基于进化信息改进蛋白质定点突变稳定性预测准确率

定点突变后蛋白质稳定性的增加还是降低,是分子生物学和蛋白质工程的核心问题之一,也是目前生物信息学研究的重要领域。基于蛋白质序列信息对蛋白质定点突变后的稳定性进行预测的方法,因其简易、适用面广而得到广泛的研究应用。通过对编码策略（coding schemes）的探索,发现不同编码策略对预测准确率有较大影响,并发现基于进化信息的BLOSUM打分矩阵可以用于蛋白质定点突变稳定性预测,具有较高的预测准确率。应用基于BLOSUM62打分矩阵的神经网络（ANN）和支持向量机（SVM）算法,可以改进蛋白质定点突变后稳定性的预测,而且ANN+ BLOSUM62在1623条序列的数据集上的实测结果优于目前国际通用的几款预测 软件。     

HBD-3基因的乳腺特异性表达载体的构建及真核表达

为了制备高效表达人β-防御素-3基因的转基因奶牛提供可靠的核移植供体细胞,本试验采用RT-PCR从人胎盘组织获得人β-防御素3cDNA,通过双酶切法将目的基因片段hBD插入到质粒pBCP之间,最后再通过双酶切法将目的片段BCD插入到真核表达载体pEGFP-C1中,最终构建乳腺特异性表达载体pEBCD。脂质体介导法转染奶牛胎儿成纤维细胞G418,抗性筛选3~4周后,经PCR、RT-PCR扩增检测和报告基因EGFP表达检测,得到稳定整合外源基因的转基因供体细胞;同时检测稳定转染的奶牛乳腺上皮细胞系的上清液,检测到重组人β-防御素-3蛋白可以在奶牛乳腺上皮细胞组织特异性表达。     

小单孢菌属特异寡核苷酸探针的设计及杂交条件优化

小单孢菌在生态环境中占有重要地位,也是寻找新的抗生素的重要来源.为了探索小单孢菌的生态分布和在未培养情况下的生态位,在分离和鉴定一定数量的小单孢菌的情况下利用小单孢菌属的16S rDNA基因同源性,采用ClustalX软件进行序列分析,设计了小单孢菌属的16S rRNA特异寡核苷酸探针Mn1和Mn3两个序列,将这两个序列与GenBank中小单孢和非小单孢菌属的16S rRNA序列进行Blastn比对分析,先在理论上确认Mn1和Mn3对小单孢菌属是特异的.收集小单孢和非小单孢菌株19株,通过原位杂交试验的方法对设计的探针进行特异性验证,结果证明,Mn1能和试验用到的所有小单孢菌属的标准菌株杂交和非小单孢菌均不能杂交;Mn3能和所有小单孢菌属的标准菌株杂交,但也能与链霉菌CGMCC4.891(Streptomyces microflavus)杂交.初步证明Mn1可作为小单孢菌属的特异性探针.并通过杂交条件试验优化了Mn1荧光原位杂交的条件:甲酰胺浓度为30%,溶菌酶处理时间为37℃ 40 min,HCl处理时间为60 min,杂交时间为3 h.     

珍稀濒危药用植物黄檗野生种群遗传多样性的AFLP分析

黄檗(Phellodendronamurense)是我国珍贵的药用和用材树种,现已被列为国家二级保护植物。为了研究其遗传多样性和遗传结构,以制定有针对性的保护策略,作者采用8对荧光引物,对来自10个野生种群共计129个黄檗个体进行了AFLP分析。共扩增出1,704条谱带,其中多态带1,581条。遗传分化系数Gst为0.3420,即有34.20%的遗传变异来自种群间。黄檗物种水平的遗传多样性高于种群水平:在物种水平上,多态位点百分率PPL=92.77%,有效等位基因数Ne=1.4636,Nei’s基因多样性指数H=0.2316,Shannon信息指数I=0.4275;在种群水平上,PPL=54.20%,Ne=1.2487,H=0.1524,I=0.2371。UPGMA聚类结果表明,黄檗野生种群可分为四类,并且来自同一地区的黄檗个体有聚为一类的趋势,说明其遗传变异可能与生境有关。建议在各种群内大量采样,实施迁地保护;在长白山、完达山、大兴安岭、小兴安岭、千山以及燕山山脉的云蒙山等地区,均匀布点划分区域进行就地保护,保护种群完整性,促进种群自我更新。     

经肝固有动脉自体骨髓干细胞移植治疗失代偿期肝硬化患者18例

目的 观察分析经肝固有动脉行自体骨髓干细胞移植治疗失代偿期肝硬化的疗效及其安全性。方法 将2010年4月至2010年12月我院感染科收治的36例失代偿期患者随机分为治疗组和对照组各18例。对照组予以基础治疗(护肝、降黄、对症和支持治疗),治疗组在基础治疗上行经肝固有动脉注入自体骨髓干细胞治疗。结果 治疗8周后,治疗组腹水消退10例(55.55﹪),腹胀减轻16例(88.99﹪),下肢浮肿减轻6例(33.33﹪),对照组分别为2例(11.11﹪)和6例(33.33﹪),1例(5.55﹪),差异具有统计学意义(P值分别为0.005,0.001,P均<0.05);治疗组治疗后的白蛋白(ALB)、凝血酶原活动度(PTA)、纤维蛋白原(FIB)、丙氨酸转氨酶(ALT)指标较治疗前均有明显改善;且与对照组治疗后各项指标比较也有改善。其中治疗组与对照组治疗后的ALB(P=0.002)、PTA(P=0.020)、ALT(P=0.010)水平差异具有统计学意义(P<0.05);治疗组内治疗前后的ALB(P=0.001)、PTA(P=0.093)、ALT(P=0.000)指标的改善差异具有统计学意义(P<0.05)。全部患者在移植术中移植术后近期未发生严重并发症。结论 经肝固有动脉行自体骨髓干细胞移植治疗失代偿期肝硬化疗效明显、可使失代偿期肝硬化患者肝功能明显改善,治疗安全有效且副作用小,可作为中晚期肝硬化患者可选择的临床治疗方案。     

不同渔业方式水库鱼类资源的水声学评估

采用Biosonics DT-X回声探测仪(208 kHz)在2011年的秋末冬初对大溪、沙河、金牛山3个不同渔业方式的中等营养化水库进行了水声学调查,并构建了水库中鱼类资源分布的GIS模型.结果表明： 3个水库间鱼类平均大小无显著性差异,但鱼类目标强度(TS)分布曲线表明鱼类大小分布比例并不一致,受渔业方式影响明显.大溪水库鱼类密度(平均0.0183 ind·m^-3)与沙河水库鱼类密度(平均0.0124 ind·m^-3)差异不显著,金牛山水库鱼类密度(平均0.0085 ind·m^-3)显著小于大溪水库和沙河水库,3个水库中鱼类密度水平分布与水深没有显著的相关关系.3个水库中鱼类均成群分布,对大溪水库和沙河水库调查时还发现鱼类聚群行为.3个水库的鱼类资源量分布均在下游最高,除沙河水库受赶鱼作业影响外,其他2个水库大坝前鱼类资源量分布明显偏高.基于鱼类分布GIS建模的栅格化数据、各个栅格的水面面积,对TS>-60 dB鱼类资源总量进行估算,大溪水库约为48万尾,沙河水库约为61万尾,金牛山水库约为52万尾;对TS>-40 dB的鱼类进行统计评估,大溪水库约为5.04万尾,沙河水库约为5.29万尾,金牛山水库约为9.07万尾.     

HS-SPME-GC / MS 在大熊猫尿液化学成分检测中的应用

尿液在大熊猫化学通讯过程中具有重要作用。对大熊猫尿液中化学成分的检测是揭示大熊猫尿液中化学物质组成及其功能的关键。本实验通过使用顶空固相微萃取技术(Headspace-solid phase microextraction,HSSPME)对大熊猫尿液样品进行前期处理,继而利用气相色谱- 质谱联用技术(Gas chromatography-mass spectrometry,GC / MS)对大熊猫尿液中化学成分进行检测。共检测到56 个峰,通过在NIST (National Institute of Standards
and Technology)质谱库中进行检索,初步推定出其中的38 种物质。除此之外,还对HS - SPME 萃取头的净化方法进行了探索和改进。结果表明,顶空固相微萃取技术结合气相色谱- 质谱联用技术能够应用于大熊猫尿液中挥发性与半挥发性化合物的检测,并且能够得到较好的实验结果,为揭示大熊猫化学通讯机理提供基础。     

海南文昌汉族体质特征

在海南文昌市调查了城市汉族315例(男为150例, 女为165例)和乡村汉族407例(男为216例, 女为191例)成人的73项体质指标, 计算了25项体质指数, 统计了指数分型情况, 与我国族群资料进行了比较, 对海南文昌汉族体质特征进行了初步分析。结果显示: 1)文昌汉族有上眼睑皱褶, 蒙古褶欠发达,眼裂窄且多呈眼外角高, 鼻根高度中等, 直鼻梁, 鼻基部上翘, 鼻翼高度中等, 鼻孔最大径斜位, 鼻翼宽, 耳垂多为圆形、三角形, 上唇皮肤部高度中等, 红唇较厚, 发色黑, 肤色、眼色较深。2)文昌汉族男女性均为特圆头型、高头型、中头型、中鼻型。男性还为中面型, 女性还为狭面型。3)文昌汉族男女性均为长躯干型、中胸型、中肩型、中骨盆型, 男性还为中腿型, 女性还为亚短腿型。文昌汉族城市、乡村的男性与女性身高均属于中等身材。4)文昌汉族头面部特征更接近于我国蒙古人种北亚类型族群。从体部指标来看。文昌汉族介于北亚类型族群与南亚类型族群之间, 更接近于北亚类型族群。     

广西大明山自然保护区蛇足石杉种群生命表及生存分析

为进一步探讨蛇足石杉濒危的机制, 以广西大明山自然保护区蛇足石杉种群为调查对象, 采用分段匀滑技术编制蛇足石杉种群静态生命表, 进行种群生存分析, 通过绘制亏损率曲线、存活曲线、死亡率曲线、生存函数曲线, 分析种群数量及动态变化。结果表明: 该蛇足石杉种群存活曲线趋于Deevey-Ⅱ型, 种群生长过程中在第Ⅳ龄级存在一个死亡高峰。说明在自然保护的情况下蛇足石杉种群的生存状况仍然严峻, 需适当进行人工保护并加强资源调查, 对优良种质进行异地保护。     

过量表达拟南芥AtGCS可以提高E.coli的重金属耐受性及富集能力(英文)北大核心CSCD

谷胱甘肽(GSH)是一类在生物体内广泛存在,并且是十分重要的重金属毒害保护剂之一。本研究将编码拟南芥γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶基因AtGCS(GSH合成的关键酶之一)转化到大肠杆菌(BL21)中,通过IPTG诱导过量表达TrxA-AtGCS融合蛋白来分析AtGCS在提高大肠杆菌重金属耐受性方面的作用。过量表达TrxA的大肠杆菌被用作对照。研究结果表明,在1 mmol.L-1Cd2+、Zn2+或Cu2+重金属胁迫下,过量表达TrxA-AtGCS的大肠杆菌细胞的生长状态要明显优于表达TrxA的对照细胞。同时,过量表达TrxA-AtGCS的大肠杆菌表现出超出对照细胞5倍以上的Cd2+、Zn2+和Cu2+累积量和4倍以上的GSH含量,其中,高于对照10倍的Cd2+富集量尤为明显。因而可以得出结论,拟南芥AtGCS的大量表达大大提升了大肠杆菌的谷胱甘肽含量,从而使GSH可以直接或间接地富集更多的重金属离子,进而提高了大肠杆菌对重金属逆境的抗性。