基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块

细胞生物过程具有时序动态性,蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别,本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络;利用子块矩阵特殊性,分析时空复杂度和并行性;优化设计马尔可夫聚类算法,以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块。为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程,本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积。实验结果表明,与已有同类算法相比,所设计算法识别的蛋白质功能模块,统计匹配质量更高且精确匹配数量更多。     

中国鳞伞属一新记录种

<正>喙囊鳞伞图1 Pholiota veris(R.Singer et A.H.Smith)A.H.Smith et L.R.Hesler,Nor.miner.Spec.Pholiota,98, 1968 =Kuehneromyces rostratus R.Singer et A.H.Smith,Mycologia,38:510,1946 (Non.Pholiota rostrata Velen.1921) 子实体群生或丛生。菌盖直径2.5-7cm,初期钝圆,渐凸起至钟形,后期平展或稍下陷,少数有脐状凸起;菌盖表面湿,水渍状,黏或稍黏,土黄色至褐色,后期边缘渐变浅,呈浅褐色至灰白色,中部色深;初期菌盖边缘平,有纤毛状鳞片,后期脱落,表面光滑,有透明的条纹。菌肉与菌盖表面同色,近水渍状,中部较厚,味道温和,气味不明显。菌褶离生至直生,褶幅中等宽至较宽,厚,密至稍密,初期灰白色,后期近土黄色或肉桂色,薄,边缘平。菌柄长4-9cm,粗0.4-1.2cm,上下等粗或向下渐细, 表面灰白色或与菌盖近同色,菌环以上具丝状或屑状鳞片,白色,菌环以下具屑状小鳞片,基部有棉绒状白色纤丝,内部填充,后变中空。菌环窄,上位,易脱落。     

生物技术学和害虫综合防治对热带亚洲小农户的重要意义(英文)

作者是澳大利亚著名昆虫学家,长期在东南亚农村工作,积累了宝贵经验。他在文中提出,害虫综合防治（ＩＰＭ）的含义是综合害虫治理的方法以达到农业上的最大收益和持续发展,同时注意对环境有良好的影响。对小农户应提供确实可行的整套害虫治理方法,并开创他们能自行选择的机会;他们经过田间学校培训后可成为农作物管理专家,并对怎样防治害虫能作出有根据的抉择。与ＩＰＭ有关的生物防治最近的发展包括：对害虫的准确鉴定、经生物工程处理和未处理过的生物杀虫药的应用、对转基因动植物的利用、及情报资料的收集。文章讨论了这些生物技术在东南亚地区水稻和蔬菜综合治理中的应用,以8及巴西大豆害虫和越南稻瘟病的治理,阐明通过农户、技术员和研究人员通力合作所获得的成绩对农业持续的发展起了主要的推动作用。     

中国粪锈伞科锥盖伞属和小鳞伞属的分类

锥盖伞属Conocybe和小鳞伞属Pholiotina界限不明确,在分类上存在混乱。本研究基于中国材料,明确该2属分类学特征,并探索属下等级划分:确认我国锥盖伞属37种,其中白色组sect. Candidae 3种;赭小皮伞组sect. Ochromarasmius 1种;具毛组sect. Pilosellae 10种,含3个中国新记录种,即毛柄锥盖伞Conocybe velutipes、条斑锥盖伞C. moseri和双孢锥盖伞C. bisporigera;锥盖伞组sect. Conocybe 17种,含2个中国新记录种,即刺毛锥盖伞C. echinata、短柄锥盖伞C. brachypodii;混杂组sect. Mixtae 6种。小鳞伞属18种,其中疣孢组sect. Verrucisporae 2种,其中糙孢小鳞伞Pholiotina dasypus为中国新记录;过渡组sect. Intermediae 2种;小鳞伞组sect. Pholiotina 6种;被外菌幕组sect. Vestitae 3种,齿缘小鳞伞Ph. serrata (T. Bau&J. Liu) T. ...     

不同湿地模型净水效果与基质酶活性相关性的比较研究

为了研究不同植物和基质组合的小型湿地模型净水效果及其与基质酶活性(脲酶和磷酸酶)之间的相关性, 并选出净水效果最佳的模型, 通过对两种植物(茭白和慈姑)和两种基质(石榴石和磁铁矿)进行组合构建不同的湿地模型, 对不同湿地模型进出水口水质和基质酶活性进行测定并加以分析进行优化选择。结果表明: 湿地模型对亚硝态氮的去除率最高, 最高能达到98.87%, 最低也能达到58.06%, 对高锰酸盐的去除率最低, 最高37.91%, 最低2.51%; 湿地模型X5-X6对各污染物的去除率基本上都比X1-X4高, 总氮去除率平均高3%, 氨氮去除率平均高10%, 亚硝态氮去除率平均高10%, 总磷去除率平均高15%, 正磷酸盐去除率平均高20%, 高锰酸盐去除率平均高8%; 在相同种植数量的情况下, 茭白和慈姑混合种植的湿地模型总体上比茭白和慈姑单一种植的湿地模型具有更好的净水效果, 是实验中的最佳湿地模型; 湿地模型的脲酶活性与总氮去除率具有显著的相关性(相关系数为0.903—0.980), 脲酶可作为判定人工湿地去除养殖水体中总氮效能的指标, 湿地模型磷酸酶活性与高锰酸盐去除率总体上具有显著相关性(相关系数为0.821—0.992), 磷酸酶可作为判定人工湿地去除养殖水体中高锰酸盐效能的指标。研究为人工湿地植物和基质优化选择和基质酶活性评价净水效果提供了理论依据。     

新疆尉犁县荒漠微藻的分离及其生物学特性分析

采用十倍稀释法对新疆尉犁县周边干旱-荒漠土壤进行荒漠微藻的分离纯化,并以18SrDNA作为分子标记进行分子系统学鉴定,对其中5株微藻生物学特性进行观察及生化成分含量的测定,为极端环境微藻资源的开发应用以及进一步探讨塔克拉玛干干旱-荒漠地区地质和生态环境演变史提供参考。结果表明:(1)共分离选出23株微藻,且分别属于绿囊藻属、马尔瓦尼亚属、小球藻属、原生管藻属和衣藻属等5个属,其中属于绿囊藻属的藻种最多(14株),占总分离藻种的60.87%。(2)5株微藻(每个属选1株)的生长曲线均呈典型的"S"形,最适生长温度为25~35℃。(3)成分分析结果显示,除XLD-M-4以外,其他4株微藻(XLD-B-4、XLD-B-6、XLD-B-9和XLDM-5等)的总蛋白含量均高于对照组CC-127,即分别等于CC-127的1.57、2.13、1.07和1.21倍;脂肪酸含量基本以不饱和脂肪酸为主,其中18碳不饱和脂肪酸(亚油酸/异硬脂酸)含量最高达44.88%,其次是16碳饱和脂肪酸(13-甲基正十五烷酸),为37.88%。     

沙棘PEPCK基因的克隆及表达研究

以沙棘为研究对象,通过RACE、基因克隆和定量PCR技术,克隆并分析沙棘磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶基因(PEPCK)的序列信息,以及进化树构建和氨基酸的二级结构分析,比较NaCl胁迫后PEPCK基因的表达变化,为揭示PEPCK基因在沙棘抗性方面的功能研究奠定基础。结果显示:(1)成功克隆了沙棘PEPCK基因,该基因开放阅读框(ORF)为2 001bp,编码666个氨基酸。(2)序列分析表明,沙棘PEPCK与蓖麻、黄顶菊、核桃等序列一致性高达85%以上;进化上沙棘PEPCK基因与蓖麻和狭叶羽扇豆较近,与烟草、拟南芥进化关系较远。(3)在300mmol·L~(-1) NaCl盐胁迫下,沙棘PEPCK基因表达在胁迫组中显著上升,胁迫后7d时为未处理的2.5倍,15d时达到未处理的3.2倍。研究表明,沙棘PEPCK基因在沙棘适应外源盐胁迫的过程中可能发挥了重要作用。     

鼻息肉与鼻咽癌标本VEGF水平及微血管密度对比及其临床意义

目的:对比研究鼻咽癌和鼻息肉标本中VEGF表达强度及MVD差异,同时分析VEGF、MVD和鼻咽癌临床特征的相关性。方法:纳入我科就诊的鼻咽癌患者57例,鼻息肉患者50例。采用免疫组化SABC法检测癌组织、癌旁组织、及息肉组织中中VEGF蛋白的表达,及MVD强度。分析VEGF、MVD和鼻咽癌患者性别、临床分期、颈部淋巴结转移、远处转移、血清EBV-Ig A阳性、WHO病理分型相关性。统计分析随访结果,对可能影响鼻咽癌预后的因素进行Cox回归模型分析。结果:鼻咽癌组织、鼻咽癌旁组织、鼻息肉组织中VEGF表达、MVD强度具有明显差异(p0.05)。不同鼻咽癌临床分期、是否发生远处转移、不同WHO病理分型和VEGF表达、MVD强度具有明显差异(p0.05)。Cox回归方程显示,远处转移、病理分型、VEGF表达强度是影响鼻咽癌生存的独立危险因素(p0.05)。结论:鼻咽癌高表达VEGF,促进新生血管,形成高密度微小血管,和鼻咽癌远处转移密切相关,降低其生存率。     

SERPINE家族在纤维化疾病中作用的研究进展

丝氨酸蛋白酶抑制剂(Serine Protease Inhibitor,Serpin)是一类丝氨酸蛋白酶活性调节剂,在人体中被分为A~I9个亚家族,其中SERPINE(Serpin Peptidase Inhibitor,Clade E)家族参与调节生物体内多个重要的生命过程。本文通过介绍SERPINE家族中两个重要成员SERPINE1与SERPINE2的理化性质、作用机制以及调控因素,阐述SERPINE家族在纤维化相关疾病中的作用及研究进展。