应用逆转录PCR检测海产贝壳类中的甲型肝炎病毒

污染水体中生长的贝壳类是传播甲型肝炎的重要媒介之一,本文介绍了用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测贝壳类中甲型肝炎病毒(HAV)的方法。贝壳类中HAV的浓集回收采用洗脱-沉淀法并加以改进,30g贝肉中的病毒浓集回收在1.5~2.0m l上清液中。RT-PCR检出限为回收样品经二次扩增后10-2稀释度。从7种39份采自大连近海海域的贝壳类样品中,用该法检测出阳性样品4种10份,阳性率为26%。说明各种贝壳类有不同程度的污染。     

应用计算机软件辅助重组hbFGF 基因的筛选

目的：尝试通过计算机的辅助筛选基因重组组合,期望能减少人工筛选的工作量并得到高表达的蛋白。方法：从影响表达的两个因素即翻译起始区陬的二级结构自由能和翻译起始区的密码子偏好性问题研究入手,对部分核苷酸进行了突变,利用RNA二级结构预测软件DNASISv2．5对hbFGF的陬区起始密码子开始前35个核苷酸进行了分析,筛选出预期表达量高的组合并在实验中加以验证。结果：从32种突变方式中筛选出10条自由能绝对值最低的序列做引物,克隆至表达载体上,得到了两株高表达菌株。结论：利用计算机辅助设计可以优化和筛选实验结果,提高工作效率,降低具体实验的工作量。     

Reduced Plasma Membrane Expression of Dysferlin Mutants Is Attributed to Accelerated Endocytosis via a Syntaxin-4-associated Pathway

Ferlins are an ancient family of C2 domain-containing proteins, with emerging roles in vesicular trafficking and human disease. Dysferlin mutations cause inherited muscular dystrophy, and dysferlin also shows abnormal plasma membrane expression in other forms of muscular dystrophy. We establish dysferlin as a short-lived (protein half-life ∼4–6 h) and transitory transmembrane protein (plasma membrane half-life ∼3 h), with a propensity for rapid endocytosis when mutated, and an association with a syntaxin-4 endocytic route. Dysferlin plasma membrane expression and endocytic rate is regulated by the C2B-FerI-C2C motif, with a critical role identified for C2C. Disruption of C2C dramatically reduces plasma membrane dysferlin (by 2.5-fold), due largely to accelerated endocytosis (by 2.5-fold). These properties of reduced efficiency of plasma membrane expression due to accelerated endocytosis are also a feature of patient missense mutant L344P (within FerI, adjacent to C2C). Importantly, dysferlin mutants that demonstrate accelerated endocytosis also display increased protein lability via endosomal proteolysis, implicating endosomal-mediated proteolytic degradation as a novel basis for dysferlin-deficiency in patients with single missense mutations. Vesicular labeling studies establish that dysferlin mutants rapidly transit from EEA1-positive early endosomes through to dextran-positive lysosomes, co-labeled by syntaxin-4 at multiple stages of endosomal transit. In summary, our studies define a transient biology for dysferlin, relevant to emerging patient therapeutics targeting dysferlin replacement. We introduce accelerated endosomal-directed degradation as a basis for lability of dysferlin missense mutants in dysferlinopathy, and show that dysferlin and syntaxin-4 similarly transit a common endosomal pathway in skeletal muscle cells.     

新疆喀纳斯湖北端河漫滩湿地植物群落演替

对喀纳斯湖北端河漫滩湿地植物群落进行了调查取样,通过除趋势对应分析(detrended correspondence analysis,DCA)排序研究了群落演替的动态,同时采用Shannon多样性指数、Margalef丰富度指数、Simpson多样性指数和Pielou均匀度指数,分析了物种多样性在群落演替过程中的动态变化,并运用去势典范对应分析(detrended canonical correspondence analysis,DCCA)方法,分析了不同样方中土壤因子与群落多样性指数之间的关系。结果表明:1)该区域植物群落演替序列为泽生苔草群落→西伯利亚早熟禾群落→金露梅群落→沼桦群落→西伯利亚云杉群落;2)随着演替的进行,群落物种优势度显著增加,而物种多样性呈先增加后降低的趋势,金露梅群落最高;3)土壤含水量和群落物种优势度之间存在显著负相关。     

上海虹桥国际机场飞行区植被与鸟类的关系

2008年3月～2009年2月,通过实地样方调查、样方植株烘箱处理和鸟类直接观察及样本解剖,对土道面区不同草高的所选样区进行植被、草丛动物和鸟类的研究,并对相关数据进行处理分析.调查结果显示: 1) 春季菊科、百合科、旋花科和葡萄科等蜜源植物开花会招引来大量昆虫,秋季禾本科、茄科、豆科和葡萄科等结实植物的果实又会为大量的昆虫以及鸟类提供食物; 2) 植被的生物量在一定程度上影响着鸟类种类数变化; 3) 植被和草丛动物的多样性指数具有极其显著正相关性,但鸟类与植被、草丛动物的多样性指数则不具有相关性; 4) 从各样区鸟类遇见率指数来看,各种鸟类对草高的喜好有着一定的差异.据此提出防范机场鸟击相关的对策和建议.     

不同产地南方红豆杉枝叶的紫杉醇含量及其指纹图谱的比较分析

采用HPLC法对来源于6个产地(陕西周至和汉中;甘肃天水;安徽胡乐、聂家山和仙寓山)的12份野生南方红豆杉[ Taxus chinensis var.mairei( Lemée et Lévl.) Cheng et L.K.Fu]枝叶中的紫杉醇含量进行了比较分析,并对不同产地南方红豆杉指纹图谱的相似度进行了比较和特征指纹图谱的构建.结果表明:不同产地南方红豆杉枝叶中紫杉醇的含量有明显差异,来源于陕西和甘肃的枝叶样品中紫杉醇含量明显高于来源于安徽的样品,以产自陕西周至的枝叶样品中紫杉醇含量最高(0.019 3 mg·g-1).各样品的指纹图谱均有12个共有峰,其中9号共有峰的保留时间(32.75 min)与紫杉醇标准品一致,被确定为南方红豆杉指纹图谱的参照峰(s).各共有峰相对保留时间的RSD值均低于1％,但相对峰面积的RSD值均高于40％,说明各样品共有峰的保留时间稳定,但相对含量差异较大.除来源于安徽聂家山的2个样品外,其他样品的相似度值均在0.8以上,说明各样品间指纹图谱的相似度较高.根据12个样品的指纹图谱建立了南方红豆杉枝叶的特征指纹图谱,可用于南方红豆杉的鉴定及质量控制.由测定结果推测:不同产地南方红豆杉枝叶中紫杉醇含量的差异可能与生长环境的差异有关.     

七氟烷对糖尿病心肌缺血/再灌注损伤的影响

糖尿病是一种常见病、多发病,严重威胁着人类的健康。现已明确,糖尿病是冠心病发病的一个重要因素。心肌缺血/再灌注(ischemia/reperfusion,I/R)损伤是临床常见的病理过程,同时是冠心病发病及心肌血运重建治疗过程中的核心环节,如何减轻I/R损伤一直是国际研究热点之一。糖尿病与I/R损伤对心肌都有损害作用,相关研究证明糖尿病能够进一步恶化I/R损伤对心肌的损伤作用。研究表明,缺血预处理(ischemia preconditioning,IPC)可以延缓或减轻心肌I/R损伤,同时,麻醉药预处理(anesthetic induced preconditioning,APC)也具有IPC样的心肌保护作用。其中,七氟烷作为现阶段临床较常用的吸入麻醉药,同样对心肌I/R损伤具有保护作用。本文就七氟烷对糖尿病心肌I/R损伤的影响及其机制做一综述。     

基于组合探针识别的大规模细菌分类16 S rRNA基因芯片设计

随着16 S rRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能．现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求．很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针．在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的．因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的．每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率．然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的．提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法．     

一种融合表达谱相关性信息的激活子网辨识算法

传统表达谱数据分析方法集中于寻找差异表达基因和共表达基因集合,没有考虑基因表达产物之间已知的相互作用.近年来在系统生物学的研究中发展了将基因表达谱与蛋白质相互作用网络进行整合分析的方法.现有方法未能综合考虑基因表达差异性和相关性信息,容易导致辨识结果中重要功能分子缺失且生物学功能相关度不高.提出一种融合表达谱差异性和相关性信息的激活子网辨识算法,能够在蛋白质相互作用网络中辨识高功能相关度的激活子网.应用到人免疫缺陷病毒HIV-1感染过程的研究,结果表明,该算法可以有效避免仅考虑基因表达差异性所引入的偏差,揭示了高相关性低表达差异基因在相关通路中的关键性作用.     

流感病毒抗原性变异研究进展

简要概述了流感病毒的结构特征和HA1区的功能,并着重介绍了国内外有关流感病毒HA基因抗原变异性学说及其研究进展.