寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究

在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,本文提出了两个新的离散量度量（α-KL离散量与α-Jensen-Shannon 离散量）,根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。 比较了融合Jensen-Shannon 离散量、Jensen-Renyi 离散量、α-KL离散量和α-Jensen-Shannon 离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4~5倍。     

生命之树的原核枝——组分矢量方法的贡献

The Composition Vector Tree (CVTree) is a parameter-free and alignment-free method to infer prokaryotic phylogeny from their complete genomes. It is distinct from the traditional 16S rRNA analysis in both the input data and the methodology. The prokaryotic phylogenetic trees constructed by using the CVTree method agree well with the Bergey's taxonomy in all major groupings and fine branching patterns. Thus, combined use of the CVTree approach and the 16S rRNA analysis may provide an objective and reliable reconstruction of the prokaryotic branch of the Tree of Life.     

基于氨基酸特征序列的蛋白质结构分析

针对蛋白质序列中氨基酸的核苷酸组成部分及其相关特征信息,提出另外的σ-等序列的概念,并讨论了其主要特征与次要特征,可作为对蛋白质进行定性和定量比较的一种方法,用来判断这些物种的同源性和相似性程度。然后,对所取的全α螺旋,全β折叠和αβ类序列,利用σ-,τ-,στ序列的概念,给出蛋白质序列的相关氨基酸特征序列。同时对三类共18个蛋白质序列进行数值刻划,给出数值刻划图并进行分析。     

大兴安岭中段森林土壤的黑碳含量及其在不同粒级中的分布

土壤黑碳由于具有生物化学惰性被视为土壤稳定碳库的主要成分.本文量化了大兴安岭中段森林土壤黑碳,分析了黑碳在各粒级内的分布,并探讨了黑碳的稳定机制及其在土壤碳库中的重要性.结果表明: 土壤黑碳表聚现象明显,表层黑碳占总剖面(64 cm)的68.7%,随着土层加深黑碳含量显著降低,但黑碳占有机碳的比例却呈现上升趋势.气候条件影响大兴安岭地区土壤黑碳的分布,相对寒冷和湿润的气候条件提高了土壤固持黑碳的潜力;土壤黑碳在各粒级内所占比例表现为黏粒>粉粒>细砂>粗砂,尽管黏粒中黑碳含量最高,并随土层深度增加而升高,但黏粒中黑碳占有机碳的比例却无明显变化,黑碳/有机碳的升高主要源于细砂与粉粒中黑碳的增加;黑碳的生物化学惰性是表层黑碳的主要稳定机制,而深层的黑碳除了其自身抗性外,黏粒矿物的化学保护发挥着重要作用;黑碳不仅作为稳定碳库的主要成分,在颗粒有机碳组分中仍占相当大的比例,因此黑碳的存在提高了土壤稳定性碳储量与碳汇能力.     

禁渔初期鄱阳湖鱼类时空分布特征

研究于2020—2021年使用Simrad EY60鱼探仪对鄱阳湖进行了秋季、春季和冬季共3次的水声学调查,并同步开展渔获物调查作为补充,分析鄱阳湖鱼类资源时空分布变化特征。结果表明:在季节分布上,鱼类目标强度和密度值都存在显著差异(P<0.05),在目标强度上表现为冬季[(–51.0±14.13) dB]>春季[(–52.10±4.59) dB]>秋季[(–52.71±9.95) dB],在鱼类密度上表现为冬季(54.61 ind./1000 m3)>秋季(46.10 ind./1000 m3)>春季(18.54 ind./1000 m3);在水平分布上,鱼类资源空间分布不均且不同湖区间有显著差异(P<0.05),秋季鱼类主要分布在中部湖区松门山,冬季鱼类主要分布在北部湖区通江水道;在垂直分布上,秋季和冬季均表现为底层>中层>表层,春季表现为表层>中层>底层。综合来看,鄱阳湖鱼类时空分布与鱼类的生活习性如产卵、育肥和越冬等因素密切相关。研究结果为从宏观空间尺度分析区域鱼类时空变动特征提供参考,也为鄱阳湖禁捕效果评估及生物完整...     

小兴安岭典型森林土壤中外源丙氨酸的潜在周转差异

以小兴安岭白桦林、蒙古栎林、白桦+红松+五角槭混交林、红松林和长白落叶松林5种典型森林为对象,研究林型(阔叶林、混交林、针叶林)和土层(0～10、10～20和20～30 cm)对土壤中外源丙氨酸周转的影响。结果表明: 外源丙氨酸在不同林型土壤中的周转存在时间差异和剖面异质性,总体表现为阔叶林周转较快,混交林次之,针叶林最慢,外源丙氨酸在3种林型的半衰期依次为2.6～4.2、3.6～5.5和4.3～7.0 h。随着土层的加深,各林型外源丙氨酸的潜在周转速度均变慢,半衰期变长,土壤对丙氨酸的吸附性变弱。加入外源丙氨酸后,阔叶林、混交林、针叶林的铵态氮和硝态氮含量显著增加,铵态氮分别增加了83.8%～95.3%、80.9%～94.6%和73.7%～93.2%,硝态氮分别增加了82.9%～94.7%、82.3%～93.8%和78.1%～92.5%。不同林型土壤净氨化作用速率和净硝化作用速率均呈先激增后缓慢降低的趋势,且均为正值。土层和林型及二者交互作用均显著影响外源丙氨酸的周转、半衰期、氨化作用、硝化作用。     

外来入侵植物薇甘菊的2种化感物质对土壤氮循环的影响

为揭示薇甘菊(Mikania micrantha)通过化感作用影响土壤养分循环的入侵机制,通过外源添加薇甘菊2种化感物质(绿原酸和β-石竹烯),测定其对土壤氮素和氮循环功能菌的影响。结果表明,添加绿原酸和β-石竹烯均显著降低了土壤铵态氮含量,添加绿原酸显著提高了土壤硝态氮含量,β-石竹烯则对土壤硝态氮含量无显著影响。其主要原因是绿原酸和β-石竹烯均显著抑制了自生固氮菌和氨化细菌的繁殖,绿原酸显著促进了氨氧化细菌和硝酸化细菌的繁殖,而β-石竹烯仅促进了氨氧化细菌的繁殖,对硝酸化细菌没有影响。因此,薇甘菊能通过化感物质绿原酸和β-石竹烯影响氮循环功能菌的繁殖从而影响土壤氮循环。     

基于混沌游走方法的Rh血型系统中RHD基因的分析

利用基于经典HP模型的蛋白质序列混沌游走方法（chaos game representation,CGR）,给出了RHD基因的蛋白质序列CGR图,可视作蛋白质序列二级结构的一个特征图谱描述．对临床上的血型鉴别有一定的参考价值．另外．还根据由Jeffrey在1990年提出的描绘DNA序列的CGR方法,给出了RHD基因的DNA序列的CGR图．并且根据RHD基因DNA序列的CGR图算出了尺日D基因相应的马尔可夫两步转移概率矩阵,从概率矩阵表可以看出RHD基因对编码氨基酸的三联子的第3个碱基的使用偏好性．     

西双版纳热带雨林中砂仁种植的可持续性分析

从生态效益和经济效益方面对在热带雨林中砂仁的种植经营模式进行了分析。结果表明,种植砂仁后,热带雨林中的植物多样性、凋落物量和土壤肥力比同类型的原始林都有不同程度的下降,营养元素在土层中的分布也有所改变;由于不合理的经营管理方式,在种植砂仁7－8年后,其经济效益呈明显下降趋势,表明林下砂仁的种植方式是不可持续性的。据此,提出了模式的改进设想,以达到生态效益、经济效益和社会效益相统一,实现热带雨林的可持续利用。     

被透支的雨林——热带雨林下种植砂仁的得失

热带雨林是地球上生物多样性最丰富和生产力最高的生态系统,主要分布在经济较落后的国家与地区。由于人口的增加和不合理的开发利用,热带森林每年以0.9%的速率在地球上消失,导致每年大约有10000个物种丢失。如何把热带雨林的管理与生物多样性的保护有效地结合起来,一直都是人们关注的话题。