的角度探讨心脏疾病的发生发展过程及机制,开发出治疗心脏疾病的药物．     

秋水仙素诱变离体卷丹多倍体的研究

用0.15%秋水仙素附加2.00%二甲基亚砜诱变离体培养的卷丹小鳞茎,避光条件下摇床诱导,用组织培养结合不定芽诱导技术获得了多倍体苗,并对多倍体染色体数目进行鉴定。结果显示,诱导96 h效果最好,变异率达到54.29%。细胞学观察发现,对照为三倍体、非整倍体和极少数单倍体细胞组成的嵌合体,诱变出的4棵变异株细胞分别为染色体数目由53~72条的不同比例构成,属于典型的非整倍的异倍型嵌合体。诱变株与对照植株间幼苗叶形指数、气孔密度及气孔大小等特征差异比较明显。     

Pseudomonas stutzeri JFL2012复合固定化及降酚性能研究

采用正交实验法对假单胞菌进行复合固定化,并对其降酚过程建立动力学方程。研究发现,菌株Pseudomonas stutzeri JFL2012进行复合固定化,最佳固定化条件为w_{(聚乙烯醇)}=10%,w_(生物炭)=2.5%,w_(包菌量)=0.3%,交联时间4 h。苯酚降解过程符合Haldane底物抑制方程。