香菇三个功能基因部分序列的单核苷酸多态性分析

以15个香菇栽培品种为材料,对尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸激酶基因(UMP-CMP kinase gene,uck1)、分裂原活化蛋白激酶基因(mitogen-activated protein kinase gene,mapk)和外切β-1,3葡聚糖酶基因(exo-β-1,3-glucanase-encoding gene,exg1)进行了部分序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。结果表明,测序中出现的双峰,是菌丝双核体细胞中两细胞核之间的差异造成的。在采用uck1、mapk和exg1的3,126bp中,共发现48处多态性位点,发生频率为1/65bp,其中36个属于转换、12个为颠换。从群体发生频率上,38个属于超过10%的常见SNP,10个属于罕见SNP。不同基因的SNP发生频率不同,uck1、mapk和exg1的SNP发生频率分别为1.40%、0.82%和2.41%。外显子区SNP数量高于内含子,3个基因在外显子区域分布28个,内含子分布20个。外显子的28个SNP位点中,11个为错义突变,17个为同义突变。错义突变引起了编码氨基酸的改变。对SNP位点的聚类分析表明,15个栽培品种间存在的多态性位点在1–36之间,15个品种的SNP类型不同。uck1,mapk,exg1的SNP可用于香菇栽培品种的鉴别。     

2014年度国家自然科学基金微生物学学科项目资助概况和分析

本文介绍了2014年度国家自然科学基金微生物学学科项目申请、受理和资助概况,分析了各分支学科和各类别项目申请的特点和存在的问题,介绍了评审会前网络投票试点的做法,以期为科研人员今后的项目申请提供参考。     

白灵侧耳栽培种质对高温胁迫的反应研究

本文以“中农一号”、“华杂13”、“中农翅鲍”和“CCMSSC 00488”4个白灵侧耳菌株为材料,通过测定高温胁迫下菌丝体内硫代巴比妥酸反应物（thiobarbituric acid-reactive substances,TBARS）和蛋白质羰基（protein carbonyl,PCO）含量,观察适温培养和高温胁迫后恢复培养时菌落的生长速率、生长势和菌丝形态特征,研究不同白灵侧耳栽培种质对高温胁迫的反应。研究表明,白灵侧耳不同栽培种质对高温胁迫的反应在氧化损伤程度、菌落形态和菌丝形态特征上都有变化,不同材料的高温伤害程度有着较显著的差异。4个材料高温胁迫条件下TBARS和PCO含量均显著升高,但是升高程度不同,按照TBARS和PCO含量多少排序,依次为CCMSSC 00488>华杂13>中农翅鲍>中农一号。高温胁迫处理后恢复生长需要的时间依次为：CCMSSC 00488>华杂13>中农翅鲍、中农一号;菌落生长势：中农一号>中农翅鲍=华杂13>CCMSSC 00488;菌丝形态特征：菌丝表面增长率、菌丝顶端细胞表面积、菌丝直径和菌丝体分支频率均显著降低,但降低程度以中农一号为最大。菌丝体分支频率与菌落生长势相对应。     

侧耳属主要种类ITS序列分析

对侧耳属16个种的38个菌株进行了ITS序列测定,统计分析种内和种间序列趋异度。结果表明,16个种的ITS序列种内趋异度很小,为0-0.007,其中Pleurotus djamor不同地理来源的3个菌株的趋异度为0.007。在16个种的种间ITS序列趋异度中,P.rattenburyi和P.djamor之间趋异度最大,为0.282;P.ostreatus和P.cornucopiae之间的趋异度最小,为0.003。利用ITS序列能够对侧耳属的大多种类进行有效鉴定。ITS序列差异2%-3%作为伞菌中种的鉴定临界值在侧耳属中并不合适。而对于P.ostreatus和P.cornucopiae的准确鉴定,仍需开发新的分类鉴定标记。以香菇为外群,用贝叶斯法构建的侧耳属系统发育树表明,系统发育树的部分节点十分可靠,后验概率值为0.96-1.0。     

中国白灵侧耳自然群体的交配型因子分析

为了研究我国新疆白灵侧耳自然种群的遗传多样性,估测自然种群的遗传丰度,对51株新疆野生白灵侧耳的84个原生质体单核体的交配型因子进行分析。在84个单核体中存在54个不同的A因子和59个不同的B因子。x2检测表明交配型因子A和B的系列因子均为等概率分布。据此估算我国白灵侧耳自然群体中有79个A因子,100个B因子,自然群体中的单核交配型总数79×100=7,900个,双核交配型总数31,201,050个。可见,新疆白灵侧耳遗传多样性丰富,新疆是我国白灵侧耳的野生种质资源宝库。     

两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究

随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92%和91.68%的保守基因。对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931 542个单核苷酸多态性位点,231 654个插入/缺失和9 221个结构变异。对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异。CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复（DSB）信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

基于DNA拓扑异构酶Ⅱ基因部分序列的侧耳属系统发育分析

对侧耳属（Pleurotus）14个种的14个菌株,亚侧耳属（Hohenbuehelia）1个种和离褶伞属（Lyophyllum）1个种的DNA拓扑异构酶Ⅱ（EC 5．99．1．3）部分序列进行扩增分析。以灰盖鬼伞（Coprinus cinereus）、新型隐球酵母（Cryptococcus neoformans）和玉米黑粉菌（Puccinia polysora）等担子菌为外群,采用最大距离法、最大简约法和最大似然法构建侧耳属的系统发育树。结果表明：作为外群的3个物种独立于所有供试材料;侧耳属菌株作为一大类与供试的离褶伞属和亚侧耳属分开。侧耳属14个种又可细分成6支：可能为侧耳属起源最早的P．flabellatus、P．salmoneostramineus和P．djamor组成一组;P．tuberregium和P．pulmonarius均自成一组;P．abalonus和P．cystidiosus均产生束梗孢,聚为同组;P．eryngii var．eryngii、P．eryngii var．ferulae和P．nebrodensis为一组;另一组由P．ostreatus、P．columbinus、P．cornucopiae和P．citrinopileatus组成。按照侧耳属物种菌丝类型的不同,构建的系统发育树将该属14个种进行系群划分,单、二系菌丝分属于各个不同的分支中,说明单、二系菌丝均为多系起源,与用28S rDNA序列进行系统分析的结果一致。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P4和P5都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P4将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P5将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。