藤黄节杆菌ATCC21606的全基因组测序及序列分析

藤黄节杆菌(Arthrobacter luteus, A. luteus) ATCC 21606是一种革兰氏阳性短杆状的放线菌。该菌分泌的溶菌酶(Lyticase)能够有效裂解酵母细胞壁,同时能分泌限制性核酸内切酶AluⅠ和热稳定的黄嘌呤氧化酶,但目前还没有该菌株的全基因组序列相关的报道。本研究首先通过对A. luteus ATCC 21606菌株的基因组进行高通量测序;再利用SOAPdenovo、GeneMarks等软件对基因组进行组装和组分分析;接着与COG、GO、KEGG、NR、Swiss-Prot和CAZy数据库比对进行基因功能注释;并利用antiSMASH软件进行次级代谢产物合成基因簇预测;最终得到大小为4 209 480 bp的全基因组序列,GC含量为74.68%,共预测到编码基因3 741个。基因序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为RQIK000-00000。本研究首次报道了A. luteus ATCC 21606的全基因组序列,为后续该菌株的功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等相关研究提供基础。     

植物的组织和细胞培养

近年来日益兴起的植物细胞工程,是建立在植物的组织或细胞培养技术的基础之上的。不少中学把植物的组织培养当作生物课外活动小组的一项重要内容,借以培养学生对生物科学的兴趣和提高他们的实验技能,并已积累了不少经验。为了配合这一活动的开展,本刊特组织了这个专题讲座,着重介绍组织培养的基础理论、应用前景、操作过程以及简易培养方法等内容,供有关方面读者参考。     

昂立植物乳杆菌对腹腔感染大鼠肠道微生态的影响

目的探讨经肠道补充昂立植物乳杆菌(LP-Onlly)对腹腔感染大鼠肠道微生态的影响.方法大鼠经盲肠结扎穿孔法及颈静脉空肠置管制成腹腔感染模型后,分别给予肠外营养(PN组)和PN 昂立植物乳杆菌(LP-Onlly组)持续5 d,第6天处死,取盲肠内粪便进行肠菌群培养计数及细菌种群DNA指纹图谱分析.结果 LP-Onlly组大鼠肠道内的乳杆菌和双歧杆菌数量较单纯PN组的大鼠为多,而肠道内的潜在致病菌产气荚膜梭菌数量较单纯PN组的大鼠少,DNA指纹图谱也显示LP-Onlly组大鼠优势菌群的基因条带和正常大鼠具有较高的一致性,而PN组则差异有显著性.结论 LP-Onlly能纠正腹腔感染大鼠PN时的肠道菌群紊乱, 调理肠道微生态平衡.     

pcDNA3.1(-)-Bcr-Abl及pcDNA 3.1(-)-Bcr-Abl T3151突变质粒真核表达载体的构建

目的:将Bcr-Abl及Bcr-Abl T3151突变克隆入pcDNA3.1(-)真核表达载体,为研究靶向降解受体型酪氨酸激酶BCR-Abl,抑制肿瘤细胞生长提供研究基础.方法:pcDNA3.1 (-)-Bcr-Abl质粒构建:分别设计引物,通过分段PCR将BCR-ABL克隆入pcDNA3.1(-).首先通过PCR扩增出Bcr-a片段,将其克隆入pcDNA3.1(-)的NheⅠ/XhoⅠ之间;接着将PCR扩增出的Abl-c片段克隆入KpnⅠ/ HindⅢ之间,最后XhoⅠ/KpnⅠ双酶切pGD210,将酶切下片段插入pcDNA3.1(-)的相应位点即可.酶切鉴定及测序正确后,转染293T细胞,Western blot验证质粒的表达.pcDNA 3.1(-)-Bcr-Abl T3151的突变质粒:首先设计引物,第一步以pcDNA3.1(-)-BCR/ABL为模板,以Abl-c-u和ba-M1为引物扩增出A-1:560 bp.第二步,相同模板,以ba-M2和ba-M-down为引物扩增出A-2:870 bp.第三步,以扩增出的A-1和A-2为模板,以Abl-c-u和ba-M-down为引物,扩增出1434 bp的片段A-l+2,以Bcl和Kpn Ⅰ分别酶切pcDNA3.1 (-)-BCR/ABL以及A-1+2,将突变后的A-l+2置换入pcDNA3.1 (-)-BCR/ABL.结果:PCR结果显示3.1(-)-Bcr-Abl及3.1 (-)-Bcr-Abl T3151突变质粒条带大小符合,重组质粒经酶切鉴定和测序结果正确,转染后可见融合蛋白的表达.结论:成功构建pcDNA3.1 (-)-Bcr-Abl及pcDNA 3.1(-)-Bcr-Abl T3151的真核表达载体,并且转染293T细胞后证实其能够正确表达,为后续研究奠定了基础.     

神经行为学实验Narrow-Alley Test及Corner Test改良: Narrow-Alley Corner Test

目的改良传统的Narrow-alley Test及Corner Test,增强实验的可操作性和结果的可靠性。方法用Narrow-alley Test、Corner Test及改良后的Narrow-alley Corner Test检测三组SD大鼠:脑出血 GCSF治疗组;脑出血 生理盐水安慰治疗组;正常对照组。结果(1)与Narrow-alley Test及Corner Test结果一致,正常大鼠在Narrow-alleyCorner Test实验装置中向左、向右"站立转身"的几率接近,而脑损伤大鼠则趋向沿损伤同侧作"站立转身"。(2)Narrow-alley Corner Test不须反复刺激大鼠,减少了人在实验现场对动物活动的影响,增强了实验的可操作性和结果的可信度。结论Narrow-alley Corner Test是一种可操作性强、结果可靠的神经行为学检测方法。     

利用GIS模拟变量施肥尺度对施肥量的影响研究

以玉米氮肥变量施肥为例。采用GIS技术分别模拟不同肥力水平、不同空间变异和不同相关距条件下变量施肥尺度对施肥量的影响．首先用“Turning Band Method”方法随机生成符合指定均值、方差和空间分布(半方差模型)的一组表示最小施肥单元的土壤养分数据,每组10~4个数据,对每组数据进行了100个等级尺度单元的相关施肥量计算和分析．模拟结果表明：(1)随着变量施肥单元面积减小,施肥量不是减少,而是增加或保持不变;(2)相同土壤肥力,空间变异越大时,随着施肥尺度增大,平均施肥量增大越明显,而且施肥临界养分过渡带的变量施肥合理性受尺度影响最大．     

健康老年人肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性分析

从31个60岁以上的符合中华医学会老年医学分会健康老年人标准的健康老人中随机选取4例作为研究对象,使用分子生物学方法,对他们的肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性进行分析.研究结果表明,健康老人肠道中双歧杆菌的优势种群为长双歧杆菌（Bifi∥dobacterium longum）和假小链双歧杆菌（Bifidobacterium pseudocatenulatum）,分别占双歧杆菌种群的55%和45%;而肠道乳杆菌则有唾液乳杆菌（Lactobacillus salivarius）50%、Lactobacillus mocosae 31.1%、口腔乳杆菌（Lactobacillus oris）6.3%、鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）6.3%和瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）6.3%,其中唾液乳杆菌、Lactobacillus mocosae为健康老人肠道优势乳杆菌种群.     

宫颈癌患者血浆和组织中FHIT基因5′端CpG岛甲基化状态的研究

为了检测宫颈癌患者血浆和组织中FHIT基因5′端CpG岛甲基化状态, 以找到无创伤性诊断宫颈癌的新指标, 选取151例宫颈癌患者的血浆和30例患者的宫颈癌组织为研究对象,用MSP的方法检测FHIT基因5′端CpG岛甲基化状态, 并对MSP产物进行克隆和测序。结果在宫颈癌患者血浆和组织中, FHIT基因5′端CpG岛甲基化率为30.46%和53.33%, 血浆和组织的总体符合率为80%。而对照中均未检测到甲基化状态。随着患者临床分期和组织学分级的增加, FHIT基因甲基化的检出率也在逐渐的增加。表明宫颈癌患者的血浆和肿瘤组织中FHIT基因5′端CpG岛甲基化的发生是高频事件, 使用FHIT基因作为标记可以对宫颈癌患者进行无创伤诊断和预后的评估。     

一株口腔链球菌新种—寡发酵链球菌产过氧化氢特性的研究

从健康人口腔中分离的寡发酵链球菌(Streptococcus oligofermentans)能够产生大量的过氧化氢,可能具有抑制致病菌的潜力。为了研究该细菌产过氧化氢的特性,检测了其在不同生长时期和从不同底物产过氧化氢的能力。结果表明,寡发酵链球菌从对数生长早期就开始产过氧化氢,在对数生长后期及稳定期过氧化氢产量达到最高,随后下降。在PYG培养基中,寡发酵链球菌所产的过氧化氢主要来源于大豆蛋白胨和酵母提取物;而代谢终产物乳酸也可作为过氧化氢产生的底物。对3种可能与过氧化氢生成有关的氧化酶的酶活测定表明,寡发酵链球菌具有乳酸氧化酶(LOX)及NADH氧化酶(NOX)的活性,说明其过氧化氢的产生主要依赖于这两种酶的活力。