新型多重PCR方法及其在呼吸道病毒诊断上的应用

急性呼吸道感染广泛分布于人群中,主要由呼吸道病毒引起,在老年人和婴幼儿中具有较高的发病率和死亡率,给社会带来严重的经济负担。快速、准确检测出病原体对临床早期诊断和指导治疗有重要意义。多重聚合酶链式反应(PCR)技术具有PCR的高灵敏度和快速检测的特点,还能实现多病原的高通量检测。基于多重PCR技术开发的商业化试剂盒能同时检测12种以上的呼吸道病毒,能达到与实时荧光定量PCR(real-time PCR)相当的灵敏度和特异性,为呼吸道病毒的检测与分型提供了新的选择。本文综合了近年来的发展成果,对新型多重PCR方法的原理及其在呼吸道病毒诊断上的应用进行了综述。     

重组HIV-AEgp145和SIV-envT基因的rAAV8在小鼠体内的免疫原性研究

病毒性载体疫苗是一种有前途的艾滋病疫苗.为了构建以重组腺相关病毒8型(recombinant adeno associated virus type 8,rAAV8)为载体,表达HIV或SIV包膜蛋白的艾滋病疫苗.同时在小鼠体内对其免疫原性进行评价,为下一步研究奠定基础.本研究分别构建了表达HIVAE亚型和SIVmac239株包膜蛋白(不含胞内区)的rAAV8-AEgp145和rAAV8-SIVenvT两种重组病毒,并通过PCR和WesternBlot方法对重组病毒进行了体外鉴定.将两种重组病毒分别接种BALB/c小鼠,应用ELISA和ELISPOT方法检测小鼠的HIV/SIV特异性抗体滴度和细胞免疫应答强度.结果显示,rAAV8能够在293T细胞中高效表达HIV AEgp145和SIVenvT基因.小鼠接种两种重组病毒3-5W后,均能检测到gp120特异性抗体和env特异性细胞免疫应答,并且在16-20W后反应强度仍显著高于对照组.以上结果提示,携带HIVAEgp145和SIVenvT基因的rAAV8载体能够在小鼠体内诱导中等强度并且持续时间较长的特异性体液和细胞免疫应答.     

埃博拉病毒扎伊尔亚型多引物自配引发等温扩增方法的建立

鉴于目前埃博拉疫情在西非流行和输入国内的潜在风险,开发快速准确易普及的检测埃博拉病毒的方法对埃博拉防控具有重大意义。本文拟建立一种基于颜色判定简单、快速和灵敏的方法,即多引物自配引发等温扩增技术(isothermal multiple self-matching initiated amplification,IMSA)应用于埃博拉病毒扎伊尔亚型的检测。该技术设计了分别对应于埃博拉病毒扎伊尔型核蛋白(nuclear protein,NP)基因的7个区段的6条特异引物,在等温(63℃)条件下进行核酸扩增反应1小时,在扩增前加入HNB染料(羟基萘酚蓝)作为反应指示剂,以HNB染料颜色变化作为结果判定的标准。文中利用这种技术与RT-qPCR分别对含有目的片段的假病毒的系列稀释物以及模拟临床样本进行灵敏度分析,同时对30例健康人血浆以及登革病毒、日本脑炎病毒样本进行特异性分析。在塞拉利昂完成了81例埃博拉疑似病例血液样本的检测。结果显示RT-IMSA方法检测灵敏度与RT-qPCR方法的灵敏度相当,30例健康人血浆样本检测均为阴性,并且与登革病毒及日本脑炎病毒无交叉反应。与获得批准的荧光定量PCR试剂盒比较,RT-IMSA检测81例临床样本的结果为53例阳性,23例阴性,5例假阴性。灵敏度和特异性分别为91.4%和100%。因此,相较于RT-qPCR的高成本和复杂操作,RT-IMSA方法具有快速、简单的检测优势。     

Engineering human interferon α1c/86D with phage display technology

Human interferon-α1c/86D (IFNα1c/86D) was functionally displayed on the surface of the filamentous bacteriophage using a phagemid vector system (pCANTAB5E). The key amino acid residues involved in the receptor binding were further defined with phage displayed 6-mer peptide library and two neutralizing antibodies against linear epitopes on the IFN-α1b, indicating that residues 30, 33, 34, (AB-loop) and residues 124, 126, 127 (D helix, DE-loop) were more critical than the adjacent residues for recognition of receptor. In addition, a cassette mutagenesis library was generated by fully randomizing the sequence of the four positions 29, 31, 32 and 35 in AB-loop, and used to select phage-IFN variants with WISH-hased panning method. Three phage-IFN variants were isolated to possess more antiviral activity in the range of 4—16-fold than parental phage-IFN after IPTG-induced soluble expression. The results suggest that phage displayed phage-IFN α1c/86D variants with increased specific activity might be obta     

GeXP多重基因表达遗传分析系统在手足口病病原分型检测中的应用

利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,建立一种多重逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,同时检测引起手足口病的9种常见的人肠道病毒—人肠道病毒71型(HEV71)、柯萨奇病毒A组(CVA)16、4、5、9、10型和柯萨奇病毒B组(CVB)1、3、5型。优化多重反应体系中针对5’UTR区的肠道病毒通用引物和11对针对9种血清型人肠道病毒VP1区的特异性引物的浓度比例,分别以病毒细胞培养物和阳性粪便标本来验证多重反应体系的特异性,以TCID50定量的细胞培养物和克隆质粒体外转录的RNA梯度稀释液来检测多重检测体系的灵敏度。结果表明,优化后的多重检测体系,可扩增出人肠道病毒共有的保守片段的和型特异性片段,HEV71和CVA16细胞培养物的检测下限为100.5TCID50/μL,并可在103copies/μL水平同时、特异地检测出9种病毒RNA。该方法灵敏度高、特异性强,可快速对大量临床样本进行高通量检测,用于手足口病的分子流行病学调查。     

基于小RNA(sRNA)深度测序技术进行病毒鉴定和发现的研究进展

sRNA深度测序技术是2009年起新兴的可用于病毒研究的组学技术,它突破了传统病毒鉴定技术的局限,直接以宿主中sRNA(small RNA)为研究对象,可以快速地鉴定侵染宿主的病毒组成。是一种发现新病毒,监控病毒变异的有效方法。人们用这种方法发现了很多有意义的病毒,研究领域涉及到植物、无脊椎动物和人体细胞等,充分显示siRNA组学方法应用在病毒鉴定和分类的实用意义。本文对该方法的主要原理,操作流程及应用进展等方面进行了综述,同时使用公开的sRNA深度测序数据进行了生物信息分析,进一步证实了该方法的可靠性。     

石油污染土壤长料堆式异位生物修复技术研究

应用长料堆式处理技术在长20米,宽10米的实用规律预制床上对辽河油田不同类型原油污染土壤进行了处理,处理工程设8个长条状堆料单元,每个堆料单元长8米,宽2米,高0．35米,当稀油,稠油和高凝油污染土壤中石油烃总量（TPH）为4．16－7．72g.100g^-1土时,经过53d的运行,PTH去除率45．19％－56．74％,本研究为石油污染土壤异位生物修复实用化提供了技术支持。     

石油污染土壤生物修复过程中微生物生态研究

石油是重要的工业原料 ,同时又是燃料与能源。随着工业的发展 ,需求量大幅度增加 ,使得开采面积不断扩大 ,在开采、运输、贮藏、加工过程中 ,由于意外事故或管理不当 ,排放到农田、地下水、海洋 ,使环境遭受石油污染 ,直接危害人类生产与生活[10 ] 。石油主要成份有烷烃、苯、甲苯、二甲苯等多种复杂芳香烃 ,这些物质毒性大 ,有的有致癌、致突变等作用 ,因此被列为重要污染物[11] 。石油对土壤的污染主要是破坏土壤结构 ,影响土壤通透性。损害植物根部 ,阻碍根的呼吸与吸收 ,最终导致植物死亡。其次 ,污染物进入食物链造成人体损伤。鉴于以…