长链非编码RNA数据库资源

长链非编码RNA（long non coding RNA, lncRNA)在多个水平参与调节机体的各项基础生物进程,其功能紊乱常伴随疾病的发生。鉴定lncRNA的生物学功能已成为近年来的研究热点。然而,目前从各种真核生物高通量测序中鉴定的几十万个lncRNA中,只有极少数的功能已被实验验证,这对于该领域的深入研究是个巨大的挑战。因此,许多科研机构都建立了lncRNA数据库,并且持续周期性更新,这为研究者共享、注释和分析lncRNA功能提供了十分有效的工具。本文从lncRNA原始资源整合、筛选、鉴定及功能分析和lncRNA与人类疾病等4个方面介绍各lncRNA数据库资源的最新特征和应用范围。这为研究者在选择不同数据库资源进行lncRNA鉴定和分析时提供参考。     

体外培养的人牙胚上皮细胞的成釉分化

人表皮干细胞可以作为牙齿再生中上皮源性的种子细胞,但是其成釉分化的效率低下. 本研究分离培养了人牙胚上皮细胞,利用E13.5的小鼠牙间充质与其重组,构建重组牙胚,对其成釉分化的潜能和机制进行研究. 研究结果发现,体外培养的P1代人牙胚上皮细胞成釉率高达50%. 随着传代次数的增加,成釉率明显下降. 通过对牙上皮发育分化相关基因的表达检测和分析表明,重组牙胚成牙分化能力和成釉潜能的下降与牙上皮发育相关基因的表达状态密切相关. 特别是FGF8表达水平的下调以及PITX2不同亚型在人牙胚细胞中表达量的不均衡,可能是导致人牙胚细胞成釉潜能下降并丧失的主要原因. 本研究结果为理解牙齿再生过程中上皮源性的种子细胞的成釉机制提供了新的实验数据,对进一步提高表皮干细胞在牙齿再生过程中的成釉率有指导意义.     

湿地生态水文结构理论与分析

针对水土资源开发利用引发的湿地消退问题,通过研究湿地水分运动与补给规律,分析湿地和径流进退的关系、湿地生境和生物的扩展关系,分析湿地水文连接度下降引起的湿地消退效应.根据湿地水循环原理和湿地生境空间分布规律,建立湿地径流场与生物多样性场的概念,从而提出湿地生态水文结构理论.以维持湿地存在、保障湿地生物多样性为目标,通过湿地径流场与生物多样性场的耦合关系,将湿地划分为中心区和适宜活动区,以维持湿地生态水文结构所需要的水分条件定义为湿地生态需水.湿地生态需水问题的核心为确定湿地生态水文结构,并以湿地中心区和适宜活动区为边界条件,通过地表水地下水转化的水量平衡模型对湿地生态需水量进行分析计算.以维持中心区的水分条件作为最小生态需水;维持适宜活动区的水分条件作为适宜生态需水.湿地生态水文结构更对湿地管理提供生态安全阈值.根据湿地生态水文结构的稳定程度,建立湿地生态安全危机管理机制,进行不同级别的预警管理.     

长江口附近海域春季浮游硅藻的种类组成和生态分布

2002年春季,在长江口附近海域典型赤潮高发区28个大面站位采集了53个样品,从中共鉴定出隶属于31个硅藻属的80个种和变种;其中种类多样性较高的属为圆筛藻属(Coscinodiscus),有17个种,斜纹藻属(Pleurosigma),有8个种和变种;数量上较优势的种为柔弱拟菱形藻(pseudo-nitzschia delicatissma),为3．48×10^3cells·L-1,占28．54％;具槽直链藻(Melosira sulcata),为1．43×10^3cells·L-1,占16．98％;尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens),为0．71×10^3cells·L-1,占9．85％．它们在大部分站位中都有出现;柔弱拟菱形藻和尖刺拟菱形藻的高细胞密度区主要出现在1230E断面的站位,而具槽直链藻则主要出现在长江口的31～32°N断面的站位．浮游硅藻总细胞丰度变化于0．43×10^3～23．3×10^3cells·L-1,平均4．61×10^3cells·L-1;在123°E、30．5°N的DDl5站位,无论表层还是中层,浮游硅藻总细胞丰度均最高(表层,1．85×10^4cells·L-1;中层,2．33×10^4cells·L-1)．从水平分布看,浮游硅藻呈不均匀分布态势,从垂直分布看,大部分站位的表层浮游硅藻丰度高于中层．     

鹦鹉源I型禽副粘病毒F和HN基因序列测定与分析

Virion RNA was abstracted from purified type I Avian paramyxovirus strain YN-PA01(isolated from parrot)and used as a template. The fragment containing the fusion gene(F) and hemagglutinin-neuraminidase gene(HN) of the isolate was amplified by RT-PCR and cloned to the pMD18-T Vector. Using primer walking method the complete sequence of F-HN genes was obtained finally.And the respective amino acid sequence was deduced. Through relative software the phylogenetic trees on F gene and HN gene were constructed between strain YN-PA01 and reference strains. The results showed that strain YN-PA01 comparing with reference strains displays 98.7%-83.2% nucleotide homology and 98.1%-86.2% amino acid homology on F gene; 97.4%-79.1% nucleotide homology and 97.2%-83.2% amino acid homology on HN gene. Additional 6 amino acids are encoded by the HN gene ORF of strain YN-PA01 comparing with national reference strains.The studied strain YN-PA01 exhibits highest identities with strain JS/5[O1/Go either analyzed on F gene or HN gene.     

慢性脑低灌注大鼠海马BDNF的表达与认知功能损害

目的　观察慢性脑低灌注大鼠认知功能损害与海马脑源性神经营养因子 (Brain derivedneurotrophicfactor,BDNF)表达的关系。方法　通过结扎大鼠双侧颈总动脉 ,制成慢性脑低灌注模型 ,分缺血 6周组和 4月组及相应假手术组 ,在相应时间点用三等份MG 2Y型迷宫法测定大鼠学习记忆能力。用免疫组化S P法检测 4组大鼠海马中BDNF的表达 ,在光镜下测其平均光密度。结果　显示手术组与假手术组相比学习记忆能力明显下降 ,慢性脑低灌注大鼠缺血 4月组与缺血 6周组相比学习记忆能力也下降 (P <0 0 5 )。缺血 4月组大鼠海马BDNF表达的平均光密度值与Y型迷宫实验正确次数间存在正相关 (r=0 782 5 ,P <0 0 5 )。结论　表明在慢性脑低灌注状态下 ,大鼠学习记忆能力随海马BDNF表达的下降而下降 ,内源性BDNF可能通过对突触传递和认知功能有内在保护作用。     

狭额绒螯蟹的幼体发育

在水温18—20℃、盐度18‰—20‰、光照度200～600Ix的条件下,狭颚绒鳌蟹幼体发育经5个溞状幼体和1个大眼幼体期。从幼体出膜到大眼幼体出现历时15d、到仔蟹出现需23d。狭颚绒鳌蟹和中华绒鳌蟹的第一期溞状幼体可从第2触角的外肢、腹部侧刺数加以区别;两大眼幼体可从额角形状、第2—4胸足指节、腹肢外肢刚毛数及尾节刚毛着生情况进行区分。     

SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

通过对有关SARS—Cov文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗,对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因,然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignaIP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。     

水稻株高基因及其分子生物学研究进展

株高是水稻品种的重要农艺性状之一,植株过高容易引起倒伏而减产。近年来,随着研究手段的改进和水平的提高,在水稻株高基因的发现、定位、克隆及作用机理等方面的研究取得较大进展。本文介绍了国内外在该领域的研究进展概况。     

LRP16基因启动子克隆及特征分析

克隆LRP16基因启动子分子,并对启动子特征进行分析,预测启动子区调控元件,为深入研究LRP16基因的表达调控机制奠定基础。在NCBI的人类基因组数据库中截取并下载LRP16基因转录起始位点5′侧翼区2.7kb的基因组序列,设计PCR引物,从健康外周血单个核细胞中扩增,利用Genomatix程序对5′侧翼区近1000bp进行启动子特征分析,获得了与GenBank序列一致,长度为2.7kb的LRP16基因启动子DNA序列,该序列具有典型的真核生物RNA聚合酶Ⅱ启动子特征及多个核受体结合位点,如α视黄酸受体及RAR相关孤生受体。