GAGE和GSEA在基因集研究中的有效性比较

目的:研究在基因芯片数据分析中自限性原假设和竞争性原假设两类方法的优劣性和准确型,选取各自具有代表性的GAGE(Generally Applicable Gene-set Enrichment)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)两种基因集分析方法筛选富集基因集的效能,并探讨其筛选效果.方法:采用两种待比较的方法在实际基因表达谱数据中分析研究,比较筛选结果的准确性和科学性,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果:两方法对已知的基因表达谱数据进行应用分析表明GAGE的检验效能和筛选出的基因集生物学相关性均优于GSEA.结论:GAGE作为一种自限性原假设的基因集分析方法,由于其充分利用了表达谱数据,并将表达数据分为实验集和通路集分别进行分析处理,同时考虑到基因集的上调和下调,其检验效能优于竞争性原假设的GSEA,能够得到更为准确和科学的结果.     

中国北方杂草稻光合与水分生理特性

杂草稻是一类重要的稻属种质资源,具有耐寒、耐旱、耐瘠薄等优良特性.本文以88份中国北方杂草稻资源和4份栽培稻为材料,研究了中国北方杂草稻的光合速率、蒸腾速率、气孔导度等光合与水分生理特性及其相互关系.结果表明: 北方杂草稻资源的光合和水分生理特性存在较大差异,具有丰富的多样性.杂草稻的光合速率变化范围在12.47～28.67 μmol CO₂·m^-2·s^-1,瞬时水分利用效率的变化范围在1.39～3.40 mg·g^-1.光合参数中,胞间CO₂浓度的变异系数最小,气孔导度的变异系数最大.光合速率与蒸腾速率、气孔导度呈极显著的二次曲线关系,光合速率与胞间CO₂浓度呈显著的直线关系,瞬时水分利用效率与蒸腾速率、气孔导度呈极显著的二次曲线关系.可用杂草稻材料的优越性能对栽培稻进行品种改良.     

双列杂交F1代加倍单倍体的遗传模型

双列杂交法已广泛地应用于性状的遗传研究,但均局限于无非等位基因互作的性状．本文在前人研究的基础上提出了应用双列杂交F_1代加倍单倍体检验双基因互作模型适合性的方法,并对遗传参数的估算作了进一步的研究．     

山莨若碱通过膜脂影响兔肾(Na~++K~+)-ATP酶的构象及活性

研究了山莨菪碱对处于不同脂双层的兔肾外髓质(Na~++K~+)-ATP酶活性的影响,结果表明山莨菪碱对(Na~++K~+)-ATP酶的抑制作用与该酶所处的脂环境密切相关,如对去脂后的酶活性无明显影响,而对重组于酸性磷脂脂质体的酶比对重组于中性磷脂脂质体的酶有更大的抑制作用。园二色性实验表明,山莨菪碱使带349个界面脂分子的(Na~++K~+)-ATP酶二级结构发生明显变化,而对带189个界面脂分子的酶无明显作用。另外利用差示量热扫描研究表明山莨菪碱对酸性磷脂和中性磷脂脂质体或脂酶体相变行为有不同的影响。     

小黄黝鱼繁殖期与非繁殖期的两性异形

两性异形可能在促进入侵种成功入侵过程中扮演重要角色而促使研究者进行广泛的探讨。本文利用传统形态性状测量及框架性状分析方法定量研究了滇池流域典型入侵鱼类小黄黝鱼Micropercops swinhonis繁殖期与非繁殖期的两性异形特征,为系统研究小黄黝鱼的繁殖生态与入侵机制的关系奠定基础。研究结果显示,小黄黝鱼种群在5—6月出现世代交替,可以划分出5月前的世代Ⅰ和6月后新成熟的世代Ⅱ2个繁殖群体。这2个繁殖群体繁殖期雄鱼体长均显著大于雌鱼,提示小黄黝鱼是偏向于大个体雄性的两性异形物种。非繁殖期,小黄黝鱼雌雄体长差异无统计学意义。单因素方差分析显示,小黄黝鱼雌雄个体无论繁殖期还是非繁殖期均在多个测量参数中呈现显著差异。主成分分析显示,世代Ⅰ繁殖群体繁殖期雌雄鱼在第二主成分PC2轴上显著分离,尾柄高/体高、腹鳍起点-臀鳍起点/体长等是导致两性形态差异的主要指标,提示雄鱼尾柄增大及雌鱼腹腔增大以提高两性的繁殖成功率等策略是促使两性异形的重要因素;世代Ⅱ繁殖群体在第一主成分PC1轴上显著分离,全长、体长、尾柄长/头长、尾柄高/体长、头宽/体长、胸鳍起点-臀鳍起点/体长等与生长及腹腔增大有关的指标是导致两者形态差异的主要因素;非繁殖期雌雄鱼形态性状差异不明显。判别分析结果则进一步支持了雌雄鱼形态性状差异繁殖期明显、非繁殖期不明显的结论。小黄黝鱼两性异形与提高其繁殖输出及后代早期存活率密切相关,对其入侵与种群扩张有积极意义。     

广州地区嗜肺军团菌环境分离株的基因序列分型分析

摘要:【目的】研究广州市嗜肺军团菌的基因特征,对来自不同水域环境的嗜肺军团菌进行分子分型研究。【方法】选择嗜肺军团菌的7个基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA 作为目的基因, 对在2006-2009年间广州地区分离的44株嗜肺军团菌进行PCR扩增和测序,并将核苷酸序列上传至欧洲军团菌病感染工作组（EWGLI）数据库进行比对,得到基因型别（Sequence type, ST）,对结果进行基因序列分型（Sequence-Based Typing, SBT）和系统进化分析。【结     

SARS冠状病毒在中国SARS流行中的分子进化

SARS最早出现在中国广东,紧接着SARS冠状病毒(SARS-Cov)被确定为致病原。找出SARS病毒基因组的变异与生物学之间的关系仍具有挑战性。最近,通过分子流行病学研究鉴别了传播中SARS-Cov的特征性变异序列。事实证明SARS-Cov是非人源的。     

B7-2胚胎性癌细胞诱导分化过程中的表型转变

胚胎性癌细胞(简称EC细胞)作为一类肿瘤(畸胎瘤)的干细胞近年受到广泛的重视,从胚胎学、肿瘤学和分子生物学等许多学科领域都应用它作为实验材料,离体诱导分化研究是其中的一个方面。B 7-2 EC细胞是我们从129品系小鼠的自发睾丸畸胎瘤中分离克隆得到的一株多能EC细胞,它在同种同基因小鼠     

儿童隐球菌性脑膜炎临床分析

目的分析并讨论儿童隐球菌性脑膜炎的临床特点、诊断及治疗方法等。方法回顾性分析上海长征医院皮肤科在1993年3月至2008年6月间16例经病原学确诊的隐球菌性脑膜炎患儿临床资料。结果患儿平均年龄7．25岁（2～15岁）,男女比例2．2：1,主要症状包括头痛（87．5％）、发热（81．25％）、恶心呕吐（75％）等,10例颅内压升高。确诊依据脑脊液真菌涂片、培养或隐球菌抗原检查。治疗采用两性霉素B和（或）两性霉素B脂质体静滴,5一氟胞嘧啶口服,辅以两性霉素B鞘内注射,联合氟康唑、伊曲康唑等药物治疗。16例患儿痊愈9例,病情明显好转5例,死亡2例。结论儿童隐球菌性脑膜炎起病缓慢,临床症状缺乏特异性,对疑有中枢神经系统感染性疾病时,应及早行脑脊液检查,并反复多次检查、联合检查以确定诊断,减少误诊、漏诊。早期诊断和及时、系统、足量、长程的抗真菌治疗是提高治愈率和患儿生存质量的关键。     

镰刀菌属一新种──链状镰刀菌

本文描述了镰刀菌属的一个新种——链状镰刀菌,其主要特征小型分生孢子椭圆形,基部平,链状生长。大型分生孢子纺锤形,从多口芽梗长出。文中还讨论了新种与其它镰刀菌的关系。模式标本保藏在中国科学院菌物标本馆（HMAS）。