生物信息学数据库研究进展

介绍了生物信息学数据库的研究进展,及几种主要的数据库,并总结了生物信息学,数据库的发展特点及面临的主要问题。     

脑电生物反馈训练对ADHD 儿童心理、行为的影响

目的：探讨脑电生物反馈治疗对ADHD儿童心理、行为的影响。方法：对45例ADHD儿童采用脑电生物反馈训练。20次为一个疗程。治疗前和治疗后20、40次分别用症状评定量表进行比较。结果：接受20次训练的ADHD儿童注意、情感、活动水平、异常行为、学业等方面的问题都有明显好转;接受40次训练的ADHD儿童注意、情感、活动水平、异常行为、学业等方面的问题改善十分明显。P值〈0.01差异显著。结论：脑电生物反馈训练能有效地改善儿童注意、情感、活动水平、异常行为、学业等方面的问题。     

繁缕和无瓣繁缕六个居群的数值分析

对繁缕（Stellaria media）和无瓣繁缕（S.apetala）的6个居群的57个性状进行Q－聚类和R－聚类的研究。结果表明：（1）Q－聚类中,用一条结合线,可以把繁缕的4个居群聚为一类,无瓣繁缕的2个居群聚为一类。这一结果支持肥繁缕和无瓣繁缕划分为两个物种;（2）R－聚类中,发现了呈现完全正相关、极大正相关和极大负相关的性状,并根据R－聚类的结果,运用一条适当的结合线,把繁缕和无瓣繁缕的57个性状划为5个类群,并分析了各性状的分类学意义。     

结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在利用PacBio单分子实时(singlemoleculereal-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析,进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性。【方法】采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定。通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证。采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA,取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合。进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度,外显子数量与长度,内含子长度,GC含...     

构建高产谷胱甘肽啤酒酵母基因工程菌提高啤酒抗老化能力的研究

根据同源重组的原理,将来源于啤酒酵母工业菌株G03的γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶基因(GSH1)和筛选标记Kan取代质粒pRJ-5中18S rDNA内部约340bp的DNA片段,构建重组质粒pRKG。以pRKG为模版,PCR得到以18S rDNA为整合位点包含GSH1和Kan的基因片段18S rDNA::(Kan-GSH1)。用此片段转化啤酒酵母工业菌株G03,通过G418抗性筛选得到啤酒酵母工程菌。实验室小试表明,工程菌的谷胱甘肽含量比受体菌株提高16.6%,啤酒的抗老化能力得到了显著提高,而常规指标没有发生显著变化。连续传代5次后胞内GSH含量基本不变遗传稳定性良好。由于表达γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶的基因来源于受体菌株自身,是通过自克隆技术改造工业啤酒酵母的一次有益的尝试。     

内蒙古达赉湖地区蒙原羚生境适宜度评价

2008年在内蒙古达赉湖地区蒙原羚(Procapra gutturosa)生境考察基础上,以植被类型、植被盖度、坡度、距水源距离、距放牧点距离、距居民点距离、距道路距离为生境适宜性评价因子,利用3S技术和模糊赋值对蒙原羚生境适宜度进行评价。结果表明:在不考虑人为干扰时,蒙原羚的最适宜生境面积占总面积的17.7%,次适宜生境面积占总面积的36.9%,不适宜生境面积占总面积的45.4%;考虑人为干扰时蒙原羚的最适宜生境面积占总面积的13.0%,次适宜生境面积占总面积的28.3%,不适宜生境面积占总面积的58.7%;研究地区蒙原羚实际生境和潜在生境相比,不适宜生境面积增加了29.2%,表明人为干扰是内蒙古达赉湖地区蒙原羚适宜生境急剧减少的主要原因。     

Multiple responses to increasing spring temperatures in the breeding cycle of blue and great tits (Cyanistes caeruleus,Parus major)

Many bird species start laying their eggs earlier in response to increasing spring temperatures, but the causes of variation between and within species have not been fully explained. Moreover, synchronization of the nestling period with the food supply not only depends on first‐egg dates but also on additional reproductive parameters including laying interruptions, incubation time and nestling growth rate. We studied the breeding cycle of two sympatric and closely related species, the blue tit Cyanistes caeruleus and the great tit Parus major in a rich oak‐beech forest, and found that both advanced their mean first‐egg dates by 11–12 days over the last three decades. In addition, the time from first egg to fledging has shortened by 2–3 days, through a decrease in laying interruptions, incubation time (not statistically significant) and nestling development time. This decrease is correlated with a gradual increase of temperatures during laying, suggesting a major effect of the reduction in laying interruptions. In both species, the occurrence of second clutches has strongly decreased over time. As a consequence, the average time of fledging (all broods combined) has advanced by 15.4 and 18.6 days for blue and great tits, respectively, and variance in fledging dates has decreased by 70–75%. Indirect estimates of the food peak suggest that both species have maintained synchronization with the food supply. We found consistent selection for large clutch size, early laying and short nest time (laying to fledging), but no consistent changes in selection over time. Analyses of within‐individual variation show that most of the change can be explained by individual plasticity in laying date, fledging date and nest time. This study highlights the importance of studying all components of the reproductive cycle, including second clutches, in order to assess how natural populations respond to climate change.     

噬菌体治疗细菌性感染及其限制因素

近年来,细菌耐药性已成为抗感染领域面临的严峻问题,临床对一些细菌性感染疾病束手无策。噬菌体疗法是一种通过噬菌体裂解细菌来治疗病原菌感染的治疗手段。噬菌体在抗菌领域表现出显著的优越性,成为目前治疗细菌性感染的研究热点。本文对近年来噬菌体治疗动物和人类病原菌感染、限制其临床应用的因素及解决措施进行综述。     

苋科植物化学成分的研究进展

苋科植物有65个属,约1000余种,主要分布在热带、亚热带和温带地区.该科的很多植物具有良好的食用和药用价值,化学成分丰富,含有三萜类、甾体类、黄酮类、生物碱类、色素类和多肽类物质.为推动我国苋科植物资源的更深层次利用和开发,对苋科植物的化学成分研究概况做一综述.     

基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.