鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析

目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。     

螺旋霉素3-O-酰基转移酶基因的删除和主要产生螺旋霉素组分Ⅰ菌株的获得

螺旋霉素(SP)为16元环大环内酯类抗生素,含有螺旋霉素Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ个组分,其结构的差异为16元内酯环的C3上分别连接羟基(SPⅠ)、乙酰基(SPⅡ)和丙酰基(SPⅢ);SPⅡ和SPⅢ是在相同的3-O-酰基转移酶催化下SPⅠ进一步酰化的产物。SPⅠ、SPⅡ和SPⅢ在生物学活性方面无大差异。为简化螺旋霉素组分,便于今后对其结构进行进一步改造,根据碳霉素和麦迪霉素生物合成中的3-O-酰基转移酶序列,设计了简并性PCR引物,并采用SON-PCR(single oligonucleotide nested PCR)方法,从螺旋霉素产生菌S.spiramyceticus F21中进行特异性扩增,获得了螺旋霉素3-O-酰基转移酶基因(sspA)及其侧翼序列,共约4.3kb(其中的3457nt DNA序列已被Genbank收录,DQ642742)。采用DNA同源双交换技术对S.spiramyceticus F21中的sspA进行了删除。对螺旋霉素原株和sspA缺失变株进行发酵产物提取和HPLC分析表明:原株中SPⅠ、SPⅡ和SPⅢ的相对含量分别为7.8%、67%和25%,变株中则分别为72%、18%和9.6%;变株主要组分为SPⅠ。螺旋霉素sspA缺失变株的获得为螺旋霉素组分简化及其衍生物的结构改造奠定了基础。     

四株鸡有益链球菌的分离鉴定

用厌氧菌增菌培养基（ＢＲ）、厌氧菌血琼脂（ＣＤＣ）、选择乳酸杆菌培养基（ＬＢＳ）从鸡直肠内容物中分离出四株革兰氏阳性链球菌,据分离菌的形态、染色和培养特性及生化试验结果,鉴定为牛粪链球菌两株（Ｓｂ１、Ｓｂ２）,尿链球菌两株（Ｓｆ１、Ｓｆ２）。四株菌对雏鸡安全,无致病性和副作用,对头孢三嗪、复方新诺明耐药。     

小鼠Bcl2a1a蛋白的生物信息学预测分析

目的:分析小鼠Bcl2a1a全长基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用软件预测其蛋白的二、三级结构与特征。方法:运用生物信息学相关软件分析和预测人类BCL2A1和小鼠Bcl2a1a基因的同源区段,预测小鼠Bcl2a1a基因的启动子区域及蛋白跨膜区域与信号肽;利用软件模拟生成蛋白三级结构图像,并了解小鼠Bcl2a1a蛋白与其他蛋白的相互作用关系。结果:小鼠Bcl2a1a基因全长5497 bp,编码的蛋白含有172个氨基酸残基,相对分子质量为460 087.23,属于不稳定的疏水性蛋白。小鼠Bcl2a1a基因与人类BCL2A1基因的同源区域在≥200 bp的位置。2个软件预测的小鼠Bcl2a1a基因启动子最可能在3439～3543 bp和4600 bp,但由于没有预测到CpG岛存在,所以结果准确率较低。小鼠Bcl2a1a蛋白无跨膜结构域,无信号肽;在二级结构预测中,α螺旋为Bcl2a1a蛋白的主要折叠形式;该蛋白仅含有1个BCL结构域,且与Bbc3、Apaf1、Bcl2l2、Trp53、Bak1、Bid、Nfkb1、Jun、Rel、Rela等蛋白形成相互作用网络。结论:Bcl2a1a基因及蛋白的生物信息学分析为相关研究奠定了重要的信息基础。     

玉米根冠脱落细胞中微丝分布的荧光显微观察（简报）

The detached root cap cells from maize seedlings comprised of round-shaped cells, ellipse-shaped cells and longitude-shaped cells. By using fluorescein-iso-thiocyanate-phalloidin(FITC-Ph) as fluorescent probe and treatment with cytochalasin B (CB) or HMC toxin, a host-specific toxin from Bipolaris (Helminthosporium) maydis race C, the distribution and variation of microfilaments (MFs) in detached cells were investigated. The results were as follows (i) the round-shaped cells had intense fluorescence, but the network of MFs was not distinct. There was clear MFs network in the cytoplasm of both ellipse-shaped and longitude-shaped cells. The distribution of MFs in detached cells seemed to be relevant to their shape and vigor. (ii) the fluorescence of detached cells of Charrua cytoplasmic male sterility(cms-C) maize was decreased after treatment with HMC-toxin. The cause of this outcome was unclear. We only obtained the pictures of the distorted protoplast membrane and dead cells owing to treatment with HMC-toxin. The distribution of MFs of detached cells of Normal(N) cytoplasmic maize was not affected by HMC-toxin, and their protoplasts shank slightly. (iii) CB could change the distribution of MFs in detached cells of both cms-C maize and N maize to disordered arrangement.     

引发细胞凋亡受体的死亡结构域

死亡结构域是存在于肿瘤于死因因子受体Ⅰ型和Ｆａｓ等能引起细胞凋亡的细胞膜表面受包浆区的一段氨基酸序列,它通过聚合针这些膜表面受体与胞浆信号蛋白联系起来,成为引起细胞凋亡或活化的信号转导通路中重要的一个环节。本文综述了死亡结构域及其在细胞信号转导过程中所起作用的最新进展。     

小鼠白细胞介素4基因的化学合成、克隆与表达

利用381A型DNA合成仪,分29个寡聚核苷酸片段化学合成了小鼠IL-4全基因,共442bp。以pUC12质粒作为载体,将所有合成片段分前后两组进行磷酸化、退火、连接和克隆,经过菌落原位杂交、酶切鉴定和质粒DNA序列分析,分别得到了含有小鼠IL-4前后两半基因片段的两种重组质粒,回收前半基因片段,插入到含有后半基因重组质粒的EcoRI和PstI酶切位点之间,成功地得到了含有小鼠IL-4全基因的重组质粒pFR101。将全合成基因插入到质粒pSM53中,得表达质粒pFR105,转化大肠杆菌TAP106,根据IL-4对CTLL细胞的作用,肯定了TAP106(pFR105)细菌中有小鼠IL-4活性蛋白的表达。     

植物铜转运蛋白结构、功能及调控机制

植物通过转运蛋白吸收和转运矿质离子。为保持离子可用性和避免离子过度积累,离子转运蛋白的丰度和活性受到严格调控。铜转运蛋白(copper transporter, COPT)具有明显的结构特征和独特的亚细胞定位模式,在植物铜吸收、内源免疫和共生固氮等过程中发挥重要作用。该文对植物COPT家族蛋白的结构特征、生物学功能和调控机制等方面的研究进展进行综述,为植物铜稳态机制的揭示及品种改良提供参考。     

三株球孢白僵菌血清学性质的研究

<正> 球孢白僵菌(Beauveria bassiana)是我国目前研究最多,应用最广泛的昆虫病原真菌之一,其种类繁多,迄今为止种的定名沿用传统分类方法,这对于种间的分类是合理的,但对于种以下菌株的分类鉴别带来很大困难,从而限制了优良菌株的筛选和鉴定。近年来,应用生物化学的方法对白僵菌种间和