应用碳氮稳定同位素技术研究江豚(Neophocaena asiaeorientalis ssp. sunameri)食性

稳定同位素技术已广泛地用于分析生态系统中食物网的食物来源和营养级关系,但在海洋哺乳动物食性方面应用较少。通过分析2012年4—6月在辽东湾沿岸海域搁浅而死亡的江豚样本和同时期(6月)取自辽东湾海域主要渔获物的碳氮稳定同位素比值,研究了江豚(Neophocaena asiaeorientalis ssp.sunameri)及其可能摄食饵料的碳氮稳定同位素组成。结果表明:江豚δ13C值为(-18.4±0.3)‰,δ15N值为(13.8±0.4)‰。28种可能生物饵料的δ13C值的范围为-19.5‰—-17.0‰,δ~(15)N值的范围为11.4‰—14.0‰。江豚的营养级为4.5,高于传统胃含物分析法的研究结果。28种测试生物的营养级位于3.8—4.6之间。江豚的食物来源主要以鱼类为主,对食物种类的喜食顺序为中上层鱼类中下层鱼类底层鱼类头足类虾类蟹类,其平均贡献率分别为43.9%、18.2%、13.1%、10.0%、8.8%、6.0%。江豚碳氮稳定同位素比值与体长无明显的线性关系,碳营养源较为稳定,氮营养源复杂多变。     

樱桃品种‘拉宾斯’雌雄配子体发育的解剖学研究

以‘拉宾斯’、‘艳阳’、‘马哈利CDR-1’为材料,对其自花授粉坐果率进行统计分析。用石蜡切片技术对拉宾斯雌雄配子体发育过程进行解剖观察。结果表明：(1)‘拉宾斯’自花授粉坐果率明显低于‘艳阳’和‘马哈利CDR-1’。(2) 拉宾斯从小孢子母细胞形成至成熟花粉的各发育阶段均观察到小孢子退化、花粉囊中的花粉干瘪、出现空腔。花粉成熟阶段部分花药绒毡层细胞不发生退化,花粉难以散出,造成雄性败育。(3)雌配子体在大孢子母细胞发育阶段出现大孢子发育不良或不能形成等异常发育雌配子体败育类型。(4)雄配子体在3月1日左右开始发育,3月14日左右趋近成熟;雌配子体则发育相对较晚,3月12日左右开始发育,3月25日左右趋近成熟。研究表明,‘拉宾斯’雌、雄配子体在其形成发育过程中的各种异常使其不能正常受精并且雌雄配子体发育不同步,最终导致坐果量低下。     

矛尾复虾虎鱼物种命名有效性探讨

利用形态学和遗传学方法探讨斑尾复虾虎鱼和矛尾复虾虎鱼的亲缘关系及矛尾复虾虎鱼物种有效性.研究结果显示:两种虾虎鱼在量度特征上存在极显著的差异,但分节特征不存在显著差异;与斑尾复虾虎鱼相比,矛尾复虾虎鱼头长相对较小,而尾鳍相对较长.对两种虾虎鱼的线粒体DNA控制区片段序列进行比较分析,得到两种虾虎鱼的遗传距离仅为0.006,与种内距离相当;NJ和MP法构建的系统树也显示两种虾虎鱼间亲缘关系很近,两种间不存在显著差异.综上,矛尾复虾虎鱼并非有效物种,应为斑尾复虾虎鱼的同种异名.     

舟山近海水样环境DNA获取方法的建立

以曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)为研究对象, 通过绝对定量技术建立和优化了舟山近海高浊度水样环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的获取方法。研究结果如下: (1)同体积水样采用乙醇沉淀法获得的eDNA产量是滤膜抽滤法的1.76—2.53 倍, 但在实际应用中由于受到采样体积、处理方式、配套设备的限制, 乙醇沉淀法难以发挥出优势; (2)滤网对泥沙等杂质无过滤作用, 添加滤网并不能过滤掉泥沙及增加抽滤体积; (3)滤膜孔径的大小对少量水样的eDNA产量有很大影响, 但对大体积水样eDNA的产量无影响; (4)水样静置处理有可能会增大eDNA产量, 但也有可能会增大eDNA结果的波动性, 使生物量评估结果误差较大; (5)阳离子表面活性剂对eDNA降解有明显的抑制作用; (6)去膜法效果优于碎膜法, 建议使用去膜法进行eDNA消化, 使用时增加离心时间; (7)酚抽除沙法虽然不能提高eDNA产量, 但能明显提高产物纯度。研究首次建立了舟山近海水样大生物eDNA最适获取方法, 为相似水域的水样采集及eDNA提取提供了借鉴参考。     

基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析

对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示: 47个个体共检测到31个单倍型, 8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60-1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005-0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系, 而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离, 再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率, 推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析, 中性检验结果均为负值且显著, 核苷酸不配对分布呈单峰型, 表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张, 其扩张时间大约为12万年前。       

WSSV囊膜蛋白VP37和VP39基因酵母双杂交诱饵载体的构建及其激活作用检测

对虾暴发性流行病是近十年来危害对虾养殖业发展的重要病害之一,其主要病原为对虾白斑综合症病毒（WSSV）^[1]。近年来对WSSV的研究主要集中在其囊膜蛋白、黏附蛋白等结构蛋白方面^[2]。本实验室经病毒结合分析^[3]和病毒铺覆蛋白印迹技术（Virus overlay protein blot assay,VOPBA）初步研究,已证实WSSV存在4种病毒黏附蛋白（VAP）,其中VAP1已确定为WSSV囊膜蛋白VP37^[4],该蛋白存在有特征性的细胞结合域（RGD）。编码的蛋白包含281个碱基,与Huang C,et al.^[5]报道的VP37一致,     

我国沿海棱鳀属鱼类的物种鉴定与系统发育

利用DNA条形码技术对中国沿海分布的6种棱鳀属(Thryssa)鱼类样品进行了物种鉴定, 并每种取5尾用于探讨该属系统发育关系。结果显示: 棱鳀属鱼类的主要形态鉴别特征为上颌骨伸达位置和第一鳃耙的下鳃耙数量。在525 bp的目的片段上有175个变异位点, 其中简约信息位点172个, 单一信息位点3个, 无插入缺失现象, 转换数为182, 颠换数为57。A+T含量明显高于G+C含量, 并且表现出明显的反G偏倚。结合GenBank中相关的同源序列进行比较发现, 所有序列明显分为10个组群, 表明已提交的棱鳀属鱼类COI基因序列中仍存在一定的问题。从各组群间的遗传距离和氨基酸遗传差异水平可以看出, 10个组群应为不同的有效种, 但是否存在隐存种还有待于进一步确定。从NJ树上可以看出, 长颌棱鳀(T. setirostris)是最先分化出的物种, 保持着最原始的特征, 而中颌棱鳀(T. mystax)与黄吻棱鳀(T. vitrirostris)聚类到一起, 二者间存在共享单倍型。棱鳀属鱼类最早分化于中新世早期。在今后的研究中仍需要结合更多的分子标记对中颌棱鳀和黄吻棱鳀的分类地位作进一步的探讨。     

基于16S rRNA和Cyt b基因序列的鰶亚科系统发育研究

对鰶亚科4属5种鱼类的线粒体基因组16S rRNA和Cyt b基因片段序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:5种鰶亚科鱼类的16S rRNA和Cy tb基因片段同源序列长度分别为525 bp和402 bp,序列联合后的序列总长度为927 bp,其中多态位点178个,简约信息位点123个。选取太平洋鲱Clupea pallasii和大西洋鲱C.harengus为外类群,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别对2个基因片段序列进行了聚类分析,并联合2个基因片段利用邻接法、最大简约法和贝叶斯法进行分析。系统发育分析显示:斑鰶Konosirus punctatus与花鰶Clupanodon thriss亲缘关系最近,分布于美洲大陆的真鰶属Dorosoma鱼类与印度洋、太平洋分布的斑鰶属、花鰶属和海鰶属Nematalosa鱼类亲缘关系较远。     

基于核及叶绿体基因序列探讨中国绿水螅共生单细胞绿藻系统发生地位

研究对中国绿水螅共生绿藻的核18S rRNA基因全长序列及其叶绿体9个基因(atpA、chlB、chlN、petA、psaB、psbA、psbC、psbD及rbcL)片段序列进行了克隆和测序, 并基于18S rRNA基因序列及叶绿体9个基因序列的整合数据分别通过最大似然法(Maximum-likelihood)和贝叶斯分析(Bayesian inference)对中国绿水螅(Hydra sinensis)共生单细胞绿藻的系统发生地位进行了探讨。系统发生表明: (1)中国绿水螅共生绿藻属于共球藻纲(Trebouxiophyceae)小球藻目(Chlorellales), 但不属于其中的小球藻属(Chlorella); (2)来源于草履虫、水螅、地衣及银杏的共生绿藻均在共球藻纲支系, 而来源于蛙类和蝾螈的共生绿藻属于绿藻纲(Chlorophyceae)支系。无论在共球藻纲支系还是在绿藻纲支系, 不同来源的共生藻并没有排他性地聚为单系群而在系统树中与其他自由生活的绿藻混杂排列, 来自不同宿主的共生绿藻没有共同起源。     

中国布氏鲾属鱼类的分类探讨

研究旨在利用传统形态学与DNA条形码技术相结合的方法, 进一步探讨中国布氏鲾属Eubleekeria Fowler 1904鱼类的分类与鉴定问题。2014—2016年从广东湛江和广西北海、防城港和东兴近海采集了153尾鲾科鱼类样品, 经形态学鉴定为布氏鲾属种类: 琼斯氏布氏鲾Eubleekeria jonesi (James, 1971)。该种主要鉴别特征为: 眼位于口裂的水平线之上, 颊部无鳞, 两臀鳍之间区域裸露无鳞, 颈部有半圆形裸露无鳞区域, 背鳍上黑斑色淡, 略呈灰色。将其鉴别特征与相关文献记录比较, 表明之前中国大陆记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)可能为琼斯氏布氏鲾。基于线粒体COⅠ基因片段结合GenBank中布氏鲾属鱼类的同源序列, 采用邻接法构建的分子系统树显示, 此研究中采集自中国大陆的布氏鲾属鱼类标本与中国台湾记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)明显地分为两支。基于Kimura双参数模型(K2P)计算, 支系间遗传距离为0.130, 远大于支系内平均遗传距离(0.005和0.006), 支持将二者作为独立物种的观点, 与此研究传统形态学方法的结果一致。