俄罗斯堪察加地区热泉及其周边生境的泉古菌多样性

【目的】泉古菌为陆地热泉系统的主要古菌类群,可能在自然界生源元素的地球化学循环中发挥着重要作用。本研究旨在揭示俄罗斯堪察加地区热泉以及热泉周边区域的泉古菌多样性,同时基于之前已获得的我国云南地区热泉数据,比较两地区泉古菌群落差异。【方法】通过构建16S rRNA基因片段克隆文库获得序列信息和丰度,随后进行物种多样性、系统发育和群落结构差异分析。【结果】高温热泉Burlyashi Liza(BSL,89℃)中的泉古菌全部属于热变形菌纲(Thermoprotei)内的物种。中温热泉TF Vent 2(TFV,49℃)的群落结构主要由不确定的热变形菌纲类群、不确定的泉古菌类群、高温水环境泉古菌类群Ⅱ(HWCG-Ⅱ)和奇古菌下的Group1.1b类群组成。热泉周边常温环境的主要物种与热泉环境的代表性克隆pJP41一起聚成一个较大的遗传分枝。Jackknife聚类树和主坐标分析(Principal coordinates analysis,PCoA)的结果显示:温度相似的样点,其泉古菌群落结构相对来说更为相似。【结论】俄罗斯堪察加地区与我国云南地区热泉中的泉古菌存在着一定程度上的不同。陆地热泉系统影响着其周边环境的泉古菌类群。热泉中泉古菌群落结构受温度的明显影响。     

建立放线菌门的证据*

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS) 3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

高效降解环己酮的无色杆菌JDM-3-03株的分离和鉴定

目的：分离、鉴定高耐受和高效降解环己酮的菌株。方法：从采自岳阳巴陵石化公司环己酮生产车间总出水口的污泥中,通过逐步驯化筛选环己酮降解菌株;通过形态观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对分离到的菌株进行初步鉴定。结果：分离得到一株环己酮降解菌株JDM-3-03,初步鉴定其为无色杆菌Achromobacter insolitus的一个菌株;该菌能以环己酮为惟一碳源,且能耐受5000mg/L的环己酮;当环己酮的质量浓度为2000mg/L时,在温度为30℃、转速为150r/min的条件下,72h内该菌株对环己酮的降解率达到90.17%。结论：菌株JDM-3-03是一株可高效降解环己酮的无色杆菌。     

安丝菌素产生菌拟诺卡氏菌EGI80425接合转移体系的建立与应用

安丝菌素是一种有强抗肿瘤作用的天然产物,拟诺卡氏菌Nocardiopsis ansamitocini EGI80425作为安丝菌素的产生菌具有重要的研究价值,因此需要建立其遗传操作体系,并实施对该菌株的遗传改造。首先,通过优化菌丝体接合转移相关的培养时间、供受体比例和培养基中Mg2+浓度等,建立了效率为6.6×10^-3的整合型载体p IB139的接合转移方法;然后在此基础上进一步调整相关条件,建立了效率为6.2×10^-4的游离型质粒p JTU1278的接合转移方法;最后,利用游离型质粒对潜在的PKS竞争基因簇ClusterⅠ和ClusterⅦ进行了缺失。结果显示,ClusterⅠ缺失突变株CXY01中安丝菌素的产量为12.6 mg/L,相比野生型提高了95.3%;ClusterⅦ缺失突变株CXY02中安丝菌素产量为7.4 mg/L,相比野生型提高了15.2%。本研究建立了N. ansamitocini EGI80425的遗传操作体系,并在此基础上对该菌进行了基因组片段敲除,有效提升了安丝菌素产量,为利用N. ansamitocini大量产生安丝菌素奠定了基础。     

我国原核微生物分类学七十年北大核心

2022年和2023年分别是中国微生物学会成立70周年和《微生物学报》创刊70周年,我国原核微生物分类学研究从白手起家、跟踪模仿到逐步走上国际舞台,从跟跑、并跑到整体处于国际先进行列,部分领域领跑国际同行,并为国际同行提供微生物数据服务,也已走过了70个岁月。这些成绩的取得是我国原核微生物分类领域学者几代人努力的结果,是与国家发展、民族复兴同频共振的结果。特别是近30年,我国原核微生物分类无论从理论、方法创新还是新物种发现方面都取得了令人瞩目的成绩,在国际上的地位和影响力日益提高,已经逐渐成为国际原核系统分类领域的主导力量。本文本着尊重历史、客观求实的态度梳理了70年来我国在细菌和古菌分类学及相关领域的发展脉络和取得的成绩,并结合该领域最新发展方向进行了展望。     

厌氧氨氧化细菌的研究进展

厌氧氨氧化是指微生物在无氧条件下,以NO2-为电子受体,将NH4+氧化成N2的过程,该过程主要由浮霉菌门下的厌氧氨氧化细菌参与.厌氧氨氧化细菌广泛存在于海洋生态系统、淡水生态系统、陆地生态系统及其他一些特殊生境中,其在废水生物脱氮和地球氮循环中扮演着重要角色.本文从厌氧氨氧化细菌的发现历程、种类、特性、代谢途径、分布、...     

《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”历史回顾、发展现状及未来展望

2023年是《伯杰氏鉴定细菌学手册》出版一百周年。《伯杰氏鉴定细菌学手册》的诞生，旨在建立起原核微生物分类的明确标准，开启对原核微生物分类学探索的使命。随着生物学、物理学、化学、分子生物学、生物信息学及其相关研究技术的发展及学科交叉，微生物分类学逐渐发展为以系统发育和多相分类为基础、研究微生物物种进化与生物学特性和物种间相关性的学科，因此新发现的微生物物种及其生物学特征信息增加迅猛，该手册在2015年改名为《伯杰氏古菌与细菌系统学手册》，并采用了电子版，使得更新快捷，为原核微生物系统分类学领域注入新的生机和活力。《伯杰氏鉴定细菌学手册》是微生物系统分类学的经典之作，为微生物学者提供微生物物种分类信息的同时，也在引领该领域的学者探索更为广阔的微生物世界。“伯杰氏国际系统微生物学学会”于2009年成立，旨在促进国际微生物领域的学术交流，推动原核微生物系统分类学的发展。本综述全面回顾了《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”的发展历史及最新进展，并对其未来发展方向进行了展望。     

2023年地质微生物学专题序言北大核心

自2017年开始策划“地质微生物学专刊”以来,《微生物学报》已成功出版了5期,分别是2018年第4期、2019年第6期、2020年第6期、2021年第6期、2022年第6期。共发表文章105篇,得到了地质微生物学领域学者的关注和好评。为了更加系统地介绍该领域国内外的最新研究成果,并进一步扩大地质微生物学的影响、促进地质微生物学研究的发展,我们特别组织了本期“地质微生物学”专题。