隐半马氏模型在3′剪接位点识别中的应用(英)

新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意.这是因为已有软件对于剪接位点,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效.如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果,就能够提高整体的基因识别效率.隐半马氏模型能够很好地刻画3′剪接位点(acceptor)的结构.据此开发的一套对acceptor进行识别的算法在Burset/Guigo的数据集上经过检验,获得了比已有算法更好的识别率.该模型的成功还使得我们对剪接点上游的分支位点和嘧啶富含区的概貌有了一定的认识,加深了人们对于acceptor的结构和剪接过程的理解.     

河蟹眼柄神经分泌细胞离子通道的膜片钳研究

采用全细胞膜片钳技术对培养12－24小时不同形态河蟹眼柄视节端髓X器官（MTXO）神经分泌细胞离子通道进行了研究。结果表明,河蟹眼柄MTXO中分布的A、B、C三种类型神经分泌细胞均可记录到由向电流和外向电流组成的正常全细胞电流。内向电流由高电压激活钙离子通道电流（Lca)和对TTX敏感钠离子通道电流（INa）组成。ICa的激活电压为－30mV,在0－ 20mV电压下达到峰值,在－40mV和－70mV保持电压下记录的ICa激活阈值、初始峰值及I－V曲线无明显差别。外向电流明显,幅值较大,包括对4－AP敏感的快速激活、快速失活钾离子通道电流（IA）和对TEA敏感的缓慢激活、缓慢失活钾离子通道电流（IK）。正常蟹种、二龄成蟹和早熟蟹种MTXO神经分泌细胞均表达电压门控钠、钾、钙离子通道,通道电流和电压特征无明显区别.     

啤酒酵母生产的重组水蛭素的纯化及脱色

对啤酒酵母生产的重组水蛭素变异体1(rHV1)进行多步骤的纯化。首先将分泌到培养上清液中的水蛭素进行硫酸铵沉淀和SephadexG-50凝胶过滤,再用Q-SepharoseHP阴离子交换层析分离,最后用HPLCSP-5PW阳离子交换柱脱色及HPLCC8柱反相层析。真空干燥后得到的水蛭素蛋白经SPS-PAGE、N端氨基酸序列分析、抗凝血酶活力分析鉴定,证明已获得高纯度的重组水蛭素HV1制剂,为利用基因工程方法生产重组水蛭素的规模化生产及临床应用提供了依据     

土壤有机磷研究进展

土壤有机磷在农业生态系统的物质循环过程中具有重要作用．研究土壤有机磷,对深入了解土壤-植物系统中磷的营养循环特征具有重要意义．结合国内外已有成果和最新研究进展,从土壤有机磷含量及其影响因素、土壤有机磷的形态和测定方法、土壤有机磷的分组和施肥的影响、土壤有机磷的矿化等几个方面综述了国内外土壤有机磷的研究现状,并提出了目前在土壤有机磷研究中存在的一些问题以及今后研究的热点．     

卫星跟踪猎隼失联案例分析

猎隼(Falco cherrug)是迅速濒危中的物种。对近10年卫星跟踪的67只猎隼进行国籍、性别、信号时长、失联月份统计,分析其死亡原因、受威胁因素以及年返回率。就其中2016年来自俄罗斯和蒙古的10只猎隼进行更详细的死因分析,当发射器不再返回信息时,前往GPS最后位点,在一定区域内进行拉网式搜索,并分析周围的环境和动物痕迹,将找到的尸体进行解剖,查找死亡原因。结果显示,这67只猎隼中雌鸟有37只,占总数的55.2%,雄鸟有29只,另1只性别未知。其平均信号时长为(201±129.94)d(n=64),小于200 d的占60.9%,小于400 d的占92.2%。年返回率为31.4%;在秋季和初冬季(8～12月)失联的占67.2%。而2016年跟踪的10只猎隼中,获取4只失联猎隼的信息,1只在蒙古国被猎杀,1只死因不详,1只在中国因电击死亡,1只在中国因擦碰和饥饿死亡。卫星跟踪数据显示,猎隼的年返回率明显降低,表明猎隼的处境不容乐观,这引发了猛禽研究专家的担忧。     

利用cDNA-RDA技术研究BXSB狼疮小鼠差异表达的基因

利用近年来发展起来的代表性差异分析cDNA-RDA(cDNA-representational difference analysis)技术筛选BXSB红斑狼疮小鼠发病相关基因.发现了3个新的表达序列标签(EST)片段,在GenBank中的登录号分别为AF060113, AF060111, AF060110,同时发现了一些已知与自身免疫病相关的基因如逆转录病毒衣壳蛋白、Line-1逆转录酶等.通过RDA技术可能发现系统性红斑狼疮发病相关新基因,为自身免疫病的理论研究提供新的思路和方法.     

系统发育谱构建方法研究

随着后基因组时代的到来,系统发育谱方法作为一种非同源性的功能注释方法,已经被成功的应用到基因组功能预测、蛋白质相互作用预测等一些重要领域的研究中去。本文阐述了系统发育谱法的基本原理,详细地介绍了现有的几种系统发育谱的构建方法,并提出了利用ortholog来构建基因的系统发育谱的思想。     

凉水保护区松鼠冬季重取食物的贮藏点与越冬生存策略

为了解松鼠贮食行为中的重取食物行为特征,以及在冬季不同生存环境条件下,重取贮藏的红松种子的状况,于2004年初冬(11月中旬),仲冬(2005年1月下旬)和晚冬(3月下旬)采用随机抽样法对凉水自然保护区内雪地上的松鼠重取食物后遗留的贮藏点(称为重取贮点)进行了调查和分析。结果表明:1)冬季不同时期松鼠的重取贮点强度存在明显差异,初冬最大,晚冬次之,仲冬最小,3 个时期的样本数据频率分布检验表明其总体皆服从指数分布;2)当场取食的贮藏点占到83%,17% 的贮藏点未发现籽壳遗留。受松籽低产量及人为过量收获的影响,单个贮藏点贮藏1 粒和2 粒种子的占92.9% ;3)受气温和雪被厚度因素的影响,3 个时期重取贮藏点的口径与深度存在显著差异,一定深度的雪被可能有助于松鼠的重取,但过深的雪被也许会使松鼠无法重取。本研究表明,本地区松鼠在冬季不同时期重取红松种子的强度分配符合将饥饿风险降至最小的觅食经济学原则;松鼠重取行为的优化在贮藏点的被取食状况、口径与深度等特征上得到体现。     

PLS-ANN判别分析自体荧光光谱识别胃癌

本文对58例胃癌病人离体标本的癌浆膜和正常浆膜进行以308nm为激发光的自体荧光光谱检测,采用多因素分析法进行光谱信息提取,以识别胃癌。研究表明偏最小二乘法结合神经网络法（简称PLS—ANN）进行判别分析,诊断胃癌的灵敏度为86％,特异度为100％,准确率为93％,有望成为手术中快速识别胃癌在胃壁的浸润范围的有效方法。     

紫花苜蓿赤霉素受体基因的克隆及表达分析

赤霉素受体(GID)是赤霉素信号转导途径的重要成员,直接影响着赤霉素对植物体效应的发挥。该研究利用同源克隆的方法,首次从紫花苜蓿中克隆得到1个赤霉素受体基因,命名为MsGID1b。序列分析发现,MsGID1b基因开放阅读框长度为1 053bp,编码350个氨基酸,推测其蛋白质分子量为39.839kD,是一个无信号肽和跨膜结构的亲水性蛋白。序列比对结果表明,MsGID1b基因与蒺藜苜蓿MtGID1b基因的核苷酸序列相似性为98%,氨基酸序列相似性为99%,且具有HSL家族典型的HGG和GXSXG保守结构域及GA、DELLA蛋白结合位点。荧光定量PCR分析表明,MsGID1b基因在紫花苜蓿各组织中的表达丰度依次为:根盛花初花茎叶荚果;经GA3、ABA、NaCl、PEG和黑暗诱导后该基因表达上调,尤其是在GA3诱导下,MsGID1b基因的表达量一直维持在较高水平,表明MsGID1b基因可能参与紫花苜蓿的抗逆调控。