Complete Mitochondrial Genome of the Steppe Ribbon Racer(Psammophis lineolatus): The First Representative from the Snake Family Psammophiidae and its Phylogenetic Implications

Comparisons of vertebrate mitochondrial genomes(mitogenomes) may yield significant insights into the evolution of organisms and genomes. However,no complete mitogenome from the snake family Psammophiidae has been reported. In this study, we sequenced and annotated the complete mitogenome of Psammophis lineolatus, representing the first mitogenome of Psammophiidae. The total length is 17 166 bp,consisting of 13 protein-coding genes(PCGs), 22 transfer RNAs(tRNAs), two ribosomal RNAs(12 S rRNA and16 S rRNA), and duplicate control regions(CRs). This gene arrangement belongs to the Type Ⅲ pattern,which is a widely shared gene order in Alethinophidian snakes. All tRNAs exhibit cloverleaf structures with the exception of tRNA-SerAGY and tRNA-Pro, which lack a dihydrouridine(DHU) arm/stem and TΨC loop,respectively. The 13 PCGs include five start codons(ATG,GTG, ATA, ATT, and ATC), two complete stop codons(TAA and AGG), and two incomplete stop codon(T--and TA-). In addition, the Ka/Ks ratios indicate that all PCGs had undergone a strong purifying selection.Four types of CR domains rearrangement occurred among eight species of Elapoidea. The phylogenetic reconstructions with both Bayesian inference and maximum likelihood methods support the placement of Psammophiidae in the Elapoidea superfamily,with Homalopsidae being the sister taxon to Elapoidea and Colubroidea. However, the sister taxon of Psammophiidae is unclear due to the availability of Elapoidea mitogenomes being limited to the family Elapidae. More mitogenomes from different taxonomic groups in Elapoidea are needed to better understand the phylogenetic relationships within Elapoidea.     

生物信息学分析筛选结直肠癌靶基因及评估预后价值

为寻找与结直肠癌发展和预后相关的潜在关键基因及信号通路.从美国国立信息中心NCBI的GEO数据库获得结直肠癌基因表达数据集GSE106582,通过PCA对样本进行分组,利用GEO2R进行综合分析,筛选结直肠癌与癌旁对照组的差异表达基因;通过DAVID在线工具对差异表达基因进行GO本体分析和KEGG通路富集分析,初步分析...     

蛋白质功能预测方法概述

蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子,对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展,NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列,这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热点。近几十年来蛋白质功能预测的方法不断被完善。由最初的仅基于蛋白质序列或3D结构信息的方法衍生出更多的基于序列相似性、基于结构基序、基于相互作用网络等新方法,这些新型方法采用新的算法、新的研究思路和技术手段,力求得到准确性与普遍性并存,能够被广泛应用的蛋白质功能预测方法。本文综述了近年来蛋白质功能预测的方法,并将这些研究方法分类归纳,各自阐明了每类方法的优缺点。     

斑马鱼转座子时空表达特性

转座子是基因组中可移动和扩展的元件,能够插入新的位点,影响基因组和基因的结构和功能,是基因组进化的内在驱动。为探讨转座子的时空表达特性,首先通过生物信息学方法鉴定出斑马鱼9个疑似活性转座子,包括DNA转座子Tc1家族(Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e)、反转录转座子ERV家族(ERV-1、ERV-2)和LINE家族(L1-323、L1-21),然后采用实时荧光定量PCR法检测上述转座子在斑马鱼早期胚胎发育7个阶段及成鱼各主要脏器的表达活性。结果表明:Tc1家族在0.75、2.00、3.00 h各阶段无转录活性,在6.00、15.00、24.00、48.00 h各阶段各转座子均有较高转录活性;反转录转座子转录活性最早出现于3 h,最晚出现于15 h,且随着发育时间的延长,转录活性显著增强。9种转座子在成鱼心脏、大脑、肌肉、肝脏、睾丸和卵巢均有表达,且大脑和心脏中的表达水平显著高于其他组织,睾丸表达水平最低。分析表明转座子的表达具有时间和组织的特异性,可能参与斑马鱼胚胎和组织器官发育调控,尤其是大脑和心脏发育。这些结果为进一步研究转座子是否具有基因表达调控功能提供重要参考。     

Spatial dynamics of Chinese Muntjac related to past and future climate fluctuations

Climate fluctuations in the past and in the future are likely to result in population expansions,shifts,or the contraction of the ecological niche of many speci...     

ICAM在着床期小鼠PBLC及EC/DC中表达的研究(英文)

细胞粘附分子（ＣＡＭ）可介导细胞间及细胞与间质之间的相互作用并传导信息,参与机体胚胎发育、免疫调节、炎症反应、组织修复及肿瘤转移等生理和病理过程。细胞间粘附分子１（ＩＣＡＭ１）是主要的ＣＡＭ分子之一,可表达于活化的细胞,内皮细胞等。人膜是母体与胚胎滋养层直接接触的特殊组织、已发现蜕膜细胞在着床过程中参与了局部免疫耐受的形成,但对着床期ＩＣＡＭ１在蜕膜细胞表达的动态研究鲜见报道。本研究采用免疫荧光、多参数流式细胞术,分别从整体和局部角度、着床过程中外周血淋巴细胞（ＰＢＬＣ）及子宫内膜／蜕膜（ＥＣ／ＤＣ）细胞ＩＣＡＭ１的不同表达特点进行了动态观察和对比性分析。结果发现,ＩＣＡＭ１在着床期ＰＢＬＣ及ＥＣ／ＤＣ中的表达均存在明显的动态变化（Ｔａｂ．１;Ｆｉｇｓ．１＆２）。ＩＣＡＭ１在ＰＢＬＣ中的表达于妊娠第一天（Ｄ１）即开始降低,Ｄ２降至最低;与此不同,ＩＣＡＭ１在ＥＣ／ＤＣ中的表达于Ｄ２开始降低,Ｄ４降至最低,Ｄ５开始恢复,但尚未恢复到对照水平。结果表明,ＩＣＡＭ１在蜕膜局部的表达调节方式不同于外周血;ＩＣＡＭ１表达阳性的外周血,淋巴细胞和蜕膜细胞均代表着活化的功能性细胞,这些细胞表面ＩＣＡＭ     

应用离子注入技术对家蚕形态学及遗传学进行的初步研究(英文)

离子注入技术是将某种元素的原子进行电离,并使其在电场中加速,在获得较高的速度后射入固体材料表面。在离子注入过程中,被电离的离子在电场作用下加速运动,离子靠着本身获得的动能进入基体表面,在表层中运动的离子与基体原子作用损失能量后在一定的位置停留下来。该技术自６０年代问世以来,主要用于材料改性等方面。８０年代中期,我国学者开始将其用于农作物育种方面的研究,大大拓宽了离子注入技术的应用领域。所用实验材料的基因及表现型见Ｔａｂ３,我们将氢离子（Ｅ＝３５ＭｅＶ）注入处于胚胎发育后期的家蚕卵内（Ｔａｂ１）,观察其对家蚕形态及遗传方面的影响,结果表明：（１）在家蚕胚胎发育的已４期注入氢离子,其半致死剂量ＬＤ５０为１ｘ１０１０～１ｘ１０１１ｃｍ２这一区间之内;当剂量达到１ｘ１０１２ｃｍ２时,已全部致死（Ｆｉｇ．１＆Ｔａｂ．２）;（２）注入氢离子能够使家蚕在第１腹节上产生褐斑（Ｆｉｇ．２）的频率增高。并首次观察到因注入氢离子而导致家蚕出现非成对的褐斑（Ｆｉｇ．３＆Ｔａｂ．４）。（３）在氢离子注入剂量为１ｘ１０１０ｃｍ２时,能够诱变产生大量的嵌合体家蚕,并且诱变频率高达３８．５％（Ｆｉｇ．４＆Ｔａｂ．５）,这样高的     

Expression and regulation of hFIX minigene and cDNA driven by β-casein gene in mouse mammary gland

Ｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ,ｔｈｅｒｅｓｅａｒｃｈｏｆｕｓｉｎｇｍａｍｍａｒｙｇｌａｎｄｂｉｏｒｅａｃｔｏｒｓｔｏｐｒｏｄｕｃｅｌａｒｇｅａｍｏｕｎｔｓｏｆｈｕｍａｎｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｐｒｏｔｅｉｎｓｄｒａｗｍｏｒｅａｎｄｍｏｒｅａｔｔｅｎｔｉｏｎｗｉｔｈｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｔｒａｎｓｇｅｎｉｃｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ.Ｔｒａｎｓｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｍｉｌｋｏｆｆｅｒｓｓｅｖｅｒａｌｐｏｔｅｎｔｉａｌａｄｖａｎｔａｇｅｓ:ｐｒｏｔｅｉｎｓｓｅｃｒｅｔｅｄｉｎｍｉｌｋ,ｗ…     

近金线属的分类地位及金线属的鉴别特征(鲤形目:鲤科:亚科)

本文根据系统学原理,提出了建立新类元的依据;并据此从分类和系统发育上论证了近金线属ＡｎｃｈｉｃｙｃｌｏｃｈｅｉｌｕｓＬｉｅｔＬａｎ独立成属的可能性,认为应将近金线属归于金线属;修订了金线属ＳｉｎｏｃｙｃｌｏｃｈｅｉｌｕｓＦａｎｇ的鉴别特征。     

酪氨酸蛋白激酶和蛋白激酶C对N-乙酰氨基葡萄糖转移酶V的双重调控

在人肝癌细胞７７２１中研究了酪氨酸蛋白激酶（ＴＰＫ）和蛋白激酶Ｃ（ＰＫＣ）的激活剂［分别为表皮生长因子（ＥＧＦ）和佛波酯（ＰＭＡ）］和各种蛋白激酶抑制剂对Ｎ－乙酰氨基葡萄糖转移酶Ｖ（ＧｎＴ－Ｖ）活力的影响,以探讨ＴＰＫ和ＰＫＣ对ＧｎＴ－Ｖ的调节。结果发现,ＥＧＦ或ＰＭＡ处理细胞４８ｈ后,ＧｎＴ－Ｖ的活力明显增高;蛋白激酶的非特异性抑制剂槲皮素和染料木黄酮（ｇｅｎｉｓｔｅｉｎ）在抑制ＴＰＫ和ＰＫＣ的同时,抑制ＧｎＴ－Ｖ的基础活力,并完全阻断ＥＧＦ或ＰＭＡ对ＧｎＴ－Ｖ的增高作用;ＴＰＫ的特异性抑制剂Ｔｙｒｐｈｏｓｔｉｎ－２５和ＰＫＣ的特异性抑制剂Ｄ－鞘氨醇分别应用时,各自只能部分地取消ＥＧＦ或ＰＭＡ对ＧｎＴ－Ｖ的诱导。但当Ｔｙｒｐｈｏｓｔｉｎ－２５和Ｄ－鞘氨醇同时加入培养基中则可完全阻断ＥＧＦ或ＰＭＡ对ＧｎＴ－Ｖ的诱导激活。蛋白质合成抑制剂环己亚胺和蛋白激酶抑制剂作用相仿,不但可抑制ＧｎＴ－Ｖ的基础活力,也可完全消除ＥＧＦ或ＰＭＡ对ＧｎＴ－Ｖ的激活。以上结果提示ＥＧＦ或ＰＭＡ通过蛋白激酶调节ＧｎＴ－Ｖ的酶蛋白合成,并且ＧｎＴ－Ｖ受到膜性ＴＰＫ和ＰＫＣ的双重调节,其中ｍ－ＴＰＫ较ｍ－ＰＫＣ更为重要。