肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展

噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。     

短时低温对马铃薯甲虫种群增长的影响

[目的]马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata是我国重要的检疫性害虫,对茄科植物危害严重.本研究旨在明确出现倒春寒短时低温对马铃薯甲虫种群增长的影响.[方法]马铃薯甲虫卵在8℃下分别处理1,3和5d,以27℃下饲养的卵作为对照,调查卵孵化率及孵化后幼虫的生长发育和成虫繁殖情况,用种群参数评估短时低...     

湖南黑刺粉虱不同寄主植物种群和不同地理种群的COI基因分化

根据线粒体COI基因片段分析,柑橘黑刺粉虱Aleurocanthus spiniferus (Quaintance)种群和茶园黑刺粉虱种群之间的遗传距离(0.185-0.247)明显高于柑橘黑刺粉虱不同地理种群之间的遗传距离(0.002-0.076),也明显高于茶园黑刺粉虱不同地理种群之间的遗传距离(0-0.053)。由此推断柑橘黑刺粉虱和茶园黑刺粉虱属于黑刺粉虱的不同生物型,或不同种的Aleurocanthus属粉虱。地理距离和柑橘黑刺粉虱遗传距离具有较大的相关性,同类寄主专化型黑刺粉虱,岳阳洞庭湖区地理种群与其他地区地理种群遗传距离最远。长沙不同柑橘品种上的黑刺粉虱种群之间遗传距离小于0.01。     

土壤线虫三种分离方法效率比较

比较了蔗糖离心浮选法、改进的贝尔曼漏斗法和浅盘法对土壤线虫的分离效率。蔗糖离心浮选法分离得到的线虫总数分别为贝尔曼漏斗法的 6 1倍和浅盘法的 11 4倍。而且离心浮选法分离得到的虫体大于 5 3μm(>30 0目 )和 5 3～ 4 0 μm(30 0～ 4 0 0目 )的线虫数显著高于贝尔曼漏斗法和浅盘法。离心浮选法对所有功能类群线虫 (包括食细菌、食真菌、植食和杂食线虫 )的分离效率也均显著高于其他 2种方法。贝尔曼漏斗法的分离效率高于浅盘法 ,主要反映在食细菌线虫和虫体在 4 0～ 32 μm(4 0 0～ 5 0 0 )的线虫数。但在达到相同分离效率时 ,浅盘法比贝尔曼漏斗法需要的时间短     

甘肃玉门红柳峡早白垩世下沟组的介形类

本文描述了甘肃玉门红柳峡下沟组的介形类化石共5属4亚属、13种。其中1新属、6个新种、1个比较种。根据介形类特征和地理分布,推测下沟组的时代为早白垩世巴列姆期;同时结合玉门红柳峡下沟组的岩性特征,认为该组为淡水微咸水河湖相沉积。     

蒙古裸腹溞与褶皱臂尾轮虫的种间关系

在实验室内将蒙古裸腹溞按0．06、0．10、0．30、0．60个·ml^-1的密度与褶皱臂尾轮虫(密度为0．3个·ml。)进行}昆合培养,同时按上述密度分别单种培养了蒙古裸腹溞和褶皱臂尾轮虫作为对照．结果表明,蒙古裸腹溞与褶皱臂尾轮虫之间存在种间竞争,当二者共存时,褶皱臂尾轮虫对蒙古裸腹溞种群产生压制作用,使蒙古裸腹溞在混合培养体系中以很低的密度存在,而褶皱臂尾轮虫种群受蒙古裸腹溞影响不大．通过进一步的饥饿实验发现90％的褶皱臂尾轮虫经过144h饥饿后仍然存活,而经过120h饥饿后的蒙古裸腹溞100％死亡,褶皱臂尾轮虫耐饥饿能力较强是其在与蒙古裸腹溞竞争中获胜的原因之一。     

中国特有植物血水草RAPD反应体系的优化

为建立血水草的RAPD-PCR最佳反应体系,对影响血水草RAPD反应的Mg²⁺、模板DNA、dNTPs、引物浓度和Taq聚合酶用量等因素进行优化。结果表明：25 μL反应体系中含10×Buffer 2.5 μL,1.8 mmol·L^-1 Mg²⁺,2U Taq DNA聚合酶,50 ng模板,0.2 mmol·L^-1 dNTPs,1.6 μmol·L^-1引物。扩增程序为：94℃预变性2 min;预扩增：94℃变性20 s,36℃退火30 s,72℃延伸75 s,5个循环;扩增：94℃变性20 s,40℃退火30 s,72℃延伸60 s,40个循环;72℃保温20 min,4℃保存。所建立的血水草RAPD-PCR反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好等特点,可以较好地应用于血水草的遗传多样性分析研究。     

污染土壤淋洗修复技术研究进展

土壤淋洗修复技术是一种行之有效的污染土壤治理技术,适合于快速修复受高浓度重金属和有机物污染土壤与沉积物。本文综述了土壤淋洗修复技术的特点、技术流程、土壤淋洗剂的研究与应用进展,指出异位土壤淋洗修复技术因修复效果稳定,易于实现系统控制和废弃物减量化等优点而具有更广阔的应用前景,天然螯合剂和生物表面活性剂等环境友好型淋洗剂正逐渐取代人工螯合剂和化学表面活性剂成为土壤淋洗剂研究的主流方向,而现代超分子化学的引入和发展有可能对复合污染土壤的高效淋洗修复研究产生新的影响。     

红光促进难治性创面愈合的研究

目的:探讨红光照射对难治性创面的创缘组织中血管内皮细胞生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)的表达及治疗难治性创面的临床效果。方法:收集2008年6月-2010年12月因难治性创面入住笔者单位治疗的40例患者,按治疗方法分为红光照射治疗组20例和常规治疗组20例。常规治疗组患者创面以0.5%碘伏与水胶体敷料换药。治疗组在常规治疗的基础上加用红光照射。于治疗后第7天、14天、21天切取创缘组织,研究红光照射对创缘组织中VEGF的影响,并比较两组患者的创面愈合率和愈合时间。结果:临床实验中,治疗组创缘组织中的VEGF含量明显高于对照组(P<0.01);治疗组创面愈合率明显高于对照组(P<0.01);治疗组的愈合时间低于对照组(P<0.05)。结论:红光照射能显著提高创缘组织中VEGF含量,减少创面愈合时间,促进愈合。     

多巴胺(DA)和去甲肾上腺素(NE)在文昌鱼神经系统和性腺中的免疫细胞化学定位

用免疫细胞化学ABC法对多巴胺（DA）和去甲肾上腺素（ＮＥ）的文昌鱼神经系统和性腺中进行定位研究。免疫反应结果显示：ＤＡ和ＮＥ免疫阳性神经细胞广泛分布在文昌鱼端脑后部、中脑前部和中部以及脊髓,我们还观察到,在文昌鱼漏斗部也有ＤＡ免疫阳性神经细胞及其纤维;在中脑中部,ＮＥ免疫阳性神经细胞及其纤维与另一个神经细胞相接触。此餐,文昌鱼精巢和卵巢中也存在ＤＡ和ＮＥ免疫阳性物,研究结果表明,ＤＡ和ＮＥ可有像在鱼类中那样,参与调节文昌鱼哈氏窝上皮细胞的分泌活动以及性腺发育。