基于生物信息学分析KCNQ1OT1在胃癌中的作用

长非编码RNA KCNQ1OT1在多种肿瘤中高表达,但是在胃癌中的研究较少并且研究结果不一致,其在胃癌中具体的作用机制也缺乏相关研究。通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)公共数据库分析发现:KCNQ1OT1在胃癌中普遍高表达,且高表达KCNQ1OT1的胃癌病人预后不良,它与胃癌多种临床因素密切相关,尤其是与TP53的突变有明显的相关性,而且其表达与免疫细胞浸润明显相关;KCNQ1OT1在胃癌肿瘤细胞系中普遍高表达,敲低后可抑制胃癌肿瘤细胞的增殖能力,共表达网络分析发现,其表达与肿瘤代谢有密切的相关性;谷氨酰胺酶1(glutaminase 1, GLS1)在胃癌中普遍高表达,与预后不良密切相关,KCNQ1OT1与GLS1的表达具有明显的相关性,敲低KCNQ1OT1的表达可抑制GLS1 mRNA的表达,而过表达GLS1可以部分逆转敲低KCNQ1OT1造成的胃癌细胞增殖能力的下降,因此推测KCNQ1OT1可能通过GLS1调控胃癌肿瘤细胞的生长。本研究通过大数据及实验验证了KCNQ1OT1在胃癌中的表达及功能,提示KCNQ1OT1有可能通过调控谷氨酰胺代谢来促进了胃癌的发生发展,这为分子靶向治疗胃癌的临床研究提供了新的靶点和思路。     

猪环状RNA IGF1R促进脂肪细胞分化

环状RNA(circular RNA, circRNA)作为竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA, ceRNA)在细胞分化调控中发挥着重要作用。本研究旨在对猪环状RNA IGF1R(circular RNA insulin-like growth factor 1 receptor, circIGF1R)进行鉴定及分析,探明其表达规律,构建猪circIGF1R相关的ceRNA调控网络,并探究其异位表达对小鼠间充质干细胞(C3H10T1/2)成脂分化的调控作用。通过正反向引物PCR、Sanger测序、RNase R酶消化检测和qRT-PCR验证circIGF1R是胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor, IGF1R)第二外显子形成的circRNA,它在猪各组织中均有表达,且其表达量在脂肪组织中随日龄增加呈上升趋势;使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测circIGF1R靶基因,运用RNAhybrid软件进行结合位点预测,使用DAVID生物信息功能分析软件对候选靶基因进行GO和KEGG富集分析,运用Cytoscape软件构建ceRNA网络,基于基因表达相关性和预测的靶标关系,绘制了GO和KEGG富集分析及构建了ceRNA网络;双荧光素酶报告基因分析证明circIGF1R及FABP4可与ssc (Sus scrofa chromosome) -miR-133a-5p结合;成功构建circIGF1R过表达载体,在间充质干细胞C3H10T1/2中异位表达,过表达circIGF1R后关键成脂调控因子CEBPα、CEBPβ、FABP4和PPARγ极显著升高(P＜0.01),脂滴数量显著增加。本研究结果证明,circIGF1R在猪脂肪组织中存在,并且可能通过ceRNA机制正调控C3H10T1/2细胞成脂分化,为进一步研究circIGF1R调控猪前体肌内脂肪细胞成脂分化奠定理论基础。     

米仓山蚊蝎蛉二新种记述(长翅目:蚊蝎蛉科)

记述陕西南部米仓山蚊蝎蛉2新种,净翅蚊蝎蛉Bittacus puripennatus Cai et Hua和缠绕蚊蝎蛉Bittacus implicatus Huang et Hua。模式标本均保存在西北农林科技大学昆虫博物馆。     

利用电子鼻评价桃果实香气

为了明确不同桃品种资源果实香气差异,对桃果实香气评价和品质改良提供参考,本研究利用电子鼻系统对桃品种资源果实整果香气进行测定和区分.通过PEN 3.5电子鼻系统采集74份不同品种资源桃果实芳香成分并得到了不同传感器的响应值,采用主成分(PCA)、线性判别法(LDA)和负荷加载(LO)方法分析数据.LO分析结果显示,硫化...     

细胞信号网络功能鲁棒的简并性拓扑特征

细胞信号网络对于外界环境的干扰表现出优良的鲁棒性,但是其维持功能鲁棒的内在机制尚未明确,本文研究了细胞信号网络功能鲁棒性的拓扑特征。选择布尔网络模型模拟细胞网络的动态行为,利用网络节点状态的扰动模拟外界环境干扰。基于演化策略探寻不同网络拓扑的功能并分析其在干扰环境下的鲁棒性,采用埃德尔曼提出的基于信息论的计算方法评估网络拓扑的简并度、冗余度和复杂度等拓扑属性,对比分析它们与功能鲁棒度的相关性及作用机理。结果显示,在网络模型的演化过程中,其拓扑简并度与功能鲁棒度显著正相关,相关性水平高于拓扑冗余度与鲁棒度的相关性。并且,随着鲁棒度的提升,网络的节点数和复杂度也随之升高,同样简并度与网络的节点数和复杂度的相关性高于拓扑冗余度与网络的节点数和复杂度的相关性。这说明增加的网络节点以简并的方式同时提高了网络拓扑的鲁棒度和复杂度。因此,细胞网络功能鲁棒性的拓扑特征是简并而不是冗余,简并为解决生物系统的复杂问题提供了有效手段,为人工系统的可靠性设计提供有益的借鉴。     

Molecular Evolution of Visual Opsin Genes during the Behavioral Shifts between Different Photic Environments in Geckos

Reptiles are the most morphologically and physiologically diverse tetrapods, with the squamates having the most diverse habitats. Lizard is an important model system for understanding the role of visual ecology,phylogeny and behavior on the structure of visual systems.In this study, we compared three opsin genes(RH2, LWS and SWS1) among 49 reptile species to detect positively selected genes as well as amino acid sites. Our results indicated that visual opsin genes have undergone divergent selection pressures in all lizards and RH2 and LWS suffered stronger positive selection than SWS1. Twelve positively selected sites were picked out for RH2 and LWS. Moreover,many diagnostic sites were found between geckos and non-gecko lizards, most of which were located near the positively selected sites and some of them have already been reported to be responsible for significant shifts of the wavelength of maximum absorption(λ_(max)). The results indicated that the gecko lineage accelerated the evolution of these genes to adapt to the dim-light environment or nocturnality as well as the switch between nocturnality and diurnality.     

蔚县盆地牛头山(铺路)剖面晚上新世/早更新世小哺乳动物

牛头山(=铺路)剖面6个含化石层位中,第3、6、9和第12层为晚上新世,第15、16层为早更新世。晚上新世以Hypolagus,Nannocricetus mongolicus,Sinocricetus progressus,Mesosiph- neus,Pliosiphneus,Pseudomeriones complicidens,Micromys tedfordi等的最后绝灭为特征;早更新世以Allophaiomys deucalion,Yangia等的出现为特征。根据岩石地层和小哺乳动物组合分析,该剖面上新世/更新世界限应在第12-13层之间。根据动物组合或动物群的对比,将牛头山剖面、钱家沙洼村的洞沟剖面与小水沟剖面、东窑子头村的大南沟剖面及稻地村的老窝沟剖面的不同层位进行了时代排序。     

MYOZ2通过负调控TCAP的表达促进C3H10T1/2细胞成脂分化

本研究旨在明确钙调磷酸酶肌小节结合蛋白2(myozenin2,MYOZ2)的组织表达特性,阐明其对C3H10T1/2细胞成脂分化的影响及可能的作用机制.采集180日龄马身猪、60日龄ICR小鼠、35日龄罗斯肉鸡和12月龄小尾寒羊背最长肌、皮下脂肪和肝组织,检测MYOZ2基因mRNA表达.结果 显示,MYOZ2基因在所检...     

EL转染试剂转染食管鳞癌细胞的条件优化

该文探讨了关于EL转染试剂转染Hsa-miR-6743质粒至食管鳞癌细胞转染效果的影响因素.以食管鳞癌细胞株Eca-109、TE-1和Eca-9706为研究对象,GFP标记的Hsa-miR-6743为报告基因,通过倒置荧光显微镜检测荧光信号优化转染试剂和质粒比值.结果表明,食管鳞癌细胞的种类影响EL转染试剂的转染效果,...     

三叶半夏叶片一步成苗离体培养技术

以药用植物三叶半夏叶片为材料,通过比较直接和间接器官发生两种途径,建立了半夏一步成苗的快速繁殖技术体系。结果表明,经过愈伤组织阶段的一步成苗培养基为MS+0.5mg/L2,4-D+1.0mg/LKT,90d左右方可得到再生植株,植株分化率为74%,每个外植体上分化的块茎数为5.61±1.04。附加NAA与BA两种激素对一步成苗培养基进行优化,筛选出一步成苗最佳培养基MS+0.5mg/LNAA+0.5mg/LBA,60d后就可直接发育成完整植株,植株分化率为76%,每个外植体上分化的块茎数高达9.97±0·81,对这种培养基上的再生小植株进行移栽,1个月后,移栽成活率达100%。