NCBI的数据库资源及其应用

NCBI是美国的一个大型生物信息学系统,它主要通过NCBI网站为全世界的科学家服务,它拥有GenBank,RefSeq,UniGene,dbSNP等等多种大型生物学数据库,并且提供了多种数据库查询工具,如：Entrez,PubMed,LocusLink,TaxonomyBrowser等等,以及多种数据库分析资源,对于我们查询文献,人类基因组信息、基因表达、蛋白质结构、肿瘤遗传信息,以及不同种属遗传信息等等有非常大的帮助。是一个非常重要的生物医学资源。     

颗粒体病毒防治黄地老虎

黄地老虎(Euxoa segetum)是新疆多种农作物的主要害虫。虫口密度最高时,每平方米可达150头。为了探索新的防治途径,我们于1973年开始应用颗粒体病毒防治黄地老虎。室内外试验表明,此病毒对黄地老虎的感染力强,死亡率高。现将研究结果初报如下:     

黑叶猴食物组成及其季节性变化

对灵长类来说,喀斯特石山生境是一种比较独特的生活环境。喀斯特森林具有生物量低,物种多样性高的特点,生活于其中的灵长类的食物资源受环境的影响强烈,有明显的季节性变化。黑叶猴(Trachypithecus francoisi)是生活在喀斯特石山的特有灵长类动物。在食物资源波动较大的石山生境中,黑叶猴如何在食物匮乏时期获得食物?是否采取了大多数灵长类的应对策略,还是采用适应喀斯特环境的特殊对策?为了回答这些问题,2005年9月至2006年8月,在广西弄岗国家级自然保护区选择一群黑叶猴作为观察对象,采用瞬时扫描取样法收集相关的食性数据。通过比较不同季节食物组成的差异来探讨黑叶猴如何应对喜食食物(嫩叶、果实)的季节性缺乏的问题。结果表明:黑叶猴共采食92种植物,其中乔木和灌木38种,藤本植物52种,草本植物1种,寄生植物1种。猴群平均每月采食食物22.8种(6-34种),月平均食物多样性指数为2.5(1.6-3)。在弄岗黑叶猴的食物组成中,树叶占总觅食记录的71%,其中嫩叶46.9%,成熟叶24.1%的;果实、花和种子分别占13.2%、6.3%和4.3%;其他食物类型占5.4%,分别包括茎1.8%,叶柄1.1%,未知部位2.5%。黑叶猴的食物组成具有明显的季节性差异。在旱季,平均月食物种类和食物多样性指数分别为29.3和2.8,明显高于雨季的16.2和2.1。在雨季,嫩叶在食物中的比例明显高于旱季(61.5%相对32.3%);在旱季,猴群对成熟叶的采食比例明显高于雨季(39.4%相对8.9%),且在该季节才利用种子作为食物,占食物组成的8.6%。黑叶猴的食物组成受食物可获得性的影响。主要表现为嫩叶在食物中所占的比例与其可获得性有显著的正相关关系(r=0.865,n=12,P=0.000)。另外,当成熟叶和果实的可利用性降低时,黑叶猴的食物多样性指数提高(成熟叶:r=-0.602,n=12,P=0.039;果实:r=-0.716,n=12,P=0.009)。黑叶猴在嫩叶丰富的雨季,它们采食更多的嫩叶;而在喜食性食物短缺的旱季,它们采取选择更多种类的成熟叶和种子为食,同时它们采食的种类和食物多样性也相应地增加。这与大多数叶食性灵长类的适应策略相似。     

稻草易地还土对丘陵红壤有机质和主要物理性质的影响

选取新垦坡地和熟化旱地2种典型土地利用类型,研究了稻草易地还土对丘陵红壤有机质含量和主要物理性质的影响,并探讨了土壤有机质、田间持水量、容重、孔隙度间的相关性.结果表明稻草易地还土可提高丘陵红壤有机质含量,改良土壤物理性质,增强土壤蓄水性能.与不施肥或化肥处理相比,稻草易地还土提高了耕层(0～20 cm)土壤有机质含量5.8%～28.9%和＞0.25 mm水稳性大团聚体含量;降低了亚表层(10～15 cm)土壤容重,降低幅度为4.5%～7.5%,提高了亚表层土壤的田间持水量和孔隙度,提高幅度分别为6.8%～16.2%和4.8%～7.7%(P＜0.05).相关分析表明,土壤有机质含量(0～20 cm)与亚表层土壤容重(r=-0.799)、孔隙度(r=0.803)、田间持水量(r=0.844)呈极显著相关(P＜0.01);表层、亚表层土壤田间持水量与土壤容重(r=-0.638)、孔隙度(r=0.664)呈显著相关(P＜0.05).     

植物胚胎发生过程的基因表达

植物胚胎发生过程的基因表达黄绍兴,阎隆飞（北京农业大学生物学院,北京１０００９４）ＧＥＮＥＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮＤＵＲＩＮＧＰＬＡＮＴＥＭＢＲＹＯＧＥＮＥＳＩＳ￥ＨｕａｎｇＳｈａｏ－ｘｉｎｇ;ＹａｎＬｏｎｇ－ｆｅｉ（ＣｏｌｌｅｓｅｏｆＢｉｏｌｏｇｉｃａ...     

含锰固氮酶组分Ⅰ蛋白的纯化和特性

棕色固氮菌（Azotobacter vinelandii Lipmann)突变种UW3能在无Mo的无氨培养基中固氮生长,低浓度的Mn对UW3突变种生长有促进作用,从在Mn中生长的UW3菌体中分离得到的部分纯固氮酶组分Ⅰ蛋白含量有Mn和Fe原子（Fe/Mo/Mn为10．41：0．19：1．00）并有OP MoFe蛋白一半的还原乙炔和质子的活性。这种蛋白的吸收光谱和圆二色谱与MoFe蛋白存在明显的差异,含Mn蛋白的亚基分子量都与MoFe蛋白的α亚基相近。初步结果表明,这种含Mn蛋白可胡是一种固氮酶组分Ⅰ蛋白。     

人源性抗腮腺炎病毒噬菌体抗体库的构建

应用噬菌体表面呈现技术,从腮腺炎病毒抗体阳性者淋巴细胞中提取总RNA,经RT-PCR扩增出抗体重链Fd和轻链基因,经XhoI/SpeI、SacI/XbaI双酶切,先后克隆入噬粒载体pComb3中,再电转化大肠杆菌XL1-blue,以辅助噬菌体VCSM13进行超感染。从分离出的淋巴细胞中共提取高质量RNA约110μg,经逆转录、PCR,分别扩增出约700 bp大小的κ、λ和Fd基因。PCR产物和载体经纯化、双酶切后进行连接,在2.5 kV、200 Ω、25μF的条件下电转化,转化率为2.48×107。最终得到库容量为6.4×106,滴度为7.8×1013 cfu/L的噬菌体抗体库。所构建的抗腮腺炎病毒特异性噬菌体抗体库容量中等大小,能满足从中筛选抗HN蛋白噬菌体抗体的需要。     

降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

湖南鳞(虫兆)属种类记述(弹尾目,鳞(虫兆)科)

记述采自湖南省的弹尾目Collembola鳞(虫兆)科Tomoceridae鳞(虫兆)属Tomocerus 3种,包括2新种:六斑鳞(虫兆)Tomocerus(Tomocerus)hexipunctatus sp. nov.和多毛鳞(虫兆)Tomocerus(Tomocerus)multisetus sp. nov.和1个已知种T.(T.)kinoshitai Yosii,1954.